UMAP projection 那么，UMAP带来了什么？最重要的是，UMAP速度很快，在数据集大小和维度方面都可以很好地扩展。...此外，UMAP倾向于更好地保留数据的全局结构。这可以归因于UMAP强大的理论基础，使得算法能够更好地在强调局部结构与全局结构之间取得平衡。 1....UMAP vs t-SNE 在深入探讨UMAP背后的理论之前，让我们看一下它在现实世界的高维数据上的表现。...它有效地控制UMAP如何平衡局部结构与全局结构 ：较小的值将通过限制在分析高维数据时考虑的相邻点的数量来推动UMAP更多地关注局部结构，而较大的值将推动UMAP代表全局结构，同时失去了细节。...UMAP vs t-SNE 2.0 与t-SNE相比，UMAP的输出最大的区别在于局部结构和全局结构之间的平衡，UMAP 通常更擅长在最终投影中保留全局结构。
分享是一种态度 最近在画UMAP的时候发现有的时候细胞亚群的注释与点重合颜色上不是很搭配，同事提出让注释“支棱”起来，首先想到的是ggforce中的geom_mark_ellipse，实践中遇到一些问题...library(ggforce) ##InstallData("pbmc3k") data("pbmc3k") points <- data.frame(pbmc3k.final@reductions$umap..._1, y=UMAP_2, label=cluster, col=cluster), inherit.aes = F) + NoLegend() 版本一...对每一个cluster计算一个尽量小的置信椭圆 用置信椭圆上的点来画geom_mark_ellipse points <- data.frame(pbmc3k.final@reductions$umap..._1", two="UMAP_2") DimPlot(pbmc3k.final) + geom_mark_ellipse(data=ell, aes(x=X1, y=X2, label=cluster
此外，UMAP倾向于更好地保留数据的全局结构。这可以归因于UMAP强大的理论基础，使得算法能够更好地在强调局部结构与全局结构之间取得平衡。1....UMAP vs t-SNE在深入探讨UMAP背后的理论之前，让我们看一下它在现实世界的高维数据上的表现。...UMAP根据到每个点的第 n 个最近邻点的距离在本地选择半径来克服这个困难。UMAP然后通过随着半径的增长降低连接的可能性来使图形fuzzy。...它有效地控制UMAP如何平衡局部结构与全局结构 ：较小的值将通过限制在分析高维数据时考虑的相邻点的数量来推动UMAP更多地关注局部结构，而较大的值将推动UMAP代表全局结构，同时失去了细节。...UMAP vs t-SNE 2.0与t-SNE相比，UMAP的输出最大的区别在于局部结构和全局结构之间的平衡，UMAP 通常更擅长在最终投影中保留全局结构。
【不是说函数的复杂性，而在于运行之前还需要自己准备数据】 基于UMAP插件 总的来说，还不如直接用flowjo的插件：https://www.flowjo.com/exchange/ 下载以后，把jar...然后，打开flowjo软件， 如果到第5步说明已经成功装好了UMAP插件~ 如果仍不显示的话，重启一下flowjo，实在不行，重启电脑i~ o(￣▽￣)ブ ⬆这是未设门之前的umap图，在设门以后基本上就和我们用单细胞数据注释过的...umap差不多啦。
接下来我么看下在R语言是如何实现UMAP的算法的。首先就是安装umap包，具体的就是install.packages(“umap”)。...然后是其主要的函数，在包中只有三个函数：umap.defaults，predict, umap。 首先，我们看下umap.defaults，这就是模型的配置函数了。它有有一个默认的配置列表： ?...umap_learn_args：这个参数就牛了，他可以调用python基于umap-learn训练好的参数。 那么介绍这么参数，怎么取自定义呢。...我们再看下核心训练函数umap。 ? 其中主要的就是method参数，有两个：naïve纯R语言编写；umap-learn需要调用python包。...summary iris.umap head(iris.umap$layout)#获取数据矩阵 ?
在进行UMAP可视化时，经常使用scanpy.pl.umap()来进行可视化，但是有时不能画出我们想要的结果，这时应该怎么办呢？...我们通过实例数据集进行演示，代码如下： import scanpy as sc #读取实例数据集 data=sc.datasets.pbmc68k_reduced() #umap可视化 sc.pl.umap...(data,color='louvain') 可视化结果： 1.为每个细胞亚群指定特定颜色 代码如下： sc.pl.umap(data,color='louvain',palette={'0':"#FF0000...#00FFFF",'8':"#00C2FF", '9':"#0047FF", '10':"#AD00FF"}) 可视化结果： 2.为每个细胞亚群进行美化 代码如下： sc.pl.umap...color_map='winter',add_outline=True) 可视化结果： 7.查看指定某种细胞类型在亚群中的密集度 代码如下： sc.pl.embedding_density(data,key='umap_density_bulk_labels
ldat <- ReadVelocity(file = test.loom") emat <- ldat$spliced nmat <- ldat$unspliced 2.提取原有的用seurat做的UMAP...emb umap@cell.embeddings # Estimate the cell-cell distances cell.dist umap@cell.embeddings))) 3.将RNA velocity的细胞的名字改成原有的seurat...fit.quantile=fit.quantile, n.cores=24) 5.提取原seurat对象的UMAP...<- as.list(ggplot_build(gg)$data[[1]]$colour) names(colors) <- rownames(emb) 6.将velocity画在原有的seurat的UMAP
其实在教程：为什么CD4阳性T细胞并不是表达CD4最多的，分享过这个技巧，不过标题不够醒目，所以大家很难记忆它，换个马甲再来一次， 这次很明确的告诉你是在在umap图上面叠加基因表达量。...就是为了回答交流群小伙伴的提问： 这个umap里面，叠加了FeaturePlot看一个基因表达信息。...",label = TRUE) unique(Idents(sce)) sce$celltype = Idents(sce) # 2.单细胞分析基本流程 ---- # 主要是拿到 tSNE和Umap...',label = T,repel = T, group.by = 'celltype') pos=sce.all@reductions$umap@cell.embeddings...pos=pos[sce.all@assays$RNA@counts[gene,]>1,] head(pos) p1+geom_point(aes(x=UMAP_1,y=UMAP_2),
UMAP是一个开源的Python库，可以帮助可视化降维。 在本文中，我们将探讨UMAP提供的一些功能。 让我们开始… 安装所需的库 我们将首先使用pip安装UMAP库。...pip install umap-learn 进口所需的库 在这一步中，我们将导入加载数据集和可视化降维所需的库。...import umap from sklearn.preprocessing import StandardScaler import matplotlib.pyplot as plt import...penguins = penguins.dropna() penguins.species_short.value_counts() reducer = umap.UMAP() penguin_data...projection of the Penguin dataset', fontsize=24) 只需要以上几步，我们就可以绘制出降维的图形，也可以尝试使用不同的数据集进行降维并使用UMAP绘图。
(UMAP) 如何工作的？ 分析 UMAP 名称 让我们从剖析 UMAP 名称开始，这将使我们对算法应该做什么有一个大致的了解。...上面对算法的描述可能会对我们理解它的原理有一点帮助，但是对于UMAP是如何实现的仍然没有说清楚。为了回答“如何”的问题，让我们分析UMAP执行的各个步骤。...UMAP的工作现在完成了，我们得到了一个数组，其中包含了指定的低维空间中每个数据点的坐标。 Python中使用UMAP 上面我们已经介绍UMAP的知识点，现在我们在Python中进行实践。...我们将使用 UMAP 将维数从 64 降到 3。我已经列出了 UMAP 中可用的每个超参数，并简要说明了它们的作用。...监督的UMAP 正如本文开头所提到的，我们还可以以监督的方式使用UMAP来帮助减少数据的维数。
在跟SCI学umap图| ggplot2 绘制umap图，坐标位置 ，颜色 ，大小还不是你说了算 介绍过DimPlot的一些调整方法，本次再介绍一种更惊艳的umap图。...single-cell transcriptomic response of murine diabetic kidney disease to therapies 文献中有一张主图中绘制的细胞大群及亚群的umap...二 plot1cell 函数 1，绘制大群umap图 首先使用prepare_circlize_data函数得到绘图信息，然后plot_circlize函数可以直接绘制umap主图 并把单独的celltype...circ_data, group = "orig.ident", colors = rep_colors, track_num = 3) 到这里就完成了主图umap...三 添加细胞亚型umap 至于最后一点，其实可以用将AI / PS等工具将各个亚型小图的umap PS弄上去，但是这里还是给出使用代码的方式。
它拥有第一版所支持的所有功能： umap2emulate：USB设备枚举 umap2scan：用于设备支持的USBhost扫描 umap2detect：USBhost操作系统检测（尚未实现） umap2fuzz...目前是使用pip进行安装： $ pipinstall git+https://github.com/nccgroup/umap2.git#egg=umap2 附属功能 Umap2的附属功能列在setup.py...文件中，并且会与Umap2一起安装。...$ umap2emulate -P fd:/dev/ttyUSB0 -C ~/my_mass_storage.py 将来会有一个详细的添加设备的指南，同时，用户可以在umap2/dev/目录下查看umap2...中启动kitty fuzzer，并提供第一阶段生成的stages： $ umap2kitty -s keyboard.stages 3、开启fuzz模式的umap2键盘仿真 $ umap2fuzz -P
所以想着下载作者提供的单细胞表达量矩阵自己走一遍流程使用umap可视化看看。...我们直接看看默认命名后的结果： 我自己觉得，我们复现后的降维聚类分群结果，理论上比文章的好看一点，这就是我先表达的结论：umap的单细胞可视化效果比tSNE好 不知道你是否认同呢？
p4 <- p3 + geom_segment(aes(x = min(umap$UMAP_1) , y = min(umap$UMAP_2) , xend...xend = min(umap$UMAP_1) , yend = min(umap$UMAP_2) + 3), colour = "black", size=1,arrow...= arrow(length = unit(0.3,"cm"))) + annotate("text", x = min(umap$UMAP_1) +1.5, y = min(umap$UMAP_...= min(umap$UMAP_1) -1, y = min(umap$UMAP_2) + 1.5, label = "UMAP_2", color="black",size =...umap %>% group_by(cell_type) %>% summarise( UMAP_1 = median(UMAP_1), UMAP_2 = median(
查询的结果与文档片空间息息相关，所以可以使用像UMAP这样的可视化方法，将高维嵌入减少到更易于展示的2D进行可视化。
我们的图虽然丑爆了，但是只需要它的降维聚类分群后的单细胞亚群的生物学名字是ok的，就不怕，因为我们做单细胞转录组数据分析的核心是给每个细胞一个合理的身份，而不是“屎上雕花”让这个umap或者tSNE图多好看
我们生信技能树的单细胞月更群里面经常看到小伙伴提出的图片美化需求，这就来看看单细胞umap美化工具吧！...坐标数据 dat umap") head(dat) # umap_1 umap_2 # SC67mf2_AAACCTGAGAGTAATC..._1, y = umap_2)) + geom_pointdensity() + scale_color_viridis() 当然，它还可以展示marker特征基因表达： # 提取umap坐标以及特征基因表达...df umap_1", "umap_2", "CD3D"), layer = "data") head(df)...# umap_1 umap_2 CD3D # SC67mf2_AAACCTGAGAGTAATC -3.541568 5.127461 0.000000 # SC67mf2_AAACCTGAGCGCTTAT
例如，UMAP可以在3min之内处理完784维，70000点的MNIST数据集，但是t-SNE则需要45min。此外，UMAP倾向于更好地保留数据的全局结构，这可以归因于UMAP强大的理论基础。...简单比较UMAP与t-SNE 下图是UMAP和t-SNE对一套784维Fashion MNIST高维数据集降维到3维的效果的比较。...UMAP参数 UMAP中两个最常用的参数：n_neighbors 和min_dist，它们可有效地用于控制最终结果中局部结构和全局结构之间的平衡。 ?...它有效地控制了UMAP局部结构与全局结构的平衡，数据较小时，UMAP会更加关注局部结构，数据较大时，UMAP会趋向于代表大图结构，丢掉一些细节。 第二个参数是min_dist，点之间的最小距离。...UMAP无法分离两个嵌套的群集，尤其是在维数较高时。 ? UMAP在初始图形构造中局部距离的使用可以解释该算法无法处理情况的原因。
本文介绍三种常用降维方法 PCA、t-sne、Umap 的 Python 实现。 数据集 提取游戏音频 5.7W 段，提取声音指纹特征，放在 fea.json 文件中用于测试。...tsne.fit_transform(np.array(fea_list))plt.scatter(new_data[:, 0], new_data[:, 1])plt.show()pass 测试效果 Umap...UMAP（Uniform Manifold Approximation and Projection for Dimension Reduction，一致的流形逼近和投影以进行降维）。...一致的流形近似和投影（UMAP）是一种降维技术，类似于t-SNE，可用于可视化，但也可用于一般的非线性降维。...mt.json_load('fea.json')fea_list = list(fea_info.values())data = scaler.fit_transform(fea_list)reducer = umap.UMAP
收到一个有意思的求助，希望可以把各个单细胞亚群的差异基因数量投射到umap图 ，如下所示： 各个单细胞亚群的差异基因数量投射到umap图 我简单读了一下文章，其实就降维聚类分群后，每个单细胞亚群在两个分组简单的做一下差异分析...，有多少个单细胞亚群就做多少次差异分析，差异分析的上下调基因数量就是umap图里面的每个细胞的颜色情况。...我们把每个单细胞亚群的标记基因数量投射到umap图也是可以的： > as.data.frame(table(sce.markers$cluster)) Var1 Freq 1 Naive...),2] library(patchwork) DimPlot(sce,label = T)+FeaturePlot(sce,'NofDEGs') 如下所示： 把每个单细胞亚群的标记基因数量投射到umap
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