因为嫌麻烦,所以一直使用的是简化版mutect2流程,其实就一个命令: time $GATK --java-options "-Xmx10G -Djava.io.tmpdir=./" Mutect2 -R $reference \ -I $tumor_bam -tumor $(basename "$tumor_bam" _recal.bam) \ -I $normal_bam -normal $(basename "$normal_bam" _recal.bam) \ -O ${sample}_mut
之前写了点Asp.Net MVC的概念,没有实际上系统的介绍Asp.Net MVC开发方式与WebFrom 开发方式的区别。昨晚上看了访问自己blog的入口的搜索关键词大部分是冲着MVC来的,就有了冲动将自己浅薄的知识写在这里,供初学者有个浅显的认识。欢迎高手拍砖指导,希望能把一篇入门的文章写的尽善尽美。
在上一篇文章Asp.Net MVC3 简单入门第一季(一)环境准备中我简单介绍了Asp.Net MVC3项目的安装和第一个Asp.Net MVC3项目的基本情况。没有详细介绍项目中各个文件夹的作用,以及创建的第一个页面是怎样运行起来的?还有好多的疑问,那在这篇文章中我们将详细介绍项目中各个文件夹的作用,并真的第一个项目我们简要介绍一下Asp.Net MVC的URL驱动的是怎么回事。
前言 上一篇讲过get请求的参数都在url里,post请求相对于get请求多了个body部分,本篇就详细讲解下body部分参数的几种形式。 一、body数据类型 常见的post提交数据类型有四种: 1.第一种:application/json:这是最常见的json格式,也是非常友好的深受小伙伴喜欢的一种,如下 {"input1":"xxx","input2":"ooo","remember":false} 2.第二种:application/x-www-form-urlencoded:浏览器的原生
ANNOVAR是由王凯老师编写的一款用于SNP等变异位点注释的软件 (2),在注释软件(Annovar, SnpEff, VEP-Variant Effect Predictor)中相对引用较高。ANNOVAR能够利用最新的数据来分析各种基因组中的遗传变异。 给定一个包含染色体,起点,终点,参考核苷酸与检测核苷酸序列, ANNOVAR可以进行如下的功能注释:
ANNOVAR 是一款变异位点注释软件,提供了多方位的注释功能,支持多个物种,是最受欢迎的注释软件之一。
拿到测序数据,通过GATK等其他分析软件找到突变位点后,我们最想知道的就是这个位点存在于哪个基因?是有义突变还是无义突变?是否引起了编码氨基酸的变化?它在人群中的频率是多少?如果是做疾病研究的话,我们也很想知道这个位点的突变是否是有害突变等很多问题。没关系,这些问题annovar软件都可以帮你解答,下面我将详细介绍下annovar软件的下载,安装以及具体使用方法。
很久没更新了,今天写点关于Asp.Net MVC的PipeLine。首先我们确认一点,Asp.Net WebFrom和Asp.Net MVC是在.Net平台下的两种web开发方式。其实他们都是基于Asp.Net Core的不同表现而已。看下面一张图,我们就能理解了WebForm和Asp.Net MVC的一个关系了。
Annovar是一款对基因组数据进行注释的软件。所谓注释,可以这样简单理解:我们知道二代测序下机后的序列经过比对后,会得到一系列变异数据,这些变异数据只是告诉我们在基因组的某个位置发生了一段序列的改变,至于这个改变会不会影响生物学功能,我们并不清楚。而注释就是将基因组的序列变异数据转化为我们更关心的生物学功能变化的信息。
前面我们在AgileEAS.NET之插件接口IModule和AgileEAS.NET之插件运行容器中对模块插件和运行容器都做了介绍,本文我们介绍AgileEAS.NET平台对模块插件的集成。 我们知道AgileEAS.NET平台所依赖的基本思路是,各模块插件独立并行开发,然后通过资源管理平台进行总装集成,关于资源管理平台呢,我以理解为基于某种运行容器支持的一组基础管理应用,功能包括:模块插件的安装、组织和管理,管理系统账户和角色,提供一致的权限管理系统,以及相关的配置类工具。
webfrom 在当年出来的时候非常流行,对于开发也是个非常好的主意,开发起来速度特别快。但是随着时间的推移,在webform之后 提出了更好的框架,ASP.net MVC 而且更新
前面我们在AgileEAS.NET之插件接口IModule和AgileEAS.NET之插件运行容器中对模块插件和运行容器都做了介绍,我们知道,在运行容器中,我们要基于模块插件并结合账户/角色进行权限判定,在系统账户登录之后,导航动态加载账户所具有执行权限的模块。 AgileEAS.NET平台的权限系统参考了Windows系统的权限管理系统ACL(访问控制列表),AgileEAS.NET平台建立了基于模块插件与账户/角色组合的访问控制列表,对模块访问权限进行统一的管理和验证。 Agil
人类基因组测序数据分析得到的变异位点,如 SNV、INDEL 等,只是给出了位点信息,不便于解读。需要经过注释。注释主要包括基因定位、人群频率计算、进化保守性预测、蛋白功能影响预测等分析,才能用于遗传分析和解读。
ASP.NET MVC Route—转发请求: 1.客户端发起请求 2.到达IIS 3.转发到程序集 4.经过一个路由匹配–转发到匹配的控制器中 5.匹配的action去处理
上一篇AgileEAS.NET之插件接口IModule中我们介绍了EAS.NET模块插件契约,在本文我们将介绍一下调用插件的运行容器,即平台。 废话不说了,下面我贴出传统WinFo
using System; using System.Collections.Generic; using System.Linq; using System.Web; using System.IO; using System.Threading; namespace ProjectWenDangManage.Framework { /// /// HTTP文件下载辅助类 /// public class HttpDownLoad
技术栈跳来跳去,最后还是选择回归最初。从Asp.Net的WebFrom到PHP到Python的Django,最后还时回到了最熟悉的.net平台。三层之前只做过些许了解,这次便不再去看他,直接从MVC开
本教程将使用Visual Studio 2013手把手教你实现webform动态页面的伪静态。本教程配套的C#源码工程可通过我的github下载。地址:https://github.com/shellcheng/ReWirteWebform
不过,那个时候遗传背景知识不够,其实并没有很好的理解它,现在有机会重新学习一下,可以使用以下代码下载并且注释到clinvar数据库
Asp.net Webform 使用Repository模式实现CRUD操作代码生成工具 介绍 该工具是通过一个github上的开源项目修改的原始作者https://github.com/Superexpert/WebFormsScaffolding 我在他的基础上添加了一对多实体类的新增,修改,删除操作,并实现了Repository设计模式,修改了一些页面布局,添加了一些DynamicData动态字段,我的开源项目地址https://github.com/neozhu/WebFormsScaffoldin
通过基因相关注释,可以知道变异位点在基因组上的位置和对蛋白质编码的影响。在进行注释之前,首先需要下载物种对应的数据库,以human为例,命令如下
这次耗费15个小时系统性的回顾了该软件,希望可以做到教学上的最佳教程。虽然其它杂七杂八中文教程没有看的必要性,但是其英文文档是需要反复读的。
1 ,视图职责是向用户提供界面,当控制器针对被请求的URL执行完合适的逻辑后,就将要显示的内容委托给视图。
直播我的基因组前面的上游分析到此为止了,这里是一个分界线,经过孜孜不倦的探索挖掘我已经拿到了我个人基因组跟hg19参考基因组的全部差异位点,而且可以肯定方法学上面没有毛病。现在到了解释这些差异位点的时候,或者说是注释它们。 754755 indel.vcf3784343 snp.vcf 三百多万的snp和近100万的indel仍然是天文数字,前面我多次强调人类的hg19参考基因组并不意味着都是好的,我的DNA跟参考基因组不一样反而是好事,而且更多的位点,仅仅是多态性而已,那么我们就应该在数据分析的过程中把
开发环境是Vs 2012 Framework 4.0 源码和制作工具在文章最下边 一. ActiveX控件Demo 新建一个Window窗体控件库项目 在自动生成的UserControl1页面上添加
使用MiniProfiler调试ASP.NET MVC网站性能,MiniProfiler可以很好的处理网站后端每个处理时间的事件,但是MiniProfiler是无法远程做监测的动作,MiniProfiler只能够监测本地端的动作,所以MiniProfier比较适合开发期间使用。 在开发ASP.NET WebFrom时,如果想要追踪每个页面的执行状况与效能的话,其实是可以使用“Trace”功能,如此一来就可以在每个页面的下方显示页面执行时的完整详细信息,包括前端传送的Http Request、所有的Sessi
学习接口测试必学http协议,如果直接先讲协议,我估计小伙伴们更懵,为了更好的理解协议,先从抓包开始。 结合抓包工具讲http协议更容易学一些。
本系列主要翻译自《ASP.NET MVC Interview Questions and Answers 》- By Shailendra Chauhan,想看英文原版的可访问http://www.dotnettricks.com/free-ebooks自行下载。该书主要分为两部分,ASP.NET MVC 5、ASP.NET WEB API2。本书最大的特点是以面试问答的形式进行展开。通读此书,会帮助你对ASP.NET MVC有更深层次的理解。 由于个人技术水平和英文水平也是有限的,因此错误在所难免,希
首先我们知道http是一种无状态的请求,他的生命周期就是从客户端浏览器发出请求开始,到得到响应结束。那么MVC应用程序从发出请求到获得响应,都做了些什么呢?
首先我们知道http是一种无状态的请求,他的生命周期就是从客户端浏览器发出请求开始,到得到响应结束。那么MVC应用程序从发出请求到获得响应,都做了些什么呢? 本文我们会详细讨论MVC应用程序一个请求的生命周期,从一个控件到另一个控件是怎样被处理的。我们还会详细介绍一下整个请求的生命周期中,用到的相关组件。因为在平常的开发过程中,我们可能知道怎样去使用MVC框架来处理相关的请求,大部分的时候我们只是在controller和action方法之间做相关的处理,对于真正内在的运行机制可能不是很了解。
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