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scatterpie绘制气泡饼图及corrplot绘制相关性图

饼图矩阵”展示的是survival-related基因在不同的癌型和通路中所占的比例，填充颜色深浅和扇形大小代表所占比例的高低，可以说是一个非常直观的展示方法，经过小编一番研究，终于确定了这个绘图R包是scatterpie...那么今天小编就向大家介绍一下这个图的绘制方法吧~ R包scatterpie 1....整理成这种格式 x为CANCER Y为PATHWAY A,B,C,D为四维数据 install.packages("scatterpie") library(ggplot2) library(scatterpie...) library(RColorBrewer) Color<-brewer.pal(4, "Set2") ggplot() + geom_scatterpie(data = DATA,aes(x=...rnorm(n, sd=4)) d[1, 4:7] <- d[1, 4:7] * 3 head(d) d$radius <- 6 * abs(rnorm(n)) p scatterpie

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超强脑洞第五弹——ggplot 构造连环饼图

今天这篇之前曾有涉略过，就是利用ggplot的辅助插件工具——scatterpie制作基于气泡图的饼图，之前曾在地图图层上演示过此种类似图表，不过这里我将其与折线图融合，案例来源于陈荣兴老师的名作——《...色盘2输出： CairoPNG(file="C:/Users/Administrator/Desktop/scatterpie2.png",width=500,height=330) ggplot()+...geom_line(data=mynewdata1,aes(x=Dummy,y=Data,group=1),col="#085264",size=.8)+ geom_scatterpie(data=mynewdata1...核心要点：需掌握geom_scatterpie 图层函数要义（其实就是熟知scatterpie包的参数）；保证横、纵轴刻度线量级一致，细心地童鞋可能已经发现，我并未直接将X轴映射给Year变量，而是费事儿的用...（算是scatterpie的bug吧，无法自动优化饼图半径）。

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跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2画地图并且叠加饼状图的简单小例子

/ 需要借助scatterpie这个包直接安装 install.packages("scatterpie") 看下帮助文档中的例子 help(package="scatterpie") library...(ggplot2) library(scatterpie) d <- data.frame(x=rnorm(5), y=rnorm(5)) d$A <- abs(rnorm(5, sd=1)) d$B...<- abs(rnorm(5, sd=2)) d$C <- abs(rnorm(5, sd=3)) d ggplot() + geom_scatterpie(aes(x=x, y=y,r=0.3)...20,70,5),5)) d$A <- abs(rnorm(5, sd=1)) d$B <- abs(rnorm(5, sd=2)) d$C <- abs(rnorm(5, sd=3)) d library(scatterpie...coord_sf(xlim = c(-10, 80.00), ylim = c(20.00, 70.00), expand = FALSE)+ geom_scatterpie

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绘图技巧 | 绘制带饼图的地图可视化技巧分享

本期内容主要如下： R-scatterpie包主要函数介绍 R-scatterpie包实例演示 R-scatterpie包主要函数介绍要想在地图上绘制饼图，使用常规的ggplot2较为繁琐，得益于丰富第三方包...，我们可以使用scatterpie包轻松实现该需求。...scatterpie包主要有： geom_scatterpie() geom_scatterpie_legend() 前者主要用于绘制饼图绘制，后者则对应绘制饼图大小的图例，具体可参考如下链接：https...://cran.r-project.org/web/packages/scatterpie/vignettes/scatterpie.html。...接下来，小编将结合具体实际例子用于帮助小伙伴们理解scatterpie绘制函数，快速绘制带饼图的空间地图可视化作品。

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跟着Nature Plants学作图：R语言ggplot2甜甜圈图包裹饼图

articles/s41477-024-01654-7 论文中提供了作图用到的原始数据，我们可以试着用原始数据复现论文中的图，今天的推文我们来模仿一下论文中的figure2a image.png 我的思路是用scatterpie...包里的数据整理成如下格式 image.png 因为论文中提供的数据需要手动整理成以上的格式，为了节省时间，我这边只整理一组数据加载需要用到的R包 library(readxl) library(scatterpie...mutate(x=1:4, y=c(0.12,0.1,0.22,0.14)) -> dat02 dat02 %>% colnames() 作图代码 ggplot()+ geom_scatterpie...geom_circle(data = dat02, aes(x0=x,y0=y,r=Nt/350), fill="white")+ geom_scatterpie

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你绝对想不到，数据地图还能这么玩~

这个周末刷微信的时候，偶然看到一篇关于R语言12月更新包的介绍，翻到底部看了一眼，刚好看到一个关于ggplot2的一个图层插件——geom_scatterpie。...library(ggplot2) library(plyr) library("maptools") library(scatterpie) world_map <-readShapePoly("c:/...匹配目标国家行政区划中心点： mapdata<-merge(centres,mydata,by.x="COUNTRY",by.y="FULLName",all.y=TRUE) 利用ggplot2函数结合scatterpie...ggplot(world, aes(long, lat,group=group)) + geom_polygon(fill="white", color="grey")+ geom_scatterpie...https://cran.r-project.org/web/packages/scatterpie/vignettes/scatterpie.html

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R可视乎|复合饼图系列

library(ggplot2) library(scatterpie) library(RColorBrewer) crime<- read.csv("~/crimeRatesByState2005....Legnd_label<-colnames(mydata2)[4:10] colnames(mydata2)[4:10]<-LETTERS[1:7] 散点复合饼图系列(a) ggplot() + geom_scatterpie...scale_fill_manual(values=colorRampPalette(brewer.pal(7, "Set2"))(7),labels=Legnd_label)+ #geom_scatterpie_legend...radius, x=0.1, y=0.95, n=5,labeller=function(x) round((x* Max_radius/ Bubble_Scale)^2*pi))+ #geom_scatterpie_legend...散点复合饼图系列(b) ggplot() + geom_scatterpie(aes(x=x, y=y,r=radius), data=mydata2, cols=colnames(mydata2

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听说 SPOTlight 饼图函数绘图方向是反的：一身反骨！

源码链接：https://github.com/MarcElosua/SPOTlight/blob/spotlight-0.1.7/R/scatterpie_plot_fun.R 先把数据整理好： ##... "#24ff24", "#ffff6d") pal <- colorRampPalette(paletteMartin)(length(ct)) names(pal) <- ct pal 绘图：scatterpie...SPOTlight 你可以看出来源码是使用了 scatterpie 进行的绘图： #### 饼图绘制 scatterpie_pie <- ggplot2::ggplot() + ggplot2...::annotation_custom(grob = img_grob, xmin = 0, xmax = ncol(img), ymin = 0, ymax = -nrow(img)) + scatterpie...::geom_scatterpie( data = spatial_coord, ggplot2::aes(x = imagecol_scaled, y = imagerow_scaled

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跟着Nature Genetics 学画图：R语言ggplot2一次性画好多个饼状图

最基本的想法就是单独画好多个饼状图，然后通过拼图实现，但是因为之前重复地图的时候新遇到了一个包是 scattermore可以直接指定输入数据，然后一次性将所有饼状图画好，这样就省去了拼图的步骤通过 help(package="scatterpie...=A, B=B, region=as.character(1:28)) df str(df) head(df) 画图代码 library(scatterpie...) library(ggplot2) ggplot()+ geom_scatterpie(data=df, aes(x,y,group=region,r=0.9)...data.frame( x=16, y=c(2,4,6,8), label=c("AAAAA","BBBBBB","CCCCCCC","DDDDDD") ) 画图代码 ggplot()+ geom_scatterpie

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ggraph带你绘制网络饼图

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何使用igraph+scatterpie来绘制网络饼图，下面小编就通过一个案例来进行展示数据为随意构建无实际意义仅作图形展示用，添加了详细的注释希望各位观众老爷能够喜欢...包 library(tidyverse) library(igraph) library(ggraph) library(graphlayouts) library(ggforce) library(scatterpie...)$y) + # 添加边的可视化，使用geom_edge_link0函数 geom_edge_link0() + # 添加饼图散点，表示节点属性"A"、"B"和"C"的比例 geom_scatterpie...添加边的可视化，使用geom_edge_link0函数 geom_edge_link0() + # 添加饼图散点，表示节点属性"A"、"B"和"C"的比例，填充颜色为白色，饼图比例尺度为3 geom_scatterpie

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高维分面应用——ggplot2分面气泡图饼图

今天以气泡饼图为例： library(ggplot2) library(dplyr) library(rgdal) library(shiny) library(shinythemes) library(scatterpie...geom_polygon(data=china_map,aes(x=long,y=lat,group=group),fill="white",color="grey")+ geom_scatterpie...ggplot()+ geom_polygon(data=china_map,aes(x=long,y=lat,group=group),fill="white",color="grey")+ geom_scatterpie

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顶刊方法补充----胶质瘤髓系细胞的程序、起源和免疫调节功能（单细胞空间多组学）

空间转录组数据分析部分，也是相当复杂单细胞的ATAC基础分析ATAC数据的整合分析和下游分析通讯与IF分析方法真的相当复杂，最后我们来画画图吧,需要联合分析的矩阵和空间坐标library(ggplot2)library(scatterpie...read.csv(sp.sc.csv)sample = '样本名称'pdf(file.path(plotdir, sprintf('%s.sp.pdf',sample) ))ggplot() + geom_scatterpie

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SPOTlight || 用NMF解卷积空间表达数据

= "res_ss")] anterior@meta.data <- cbind(anterior@meta.data, decon_mtrx) SPOTlight::spatial_scatterpie...spatial_scatterpie SPOTlight::spatial_scatterpie(se_obj = anterior, cell_types_all...cell_types_interest = "L6b", pie_scale = 0.5) 可以指定多个细胞类型 SPOTlight::spatial_scatterpie...vertex.label.color = "black", layout = layout.circle) Oligo,Astro,L5.PT SPOTlight::spatial_scatterpie

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跟着Nature学作图：R语言ggtree给进化树的节点添加饼状图

但是论文中关于进化树的作图方法我可以写个教程分享给大家今天推文的内容重复一下论文中的Fig4a 进化树叠加图片并在节点上叠加饼状图 image.png 首先是进化树 library(ggtree) library(scatterpie...read_csv("data/20220930/pie_df1.csv") pie.df ggtree(tree,size=1)+ #geom_tiplab(offset=2)+ geom_scatterpie

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跟着NatureGenetics学作图:R语言ggplot2柱形图饼图箱线图展示柑橘泛基因家族分析的结果

, "core"="#d97168")) p1 image.png (这个配色个人感觉是真难看) 然后是饼图的代码 library(scatterpie...Softcore=2036, Dispensable=19138, Special=3059) p2<-ggplot()+ geom_scatterpie

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空转 | 我，SPOTlight，用解卷积，解决空间转录组spot注释！

(mat) ## Co-localization p2 <- plotInteractions(mat, "heatmap") plotInteractions(mat, "network") 4，Scatterpie...plotSpatialScatterpie( x = Brain_ST, y = mat, cell_types = colnames(mat), img = T, #以tiff为背景 scatterpie_alpha...<- plotSpatialScatterpie( x = Brain_ST, y = mat, cell_types = colnames(mat), img = FALSE, scatterpie_alpha

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SPOTlight || 用NMF解卷积空间表达数据

= "res_ss")] anterior@meta.data <- cbind(anterior@meta.data, decon_mtrx) SPOTlight::spatial_scatterpie...spatial_scatterpie SPOTlight::spatial_scatterpie(se_obj = anterior, cell_types_all...可以指定多个细胞类型 SPOTlight::spatial_scatterpie(se_obj = anterior, cell_types_all...Oligo,Astro,L5.PT SPOTlight::spatial_scatterpie(se_obj = anterior, cell_types_all

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绘制空间转录组的反卷积注释结果饼图：R包STdeconvole的函数

colnames(mat) mat[mat < 0.1] <- 0 dim(mat) mat[1:5,1:6] class(mat) 这个绘图函数 vizAllTopics 你去看包的源码，其实还是使用的 scatterpie

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12. R studioR 工具指南（十一：R 的更新与R 包的迁移）

VariantAnnotation', 'XVector', 'zlibbioc' also installing the dependencies ‘downloader’, ‘MatrixGenerics’, ‘scatterpie

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玩转数据地图系列之——地图上的迷你条形图

之前的一篇因为有现成的作图包支持，geom_scatterpie函数不用花费太大力气就解决了数据地图上的气泡散点图问题。

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scatterpie绘制气泡饼图及corrplot绘制相关性图

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R可视乎|复合饼图系列

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高维分面应用——ggplot2分面气泡图饼图

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