写在前面 前面我们使用 pyclone 分析了肿瘤样本的 clusters 结构,接下来我们进一步分析肿瘤进化,画一个鱼图,需要用到的工具是 citup 和 Timescape 参考: https://...//www.cnblogs.com/xlij1205/p/10848917.html https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/timescape.../inst/doc/timescape_vignette.html citup 软件的安装和使用 CITUP 全称 Conality Inference in Tumors Using Phylogeny...") library(timescape) options(stringsAsFactors = F) example("timescape") browseVignettes("timescape")...("case", i,"_timescape", ".html")) } 因为 Timescape 的输出格式比较少见,上面我只能保存为网页文件,原文件是可交互的,找不到合适的转为图片的方法,所以下面我就直接放了截图
TimeScape结果展示了星号标记的克隆收到NAC处理的选择,在后期得到扩张。 ?...解释Timescape基因突变变化结果图见下图: ?
使用TimeScape可以分析这些细胞的进化情况。...还有几个细节我没有仔细介绍,比如TimeScape和 PyClone 2的用法,以及作者提出的多克隆侵袭模型。 ?
并且通过Timescape进行可视化。(S2A) ? 这些数据在3例患者(P2,P6,P9)中确定了两个主要克隆,在治疗前肿瘤的第4例患者(P1)中确定了三个主要克隆。...目前常用的方法工具(pyclone,citup,fishplot等) https://mp.weixin.qq.com/s/9q7Sw02Ujfv0mA8YxxY5ag 5.3 利用 Timescape...做肿瘤进化鱼图 https://mp.weixin.qq.com/s/sY9UGew-61OV3-xw6-MHQg 画一个鱼图,需要用到的工具是 citup 和 Timescape; CITUP 全称...后者表示的是进化树的克隆分支关系 进一步处理成 Timescape 的 input 了,处理的方法是:tree.txt 不用做修改,cellfreq.txt 需要被处理为3列 time or space
这些克隆、亚克隆,亚克隆的亚克隆,在癌症的不同时期,也会发生clonal sweep,从而改变各个克隆的占比,甚至“消灭”其他的克隆,比如下图: 来自timescape结果,(14条消息) Topic...克隆进化之 TimeScape_桓峰基因的博客-CSDN博客[5] 在chemo 的阶段的克隆,在relapse 阶段,几乎全部进化成了新的克隆。这种进化模式,叫做线性进化。...克隆进化之 TimeScape_桓峰基因的博客-CSDN博客: https://blog.csdn.net/weixin_41368414/article/details/122346453 [6] TracerX
Mutations with CCF=1.0 were considered clonal while those with CCF<1.0 subclonal】 亚克隆分析--PyClone ,可视化 --Timescape
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