转录组数据下游分析神器~3DRNAseq

论文

3D RNA-seq: a powerful and flexible tool for rapid and accurate differential expression and alternative splicing analysis of RNA-seq data for biologists

本地论文 3D RNA seq a powerful and flexible tool for rapid and accurate differential expression and alternative splicing analysis of RNA seq data for.pdf

这个是一个shiny应用 ，在线的链接是 https://3drnaseq.hutton.ac.uk/app_direct/3DRNAseq/

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对应的github链接是 https://github.com/wyguo/ThreeDRNAseq

作者还贴心的录制了视频介绍使用方法，视频的链接是youtube https://www.youtube.com/watch?v=rqeXECX1-T4

这里的3D 指的是

• differential gene/transcript expression
• differential alternative splicing
• differential transcript usage

今天的推文简单介绍一下这个工具的使用方法，这里的示例数据集我用到的是论文 Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie, and Ballgown中的数据集，这个论文中提供了转录组数据从头处理的整个流程，用到的示例数据集是人类一条染色体的数据，数据量也不大，非常适合我们入门转录组数据分析使用。

前面的流程我使用的是

• hisat2比对
• samtools sam bam 格式转换
• stringtie组装转录本
• gffcompare and gffread提取转录本
• salmon进行转录本定量

最后获得3D RNAseq的输入数据

• quants.gz 这个是salmon软件定量之后的结果
• metadata.csv 这个是每个输入文件对应的信息 包括来自哪个处理重复

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• trans2geneid.csv 这个是转录本id和基因id的对应关系

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分别上传以上准备好的3个文件 ，上传好以后点击 add selected information to analysis

然后点击 step3 的run

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然后点击data pre-processing

点击 Filter & Mean-variance trend plot

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差异表达分析的结果

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最后可以下载分析的结果

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今天推文用到的示例数据可以在公众号后台留言20220214，大家拿到这个示例数据后可以自己试着运行下以上的过程