采用的数据集是GSE3292，2005年发表的基于芯片的转录组测序数据，按照常规方法导入即可

Redis GEO Redis GEO 主要用于存储地理位置信息，并对存储的信息进行操作，该功能在 Redis 3.2 版本新增。

在require()函数中，如果直接传递包的名称作为参数，不需要加引号；如果包的名称以字符串形式存储在变量中，则需要使用character.only = TRU...

书接上回，一步步尝试代码复现，然后，我们就来到了Figure 2.I，乍看只是平平无奇的堆叠图嘛，殊不知这是多个外部数据集整理后的对比~

在现代互联网应用中，地理位置数据变得越来越重要，尤其是在地图服务、位置追踪、本地化营销和地理围栏应用中。Redis，作为一款高性能的键值存储数据库，自从3.2版...

GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心创建并维护的基因表达数据库。它收录世界各国研究机构提交的高通量基因表...

#我们下载的GEO的芯片差异分析数据大多情况下已经取过log，如果没去过，要记得计算log（否则会导致logFC值过大）

三周合计15天的数据挖掘授课学员一点一滴整理的授课知识点笔记哦，还有互动练习题哈，欢迎大家点击文末的阅读原文去关注我们学员的公众号哦！

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| rm(list = ls())library(GEOquery)library(AnnoProbe)#先去网页确定是否是表达芯片数据，不是的话不能用本流程。...

提取的转化后的eSet格式为ExpressionSet 可以被Biobase（R包）提取

单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）的应用使得研究人员能够在更细致的层面上理解这些细胞亚群的异质性和功能。这些信息对于研究胰腺疾病的发病机制、开发新的治疗...

在进行数据挖掘的时候，我们往往会筛选到不止一个符合我们预期的数据集，这些数据集来源于不同的研究人员。这样得到的这些数据集就会存在我们所谓的批次效应，如不同实验...

其中，GSEXXXXXX 是该数据集的 accession number，是一个唯一标识符，用于在 GEO 数据库中检索该数据集的信息。可以通过构建类似这样的 ...

就会发现，matrix.mtx文件里面的33694、2049、1878957数值，分别是细胞数量，基因数量，以及有表达量的值的数量（全部的值应该是33694X2...

但是如果要下载成百上千个文件，最好是使用代码批量下载，而且现在单细胞技术的大行其道，使得表达量矩阵文件本身也会很巨大，比如：https://www.ncbi.n...