一般，我最先会使用 GEOquery这个包进行下载，代码如下，只需要给出 GEO编号，设置 getGPL = T即可，随便给一个GSE编号：GSE228568

参考网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/rnaseqcounts.html#why

最近需要下载些公共数据，在简书上搜索到了有小伙伴介绍 iseq，测试了下效果不错，可以媲美 KingFisher，虽然还没曾正式发表（预印本），亲测效果不错，推...

确实是一个fpkm格式的表达量矩阵，虽然说geo页面给出来了一下 差异分析的组合，但是没办法替代我们自己想从原始的counts矩阵开始的差异分析需求。

采用的数据集是GSE3292，2005年发表的基于芯片的转录组测序数据，按照常规方法导入即可

Redis GEO Redis GEO 主要用于存储地理位置信息，并对存储的信息进行操作，该功能在 Redis 3.2 版本新增。

在require()函数中，如果直接传递包的名称作为参数，不需要加引号；如果包的名称以字符串形式存储在变量中，则需要使用character.only = TRU...

书接上回，一步步尝试代码复现，然后，我们就来到了Figure 2.I，乍看只是平平无奇的堆叠图嘛，殊不知这是多个外部数据集整理后的对比~

在现代互联网应用中，地理位置数据变得越来越重要，尤其是在地图服务、位置追踪、本地化营销和地理围栏应用中。Redis，作为一款高性能的键值存储数据库，自从3.2版...

GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心创建并维护的基因表达数据库。它收录世界各国研究机构提交的高通量基因表...

#我们下载的GEO的芯片差异分析数据大多情况下已经取过log，如果没去过，要记得计算log（否则会导致logFC值过大）

三周合计15天的数据挖掘授课学员一点一滴整理的授课知识点笔记哦，还有互动练习题哈，欢迎大家点击文末的阅读原文去关注我们学员的公众号哦！

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| rm(list = ls())library(GEOquery)library(AnnoProbe)#先去网页确定是否是表达芯片数据，不是的话不能用本流程。...

提取的转化后的eSet格式为ExpressionSet 可以被Biobase（R包）提取