我有一些数据集，我想要计算其伽马多样性作为香农H指数。示例数据集： Site SpecA SpecB SpecC2 3 2 4
3 11 1 计算alpha分集的方法如下： vegan::diversity(df, index = "shannon") 但是，我希望此diversity函数为整个<e
浏览 157提问于2021-09-24得票数 0
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我在包中运行函数多样性，但我的数据集包含许多NAs。该函数按行(即绘图)计算多样性，但如果该行具有NAs，则返回NAs。我看过了，但是没有找到使用这个函数的NAs的解决方案。解决这个问题的唯一方法(也许)是每次运行函数时都删除带有NAs的列，但是手工操作将花费很长时间。我不能简单地从dataset中删除所有NAs，因为这也将删除整个行，并且我有一
浏览 2提问于2022-01-27得票数 0
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我正在尝试使用连接到rcmdr的生物多样性rgui在r studio中运行生物多样性r。我试着在每个帮助论坛上寻找答案，但什么也没找到。我重新安装了R，R studio，更新了所有的包，安装了rjava和javagd，但它仍然无法工作。我无计可施了！我找不到任何关于'hasjava‘的东西，我已经更新并安装了java。下面是从控制台粘贴的副本。
Rest
浏览 1提问于2015-09-08得票数 1
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我有这样的数据集： df<-data.frame(month= c(rep(1,10), rep(2, 10), rep(3, 10)),
species我知道像diversity in library("vegan")这样的函数，并且知道使用这个路径(下面提供的代码)来解决我的问题，但是作为一个循环的练习，我试图创建一个for loop或函数来显示S
浏览 1提问于2018-11-29得票数 1
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"NumTotal"),这个数据集代表了多年来不同公园中不同物种的丰富程度请记住，这只是一个示例数据集，而真正的数据集相当大。我基本上想用这些数据得到一个物种X公园矩阵，它记录了每
浏览 1提问于2017-11-05得票数 0
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我想在R中创建一个物种积累曲线(我尝试使用纯素包)，但是我不想在y轴上显示物种的数量，我想指出y轴上物种总数的百分比。这将使我可以计算，例如，有多少个地点取样，我可以找到50%的总物种存在。谢谢你的帮助！埃伦require(vegan)plot(specaccum(
浏览 3提问于2016-10-27得票数 0
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我是一名生物学家，我在几个地方做过生物多样性的研究。此外，我在这些地块中测量了环境变量。通常，我会在Canoco5中分析这些数据，但是，我也在尝试学习R。我的数据框如下所示：提前感谢！
浏览 0提问于2020-01-10得票数 0
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这可能是一个愚蠢的问题，但我被告知在R中进行冗余分析(使用Vegan包)来测试数据中不同组之间的差异。然而，我只有一个数据集(与Iris数据集()大致相当)，我在RDA上找到的所有数据集似乎都需要两个匹配集。我是听错了还是误解了，还是这里还发生了什么事？
浏览 1提问于2015-07-31得票数 0
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我的问题是：b)某些基因(testing set)属于某一类，其特征是基因表达在这些时间点上的分布。c)我还有一个这类已知基因的数据集(training set)。
d)另外，我想通过随机重组我的测试集来生成一个false数据集，并将其包含在我的支持向量机模型中。我想我
浏览 2提问于2013-05-24得票数 0
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我有一些群体基因组数据，其中我有针对每种治疗的祖先基因组的SNPs的等位基因频率。
虽然在我看来，混合(圆)处理比静态(三角形)处理具有更高的β多样性，但ano
浏览 2提问于2017-07-12得票数 3
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我正在用ggord图形包绘制R的PCA结果。
我想在不添加环境变量的情况下绘制PCA图。在R Vegan中，PCA不存在任何问题，但在ggord中，相同的图不能工作。ggord文档给出的示例包括在PCA图上绘制向量的环境数据集的代码。我想在ggord中绘制相同的结果，我可以在纯素中创建，而不需
浏览 7提问于2017-04-21得票数 2
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我在R中使用素食包中的estimateR函数来估计各种chao多样性估计。但是，对于se.chao1中的所有样本，它将返回0；对于S.ace和se.ace，它将返回NaN。此外，S.obs和S.chao1列具有相同的值。
数据集是一个绝对丰度矩阵，其数字从0到高值变化。"Rothia", "Bifidobacterium", "Scardovia&q
浏览 11提问于2021-03-05得票数 0
我正在尝试复制列( FactoMineR::PCA中的“变量”，vegan::rda中的“物种”) vegan中的包。贡献是在FactoMiner::PCA对象中编码的：library(vegan)
#
浏览 0提问于2018-05-04得票数 3
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R中Levy分布的参数
、、、、
有人能帮我弄清楚如何使用R得到征费分布的参数估计吗？与正态分布和学生T分布不同的是，它们分别具有来自fBasics包的nFit(x)函数和来自fGarch包的stdFit(x)函数，而Levy分布似乎没有相同的能力。我正在尝试将我的数据集拟合到levy分布，所以我需要R中的一个函数，它可以给我对增量和伽马参数的
浏览 0提问于2014-10-18得票数 1
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我一直在学习引物中的多元分析，但现在想要使用vegan包转换为R。我希望在capscale()中使用vegan函数，但不确定我的数据应该如何预先格式化。在中的示例中，dataframes (varespec和varechem)都只有数值，但是我有一个依赖(数值)值的dataframe，另一个是独立(因子)值。因此，我所要求的是一
浏览 0提问于2017-03-28得票数 0
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我在很多R包的.First.lib函数中看到了以下习惯用法：myEnv <- as.environmentsearch()))dbbase <- file.path(libname, pkgname, "R"
浏览 0提问于2010-12-07得票数 4
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我目前正在尝试使用Henningsen/Henningsen (2011)在R中的micEconCES包进行一些估计。我的问题是我对R不是很熟悉，我正在尝试实现我自己的数据集来获得包的估计值。这篇论文的作者为估计创建了这个数据集。= 1.1), nested = TRUE )
R> cesDa
浏览 6提问于2017-11-18得票数 0
与BiodiversityR和Vegan相关的所有文献都表明，在计算费舍尔α多样性指数时，可以使用参数se=TRUE来估计标准误差。但我似乎无法在输出中得到这些值？有没有人知道任何相关的臭虫？我试过：还有，fisherfit(x)
两者的输出都给出了alpha的估计，但没有标准错误。我的社区数据框架太大了，无法在这里加载，但按照这些
浏览 0提问于2017-04-26得票数 2
"3","3","3"), interact=c("A_B", "C_D","C_D", "E_F","C_D","C_D", "D_E", "D_E","C_B","A_B"))
我想通过plot对数据进行子集对于每个plot子集，我想计算每种唯一interact类型的频率。plot
浏览 3提问于2017-06-22得票数 0
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我试图根据行标签或名称来计算相对丰度(获取df$path1中每个测试的相对丰度)。因此，我想从test1中计算计数的相对丰度，并分别从test2计算计数的相对丰度。test1的相对丰度数之和等于1。我目前正在使用vegan包，但对其他选项开放。测试数据集：df <- data.frame(x
浏览 3提问于2016-05-06得票数 1
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