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ADAR1基因敲除前后肿瘤免疫微环境单细胞水平变化
细胞亚群注释 可以看到每个亚群的特异性基因的高表达情况： ? min.features = 200) # 去除只有200个一下基因的表达细胞 meat.data <- seob[[]] dim(seob) seob[["sample"]] <- gsub(" 合适的标记基因在各个亚群的表达情况 高表达不同基因的亚群可以根据生物学背景进行命名： ## 将细胞类型信息加到meat.data表中 ## 构建细胞类型向量 # 这个是肉眼看，依据生物学背景 # 所以每次都需要修改 # 一定要自己肉眼看各个标记基因哦！ 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要） 04. 过滤线粒体核糖体基因 05.
94830发布于 2021-04-29 - 来自专栏生信技能树
基因敲除前后的单细胞转录组已经成为了标配了吗
探索一个基因的功能，比如它在不同细胞系的表达量情况，在病人样品表达量情况，是否影响肿瘤的发生发展，转移复发耐药等等，这方面湿实验手段非常多，有： RNA extraction, reverse transcription 为了显得与众不同，目前基因敲除前后的单细胞转录组快渐渐地成为了标配。 单细胞的多组对照设计（例如正常组与给药组）可以为细胞类型水平比较提供以往Bulk RNA-seq分析所不能达到的精度。 Metastases》，也是通过前面的数据分析定位到了SLC2A1这个基因，然后就干扰它，干扰前后看看细胞比例的变化以及表达量的变化： 干扰SLC2A1这个基因 单细胞转录组数据分析里面最基础的往往是降维聚类分群 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要） 04. 过滤线粒体核糖体基因 05. （一些基因的表达量小提琴图，细胞比例条形图），我们就直接看学徒的图表复现吧，代码真的是超级简单。
93930编辑于 2023-02-28 - 来自专栏生信技能树
BRCA1和BRCA2基因敲除小鼠的单细胞转录组
过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要） 04. 过滤线粒体核糖体基因 05. 去除细胞效应和基因效应 06.单细胞转录组数据的降维聚类分群 07.单细胞转录组数据处理之细胞亚群注释 08.把拿到的亚群进行更细致的分群 09.单细胞转录组数据处理之细胞亚群比例比较 文章的第一次分群 并不需要给出具体的细胞亚群生物学命名，仅仅是根据一些关键基因的高低表达很粗暴的二分类而已，这个代码实现起来就太简单了。
1.3K40发布于 2020-12-03 - 来自专栏生信技能树
学徒单细胞作业：敲除Dnmt1基因对小鼠肺部发育的影响
其实本文介绍的就是：敲除Dnmt1基因前后分组的两个单细胞转录组数据分析。 敲除胚胎肺中胚层中的 Dnmt1，发现 Dnmt1 严重影响胚胎脉管系统的发育和中胚层对肺间充质细胞谱系。 当 Dnmt1 在发育后期 (E13.5) 被敲除时，肺正常成熟，突变体幼崽是有活力的，尽管在所有突变体动物出生后 7 天就观察到 Pdgfr-α 肌成纤维细胞的分化减少和肺泡简化。 acc=GSE175640 样本信息 其中Wildtype 为野生型样本，Dnmt1 CKO为 Dnmt1 基因敲除样本，实验材料为小鼠。 数据下载 存放在data目录下： 1. 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要） 04. 过滤线粒体核糖体基因 05.
1.2K30发布于 2021-11-23 - 来自专栏生信技能树
过表达一个基因和敲除它的作用一定是相反的吗
而对基因的干扰，其实有正向和反向两个路线，就是敲除一个基因以及过表达它。以我们朴素的思维来说，这两个完全相反的干扰设计理论上会造成起码是相反的效果！ 先看看下面的两个文章，前者是在非小细胞肺癌里面过表达KIAA0101这个基因，后者是在白血病里面敲除KIAA0101基因 ： 发表在 J Cancer 2020;的文章：《Overexpression 那我们该如何去对比说明过表达一个基因和敲除它的作用一定是相反的吗？ 敲除组相当于对照组，上下调各自基因列表 这个时候你有4个基因列表，如果你做交集 某些基因在两次差异分析都是上调 某些基因在两次差异分析都是下调 某些基因在过表达组是上调，在敲除组是下调 某些基因在过表达组是下调 ，在敲除组是上调 你会如何解释这4种情况的不同基因集？
2K30编辑于 2021-12-10 - 来自专栏新智元
36岁哈佛女学霸敲除猪致病基因，获赞「基因剪刀手」
杨璐菡利用CRISPR-Cas9基因编辑工具攻克这一难题，不仅大大提高了基因编辑效率，还缩短了培育基因改造猪的时间。 正是杨璐菡团队CRISPR-Cas9这一基因敲除技术的贡献，从根本上解决了猪器官移植到人体内可能导致病毒传染的风险。 但是这位女神科学家的研究不仅于此。 研究人员将1只猪内源性逆转录病毒（PERV）敲除，联合3种主要异种抗原基因敲除，以及抑制补体活化、调节凝血紊乱、抗炎抗吞噬的9种人源化基因转入猪（PERV-KO/3-KO/9-TG）作为供体，获取其心脏 研究领域包括基因组测序及数据分析、合成生物学、基因组工程、个人基因组学等。 George Church 教授认为，「编写DNA」包括添加基因、删除基因（或降低基因表达）以及精准编辑，最终能在任何想要的地方，写入想要的基因。 添加基因时，基因能插入到染色体的任何一个位置。
58720编辑于 2022-02-24 - 来自专栏新智元
基因敲除小鼠一只竟值11723 元
「基因敲除小鼠」为何热？ 报道称，一只「基因敲除小鼠」可以卖到11723元，毛利率接近95%。 这位南大高翔教授，可以批量生产实验小鼠，2021年全年创收3.94亿元。 在这份科研项目申报书中，关于小鼠购买的经费预算分出了普通小鼠和「基因敲除小鼠」，一只普通小鼠是25元，而一箱（20只）「基因敲除小鼠」的报价是3000元，也就是说，平均每只「基因敲除小鼠」需要150元， 「基因敲除小鼠」的价格昂贵自有其因，因为敲除每一个小鼠的基因都涉及到一系列「复杂的工程」。 所谓基因敲除，就是用含有一定已知序列的DNA片段，去和受体细胞基因组中序列相同或相近的基因发生同源重组，整合至受体细胞基因组中。 基因敲除之后，可以改变生物的遗传基因，令特定的基因功能丧失作用，从而使部分功能被屏蔽。 直接购买还是划算的，假如你想要自建实验室，自己培养小鼠，并进行基因敲除，这恐怕成本更大。
1.1K30编辑于 2022-04-18 干货分享 | 条件性基因敲除动物模型：你必须了解的 Cre-LoxP 系统 | MedChemExpress (MCE)
在生物医学研究和基因功能探索中，条件性基因敲除技术占据了举足轻重的地位。其中，Cre-LoxP 系统以其独特的工作原理和广泛的应用场景，成为了研究基因功能不可或缺的利器。 Cre-loxP 主要用于基因敲除，但它也会根据 loxP 位点的取向和位置诱导两个 loxP 位点之间的 DNA 反转和易位[1]。 03Cre-loxP 基因敲除小鼠的构建方法1.构建 Flox 小鼠：首先，将 LoxP 序列插入到需要删除 DNA 区域的两端，这一区域通常被称为 flox 区。 这些小鼠在特定组织或细胞中，当 Cre 重组酶表达时，会实现条件性基因敲除[1]。 舔舐油性他莫昔芬悬浮液，梳理或食粪行为可以引起基因敲除。诱导后，需要等待一段时间 (如数小时至数天) 以允许 Cre 重组酶进入细胞核并发挥作用。可以通过分子生物学和遗传学方法验证是否敲除成功。
1.7K10编辑于 2024-10-28- 来自专栏科研菌
父母均为教授的小学生都做肿瘤基因敲除的研究！还只拿了三等奖…
利用高原适应与肿瘤细胞适应的相似性，本项目前期利用遗传学比较分析了高原家养哺乳动物和对应平原物种的基因组和转录组，发现了高原哺乳动物低氧适应受选择的关键突变基因C10orf67，并构建了C10orf67 基因敲除小鼠，通过细胞生物学，生物化学、动物模型、临床样本分析等方面对C10orf67在结直肠癌发生发展中的作用进行解析，发现C10orf67在结直肠癌中高表达，敲低其表达可以显著抑制细胞的增殖，将细胞阻滞在
50520发布于 2020-07-15 - 来自专栏医学数据库百科
KnockTF：转录因子敲除数据库（二）
昨天我们介绍了这个数据库的其中一部分功能 KnockTF：转录因子敲除数据库(一)，今天把这个数据库的其它功能介绍完。 ? 检索功能 这个功能提供了四个选项可以让我们进行检索：基于转录因子、基于目标基因、基于敲除手法、基于组织类型。转录因子检索的结果和我们上述浏览的差不多，所以这里我们就基于目标基因检索来介绍一下。 ? 在这个目标基因这里，我们只需要数据目标基因即可。同时选择差异结果的筛选值，这里可是选择FC = 2/1.5(由于样本量小，所以放宽筛选标准也是可以的)。 ? 点击目标基因的话，则会显示以下几个基因信息： 目标基因的的基本信息：从中可以看到这个基因的基本结构信息以及关于调控这个基因的云图。 ? 在敲减数据集里面目标基因存在差异的具体数据集。 如果我们想要转录因子的敲除/减数据集的话，其实来这里找就行了。其实建议还是Chip-seq的数据和这个敲减的数据一起联合分析，这个找到的结果基本上就是受到这个转录因子调控且影响基因功能的结果了。
1.4K40发布于 2020-06-05 - 来自专栏生命科学
小鼠他莫昔芬Tamoxifen打完多久敲除？「小鼠Tamoxifen给药」攻略 | MCE
在现代分子生物学研究中，条件性基因敲除技术已成为探索特定基因功能的核心手段。 其中，Tamoxifen作为最常用的诱导剂之一，因其高效、可控和组织特异性强等优点，被广泛应用于Cre-loxP系统的激活深入探讨Tamoxifen诱导基因敲除的机制与操作指南一、诱导基因敲除模型致病原理利用 潜在毒性：长时间高水平的Cre活性可能导致潜在毒性，尤其是如果敲除的是关键功能基因或选用纯合子小鼠，可能会导致小鼠死亡。 测序：进一步验证基因编辑的精确性。这些方法可以帮助研究人员确认基因敲除的成功与否，并为进一步的功能研究提供坚实的基础。 通过合理的设计和严格的执行，Tamoxifen诱导的基因敲除技术能够为探索基因功能及其在疾病发生发展中的作用提供强有力的工具。
73310编辑于 2025-10-31 - 来自专栏生信菜鸟团
ChIP分析笔记|| PRJNA1037717 脂肪肝-肿瘤抑制基因Sirt6：文献阅读
Sirt6-LKO mice Sirt6-LKO mice（Sirt6肝特异性敲除小鼠）是一种基因工程小鼠模型，它们在肝脏中特异性敲除了Sirt6基因。 在这些小鼠中，Sirt6基因的两个等位基因中的一个被loxP位点所包围，这种设计允许通过与Cre重组酶的特定组合来敲除Sirt6基因。 这种基因型的动物模型在遗传学研究中非常有用，因为它们提供了一种条件性敲除基因的方法，可以通过引入Cre重组酶在特定的组织或发育阶段敲除目标基因。 ，在Sirt6基因敲除（LKO）小鼠中建立了Serpina12基因敲除模型（图6B），肝脏切片显示，在Sirt6基因敲除（LKO）且Serpina12敲除的组别中，脂滴明显减少（图5B），这表明Serpina12 在出生后第14天给Sirt6基因敲除（Floxed和LKO）小鼠注射了二乙基亚硝胺（DEN），这是一种已知的肝脏致癌物，然后在小鼠长到7个月大时检查癌症的形成（图6C、D），Sirt6基因敲除（Floxed
51410编辑于 2024-11-23 - 来自专栏技术学习
筛出核心基因的下一步
它可实现基因的“精准敲除”“定点敲入”或“点突变”，比如敲除基因后观察表型变化，再通过敲入野生型基因恢复表型（回复实验），彻底排除脱靶效应。 转基因动物（包括敲除/敲入/过表达/条件模型） 原理 通过显微注射将目的基因导入受精卵（过表达），或通过基因打靶敲除目的基因，培育出全身所有细胞均携带该基因修饰的转基因小鼠/大鼠，在整体动物水平观察基因对疾病发生发展的影响 在胚系动物中永久改造基因组，生成： 敲除小鼠（KO） 敲入小鼠（KI） 过表达（transgenic） 条件性敲除（Cre-LoxP） 诱导性表达（如 Tet-on/off） 用于体内研究基因功能、疾病发生机制和治疗靶点价值 可能存在代偿效应，基因敲除后其他基因可能替代其功能，导致表型不显著。 成本高（动模平台费、饲养费）。 如果基因为致死或影响发育，KO 小鼠可能无法获得。 伦理审批复杂。 适用情景 最终机制验证。 ，成本低于转基因动物； 机制终极验证阶段：选择转基因/条件性敲除动物，提供最具说服力的生理水平证据，为论文加分或申请课题提供核心数据。
17610编辑于 2025-12-24 - 来自专栏分析工具
Dependency Map(DepMap)数据库学习
迄今为止，已在超过1000种癌细胞模型中完成了RNA干扰和CRISPR基因敲除筛选。与此同时，采用多重分析方法对数百种细胞模型进行药物敏感性分析。 ，负的代表抑制，正的代表增殖），笔者选择了EGFR这个基因，可以看到敲减这个基因之后大部分的gene effect都是小于0的，中位的gene effect是-1，这也说明了敲减/敲除EGFR后大多数细胞模型的活力减弱 Predictability模块密度曲线呈现了方差最高的前6000个基因的预测准确度分布，其中垂直标记线标示目标基因的预测准确度值，是敲减/敲除EGFR后能成功抑制细胞活性的概率。 本次DepMap数据版本（24Q4）包含新的细胞模型及来自全基因组/外显子测序（拷贝数与突变）、RNA测序（表达与融合）以及全基因组CRISPR敲除筛选的数据。 重要文件1：ScreenGeneEffect.csv该数据包含了1401种细胞模型和18346个基因的数据，同时回顾一下geneEffect，敲减/敲除某个基因之后该值若小于0则抑制增殖活力，如果大于0
1.6K00编辑于 2025-04-02 - 来自专栏生物信息云
这个网站提供了多种数据分析工具——增强子，非编码RNA转录信息等
KnockTF TF敲除/敲除的全面的人类基因表达谱数据库(KnockTF)，该数据库提供了与TF敲除/敲除相关的人类基因表达谱数据集的大量可用资源，并以组织/细胞类型特定的方式注释TF及其目标基因。 当前版本的KnockTF具有570个手动策划的RNA-seq和微阵列数据集，这些数据集与通过不同敲除/敲除技术和跨多种组织/细胞类型而中断的308个TF相关联。 KnockTF不仅提供感兴趣的TF的目标基因的全面基因表达信息，而且收集TF的上游通路信息和下游目标基因的各种功能注释和分析结果，包括GSEA、GO富集、KEGG通路富集、层次聚类分析和差异表达分析。 KnockTF进一步提供了与靶基因的启动子、超级增强子和典型增强子结合的TF的详细信息。此外，还构建了TF差异表达基因网络，并用于对感兴趣的基因集进行网络分析，如子网络定位、拓扑分析和超几何富集。 此外，增强子相关信息得到了实验证据的支持，如RNAi，体外敲除，western blotting，qRT-PCR，荧光素酶报告实验，染色质构象捕获(3C)和染色体构象捕获芯片(4C)分析。
2.3K20发布于 2019-12-13 - 来自专栏医学数据库百科
KnockTF：转录因子敲除数据库(一)
左边主要是数据纳入的基本信息，包括数据来自的数据库、样本种类和转录因子；右边是每个数据集的详细信息，包括数据集ID、涉及转录因子、敲除的方式和实验组织等等 我们可以看到数据库主要纳入了GEO和ENCODE 由于是敲减的表达谱，变化的基因不一定是受到这个转录因子的影响，也可能是这个转录因子影响别的基因进而影响这个基因变化的。 所以为了明确是不是收到这个基因的影响这个数据库也预测了相关基因启动区、超级增强子区、普通增强子区的可能结合的转录因子。 亚网络分析 假如我们有一些基因想要寻找这些基因的共调控关系，就可以用这个功能。我们需要数据目标基因即可。这个功能其实类似于ChEA3数据库。 ? 我们需要做的就是输入一堆目标基因，然后基于knock down的表达谱数据来看我们这些基因是不是这个数据集的差异表达基因。 ? 今天就介绍了这个数据库的两个功能。
2.8K41发布于 2020-06-05 - 来自专栏生信宝典
勤能补拙，过目不忘，提高m6A助力好记性？中科院王秀杰/杨运桂合作最新成果
METTL14或METTL3的小鼠模型，分别揭示了m6A缺失对大脑皮层发育、神经干细胞自我更新以及小脑发育存在显著影响3-5，然而，由于上述工作获得的基因敲除小鼠神经系统发育缺陷，通常在断奶期前后死亡， Mettl3的时空特异敲除 该研究利用CaMKIIα-Cre特异性地在乳鼠的皮层及海马区中敲除Mettl3，系统研究了m6A缺失后对成体神经功能的影响。 与Nestin-Cre （胚胎期特异性地在神经系统敲除，Nestin是神经干细胞的Marker）介导的METTL3/METTL14敲除小鼠的致死表型不同，成体脑中缺失m6A并不影响小鼠的成长、体重、生育能力及大脑结构 相关基因的敲除动物研究表明，缺失早期响应基因会对神经回路长时程增强及小鼠长时记忆形成造成障碍7。 该研究中使用到的Mettl3flox/flox小鼠由中国科学院动物研究所周琪院士提供；小鼠METTL3条件性敲除、敲除动物表型鉴定、行为学分析、神经电生理分析、生物信息学数据分析以及分子机制研究主要由文章的共同第一作者
1.8K20发布于 2018-10-25 - 来自专栏新智元
北大团队成功实现精准删除特定记忆，马斯克脑机接口有望今年人体测试
但是，大脑的构造极为复杂，即使在同一大脑区域，神经元集合在解剖学或功能上也不统一，而是分为不同的亚群，在具有特定连接或功能特征的神经元亚群中，尤其是在大鼠和非人类灵长类动物中，要实现稳定的基因敲除或基因修饰仍然具有挑战性 为了证明自己技术的成功，他们把内侧前额叶皮质的特定神经元亚群的cbp（CREB结合蛋白）基因成功敲除了，并且证明了这项技术对于揭示记忆的神经元和回路基础方面的重要性。 ），在某个神经元亚群中定点敲除它。 他们的验证思路是这样：既然CBP控制记忆形成，如果CBP被定点敲除，那么这个特定神经元亚群所携带的记忆就没有了，这就可以体现在大鼠的行为上。 1.CRISPR-SaCas9技术可以定点敲除基因。但是这个研究敲除的是一组特定神经元上的相关基因。功能特异性敲除应该是指，在所有细胞中，只敲除正在表达特定蛋白质的细胞的特定基因。
70730发布于 2020-04-01 - 来自专栏医学数据库百科
只聚焦一个基因如何进行下一步研究？
寻找直接调控基因 我们要研究一个基因的功能的时候，最常见的就是来做一个这个基因的一个过表达细胞系/敲减（现在可能敲除更流行一些）细胞系，然后和正常表达的细胞系进行比较。 通过转录组测序/基因芯片的方式来寻找进行差异基因，这些差异的基因就是收到目标基因影响的基因了。那?也说了，我啥都没有，只有一个基因名。那肯定是手头没有这种数据的，但是自己手头没有不代表别人没有的。 同样的如果我们之前介绍的KnockTF数据库，也是拿敲除的转录因子和没有敲除的进行比较分析获得的结果。 所以如果研究的是一个转录因子拿仍然可以在KnockTF数据库试一下有没有结果的: KnockTF：转录因子敲除数据库(一); KnockTF：转录因子敲除数据库（二） 寻找间接作用基因 如果说，我们在GEO 如果说这两个基因存在相互作用关系，那这两个基因的表达趋势就很有可能是一致的，所以通过相互相关分析就可以获得两者基因的相关系数，就能明白目标基因和哪些基因存在相互作用关系了。
88321发布于 2020-11-23 - 来自专栏科研菌
只聚焦一个基因如何进行下一步研究？
寻找直接调控基因 我们要研究一个基因的功能的时候，最常见的就是来做一个这个基因的一个过表达细胞系/敲减（现在可能敲除更流行一些）细胞系，然后和正常表达的细胞系进行比较。 通过转录组测序/基因芯片的方式来寻找进行差异基因，这些差异的基因就是收到目标基因影响的基因了。那?也说了，我啥都没有，只有一个基因名。那肯定是手头没有这种数据的，但是自己手头没有不代表别人没有的。 同样的如果我们之前介绍的KnockTF数据库，也是拿敲除的转录因子和没有敲除的进行比较分析获得的结果。 所以如果研究的是一个转录因子拿仍然可以在KnockTF数据库试一下有没有结果的: KnockTF：转录因子敲除数据库(一); KnockTF：转录因子敲除数据库（二） 寻找间接作用基因 如果说，我们在GEO 如果说这两个基因存在相互作用关系，那这两个基因的表达趋势就很有可能是一致的，所以通过相互相关分析就可以获得两者基因的相关系数，就能明白目标基因和哪些基因存在相互作用关系了。
94020发布于 2020-08-24
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