Racon | 三代测序数据组装结果优化

https://github.com/isovic/racon

# conda安装racon
conda install -y racon

# 编译安装racon
git clone --recursive https://github.com/lbcb-sci/racon.git racon
cd racon
mkdir build
cd build
cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release ..
make

# nanopore原始数据下载
wget \
-O nanopore.sra \
https://sra-pub-run-odp.s3.amazonaws.com/sra/SRR8494939/SRR8494939

# nanopore原始数据处理（sra转fastq)
fastq-dump --gzip --split-3 nanopore.sra

##minimap2基本用法（ref.fa为需纠错的文件，query.fq为原始数据）
#1、在基础用法中，minimap2 将ref和query作为输入并生成近似映射(mapping)，没有基本级别的对齐(base-level alignment)，即坐标只是近似的，且输出中没有 CIGAR
minimap2 ref.fa query.fq > approx-mapping.paf
#2、在PAF文件中制造CIGAR的cg标签
minimap2 -c ref.fa query.fq > alignment.paf
#3、以SAM格式输出对齐
minimap2 -a ref.fa query.fq > alignment.sam
#4、建立索引来进行比对
minimap2 -d ref.mmi ref.fa                     # indexing
minimap2 -a ref.mmi reads.fq > alignment.sam   # alignment
##racon基本用法
racon [options ...] <sequences> <overlaps> <target sequences>
<sequences>  ： 原始测序数据，即示例中的nanopore.fastq.gz
<overlaps>  ：minimap2比对生成的文件，可以为MHAP/PAF/SAM格式
<target sequences> ：需要纠错的基因组序列

# 通过vim创建一个名为racon的脚本文件
vim racon.sh
# 在脚本中输入以下信息，保存退出
# correct表示需要纠错的序列，original表示原始测序数据
correct=$1
original=$2
# minimap2比对
minimap2 -a -t 12 ${correct} ${original} > minimap_1.sam
# 第一轮纠错 
racon -t 12 ${original} minimap_1.sam ${correct} > racon_minimap_1.fasta
# 第二轮纠错    
minimap2 -a -t 12 racon_minimap_1.fasta ${original} > minimap_2.sam
racon -t 12 ${original} minimap_2.sam racon_minimap_1.fasta> racon_minimap_2.fasta
# 第三轮纠错
minimap2 -a -t 12 racon_minimap_2.fasta ${original}  > minimap_3.sam
racon -t 12 ${original} minimap_3.sam racon_minimap_2.fasta> racon_minimap_3.fasta

# 运行脚本(assembly.fasta为需要纠错的基因组，nanopore.fastq.gz为测序原始序列）
sh racon.sh assembly.fasta nanopore.fastq.gz

racon_minimap_1.fasta # 第一次纠错后的文件
racon_minimap_2.fasta # 第二次纠错后的文件
racon_minimap_3.fasta # 最终（第三次）纠错后的文件