今天来学习一篇于2024年12月30日发表在Nature Communications上的文献中的小提琴图绘制，标题为：《Integrated multi-omics profiling reveals...（D NETs）相关标记物在两组之间的差异，并标注了显著性。...= list(c("NA", "AD")), # 添加显著性，y_position控制标记的y轴位置，textsize控制文本大小，size控制线的粗细 test = "t.test...axis.ticks.length = unit(0.3, "cm"), axis.ticks = element_line(size = 1.5), # 加粗x轴刻度线...axis.ticks.length = unit(0.3, "cm"), axis.ticks = element_line(size = 1.5), # 加粗x轴刻度线
主要是数据的分布，可以看出是双峰的还是多峰的 主要函数和参数 geom_violin()主函数 color, size, linetype：线条的颜色大小和线的类型 fill：填充颜色 trim：是否修剪小提琴尾部...# @ supp 分组变量，需要转换为因子 ToothGrowth <- get_data() # 需要的包 library(ggplot2) library(patchwork) library...(tidyverse) # 绘图 # 基本绘图参数设置 p % ggplot(aes(x = dose, y = len)) # 添加小提琴图并添加统计均值和标准差...点图 geom_dotplot() stackdir:点的堆叠方向默认为向上 stackratio：点的距离 color, fill:同之前 dotsize：点的大小 # 点图绘制并添加均值和标准差 p3...结束语 小提琴图不是很常用，也在一些杂志中见到过，但是不是很多见，了解一下就可，毕竟数据分布，还要涉及到后续分析的内容，和自己后续的分析方案是否配套。
https://github.com/blmoore/blogR 原始代码中抓取数据的部分好像不能用了，我稍微改动了一下，选取了2006年到2020年的数据，获取数据的代码这里就不放了，如果需要本文的示例数据可以知己在文末留言...image.png 作图代码 ibrary(ggplot2) ggplot(df, aes(x=year, y=auth_num, col=journal, fill=journal)) + stat_summary...image.png 根据上图确实可以看出学术期刊的作者数量确实是有增加的趋势的 这里新学到的知识点是使用stat_summary()函数添加置信区间，之前自己也实现过这个图，但是需要提前算好置信区间和平均值...，比如之前的推文 R语言ggplot2画带有置信区间的折线图和分组求均值遇到的一个问题，如果换成 stat_summary() 这个函数以后就方便很多 好了，今天的内容就到这里了 大家如果需要推文的示例数据和代码的话可以直接在公众号...、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记； 3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！
默认的箱型图如下所示： 但是有时，我需要将箱子中默认的中位数那条线，改为平均值。...下面代码数据来源于上一篇博客：配对样本检验及绘图 - 简书 https://www.jianshu.com/p/e5a24590b5f6 > mean(dt_N) [1] 6.370483 > median...(dt_N) [1] 6.389692 > mean(dt_T) [1] 6.347574 > median(dt_T) [1] 6.328644 我们可以发现在平均值这块，N组为6.37， T组为6.34...， 而中位数这块，N组为6.38，T组为6.32。...箱型图中的横线为平均值： library(dplyr) library(ggplot2) library(ggpubr) theme_set(theme_pubclean()) plot <- ggplot
❝本节来复现「nature genetics」上的一张图，自定义绘制误差线图；下面小编就通过一个详细的案例介绍如何绘制此图；❞ 图形展示 ❝此图作为基础图形系列，但是又在基础图形的基础上做了一点细微的变化...，如误差线不展示「ymin&ymax」因此直接添加几何对象完成不能实现，此外也通过自定义绘制线条来进行注释以及Y轴标题添加上标；那么小编下方案例代码就来简单介绍如何用代码来解决这三个问题 ❞ 加载R包...library(ggtext) library(ggsci) 导入数据 df1 <- read_excel("41588_2022_1184_MOESM5_ESM.xlsx",sheet = 4) 定义因子...stat_summary(aes(taxon,SNP,color=taxon,fill=taxon),pch=22, fun.y="mean",geom="point"...,size=4, show.legend = F)+ # 添加均值 # 自定义绘制线条 geom_line(data = p_value1,aes(x = x, y
可以使用以下函数创建不同类型的错误栏： geom_errorbar（） geom_linerange（） geom_pointrange（） geom_crossbar（） geom_errorbarh...使用三种剂量水平的维生素C（0.5mg,1mg和2 mg）和两种递送方法[橙汁（OJ）或抗坏血酸（VC）]中的每一种： > library(ggplot2) > df <- ToothGrowth >...我们将绘制每组中Tooth长度的平均值。...标准差用于绘制图形上的误差线。首先，使用下面的辅助函数将用于计算每组感兴趣变量的均值和标准差。...geom="pointrange", color="red") 使用函数geom_dotplot（）和stat_summary（）： 平均值+/- SD可以添加为误差条或点范围
()添加预期寿命（lifeExp）的平均值柱状图 stat_summary(data=df, aes(year, lifeExp), fun = "mean", geom = "bar", alpha...= 0.7, fill="#00A08A") + # 添加预期寿命（lifeExp）的误差条 stat_summary(data=df, aes(year, lifeExp), fun.data...(x))) + # 添加人均GDP（gdpPercap）的平均值点 stat_summary(data=df %>% mutate(gdpPercap=gdpPercap/20), aes(year..., gdpPercap), fun = "mean", geom = "point", size=3, color="#F98400") + # 添加人均GDP（gdpPercap）的平均值线...geom = "line", color="#F98400") + # 设置y轴的比例和标签 scale_y_continuous(expand = c(0, 1), breaks = scales
dose, y=len)) + geom_violin(trim=T) #T改为F即完整的小提琴图 p 图片 #选择需要显示的x项 p + scale_x_discrete(limits=c("0.5...", "2")) 图片 2.2 添加数值 #添加中位值median,均值改mean p + stat_summary(fun.y=mean, geom="point", shape=23, size=2..., color="red") 图片 #中位数和四分位数 p + geom_boxplot(width=0.1) 图片 #均值和标准差 p x=dose...)+ labs(x = x, y = "Gene expression")+ #y轴 geom_violin()+ scale_fill_manual(values = color) +...= element_text(angle = 45, hjust = 1)) print(p1) dev.off() 图片 四、讨论 小提琴图和箱线图其实大同小异，都是常用于展示基因组间差异表达，很基础的描述性统计可视化图
#使用diamonds的数据子集作为绘图数据，克拉(carat)数为X轴变量，价格(price)为Y轴变量。...箱式图 箱线图通过绘制观测数据的五数总括，即最小值、下四分位数、中位数、上四分位数以及最大值，描述了变量值的分布情况。...2 坐标轴标尺修改（x , y） 本部分主要是对坐标轴做如下改变， 更改坐标轴名称 更改x轴上标数的位置和内容 显示对一个轴做统计变换 只展示一个区域内的点 更改刻度标签的位置 实现上面的这些可以使用scale_x...# 增加1组颜色变量映射，然后求均值并连线 g + aes(color = factor(vs)) + stat_summary(fun.y = mean, geom = "line") ?...ggplot2的图层设置函数对映射的数据类型是有较严格要求的，比如geom_point和geom_line函数要求x映射的数据类型为数值向量，而geom_bar函数要使用因子型数据。
一组分位数线（来自分位数回归） geom_rect 二维的长方形 geom_ribbon 彩虹图（在连续的x值上表示y的范围，例如Tufte著名的拿破仑远征图） geom_rug 触须 geom_segment...（由x和y指定位置，angle指定角度） stat_sum 绘制不重复的取值之和（通常用在三点图上） stat_summary 绘制汇总数据 stat_unique 绘制不同的数值，去掉重复的数值 stat_vline...几何对象（geom_）上面指定的图形属性需要呈现在一定的几何对象上才能被我们看到，这些承载图形属性的对象可能是点，可能是线，可能是bar stat :统计变换比如求均值，求方差等，当我们需要展示出某个变量的某种统计特征的时候...("text",x=23,y=200,parse=T,label ="x[1]==x[2]") labs : labs(x= "这是 X 轴", y = "这是 Y 轴", title = "这是标题"...一组连续数据可以映射到X轴坐标，也可以映射到一组连续的渐变色彩。
, aes(x=V2, y=V1)) + geom_violin() plot3 image.png 在此基础上加一个表示平均值的点 plot3 + stat_summary(fun=...mean, geom="point", shape=23, size=2) image.png 在这个基础上再添加抖动的散点图 plot3 + stat_summary(fun=mean,...y轴的标题和设置一个主题 plot3 + stat_summary(fun=mean, geom="point", shape=23, size=2)+ geom_jitter(position...，接下来增加一些代码使之更像附件中的图 更改x轴刻度的文本,并将其设置为斜体 plot3 + stat_summary(fun=mean, geom="point", shape=23, size...小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记
pch=21,width=0.1,size=2)+ stat_boxplot(geom="errorbar",width=0.1,linetype="solid")+ stat_summary...❞ df %>% ggplot(aes(case_control,logCPM)) ❝使用 df 数据帧创建了一个新的 ggplot 对象，并将 x 轴和 y 轴变量分别设置为 case_control...函数 aes() 指定数据帧中哪些列应用于图表美学。...❞ stat_summary(geom="crossbar", fun="mean", width=0.2, linetype="solid") ❝向图表添加了一条水平线，以显示每个 case_control...级别的 logCPM 的平均值。
主要内容： 准备数据 基本点图 在点图上添加摘要统计信息 添加平均值和中位数 带有盒子图和小提琴图的点图 添加平均值和标准差 按组更改点图颜色 更改图例位置 更改图例中项目的顺序 具有多个组的点图...，然后修改点的大小，然后翻转X，Y轴 library(ggplot2) # Basic dot plot px=dose, y=len)) +...第三步：在点图上添加摘要统计信息，使用函数stat_summary（）可用于向点图中添加均值/中值点等。...第六步：添加平均值和标准差，使用函数mean_sdl。 mean_sdl计算平均值加上或减去常数乘以标准差。在下面的R代码中，使用参数mult（mult = 1）指定常量。...第七步：按组更改点图颜色，在下面的R代码中，点图的填充颜色由剂量水平自动控制： # Use single fill color ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len
当X 1 和X 2相互依赖时，这些变量最终将彼此交互。换句话说，它们之间存在相关性。当两个自变量相互之间非常强烈地相互作用时，即相关系数接近1时，我们将在二维上为算法提供相同的信息，这不过是冗余。...逐步进行PCA的方法 PCA所做的是，它实际上是旋转坐标轴，使轴捕获几乎所有信息内容或方差。下面的剪辑直观地描述了它。我们将逐步了解如何实现这一目标。 [图片上传中......在这个新矩阵中，对角线为1，非对角线元素接近于零。该矩阵表示根本没有信息内容的数学空间。所有信息内容都在轴上，这意味着该轴已观察到所有信息内容，并且新的数学空间现在为空。...我们从每个维度上的各自的xis中减去了平均值，即已将所有维度转换为各自的Z分数，并且Z分数的获得使我们的数据居中。 对于二维数据，以上视觉效果表明，较早的轴是相应的x轴，现在是新的轴。...数据仍然以与原始空间相同的方式定向，只是现在它已经成为中心。 该信息被转换为协方差矩阵。在此协方差矩阵上，我们应用本征函数，它是线性代数函数。使用此代数将维度转换为一组新的维度。
# 添加分组线图，这里使用数据集2，用于绘制分组线图 p % ggplot(aes(x = dose, y = len, group = supp)) # 根据分组添加不同的线...# 上述的图形x变量均为离散变量，在实际的科研中，更多的是连续变量 #将x转换为连续变量 p_lianxu <- function(df3) { df3$dose <- as.numeric(as.vector...return(p) } df3 <- p_lianxu <- p_lianxu(dataset$df3) p_lisan <- p_lisan(dataset$df3) # 可以看出曲线存在差异，因为x的变量因子和连续的处理方式不同...# 设置亚组，大于2016年1月1日的数据 economics %>% filter(date > as.Date("2006-1-1")) %>% ggplot(aes(x = date, y =...# 更改线的宽度 # 这里使用的是为工作的和总人口的比例 # 因此出来的图为宽度不同的线 economics %>% ggplot(aes(x = date, y = pop)) + geom_line
4、标尺（Scale） 画图就是在做映射，不管是映射到不同的几何对象上，还是映射各种图形属性。...比如#把boxplot的中位线替换成了平均值来作图。 6、坐标系统（Coordinante） 坐标系统控制坐标轴，可以进行变换，例如XY轴翻转，笛卡尔坐标和极坐标转换，以满足我们的各种需求。...，饼图实际上就是柱状图，只不过是使用极坐标而已，柱状图的高度，对应于饼图的弧度，饼图并不推荐，因为人类的眼睛比较弧度的能力比不上比较高度（柱状图） #靶心图： ggplot(small)+geom_bar...在前面散点图上，我们已经见识过，加上了一个回归线拟合的图层。 #有了图层的概念，使用ggplot画起图来，就更加得心应手。...#做为图层的一个很好的例子是蝙蝠侠logo，batman logo由6个函数组成，在下面的例子中，我先画第一个函数，之后再加一个图层画第二个函数，不断重复这一过程，直到六个函数全部画好。
我们将绘制每组中牙齿长度的均值。...标准差用来绘制图形中的误差棒。...首先，下面的帮助函数会用来计算每组中兴趣变量的均值和标准差： #+++++++++++++++++++++++++ # Function to calculate the mean and the standard...data_summary(ToothGrowth, varname="len", groupnames=c("supp", "dose")) # 把剂量转换为因子变量...阅读ggplot2线图更多信息: ggplot2 line plots 有均值和误差棒的点图 使用函数 geom_dotplot() and stat_summary() ： The mean +/-
当设定为包含两个数值的向量时 #两个数值分别对应于x轴范围的上下限. # samples: x轴上包含的样本量 # ...: 更多参数 predictvals 组预测线对应的x轴范围一致 predvals % group_by(sex) %>% do(predictvals( ....当x轴y轴都是分类变量的时候，气泡图可以表示网格点上的变量值 ##使用数据集HairEyeColor包含了592个学生头发眼睛颜色的分布 # 创建一个数据框，对男性组和女性组计数求和 hec 的均值一般是添加小钻石解决，使用stat_summary()函数添加你的钻石8 ggplot(birthwt, aes(x = factor(race), y = bwt)) + geom_boxplot...传递一个指定x和y带宽的向量到h，这个参数会被传递给实际生成密度估计的函数kde2d().在本例中，我们将在x，y轴方向上生成一个更小的带宽，以使密度估计对数据的拟合程度更高。
继续“一图胜千言”系列，箱线图通过绘制观测数据的五数总括，即最小值、下四分位数、中位数、上四分位数以及最大值，描述了变量值的分布情况。...箱线图能够显示出离群点（outlier），通过箱线图能够很容易识别出数据中的异常值。 ? 本文利用R语言的ggplot2包，从头带您绘制各式各样的箱线图。...geom_boxplot() + stat_summary(fun.y=mean, geom="point", shape=23, size=4, col = "red") + #添加均值 scale_x_discrete...geom_jitter()函数是geom_point(position = "jitter")的包装，binaxis="y"是指沿着y轴进行分箱； ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose...2)更改箱子填充颜色 fill 填充色 ； color 箱线的外框颜色 #单组 设置颜色 ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_boxplot(fill
aes:颜色（color颜色或边框颜色、fill填充颜色和 alpha透明度） 形状（linetype线型、size点的大小或线的宽度和 shape形状） 位置 （x, y, xmin, xmax, ymin...✦ 标度（Scales）是将数据的取值映射到图形空间，例如用颜色、大小或形状来表示不同的取值，展现标度的常见做法是绘制图例和坐标轴。...✦ 坐标系（Coordinate system, coord）描述数据是如何映射到图形所在的平面，同时提供看图所需的坐标轴和网格线。...image.png 数据调整及误差线增加 在ggplot2中可以直接结合stat_summary函数快速进行数据统计->链接 所以stat可以设置为summary,将柱状图的高度设置为各组的均值并联合stat_summary...p.png 组间差异性分析 使用stat_compare_means()函数。
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