从GDC下载TCGA肿瘤数据库的数据

我们之前演示了如何在自己有数据的情况下，借用别人的代码画图。

虽然简单，但是真的需要一点R语言基础技能。要不然再好的教程也是白费。比如这个

看看底下的留言就能判断，这个是干货，是可用的。我还专门录制了一个导学视频，告诉大家如何把这个代码化为己有，但是依然有很多同学，无法流程运行，因为需要一点R语言基础。

这完全比不上另外一个GEO教程，

当时想了很多方法，终于跌跌撞撞地实现了无代码的分析，最终学生们也没有多大疑问，因为基本上没有bug。而两年过后，出现了很多自动分析的网站，但我已经没有动力再去制作无代码教程。

回到今天的主题，作图的前提是要有数据，对于TCGA，已经有很多工具可以使用，但用别人开发的工具，意味着比别人慢一步。每一次，我都会讲最原始，也是最可靠的方法(专门录制了一个25分钟的视频)。

在浏览器中输入TCGA，一般第一个就是我们需要的，网址如下

https://cancergenome.nih.gov/

点击进去，是这个界面：

再点击就进入了TCGA超市

在这里面，通过患者以及样本的选择，就可以选取自己想要的数据。说他是超市，因为他有个购物车。 选好数据后，加入到购物车

购物车里是这个样子的：

最后通过他提供的GDC工具，就可以实现数据下载(我录制了视频演示教程)。

除此以外，还有一个地方可以下载数据，十分便捷。

https://xenabrowser.net/hub/

这里面实际上是个数据库，有很多其他数据，我们点击TCGA hub后是这样的

点击任意肿瘤就进入下载界面，里面有甲基化，CNV，外显子，转录组等，假如下载的是转录组数据就往下翻。

点击进去：

这个数据是已经是整理好的行列式了，在download那里可以直接下载，我要注意的是，这个数据是log化后的，如果想要用Deseq2等接受counts数据的R包分析的话，需要把所有数据都去log化。

因为图片描述起来不方便，我录制了一个的视频，需要的朋友，回复"下载TCGA"即可获得。