前面关于TCGA的教程我介绍很多，包括数据下载和一些简单的分析以及数据的处理，这里介绍还是介绍数据的下载，前面介绍过从网页下载后直接整理，或者利用R包下载，这里介绍基于TCGA数据开发的一些工具——UCSC...从UCSC下载TCGA数据比较简单。 UCSC主页：https://xenabrowser.net 更多数据库，阅读文章【【收藏】生物数据库大合集】 ?...我们就会看到该数据库的数据集。也可以直接通过下面链接直达：https://xenabrowser.net/datapages/ ? 往下拉，就可以看见TCGA的数据集。 ?...其他数据下载也是一样的，需要注意的是看描述信息，该数据库对数据进行了怎样的处理。...还有就是时间，我们可以看到上面的数据是2019年7月份的，RNAseq数据，甲基化数据等时间上没有影响，因为这些就算TCGA数据库更新，它也不会变，重要的是临床数据，如果需要最新的临床数据，还是从官网下载临床数据
因此我们可以用UCSC开发出的genome browser，可以直接把数据信息写成track，连上genome browser 上查看，它还支持安装到本地服务器上（genome browser in box...> 定义要比对的数据库，比如hg18,mm8等 offset= 补偿，定义添加到全部坐标上的数值，默认0 maxitems...3 4 5 genome assembly_database_2 6 trackDb assembly_2_path/trackDb.txt 上面是两个不同的trackDb（track数据库...custom track: http://genome-asia.ucsc.edu/goldenPath/help/customTrack.html UCSC track hub : http://...genome-asia.ucsc.edu/goldenPath/help/hgTrackHubHelp.html UCSC hub track 定义文档 ：http://genome-asia.ucsc.edu
这是从UCSC browser上可视化数据然后截图下来的，我们可以将数据传到UCSC上，制作自己的track hubs，然后选择我们想看的区域截图就可以了。 1....Track Hubs的介绍 简单来说，track hubs相当于在UCSC browser上的一个可网络共享的一个基因组可视化工具。 ?...UCSC上的例子： ?...然后我们将hub.txt的链接拷贝到UCSC的页面中就可以了。 另外，我们也可以通过链接访问到，比如如下链接： http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?...并且，最重要的是，如果我们使用亚洲版本的UCSC创建的hub的话，这个链接前面必须是http://genome-asia.ucsc.edu/，否则显示不出来。 3.
设置数据库配置文件 进入/var/www/gw/cgi-bin/目录，建立hg.conf文件并写入下列内容 db.host=localhost db.user=gw db.password=qazplm_gw...这时就应该能够访问了，成功的标志就是访问http://localhost/gw会看到UCSC常见的页面。 ---- 加载UCSC浏览器所需数据库内容 1....安装hgcentral数据库内容 wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/hgcentral.sql mysql -uroot -proot_passwd -...获取相关物种信息数据库 # 鉴于物种信息数据库比较大，可以在数据盘新建目录用于存储 #change datadir to /home/mysql /etc/init.d/mysql stop vim /...etc/mysql/my.cnf #下载数据库 rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/mm9/chromInfo.MYD /home/mysql
Comparative Genomics Variation Repeats All Tracks All Tables GTF文件保存的是基因和转录本的结构信息，所以选择2，track选择对应的数据库和版本...FTP UCSC的FTP服务提供了物种的注释文件供下载，hg38的FTP地址如下 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/database/ 但是FTP...更多的介绍可以参考官方文档 https://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format9 UCSC RefSeq这种信息对应的文件为refGene.txt.gz,...对于该文件，需要借助UCSC官方提供的格式转换工具转换为gtf格式。...UCSC提供了许多的工具，下载链接如下 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/ 其中genePredToGtf就是把genepred格式转换为gtf格式的工具
UCSC xena如何下载TCGA临床数据...生信自学网 UCSC xena数据库对TCGA临床数据进行了整理，如果需要TCGA肿瘤全部的临床信息，可以通过UCSC xena网站进行下载。...以下是详细的步骤： 1.打开浏览器，复制网址: https://xena.ucsc.edu/，进入UCSC xena主页。 2....进入UCSC xena主页后，点击下图的”Launch Xena”按钮。 01.png 3. 然后点击下图“DATA SETS”按钮。 02.png 4.
轨道基本操作 UCSC Genome Browser 是以轨道为单位来展示不同基因组信息的。其中每一个轨道也可以设置展示信息的复杂性。...在UCSC Genome Browser当中一共包括了5种不同的展示：hide、dense、squise、pack以及full。...在不同的轨道之间，可以通过拖拽的方式进行排序 UCSC Genome Browser使用 UCSC Genome Browser主要分成两个主要部分，一部分就是上面介绍的可视化部分。...在UCSC 当中集成了[[ENCODE-转录调控必知数据库]]数据库当中的测序数据。所以就可以展示里面的测序结果。 点击ENCODE Regulation可以设置要展示哪些ENCODE的数据。...以上就是关于UCSC Genome Browser的基本内容了。主要还是介绍了一下如何查看基因组浏览器以及在UCSC 怎么进行轨道的设定。其中只是以ENCODE数据距离。
这就靠今天介绍的UCSC XENA来实现了。 首先说下UCSC，对于生物、医学的研究者来说，并不陌生，无论是这个学校还是这个网站。...也可以在本地安装UCSC基因组浏览器，用于测序数据可视化 （三） - UCSC genomebrowser。 然后就是隆重出场的UCSC Xena了。...好在变化不是特别大，之前ICGC数据库的使用和TCGA数据库在线使用都还可以用。...数据库的使用主要靠自己去多操作，仔细读，多看文档，不要想着一下就可以找到想要的内容，尤其是刚接触时，就当看小说，多浏览几页，就知道都有什么了。...在熟悉了几个基本操作，几种常见的数据类型和展示方式之后，数据库再怎么改版也一样操作了。 XENA提供的这个视频对熟悉XENA的使用提供了很多帮助，剩下的就看你要解决什么问题了。 ? ?
UCSC（University of California Santa Cruz）作为生物领域里常用的数据库之一，整合了各大数据库的基因注释、基因表达、调控、变异等等各种基因组数据信息，不仅可以可视化浏览和数据挖掘...，还能下载用于生信分析的fasta、GTF或BED文件和比较作图，听到这里，研究转录调控并且手里有感兴趣基因的老师是不是想问：这个数据库能找到可能调控我的目标基因的转录因子吗？...过程是不是非常简单，但是要注意哦，这里只是列明ENCOOD数据库中不同样本在该基因序列上不同转录因子结合位点，自己实验样本中转录因子的实际结合情况还得做实验验证。...结果示例： 其实，除了调控信息，UCSC中还有表达、变异等等关于基因组的很多信息，感兴趣的小伙伴赶紧来自己动手尝试一下吧~
一、配置参数 UCSC基因组浏览器：传送门 1、点击配置 ? 2、进入配置页面： 点击刚刚运行的文件 BedGraph Format ? 2、轨迹配置页面 ?...三、常用文件 bigwig 文件绘制轨道 1、加入自定义轨道：https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgCustom track type=bigWig name="Example...One" description="A bigWig file" bigDataUrl=http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/examples/bigWigExample.bw...wig 文件绘制轨道 1、下载数据： wiggle 文件：http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/examples/wigVarStepExample.gz chrom.sizes...文件：http://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/hg19.chrom.sizes 2、运行命令： wigToBigWig wigVarStepExample.gz
设置数据库配置文件 进入/var/www/gw/cgi-bin/目录，建立hg.conf文件并写入下列内容 db.host=localhost db.user=gw db.password=qazplm_gw...这时就应该能够访问了，成功的标志就是访问http://localhost/gw会看到UCSC常见的页面。 ---- 加载UCSC浏览器所需数据库内容 1....安装hgcentral数据库内容 wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/hgcentral.sql mysql -uroot -proot_passwd -...获取相关物种信息数据库 # 鉴于物种信息数据库比较大，可以在数据盘新建目录用于存储 #change datadir to /home/mysql /etc/init.d/mysql stop vim /...etc/mysql/my.cnf #下载数据库 rsync -avzP rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/mysql/mm10/chromInfo.MYD /home/
UCSC 在线基因组浏览器也可用来查看基因组数据，并且其上收集了ENCODE数据，重复序列数据，物种保守信息数据，MOTIF分布等信息，对于我们在公共数据中在线查看特定区域和基因的表达、修饰、保守性情况有很大的便利...相比于其它基因组浏览器，UCSC genomebrowser的一个特色是可以展示Track overlay，即把多个Track堆叠到一起，从而直观的看到峰的高和第，比如把ChIP的数据和Input的数据叠在一起...另外，在UCSC genomebrowser中进行的操作都会保存在当前的URL （浏览器中输入网址信息的输入框中的文本）中，可以分享给别人打开查看。...UCSC genomebrowser可以导出当前展示Track的PDF文件，方便后期使用矢量图编辑软件进行编辑，操作如下： ?...具体Trackhub的配置和UCSC genomebrowser的本地安装见原文链接http://blog.genesino.com/2013/04/install-ucsc-locally/。
TxDb.Drerio.UCSC.danRer10.refGene TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene TxDb.Celegans.UCSC.ce11.refGene...数据库来源可以是UCSC和BioMart。 基因类型的规律就是knownGene和ensGene。 实际上，bioconductor的这些注释包，就是把其它数据库资源包装了一下。...kegg数据库的物种列表 见：https://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list4.html Homo sapiens 9606 Pan troglodytes...其中人类是Homo sapiens，后面的9606是NCBI数据库给的一个物种唯一ID。...所有的数据库，应该是说绝大部分知识点，都是有规律的， 所以虽然说我在生信技能树所写的1.3万篇教程是人类研究领域的， 但是其实可以比较方便的迁移到大家自己的领域。
前面我们介绍了MSKCC和Broad研究所的网页工具可以帮助我们探索TCGA数据库的多个癌症的多组学数据，见： 通过R包cgdsr链接cbioportal来探索TCGA等公共数据 通过R包RTCGAToolbox...链接FireBrowse来探索TCGA等公共数据 类似的机构其实还是 MD Anderson Cancer Center 和 UCSC，其中UCSC的XENA浏览器就把TCGA等公共数据整理的工工整整。...而UCSC的XENA浏览器来探索TCGA等公共数据对应的R包稍微有一点点不一样，它并不是官方团队开发的，而是在华语生物信息学知识整理圈子小有名气的长期主义者：王诗翔。那我们一起来看看这个包吧。
上面的是最常见的5个细分数据库，对我们生信工程师来说还包括SRA等数据库也需要熟练使用。...同样齐全的UCSC系列工具 UCSC（University of California, Santa Cruz）提供了一系列生物信息学工具和数据库，其中一些是基于网页的工具。...UCSC Genome Browser: 用途：UCSC Genome Browser 允许用户查看和分析基因组序列信息。...Table Browser: 用途：Table Browser 允许用户从 UCSC 数据库中检索和下载数据。...UCSC BLAT: 用途：UCSC BLAT 用于在基因组中快速比对用户提供的序列。 使用方法： 在网页上访问 UCSC BLAT：UCSC BLAT 选择目标基因组。
UCSC Xena是一个癌症基因组学数据分析平台，支持对癌症样本的多种组学数据进行可视化和分析,网址如下 https://xenabrowser.net/ 该平台内置了一些公共数据集，比如来自TCGA,
GtRNAdb收录了不同物种的tRNA序列信息，这些tRNA都是通过tRNAscan-SE 2.0软件预测得到，官网如下 http://gtrnadb.ucsc.edu/ 最新版本收录了超过4300个物种的...检索功能 支持通过物种进行检索，根据进化关系，筛选感兴趣的物种，链接如下 http://gtrnadb.ucsc.edu/browse.html ? 点击三角符号展开，然后筛选相应的次级分类即可。...以hg38为例，检索结果链接如下 http://gtrnadb.ucsc.edu/genomes/eukaryota/Hsapi38/ 通过左侧的菜单栏，可以详细查看对应的信息。...2. blast 比对功能 通过比对tRNA数据库，确定输入序列类型，链接如下 http://gtrnadb.ucsc.edu/blast.html ?...对于数据库中已知的物种，建议直接利用数据库中的序列就好；对于数据库中没有的物种，再直接用tRNAscan-SE 进行预测。
今天给大家介绍一个R语言中的数据对象TxDb,此对象可以完美支持sqlite数据库导入，并且减少了检索的耗时，主要用来存储大量的基因信息数据。...此包可以操作sqlite数据库，并将其转化为TxDb数据对象。...至此TxDb数据就通过sqlite数据库文件构建好了。...同时包还带了对一些数据库的直接构建TxDb数据对象的函数：makeTxDbFromUCSC，makeTxDbFromBiomart， makeTxDbFromGFF。...#载入数据 library(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)txdb <-TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene #数据信息描述seqinfo
作者这里使用了两个数据库来观察其差异情况。其中一个是TCGA的数据，这里通过GEPIA数据库直接查询的(关于这个数据库的使用，可以查看我们之前两期的介绍：GEPIA介绍一，GEPIA介绍二)。...另外一个使用的是Rembrandt数据库。这个数据库也是一个在线查询即可的，这个数据库是一个专门的脑部肿瘤的数据库。所以研究脑肿瘤的可以了解一下。 ? 进一步作者分析了基因的表达和甲基化的关系。...但是明显文章当中的图片就是来自于UCSC XENA的?。通过分析，作者发现基因的表达和甲基化相关(如果想要了解UCSC XNEA可以看这个帖子哦：UCSC XENA基本介绍；进阶介绍)。 ?...关于这个部分，应该也是用UCSC XENA做的。 ? 2. ALR9基因表达和临床参数的关系 为了说明ALR9基因表达和胶质瘤临床参数的关系。...作者使用TCGA数据库下载了相关的临床数据，利用GraphPad来对数据进行了分析。关于数据的下载，在UCSC XENA上面可以直接下载，其实同时也可以在线分析的。 ? 3.
不同版本对应关系 hg19，GRCH37和Ensembl75是三种国际生物信息学数据库资源收集存储单位，即NCBI，UCSC和ENSEMBL各自发布的基因组信息。...hg系列，hg18/19/38来自UCSC，也是目前使用频率最高的基因组。从出道至今我就只看过hg19了，但是建议大家都转为hg38，因为它是目前的最新版本。...Navigate to http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables2....UCSC基因组下载 UCSC里面下载非常方便，只需要根据基因组简称来拼接url： http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gzhttp...://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm9/bigZips/chromFa.tar.gzhttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath
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