在Python或R中连接DNA序列的多个文本文件？

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python、r、concatenation、dna-sequence

我想知道如何使用Python或R连接exon/DNA fasta文件。到目前为止，我非常喜欢将R包用于cbind方法，这完全是因为fill.with.gaps=TRUE属性。我的代码：ex2 <- read.dna("exon2.txt", form

浏览 14提问于2017-06-10得票数 0

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用块分割DNA序列

python、python-3.x

我想制作一个Python程序，其中DNA序列是在文本文件中给出的。它有9000多个字符。我必须将序列剪成3个字符，这样我们的帧就可以从1 to 3中读取，然后从4 to 6,读取，然后从7 to 9中读取，它被称为密码子。我的问题是如何从给定的DNA中提取基因序列？基因序列从ATG开始，<em

浏览 1提问于2018-10-18得票数 1

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如何在Python代码中传递txt文件中的新行，以将函数应用于不同的字符串？

python、python-3.x、text

我有一个Python代码，可以将氨基酸序列转换为DNA序列： # Read the file and get the Peptide stringdna = file.read()protein = { 'A[<e

浏览 36提问于2019-06-18得票数 0

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Python字符串操作文件并在检查字符串后写入新文件

python

我试图帮助我的伙伴学习他的Python类，但我对Python了解不多。这就是他已经被困了几个小时的问题，任何帮助都将不胜感激！问:程序将接受DNA序列的文本文件(文件中每行1个序列)，并在满足以下条件时确定该序列是否有效: 1.长度是3.2的倍数。2.以ATG开头。3.以TAG结尾。然后，程序会将后面跟着‘True’或‘False’的</

浏览 0提问于2015-10-20得票数 0

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用C++编写的FASTA阅读器？

c++、algorithm、parsing、genetic-algorithm、fasta

让我首先说明我是C++的初学者。无论如何，FASTA格式如下:任何以'>‘开头的行都表示其正下方的基因序列的名称/id。在id的正下方有一个基因序列。该基因序列可以是1条或多条。所以..。= '>'){ }} 对于输入到命令行的第二个

浏览 3提问于2016-02-07得票数 2

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python:将dna序列文本文件读入字典

python、dictionary、dna-sequence

我正在尝试将包含DNA序列的文本文件转换为python中的字典。该文件在列中设置。TTC F f = open('GeneticCode_2.txt', 'r'

浏览 1提问于2016-11-14得票数 0

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我有一个DNA文本文件，我需要专门使用列表和循环来计算二核苷酸对的出现次数(例如: AA、AC、AT、AG、CA、CC……等)，然后再次使用列表和循环将计数打印到一个新的文本文件中，作为一个表，其中有两列用制表符分隔我知道如何在很长一段时间内做到这一点(将每一对存储在变量中，然后使用count计数，然后打开文本文件并将每个计数打印到文本文件中)，但我现在才刚刚开始学习列表和循环，并且对如何使用这种方

浏览 28提问于2021-09-27得票数 1

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使用python剪接一行文本文件

python、bioinformatics

我在尝试创造基因签名。我有一个充满DNA序列的文本文件。我想从文本文件中读取每一行。然后在字典中添加4个碱基的4个修饰符。例如:样本序列所以字典里..。import sys def main

浏览 2提问于2013-04-05得票数 5

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Python：'_io.TextIOWrapper‘类型的对象没有len()

python、string、function、loops

当我运行我的代码时，我一直收到这个错误： TypeError:类型为‘的对象_io.TextIOWrapper‘没有len()函数我如何让它打开/读取文件并在循环中运行它？下面是我尝试导入的文件的链接：DNA序列的下载链接 def mostCommonSubstring(): mi

浏览 92提问于2018-02-10得票数 4

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如何使用R从IUPAC表示法中获取所有可能的序列

r、data.table、dna-sequence

我有一个带有IUPAC符号()的DNA序列载体。和"V”是DNA核苷酸的模糊值，"R“表示"A”或"G“，"V”表示"A“、"C”或"G“。如何生成上述模糊序列可以表示的所有不同的序列组合？此示例序列的输出将为："

浏览 2提问于2021-02-19得票数 0

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比较条件内的字符串的Python

python

我有一个名为dna.txt的文本文件，它包含：ACGCCGCCGTCA 我想使用Python创建一个程序，它将比较第一个序列(ACG)之后文本文件的所有行和第一个序列(ACG)，如果序列匹配，则打印出“保守”，如果序列不匹配，则打印出“非保守”。我使用了一种效率极低的方法，文件中只有30个序列，我想知道如何使

浏览 3提问于2014-08-07得票数 0

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如何查找字符串的最长重复序列

ruby、string

我在文本文件上有一个很长的字符串(DNA序列，超过20,000个字符)，我试图在其中找到至少重复三次的最长的序列。实现这一目标的最佳方法是什么？我能找到的唯一现有主题是在两个或多个单独的字符串中查找重复，但是如何用一个长字符串来实现呢？

浏览 7提问于2015-12-15得票数 2

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在Windows中打开140 in的.txt文件？

python、windows、txt

我有一个巨大的dna序列保存在一个140 to大小的.txt文件中，我想使用txt文件编辑器打开它。Notepad，Python，R不允许打开这样的文件。是否有专门的文本文件编辑器来打开大文件？我目前正在使用Python中的代码来打开140 in的大文件.txt文件： path = open("my_file_path\my_140GB

浏览 5提问于2022-03-06得票数 1

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字典不处理txt文件中的DNA字符串

python、dictionary、compiler-errors、bioinformatics、dna-sequence

使用字典的函数在使用文本文件中的DNA字符串时返回KeyFile错误"\n“，但当我手动键入DNA字符串：时则不会返回DNA = DNA.read() DNA.repl

浏览 2提问于2021-01-27得票数 0

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学习使用python解析fasta文件

python

我正在学习python，我想在不使用BioPython的情况下解析fasta文件。，它们>22567和>34454到一个头部列表中(这是有效的)。并且在每个报头将随后的序列读入序列列表之后。我遇到的问题是，当我试图读取序列部分时，我不知道如何将每一行连接成一个序列字符串，然后将其追加到列表中。相反，我得到的是添加到序列</em

浏览 0提问于2015-04-23得票数 3

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您可以使用Caffe在同一数据上训练多个网络吗？

python、neural-network、gpu、deep-learning、caffe

我正在编写一个校准管道来学习神经网络的超参数，以检测DNA序列的属性*。因此，这需要在具有不同超参数的同一数据集上训练大量模型。我正在尝试将其优化为在GPU上运行。与图像数据集相比，DNA序列数据集相当小(通常是4‘通道’中的10个或100个碱基对来表示4个DNA碱基A、C、G和T，而3个RGB通道中的像素为10,000个)，因此无法充分利用G

浏览 1提问于2016-02-16得票数 4

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如何获得序列作为成对对齐输出的位置？

python、r、bioinformatics

所以我有一个参考DNA序列，我有很多查询序列。我想对每个查询序列进行对齐，每次一次，对引用序列进行对齐。有谁知道用R或python</e

浏览 10提问于2022-07-08得票数 0

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在R中将多个文本序列文件转换为Fasta文件

r、file、file-writing、fasta、dna-sequence

我有100多个DNA序列文件，它们是文本文件，我想把它们转换成Fasta格式。我试过使用cat，但它并没有提供预期的产出。如何以R格式将这些文件转换为fasta格式？

浏览 8提问于2022-07-11得票数 0

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AttributeError：'numpy.ndarray‘对象没有属性’拆分‘

python、numpy

我试图回答以下问题：“一位同事在每一行上生成了一个带有一个DNA序列的文件。下载该文件并使用numpy.loadtxt()加载到Python中。您需要使用可选的参数dtype=str告诉loadtxt()数据是由字符串组成的。计算每个序列的GC含量。GC含量是指G或C(占总碱基对的百分比)的碱基百分比。将每个序列的结果打印为“

浏览 1提问于2016-10-12得票数 0

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模糊正则表达式:替换的模糊计数总是1。

python、regex、fuzzy-search

我使用Python模块进行近似字符串匹配。我有一个DNA序列，我想要搜索一个特定的模式，同时允许最多一个替换：{s<=1}。在DNA序列中，多种模式是可以接受的。例如，前三个字符可以是“GAG”或“GAT”，同样的原则也适用于DNA序列的其余部分。我在下面做了一个例子，其中我想对一个9个字符长的字符串使用regex搜索。

浏览 2提问于2021-04-11得票数 3

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