在AngularJS指令中，jQuery克隆和追加函数未按预期工作

可能是由于以下原因：

1. 版本冲突：AngularJS和jQuery可能使用了不同的版本，导致兼容性问题。建议使用兼容的版本，或者使用AngularJS内置的jqLite来替代jQuery。
2. 作用域问题：AngularJS的指令使用了自己的作用域，而jQuery操作可能会影响到整个DOM树。这可能导致作用域绑定和数据绑定的问题。建议在指令中使用AngularJS的内置方法来操作DOM，如使用ng-repeat来循环生成元素。
3. 生命周期问题：AngularJS的指令有自己的生命周期，而jQuery的操作可能会绕过这些生命周期。这可能导致指令的初始化、销毁等过程出现问题。建议在指令的link函数中进行jQuery操作，并在适当的时候进行清理。
4. 异步问题：AngularJS的指令可能在异步加载的情况下执行，而jQuery的操作可能在指令还未完全初始化时执行。这可能导致元素还未完全生成就进行了操作。建议使用AngularJS的$timeout或$evalAsync来延迟执行jQuery操作，确保元素已经完全生成。

总结起来，为了避免在AngularJS指令中出现jQuery克隆和追加函数未按预期工作的问题，建议尽量避免使用jQuery，而是使用AngularJS提供的内置方法来操作DOM。如果必须使用jQuery，需要注意版本兼容性、作用域问题、生命周期问题和异步问题，并在指令中进行适当的处理。