sra转fastq
原创
因为恰好遇到了PRJNA752099这个数据集，他上传的fastq文件被合并成了一个，所以我需要下载SRA文件重新拆分。正好作为上游最后一块的补充内容。
下载sratoolkit
wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz
tar -vxzf sratoolkit.tar.gz
export PATH=$PATH:$PWD/sratoolkit.3.1.1-ubuntu64/bin
faster-dump --help
我事先下载了PRJNA752099的4个SRA文件，所以这里从转fastq开始。
mkdir fastq_store
ls SRR* > list.txt
#sh脚本
samples=$(<list.txt)
for s in ${samples};do
echo "${s} starts at $(date)"
fasterq-dump ./${s} -O fastq_store -e 10 --include-technical -S
echo "${s} finished at $(date)"
done这里解释一下faster-dump需要设置--include-technical才能读取barcode之类的reads，而且无法输出.gz格式的压缩文件，需要自行压缩。
运行完成后可以看到每个样本输出了3个fastq文件。
分别查看这几个文件，可以看到1是索引信息，2中是barcode，3是对应R2的长读
接下来只需要压缩后软链接到cellranger脚本路径下改名然后开始定量啦。
nohup gzip SRR*_1.fastq SRR*_2.fastq SRR*_3.fastq &原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。
如有侵权，请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除。
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