AnnoTree：可视化注释大型系统发育树的在线工具

AnnoTree工具在2019年发表在Nucleic Acids Research杂志上，目前已被引用90+。

AnnoTree收集了细菌和古菌在分类/系统发育水平上（基于GTDB数据库）的KEGG和PFAM注释信息。

AnnoTree 1.2版本包括KEGG, PFAM和Tigrfam注释超过27000细菌和1500古细菌基因组。未来的版本将包括其他类型的功能注释，并扩展到真核生物。

主页：http://annotree.uwaterloo.ca/

点击Launch即可进入可视化分析界面：

可以选择在taxonomy, Pfam和KEGG三个层面上进行搜索，并自行设定E value阈值。

如搜索特定的功能，KEGG编号，物种名，基因组等等。

在右上角的Examples中有使用示例。Downloads可以下载整个注释好的数据库。

应用：

以nifH基因为例，结果中包含各种分类等级物种中包含nifH的物种（蓝色Highlight）。

进化树左边可以对图形展示进行设置（展示细菌还是古菌，字体大小等），右边可以设置输出格式（SVG，Newick，搜索到的所有结果）。

右边的summary汇总了不同等级中具有该功能物种的比例。

Reference：

Mendler K, Chen H, Parks DH, Hug LA, Doxey AC. (2019) AnnoTree: visualization and exploration of a functionally annotated microbial tree of life. Nucleic Acids Research 47:4442-4448; doi: http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkz246