生信分析之conda安装

生信技能树学习笔记

Anaconda 的官网是 https://www.anaconda.com/

官网上介绍anaconda是所有语言的包、依赖和环境管理器。

Conda之间的关系如下

当我们使用服务器分析数据，我们使用miniconda，如果在自己的电脑上使用anaconda。Anaconda安装网上有很多教程，也可以在淘宝上买个安装服务（至少节省一上午时间）。

我们今天介绍的是在linux系统中安装miniconda。

首先，我们为什么要安装conda？

因为在数据分析过程中我们要使用很多种软件，软件安装中会遇到各种问题。

第一步——conda的安装

打开termius，并登录服务器

#使用国内镜像下载conda，在家目录下输入

wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

## 安装，安装过程只需要输入 yes不能回答no 或者按 Enter。因为安装包是一个.sh结尾的shell脚本，因此需要用shell的解释器(比如bash)来运行。

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

## 重新激活环境，让修改生效，把 ~/.bashrc 当成一个整体不容易出错。这一步也可以用也可以直接退出当前窗口重新登录替代。

source ~/.bashrc

## 查看 conda 的帮助文档，能够用输出conda的帮助文档就说明安装成功啦！

conda –help

##（这个步骤可选）设置了就每次需要使用conda的时候要激活 conda activate不设置就每次登录上来就自动会在状态栏里有一个(base)的环境提示

conda config --set auto_activate_base false

第二步——配置频道

我们使用 conda 安装软件时，conda 会去 channel 中搜索软件，如果使用的服务器是在国内，channel 就选择国内的，推荐清华，如果清华镜像出问题，再选择其他。

## 配置镜像

# 下面四行配置北京外国语大学的conda的channel地址（首选）

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --set show_channel_urls yes

# 下面这四行配置清华大学的conda的channel地址（首选北外，如果体验不好再换成清华）

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

conda config --set show_channel_urls yes

# 如果需要官方频道，可以添加下面这两行配置官网的channel地址（不推荐）

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels bioconda

# 删除defaults频道

sed -i '/defaults/d' ~/.condarc

## 配置镜像成功

# 查看配置结果

cat ~/.condarc

tips1：不要重复添加相同的频道，冗余的频道会让安装软件的过程变慢顺序是有意义的

tips2：添加镜像要看服务器所在的位置，不是使用者所在的位置

第三步——创建独立小环境

为什么要创建独立的环境? 全装在base里不好吗？

给新人的建议：不要往base环境里安装任何软件包“蛇”(anaconda)就应该关在“笼子”(小环境)里。

1. conda会改变你原来设置好的环境

2. 不同的软件的依赖会互相冲突 。A软件依赖python2.7，B软件依赖python3.8

3. 方便项目管理。基因组、转录组、Chip-seq……

具体步骤：

# 创建名为rna的软件环境来安装转录组学分析的生物信息学软件

conda create -y -n rna python=3.7

这一步输入y或回车都可以

# 创建小环境成功，并成功安装python3版本

# 每建立一个小环境，安装一个python=3的软件作为依赖

# 查看当前conda环境

conda info -e

conda env list

# 每次运行前，激活创建的小环境rna

conda activate rna

# 退出小环境

conda deactivate

补充：小环境的创、删、改

创

创建环境: conda create -n rna

创建环境时可以预先指定环境的依赖版本:conda create -n py2 python=2.7

删

删除已创建的小环境及安装的包conda remove -n rna –all

改

如何重命名一个小环境呢？

先克隆一个新的，再删除掉旧的

conda create -n Python2

conda create -n py2 --clone Python2

conda remove -n Python2 –all

或者这样修改名称

Tips:软件能不更新就不更新，不能用了直接重新安装。

第四步——软件安装。

1，先要知道自己要装哪些软件，比如：

2.这个软件能不能用conda安装

方法1：网站查询

https://bioconda.github.io/

https://anaconda.org/search

方法2：conda search xxx

方法3：关键词搜索

安装软件

注：软件都要安装在小环境中，不要安装在 base

# 激活环境

conda activate rna

# 安装 fastqc 软件

conda install fastqc

# 调出帮助文档

fastqc --help

# 可以指定软件版本

conda install -y samtools=1.14

# aspera

conda install -y -c hcc aspera-cli

ascp --help

# 可以一次安装多个软件

conda install -y python=3.7 libstdcxx-ng=9.1.0 trim-galore cutadapt=4 hisat2 subread multiqc samtools=1.16.1 salmon=1.4.0 fastp fastqc

# mamba install -y python=3.7 libstdcxx-ng=9.1.0 trim-galore hisat2 subread multiqc samtools=1.14 salmon=1.4.0 fastp fastqc

## 不是通过软件名来调用帮助文档，而是软件的命令，-help可以用来确定软件是否安装成功

# sra-tools

prefetch --help

fastq-dump --help

which prefetch

# trim-galore

trim_galore --help

# hisat2

hisat2 --help

# subread

featureCounts --help

# multiqc

multiqc --help

# samtools

samtools --help

# salmon

salmon --help

# fastp

fastp –help

问题1：如何指定安装的软件的版本？

在不指定版本的情况下，conda 默认安装该软件的最新版。如果要安装旧版本：

1. 先看看有哪些可以安装的版本conda search fastqc

2. 安装指定版本的软件conda install fastqc=0.11.7

添加-y参数跳过确认步骤conda install -y fastqc=0.11.7

问题2：安装了这个软件包但是调用不了是怎么回事？

安装的软件包的名称和实际调用的程序不一定是同名的！

例如：我们安装的是subread，调用的是其软件包里的子程序featureCounts；

我们安装的是sra-tools，调用的是prefetch；

我们安装的是blast，调用的是blastp

三个特殊情况 trim_galore -> trim-galore

vep -> ensembl-vep

sratoolkit -> sra-tools

查看conda环境中已安装的软件

基本用法：conda list

查看当前环境所安装的软件

扩展用法：1.查看符合正则表达式的软件conda list fast*

2.查看指定的环境的软件conda list -n rna

删除软件

conda remove fastqc

想要删除特定环境下的特定软件，如何指定？

conda remove -n rna fastqc

不指定-n参数就得进入该环境之后才能进行删除操作，同样，-y能够跳过确认执行的步骤

Conda常用命令

补充

生信技能树学习笔记

前情提要：1.安装conda

2.配置镜像

# 创建R4环境

conda create -y -n R4 python=3.8

# 激活R4环境

conda activate R4

# (可选步骤：在R4里安装mamba)

# conda install mamba

# 安装R语言本体

conda install -y r-base=4.2

## 或者使用mamba安装：mamba install -y r-base=4.1.2

# 安装R语言软件包(安装命令可从Linux软件安装.md文件中查找)安装时间较久

conda install -y r-getopt r-tidyverse r-ggplot2=3.3.5 bioconductor-limma bioconductor-edger bioconductor-deseq2 bioconductor-clusterprofiler bioconductor-org.hs.eg.db=3.13.0

## 或者使用mamba安装：mamba install -y r-getopt r-tidyverse r-ggplot2=3.3.5 bioconductor-limma bioconductor-edger bioconductor-deseq2 bioconductor-clusterprofiler bioconductor-org.hs.eg.db=3.13.0

##最后这两个包可能比较难安装，如果尝试后安装不上，可以用R的方式安装：

1.在状态栏里输入R并回车

2.在R的交互框里输入install.packages("BiocManager")

3.输入BiocManager::install("org.Hs.eg.db")

Q: 如何验证R语言的包安装情况？

#激活R

conda activate R4

# 输入R进入R语言的交互

R

在R语言里验证安装包：

library(getopt)

library(tidyverse)

library(ggplot2)

library(limma)

library(edgeR)

library(DESeq2)

library(clusterProfiler)

library(org.Hs.eg.db)

Q: 如何知道这些包到底叫啥？哪儿该大写哪儿该小写？

A: [Bioconductor - Home](https://bioconductor.org/) 在Bioconductor的官网搜索即可。

最后这两个包可能比较难安装，如果尝试后安装不上，可以用R的方式安装，例如：

在状态栏里输入R并回车，并配置镜像

options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))) options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

2.在R的交互框里输入: install.packages("BiocManager")

3.输入: BiocManager::install("org.Hs.eg.db")

最后

# 如果有mamba的话可以用mamba安装

# mamba env create -n rna -f rna.yaml

conda env create -n R4 -f R4.yaml

其他用法

卸更新软件：conda update 软件名

载软件：conda remove 软件名

删除环境：conda remove -n 环境名

克隆环境：conda create –n 新环境名 –clone 旧环境名

查找软件：conda search 软件名

查找软件常用的链接：

https://anaconda.org/search

https://bioconda.github.io/