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空间转录组: 降维聚类+差异分析

引言本系列讲解空间转录组学 (Spatial Transcriptomics) 相关基础知识与数据分析教程[1]，持续更新，欢迎关注，转发，文末有交流群！...spe <- runUMAP(spe, dimred = "PCA") 聚类接下来，我们在上述处理步骤之后，展示一些下游分析的简短示例。...在此，我们运行一种具有空间意识的聚类算法 BayesSpace，以识别空间域。 BayesSpace 专门为基于测序的 ST 数据开发，并考虑了测量的空间坐标。...d = 20) # cluster labels table(spe$BayesSpace <- factor(.spe$spatial.cluster)) 可视化我们可以在 x-y 空间中把聚类标签可视化为空间域...在此，我们将使用成对 t 检验，并专门检测上调（而非下调），即所报告的标记基因应在该基因所属的聚类中表达更高。

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空间转录组数据分析之CNV burden和CNV聚类（python版本）

我们来看看聚类如果我们聚类的目的是划分区域，那么空间至少有6种聚类方式。形态学划分分子聚类细胞聚类 CNV聚类 QuPath划分 SME聚类，即考虑空间邻域的聚类方式。...我们这一篇就分享一下CNV聚类的相关内容，拿到如下的结果废话就不多说了，直接来示例代码大家直接先要分析inferCNV，这个分享了很多次了，不再重复了。

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SC-MEB：空间转录组聚类R包！

导语 GUIDE ╲ 空间转录组学 (ST) 使研究人员能够以接近单细胞的分辨率测量转录组范围内的基因表达，同时保留每次测量的空间信息。...这些空间解析的转录组学加深了我们对细胞类型和状态如何受组织微环境调节的理解。背景介绍我们通过空间转录组研究微环境如何调节细胞类型和状态，首先是识别空间的细胞簇。...04 对空间cluster的可视化我们可以使用 ClusterPlot() 在点的空间位置上绘制聚类情况。...20000-colData(CRC)[,c(3)]), 2988, 2) ClusterPlot(out, pos, size = 3, shape = 16) 小编总结 SC-MEB是一个对空间转录组数据进行聚类和可视化的...做空间转录组的同学们可以尝试一下哦！ END

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探索Python中的聚类算法：层次聚类

在机器学习领域中，层次聚类是一种常用的聚类算法，它能够以层次结构的方式将数据集中的样本点划分为不同的簇。层次聚类的一个优势是它不需要事先指定簇的数量，而是根据数据的特性自动形成簇的层次结构。...本文将详细介绍层次聚类算法的原理、实现步骤以及如何使用 Python 进行编程实践。什么是层次聚类？层次聚类是一种自下而上或自上而下的聚类方法，它通过逐步合并或分割样本点来形成一个簇的层次结构。...层次聚类的原理层次聚类算法的核心原理可以概括为以下几个步骤：初始化：首先，将每个样本点视为一个单独的簇。计算相似度：计算每对样本点之间的相似度或距离。...Python 中的层次聚类实现下面我们使用 Python 中的 scikit-learn 库来实现一个简单的层次聚类模型： import numpy as np import matplotlib.pyplot...总结层次聚类是一种强大而灵活的聚类算法，能够以层次结构的方式将数据集中的样本点划分为不同的簇。通过本文的介绍，你已经了解了层次聚类算法的原理、实现步骤以及如何使用 Python 进行编程实践。

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单细胞转录组基础分析五：细胞再聚类

本专题将针对10X Genomics单细胞转录组数据演示各种主流分析，包括基于Seurat的基础分析、以及基于clusterProfiler、Monocle、SingleR等R包的延伸分析。...单细胞数据分析中，一般需要对可以细分的细胞再聚类，比如本次分析中的T细胞群体可以细分为Navie T cells、CD8+ T cells、Treg cells、Tmemory cells等。...因为再聚类的细胞之间差异比较小，所以聚类函数FindClusters()控制分辨率的参数建议调高到resolution = 0.9。...往期回顾单细胞转录组基础分析一：分析环境搭建单细胞转录组基础分析二：数据质控与标准化单细胞转录组基础分析三：降维与聚类单细胞转录组基础分析四：细胞类型鉴定欢迎加入生信技能树小圈子期待单细胞工具的大浪淘沙...,洗尽铅华空间转录组听课收获把tcga大计划的CNS级别文章标题画一个词云单细胞基因组学前沿会议推荐（*冷泉港亚洲学术会议）并不是所有的批次效应都可以被矫正 ?

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谱聚类的python实现

什么是谱聚类？ ? 就是找到一个合适的切割点将图进行切割，核心思想就是： ? 使得切割的边的权重和最小，对于无向图而言就是切割的边数最少，如上所示。...具体之后求解可以参考：https://blog.csdn.net/songbinxu/article/details/80838865 谱聚类的整体流程？...image.png python实现：（1）首先是数据的生成： from sklearn import datasets x1的形状是(1000,2) ?...0]) H = np.vstack([V[:,i] for (v, i) in lam[:1000]]).T H = np.asarray(H).astype(float) （6）使用Kmeans进行聚类...（7）对比使用kmeans聚类 pure_kmeans = KMeans(n_clusters=2).fit(x1) plt.title('pure kmeans cluster result') plt.scatter

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DBSCAN聚类算法Python实现

原理 DBSCAN是一种基于密度的聚类算法，这类密度聚类算法一般假定类别可以通过样本分布的紧密程度决定。...通过将紧密相连的样本划为一类，这样就得到了一个聚类类别。通过将所有各组紧密相连的样本划为各个不同的类别，则我们就得到了最终的所有聚类类别结果。一些概念 ? ? ?...python代码 from sklearn import datasets import numpy as np import random import matplotlib.pyplot as plt...gama = set([x for x in range(len(X))]) # 初始时将所有点标记为未访问 cluster = [-1 for _ in range(len(X))] # 聚类...鸢尾花数据集更改 from sklearn.datasets import load_iris X = load_iris().data 缺点参数敏感Eps , MinPts ,若选取不当 ,会造成聚类质量下降

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机器学习-聚类算法-k-均值聚类-python详解

另一种则是根据具体的需求确定，比如说进行衬衫尺寸的聚类你可能就会考虑分成三类（L,M,S）等 2.然后我们需要选择最初的聚类点（或者叫质心），这里的选择一般是随机选择的，代码中的是在数据范围内随机选择，...开发包的导入本次实践导入的包有numpy（更强的数值表达和计算能力），matplotlib（主要是用里面的pyplot，画图展示用的），因为针对不同的应用，会用到不同的包，所以强烈建议需要用到python.../data.txt') for line in fileIn.readlines(): lineArr = line.strip().split(' ') # Python...形成二维数组 ## step 2: 开始聚类... print "step 2: clustering..." ...原创文章，转载请注明：转载自URl-team 本文链接地址: 机器学习-聚类算法-k-均值聚类-python详解 No related posts.

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图像聚类的python实现

因为之后的项目要用到影像聚类，之前一直是用ENVI实现，现在想学下python。...学习的这一篇：小项目聚类 import cv2 import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np ======准备工作====== 原图像路径 imPath...numOfClass = int(input("\n色彩分类数： ")) 设置最大迭代次数 roundForLoop = int(input("\n定义最大迭代次数： ")) print() ======进行聚类...numOfClass个中心点的值 for i in range(1, numOfClass + 1): keyValueList.append(valueArange / numOfClass * i / 2) 聚类更新...4、将该flag矩阵输出，则得到聚类得到的分类结果。

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neural-admixture：基于AI的快速基因组聚类

亲测建议使用conda创建新的 Python 3.9 环境，然后在其中安装软件包。...例如，对于，应启动以下命令： conda create -n nadmenv python=python3.9 conda activate nadmenv pip install neural-admixture

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聚类模型评价（python实现）

在使用聚类方法的过程中，常常涉及到如何选择合适的聚类数目、如何判断聚类效果等问题，本篇文章我们就来介绍几个聚类模型的评价指标，并展示相关指标在python中的实现方法。...2 2 Python实现轮廓系数（Silhouette Coefficient）轮廓系数可以用来选择合适的聚类数目。...%d簇的calinski_harabaz分数为：%f'%(i,score)) #聚类2簇的calinski_harabaz分数为：3535.009345 #聚类3簇的calinski_harabaz分数为...：3153.860287 #聚类4簇的calinski_harabaz分数为：3356.551740 #聚类5簇的calinski_harabaz分数为：3145.500663 #聚类6簇的calinski_harabaz...兰德系数用来衡量两个分布的吻合程度，取值范围[-1,1],数值越接近于1越好，并且在聚类结果随机产生时，指标接近于0。为方便演示，省去聚类过程，直接用样例数据展示实现方法。

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比较不同的对单细胞转录组数据聚类的方法

背景介绍聚类之前必须要对表达矩阵进行normalization，而且要去除一些批次效应等外部因素。通过对表达矩阵的聚类，可以把细胞群体分成不同的状态，解释为什么会有不同的群体。...不过从计算的角度来说，聚类还是蛮复杂的，各个细胞并没有预先标记好，而且也没办法事先知道可以聚多少类。尤其是在单细胞转录组数据里面有很高的噪音，基因非常多，意味着的维度很高。...这里主要比较6个常见的单细胞转录组数据的聚类包： SINCERA pcaReduce SC3 tSNE + k-means SEURAT SNN-Cliq 所以需要安装并且加载一些包,安装代码如下； install.packages...## 我们这里取只有11组的时候，这些样本是如何分组的信息来可视化。...distance = distan ) # find clusters in the graph snn.res <- system( paste0( "python

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单细胞转录组数据处理之降维聚类分群

前面我们一起学习了单细胞转录组数据的上游分析，而且了解了自己的项目的样本数量和测序量，还过滤了不合格的细胞和基因，系列教程目录如下： 01....去除细胞效应和基因效应理论上我们已经足够认识表达矩阵了，现在可以开始单细胞转录组数据的主角：降维聚类分群。...然后看聚类分群聚类分群是紧密连接的，细胞可以看做是空间的不同点，如果是二维平面空间，点与点之间的距离很方便计算，距离的远近就决定着细胞是否属于一个类群。...使用KNN-graph的聚类，最终定下来了10个细胞亚群。一般来说，如果单细胞转录组数据仅仅是文章生物学故事的一个环节，就会采取标准的seurat流程，如下所示： ?...如果你看的文献足够多，还会发现，在降维聚类分群之后，通常是有一个细胞在二维平面的散点图展示，如下所示： ? 如果你足够心细，也会发现其实细胞的空间距离排布坐标通常是tSNE和umap来展现。

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基于聚类的图像分割（Python）

让我们尝试一种称为基于聚类的图像分割技术，它会帮助我们在一定程度上提高模型性能，让我们看看它是什么以及一些进行聚类分割的示例代码。什么是图像分割？...基于区域的分割基于边缘检测的分割基于聚类的分割基于CNN的分割等。接下来让我们看一个基于聚类的分割示例。什么是基聚类的分割？...聚类算法用于将彼此更相似的数据点从其他组数据点更紧密地分组。现在我们想象一幅包含苹果和橙子的图像。苹果中的大部分像素点应该是红色/绿色，这与橙色的像素值不同。...如果我们能把这些点聚在一起，我们就能正确地区分每个物体，这就是基于聚类的分割的工作原理。现在让我们看一些代码示例。...图像中有五个色段苹果的绿色部分橙子的橙色部分苹果和橙子底部的灰色阴影苹果顶部和右侧部分的亮黄色部分白色背景让我们看看我们是否可以使用来自 scikit-learn 的 K 均值算法对它们进行聚类

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使用Python实现层次聚类算法

在本文中，我们将使用Python来实现一个基本的层次聚类算法，并介绍其原理和实现过程。什么是层次聚类算法？...在自顶向下的分裂层次聚类中，所有数据点首先被视为一个簇，然后根据它们之间的相似度逐渐分裂成更小的簇，直到每个数据点都成为一个簇。使用Python实现层次聚类算法 1....Python实现方法。...层次聚类算法是一种直观且易于理解的聚类方法，适用于各种类型的数据集，并且可以根据需要选择自底向上或自顶向下的聚类策略。通过使用Python的Scipy库，我们可以轻松地计算层次聚类并可视化聚类结果。...希望本文能够帮助读者理解层次聚类算法的基本概念，并能够在实际应用中使用Python实现层次聚类算法。

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基于聚类的图像分割-Python

让我们尝试一种称为基于聚类的图像分割技术，它会帮助我们在一定程度上提高模型性能，让我们看看它是什么以及一些进行聚类分割的示例代码。什么是图像分割？想象一下我们要过马路，过马路之前我们会做什么？...基于区域的分割基于边缘检测的分割基于聚类的分割基于CNN的分割等。接下来让我们看一个基于聚类的分割示例。什么是基聚类的分割？聚类算法用于将彼此更相似的数据点从其他组数据点更紧密地分组。...如果我们能把这些点聚在一起，我们就能正确地区分每个物体，这就是基于聚类的分割的工作原理。现在让我们看一些代码示例。...图像中有五个色段苹果的绿色部分橙子的橙色部分苹果和橙子底部的灰色阴影苹果顶部和右侧部分的亮黄色部分白色背景让我们看看我们是否可以使用来自 scikit-learn 的 K 均值算法对它们进行聚类...img.shape[2]) plt.imshow(clustered_3D) plt.title('Clustered Image') plt.show() 效果非常好，我们能够将五个部分组合在一起，这就是聚类分割的工作原理

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聚类算法原理及python实现

)度量标准聚类的常见算法，原型聚类(主要论述K均值聚类)，层次聚类、密度聚类 K均值聚类算法的python实现，以及聚类算法与EM最大算法的关系参考引用 ---- 先上一张gif的k均值聚类算法动态图片...聚类算法的特点聚类算法是无监督学习算法和前面的有监督算法不同，训练数据集可以不指定类别(也可以指定)。聚类算法对象归到同一簇中，类似全自动分类。簇内的对象越相似，聚类的效果越好。...---- 聚类的常见算法，原型聚类(主要论述K均值聚类)，层次聚类、密度聚类聚类算法分为如下三大类： 1. 原型聚类(包含3个子类算法)： K均值聚类算法学习向量量化高斯混合聚类 2....K均值聚类算法的python实现下面给出K-means cluster算法的实现的大致框架: class KMeans(object): def __init__(self, k, init_vec...参考引用 https://datasciencelab.wordpress.com/2013/12/12/clustering-with-k-means-in-python/

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Python利用sklearn进行kmeans聚类

sklearn是机器学习领域中最知名的python模块之一。...scikit-learn.org/stable/index.html# kmeans算法概述： k-means算法概述 MATLAB kmeans算法： MATLAB工具箱k-means算法下面利用python...中sklearn模块进行数据的聚类数据集自制数据集 ?...需要用到的python库: xlrd:读取Excel中的数据 pandas:数据处理 numpy:数组 sklearn:聚类代码 import xlrd import pandas as pd import...clf.fit(mdl_new) # 拟合模型 #print(clf.cluster_centers_) # 查看KMeans聚类后的5个质心点的值。

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【Python】机器学习之聚类算法

2.2 研究准备（1）安装机器学习必要库，如NumPy、Pandas、Scikit-learn等；（2）配置环境用来运行 Python、Jupyter Notebook和相关库等内容。...2.4 研究内容 1.选择一种聚类算法对鸢尾花做聚类; 2.读入要分类的数据; 3.设置初始聚类中心; 4.根据不同的聚类算法实现聚类； 5.显示聚类结果； 6.按照同样步骤实现学过的所有聚类算法...最终，返回聚类结果和最终的聚类中心。...设置聚类数量k为3。调用k_means()进行聚类，得到聚类结果clusters和聚类中心centers。...首先，初始化聚类中心，然后进行以下步骤：分配样本点到最近的聚类中心，更新聚类中心，直到达到最大迭代次数或聚类分配不再改变为止。函数返回最终的聚类结果和聚类中心。

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使用Python实现DBSCAN聚类算法

在本文中，我们将使用Python来实现一个基本的DBSCAN聚类算法，并介绍其原理和实现过程。什么是DBSCAN算法？ DBSCAN算法通过检测数据点的密度来发现簇。...使用Python实现DBSCAN算法 1....Python实现方法。...DBSCAN算法是一种强大的聚类算法，能够有效地识别具有任意形状的簇，并且能够自动识别噪声点。...希望本文能够帮助读者理解DBSCAN算法的基本概念，并能够在实际应用中使用Python实现DBSCAN算法。

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