植物参考基因组的下载

最近要复现一篇文章，里面用到了十字花科的四种参考基因组，那就顺便写一篇下载参考基因组的笔记吧！

A. thaliana

首先是拟南芥的参考基因组，上面有提到TAIR这个数据库，直接百度打开是一个非常朴素的界面

TAIR是研究拟南芥的首选数据库，其他数据库中拟南芥的基因组数据都是直接来自TAIR

TAIR

但这里我们不采用从这里下载，而是用文章中提到的Phytozome

Phytozome是一个收录了植物基因组的数据库和在线工具，不管是注释信息还是基因组数据的获取都非常方便。

点击右上角红框的Genomes找到我们需要的拟南芥基因组

Download非常的显眼

点击下载还会提醒你引用的时候要注意格式，直接OK

点开以后是一个令人舒适的界面，往下翻找到我们想要的Data type

然后点击前面的框，再下载即可，但这个网站非常傲娇，你不注册不让你下载，老老实实去注册账号吧！

下载的时候可以选择命令行下载，直接复制到服务器中输入即可。

最后通过unzip解压即可。

当然，选择从Ensembl数据库同样可以下载【http://plants.ensembl.org/index.html】

Ensembl

可以通过先下载到电脑上，再传到服务器上，也可以直接使用以下命令下载

# wget 当前网址/需要下载的文件
wget ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-51/fasta/arabidopsis_thaliana/dna/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.dna.toplevel.fa.gz

C. rubella

以同样的方法在Phytozome上找到Capsella rubella的参考基因组并下载

C. hirsute

该物种在Table 4中提供了链接【http://chi.mpipz.mpg.de/】，同样是相当简洁的界面

然后在Assembly就能找到参考基因组了

同样的

wget http://chi.mpipz.mpg.de/download/sequences/chi_v1.fa

E. salsugineum

以同样的方法在Phytozome中找到Eutrema salsugineum的基因组并下载

最后把四个参考基因组解压整理如下

以上参考基因组也可以按照我上面的演示去Ensemble试试~

最后放上Ensemble的常用数据库

• 植物参考基因组：http://plants.ensembl.org/index.html
• 动物参考基因组：http://asia.ensembl.org/index.html
• 其他真菌细菌等参考基因组：http://ensemblgenomes.org/

关于Ensemble和NCBI的基因组下载，组学大讲堂已经讲的非常清楚了，点击阅读原文即可查看。