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    使用GDC API查看和下载TCGA的数据

    API是应用程序编程接口,很多的网站都有对应的API,方便程序抓取数据,比如NCBI, EBI, KEGG等等,GDC也有对应的API, 可以方便的查询和下载TCGA的数据,API的网址如下 https...,可以实现特定数据集的访问和下载,GDC API的base url如下 https://api.gdc.cancer.gov/ https://api.gdc.cancer.gov/...从功能上可以划分为查询,下载,提交数据三大块,常用的的功能包括查询和下载 1....查询 通过JSON这种格式进行数据交换,以files为例,以其对应的uuid为例进行查询的用法如下 curl https://api.gdc.cancer.gov/files/5891556e-0b86...https://docs.gdc.cancer.gov/API/Users_Guide/Getting_Started/ 通过熟练使用API,可以实现程序自动化的下载TCGA数据,有很多TCGA数据下载的

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    GEO数据挖掘代码1(从geo下载数据)

    在GEO上搜索数据,下载其表达矩阵(如果以M为单位,说明文件可用;如果大小只有K,说明文件不可用)是一种储存高通量芯片表达矩阵的数据类型, exprs()函数可以将其切换为矩阵。...1.去过log2,有负值很正常 继续用2.数据做了标准化,有一半的负值,需要找原始数据进行处理3.没有取过log但是有负值,数据有问题,要么弃用 要么找原始数据处理#实战代码有很多注意事项, 请不要不听课直接跑代码...#数据下载rm(list = ls())library(GEOquery)gse_number = "GSE56649"eSet 下载并读取数据,以列表的形式存储#数据检查class(eSet) length(eSet)eSet = eSet[[1]] exp 数据。#如果表达矩阵为空,大多数是转录组数据,不能用这个流程(后面另讲)。

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    Python实现消费交易特征API对接:从数据加密到风险画像构建

    消费交易特征"API,作为一款面向开发者的高级数据服务,能够通过实时或离线分析用户的金额、时间、场景、频次等交易数据,提取出如消费能力评分、行业偏好、风险倾向等高价值特征标签。...本文将作为一份详细的开发文档,深入剖析此API的接入流程,详细解读其返回的160+个核心特征字段含义,并提供完整的API代码调用示例,帮助开发者快速将这一强大的数据分析能力集成至自有的业务系统中,实现更深层次的数据分析与企业风控应用集成...二、API接口调用示例与接入指南本章节将演示如何通过标准HTTP请求对接消费交易特征API。请注意,为了保障数据安全,API采用了严格的AES-128加密机制,开发者在对接时需严格遵循加密规范。...Python展开代码语言:TXTAI代码解释importrequestsimportjsonimporttimeimportbase64#注意:实际生产环境中需引入Crypto.Cipher进行AES加解密...返回特征数据:",result)三、核心数据结构解析API的返回值设计非常扁平化,便于大数据存储与清洗。

    20610

    python api链接数据库

    零、开发环境 操作系统:Ubuntu 16.04 及以上 或 Windows 8 及以上 Python版本:3.5及以上 开发工具:PyCharm 数据库:MySQL 一、环境配置 创建虚拟环境 通过命令行进入虚拟环境...操作数据库之前,需要先连接到数据库(默认数据库已创建),只需要调用 MySQLdb.connect 传递数据库地址、端口号、用户名、密码和要操作的数据库名称,这样就创建了对数据的链接,代码如下: conn...user='root',#数据库用户名 passwd='123*asd',#密码 db='news',#操作的数据库...charset='utf8' #数据库编码规则 ) 获取到数据库链接就可以对数据库进行增删改查的操作了,进行数据库操作首先要获取游标,通过 conn.cursor() 获得,代码如下...这里需要注意,对数据库进行增、删、改的时候余姚在调用 execute 方法后,再调用commit方法,将内存中的数据写入数据库。

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    如何从TCGA数据库下载DNA甲基化数据

    前面给大家介绍了新版的TCGA数据库,通过文字和视频给大家讲解了如何从TCGA数据库下载RNAseq数据,miRNAseq数据以及体细胞突变数据 ☞ 新版TCGA数据库RNAseq数据下载 ☞...新版TCGA数据库miRNA数据下载 ☞ 【视频讲解】下载TCGA数据库中突变数据 以及如何合并成矩阵 ☞ 【视频讲解】R代码合并新版TCGA中RNAseq表达谱矩阵 ☞ 【视频讲解】R代码合并新版TCGA...,如何从TCGA数据库中下载DNA甲基化数据。...4.点击右上角的Cart,然后点击Sample Sheet,下载样本信息表,得到gdc_sample_sheet.2022-08-06.tsv文件。 5....第一列为450K芯片的探针ID,每一个对应一个CpG位点,后面是代表甲基化水平的beta值,从0-1,0表示完全非甲基化,1表示完全甲基化。

    4.3K31

    利用Python调用云Api批量申请免费证书并下载至本地

    cos源站域名,cos加速域名等等 自己一个一个去申请通常有点麻烦 那么如果你的域名的dns解析在dnspod的话,就可以使用以下代码进行批量申请 0.准备工作 使用本代码请先进行子用户创建并授权云API...为了保障您的账户以及云上资产的安全 请谨慎保管SecretId 与 SecretKey 并定期更新 删除无用权限 前往创建子用户:https://console.cloud.tencent.com/cam 1.SDK下载...请确保Python版本为3.6+ 查看Python版本 python3 -V 升级一下pip,安装腾讯云Python SDK python -m pip install --upgrade pip pip...install -i https://mirrors.tencent.com/pypi/simple/ --upgrade tencentcloud-sdk-python 2.代码部分 import...准备下载证书'.format(domain_name[i])) try: req2 = models.DownloadCertificateRequest

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    领券