首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

如何在类似热图的样式中在ggplot2中的地图上绘制样方数

首先,了解 ggplot2 是一个强大的图形库,用于 R 语言的数据可视化。ggplot2 可以将复杂的数据可视化图形抽象为简单的图层组合,因此可以轻松地创建各种图形。

要在 ggplot2 中使用地图作为背景并在热图样式中绘制样方数,可以采用以下步骤:

  1. 准备数据:将数据分为行和列,其中行表示样方位置,列表示样方中的观测值。
  2. 创建地图图形:使用 ggplot2 中的 ggmap 函数创建地图图形,并自定义地图的样式、颜色、线条等。
  3. 绘制热图:使用 geom_tile 函数绘制热图,并使用 scale_fill_gradient2 函数设置热图的颜色渐变。
  4. 添加坐标轴和标签:使用 coord_map 函数将坐标轴设置为经纬度,并使用 labs 函数添加坐标轴和标签。
  5. 布局和显示图形:使用 theme_bw 函数设置图形的布局和样式,并使用 gridExtra 函数将图形转换为网格图形,以便在打印或导出时更容易查看。

以下是一个示例代码,该示例代码使用地图作为背景,并在热图样式中绘制样方数:

代码语言:txt
复制
# load libraries
library(ggplot2)
library(ggmap)
library(gridExtra)

# create sample data
df <- data.frame(lon=c(-80.18, -95.96, -74.05, -71.05, -74.00),
                 lat=c(25.77, 36.56, 42.36, 47.60, 29.44),
                 count=c(30, 10, 20, 15, 25))

# create map
map <- get_map(location = c(lon = mean(df$lon), lat = mean(df$lat)),
               zoom = 10,
               maptype = "roadmap",
               source = "google",
               color = colorRampPalette(c("blue", "white", "red"))(n = 3))

# create heatmap
ggmap(map) +
  geom_tile(data = df, aes(x = lon, y = lat, fill = count), color = "white") +
  scale_fill_gradient2(low = "blue", high = "red", space = "Lab", guide = "colorbar") +
  labs(title = paste0("Heatmap of sample data")) +
  coord_map() +
  theme_bw() +
  theme(panel.border = element_blank(), panel.grid = element_blank(),
        axis.text.x = element_text(size = 12), axis.text.y = element_text(size = 12),
        axis.title.x = element_blank(), axis.title.y = element_blank())

在这个示例中,我们创建了一个地图,并在地图上绘制了热图。我们使用 get_map 函数创建了一个地图,并使用 colorRampPalette 函数创建了一个平滑的颜色渐变。然后,我们使用 geom_tile 函数绘制热图,并使用 scale_fill_gradient2 函数设置热图的颜色渐变。最后,我们使用 labs 函数添加坐标轴和标签,并使用 theme_bw 函数设置图形的布局和样式。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

R语言之可视化(25)绘制相关(ggcorr包)

介绍 ggcorr函数是一个可视化函数,用于将矩阵绘制ggplot2图片。 为何使用ggcorr包 相关矩阵显示相对大量连续变量之间相关系数。...使用nbreaks参数时,颜色标度显示位数通过digits参数控制。 digits参数默认为两位数,但如上例所示,如果中断不需要更高精度,则默认为一位。...可以通过low,mid和high参数修改此渐变,这与ggplot2scale_gradient2控制器类似: ggcorr(nba[, 2:15], low = "steelblue", mid =...控制主要形状 默认情况下,ggcorr使用颜色来表示相关系数强度,其方式与图中颜色深浅表示观察数值大小方式类似。...相关矩阵变量标签可能出现一个问题是它们太长而无法左下方完整显示。

7.6K31

R 语言绘制 10 种方法

如果x是一个矩阵(行列相同),那么 表示着列与行处理方式相同。 ,按照行或列进行归一化 na.rm = TRUE,移除缺失值 另外,以上没有提到参数是颜色,可用参数 col=。...七、iheatmapr 包里 iheatmap 函数 iheatmap 绘制也是交互式,这意味着你用鼠标掠过热图上色块时,会显示该点数值。...用 levelplot 绘制 十、ggplot2 包里面的 ggplot 函数绘制 最后,不得不提到十分强大 ggplot2。...ggplot2 是采用串联(+)号创建,每个函数修改属于自己部分。...首先介绍了 4 种绘制非交互式包,其次介绍了 4 种绘制交互式包,最后介绍了 lattice 和 ggplot2 绘图系统绘制方法。

24.4K402
  • 数据处理基础—ggplot2了解一下

    5.8 ggplot2简介 5.8.1 什么是ggplot2 ggplot2是由Hadley Wickham设计R软件包,它有助于数据绘图。本实验,我们将简要介绍该软件包一些功能。...5.8.2 ggplot2原理 如果要使用ggplot2绘制数据,则数据必须是数据框。 使用aes映射函数来指定数据框变量如何映射到图上要素 使用geoms来指定数据图表表示方式,例如。...散点图,条形,箱形等。 5.8.3 使用aes映射功能 该aes函数指定数据框变量如何映射到绘图上要素。...任务4:使用更新counts数据框绘制散点图,其中Gene_ids为x变量,Counts为y变量 5.8.6 绘制 可视化基因表达数据常用方法是使用。...我们将研究如何在未来实验室更深入使用单细胞RNA-seq分析PCA,这里目的是让您大概了解PCA是什么以及它们是如何生成。 让我们为我们test数据制作一个PCA

    1.5K30

    (数据科学学习手札37)ggplot2基本绘图语法介绍

    、形状或大小等图形属性一个映射,其中还可能包含对数据进行统计变换(求均值或方差),最后将这个映射绘制一定坐标系中就得到了我们需要图形。...'point','smooth'), method='rlm') 2.2.2 箱线图   箱线图作为一种经典统计图像,它以数据概括作为特征对数据进行可视化,qplot,当传入x...  仅通过箱线图可能只能了解到五概括情况,而想要在类似的图像结构中看出所有点分布情况,可以选择扰动点;   我们传入geom='jitter'来绘制扰动点,这里我们增加透明度参数以更加真实地看出样本点在各分组内分布情况...(unemploy/pop, uempmed,data=data, geom=c('point','path')) 2.2.9 分面   有时候,我们希望绘制不是同样样式不同分组图像在一幅图上反复绘制情况...,当传入属性值非正常输入时,譬如colour输入是data某列类别型变量时,整个绘图过程不会有异常,因为ggplot2内部非常“宽容”对类别型变量进行了标度转换,如下例: qplot(displ

    6.9K50

    绘制地图超方便,关键还能交互操作!绝了~~

    前言 一、「tmap」-像ggplot2绘制超赞地图图表~~ 二、可视化学习圈子是干什么? 三、系统学习可视化 四、猜你喜欢 前言 我们数据可视化课程已经上线啦!!...「tmap」-像ggplot2绘制超赞地图图表~~ 我们R语言可视化课程,大部分地图绘制都是使用R语言中ggplot2和一些拓展绘图工具包完成,大家学习起来也特别顺心~~ 今天就给大家介绍一个和...ggplot2类似的绘图语法地图绘制工具-「tmap」,那种超赞出版级别地图更是可以一键绘制呢~ tmap绘图工具介绍 R语言中,tmap(thematic maps)是一个强大地图可视化工具包,...静态地图适合于发布和打印,而交互式地图则允许用户图上进行交互和探索。...tmap绘图步骤 之所以和ggplot2绘图语法类似,是因为tmap也有和ggplot2,用于绘制不同图层对象函数。

    18010

    12个ggplot2扩展包帮你实现更强大可视化

    geoms都可以用于地图可视化,可以图上绘制等高线图或散点图。...可以使用GGally快速绘制模型系数,或者图上绘制网络,如下面的图片所示。 ?...R统计和作图 R赞扬下努力工作你,奖励一份CheatShet 别人电子书,你电子书,都在bookdown R语言 - 入门环境Rstudio R语言 - 绘制 (heatmap) R语言...- 基础概念和矩阵操作 R语言 - 简化 R语言 - 美化 R语言 - 线图绘制 R语言 - 线图一步法 R语言 - 箱线图(小提琴、抖动、区域散点图) R语言 - 箱线图一步法 R语言 -...分析,简单全面的最新教程 一文看懂PCA主成分分析 富集分析DotPlot,可以服 基因共表达聚类分析和可视化 R1010个绘制方法 还在用PCA降维?

    2.9K21

    R包reshape2 |轻松实现长、宽数据表格转换

    包,可以轻松宽格式(wide-format)和长格式(long-format)之间转换数据。...一般我们实验记录数据格式(大多习惯用宽表格记录数据)和我们后期用R绘图所用到数据格式往往不一,例如ggplot2、plyr,还有大多数建模函数lm()、glm()、gam()等经常会使用长表格数据来作图...(在线+R包) R赞扬下努力工作你,奖励一份CheatShet 别人电子书,你电子书,都在bookdown R语言 - 入门环境Rstudio R语言 - 绘制 (heatmap) R语言...R1010个绘制方法 还在用PCA降维?...R语言可视化学习笔记之ggridges包 利用ComplexHeatmap绘制(一) ggplot2学习笔记之图形排列 用R图上绘制网络三种方法 PCA主成分分析实战和可视化 附R代码和测试数据

    11.2K12

    R语言绘图 | 给气泡矩阵图上个色

    上次小编教大家用R语言绘制气泡矩阵图后,好多朋友都在后台留言问小编怎么给气泡矩阵图上色,今天小编就教大家怎么给气泡矩阵图上个色 ! 不管我们做什么组学分析,分析到最后总是躲不过富集分析。...使用Y叔" clusterProfiler "进行完富集分析后,可以直接使用 dotplot 绘制气泡,而且配色还十分好看。 ?...但有时候我们富集分析结果是用其他工具做出来,或者想要更改气泡显示内容时,又该怎么做出和Y叔一气泡呢? ,我想展示结果A-D四个GO term富集倍数、q值和count。...准备输入文件(分为四列,第一列为GO term描述,第二列为富集倍数,第三列为q值,第四列为count,以"Tab"为分隔符): ?...这样我们就完成气泡上色过程啦! 如果想要更改其他颜色,可以scale_color_gradient 函数修改。 参考资料: ggplot2|详解八大基本绘图要素

    3.8K40

    干货:12个案例教你用Python玩转数据可视化(建议收藏)

    创建样式优美的数据可视化是这个艺术不可缺少部分。然而,某些人认为优美的,也会有人觉得难以接受。和艺术类似,随着数据分析快速演变,人们观念和品味也一直变化。...如你所见,在这个图形底部,还有可以平移和缩放图形装置。 07 创建 使用一组颜色矩阵可视化数据。最初,用于表示金融资产(股票)价格。... ggplot2R语言用户群很流行数据可视化库。...ggplot2主要思想是在数据可视化产出包含多个图层。就像一个画家,我们从一个空画布开始,紧接着一步步添加图层。 通常我们使用rpy2来让Python接入R语言代码。...12 使用影响高亮数据 类似于气泡,影响(influence plot)会考虑到单个数据点拟合、影响和杠杆之后残差。残差大小绘制垂直轴上,并且可以标识数据点是异常值。

    3.7K40

    何在Python里用ggplot2绘图

    facet指的是子规范,也就是说,单独图中,将数据多个变量相邻绘制在一起。统计转换主要指在图表包含汇总统计信息,例如中位数或百分位。坐标描述了不同坐标系。...plotnine plotnine是一个Python包,允许您使用类似ggplot2代码来实现图形语法。通过这样做,就像在ggplot2,您可以将数据映射到构成可视化可视对象。...这使您能够提高代码可读性和结构。虽然可以将matplotlib样式设置为ggplot,但是不能像在ggplot2那样matplotlib实现图形语法。...让我们从构建一个非常简单绘图开始,只使用三个必需组件:数据、美学和几何对象。 ? 您所见,语法与ggplot2非常相似。首先,我们指定数据源。我们例子,我们使用数据是经典MPG数据集。...使用上面的代码块,我们绘图如下所示: ? 绘制多维数据 除了基本绘图之外,您几乎可以ggplot2做任何其他可以做事情,比如绘制多维数据。

    3.6K30

    12个案例教你用Python玩转数据可视化

    创建样式优美的数据可视化是这个艺术不可缺少部分。然而,某些人认为优美的,也会有人觉得难以接受。和艺术类似,随着数据分析快速演变,人们观念和品味也一直变化。...在下面的截图中,我们可以看到“Day of year 31”文本来自这个工具栏: 如你所见,在这个图形底部,还有可以平移和缩放图形装置。 七、创建 使用一组颜色矩阵可视化数据。...最初,用于表示金融资产(股票)价格。Bokeh是一个Python包,可以IPython Notebook显示,或者生成一个独立HTML文件。 1.... ggplot2 R 语言用户群很流行数据可视化库。...ggplot2主要思想是在数据可视化产出包含多个图层。就像一个画家,我们从一个空画布开始,紧接着一步步添加图层。 通常我们使用rpy2来让Python接入R语言代码。

    2.6K30

    一个函数完成数据相关性计算和展示

    让我们将整个数据集直接用ggcorr进行分析,计算每一列数值列之间相关性,并绘制一个下三角展示: ggcorr(nba) ## Warning in ggcorr(nba): data in column...(heatmap) R语言 - 简化 R语言 - 美化 绘图参数 控制色阶 默认情况下,ggcorr使用从-1到+1连续色标显示矩阵中表示相关性强度。...可以通过低,中和高参数来修改此梯度,这与ggplot2scale_gradient2控制参数类似: ggcorr(nba[, 2:15], low = "steelblue", mid = "white...0, max_size = 6) R语言学习 - 散点图绘制 Volcano plot | 别再问我这为什么是火山 控制系数显示 ggcorr可以通过将label参数设置为TRUE来相关矩阵顶部显示相关系数...相关矩阵变量标签可能会出现一个问题是,变量标签太长而无法左下方完整显示。

    2.8K10

    R语言入门系列之二

    基于欧氏距离PCA、RDA中分析群落数据可以将每个弦转化可以弥补欧氏距离缺陷。弦转化后数据使用欧氏距离函数计算将得到弦距离矩阵。...为了比较不同标准化方法对群落数据影响,我们使用只有两个物种虚拟群落进行处理,然后笛卡尔坐标系进行展示(彼此之间是欧氏距离): #假设虚拟数据:2个物种5个分布 spe1=c(0.1,0.2,0.3,0.4,0.5...b斜线 points():以由图形绘制 lines():已有图形绘制线图 plot.new():绘制图形,如若不设置参数,绘制一个新空白图形 segments():根据起止点坐标,已有图形添加直线...,mfg参数后两个表示多环境行、列,前两个表示要跳到位置 此外,par()里也可以设置坐标轴大小字体样式cex、font等。...倍箱子高度(四分位间距),设置add=T可以讲箱形绘制在当前图像上。

    3.8K30

    R语言绘图之ggplot2

    那么今天我们就为大家介绍一下目前R语言中流行绘图包ggplot2。 1. ggplot2安装:install.packages("ggplot2")。...3. ggplot2函数介绍: ggplot2所有函数可以分为以下几类: 用于运算(我们在此不讲,fortify_,mean_等) 初始化、展示绘图等命令(ggplot,plot,print等)...,由斜率和截距指定 geom_area 面积(即连续条形) geom_bar 条形 geom_bin2d 二维封箱 geom_blank 空几何对象,什么也不画 geom_boxplot...stat_smooth 添加平滑曲线 stat_spoke 绘制有方向数据点(由x和y指定位置,angle指定角度) stat_sum 绘制不重复取值之和(通常用在三点图上) stat_summary...coord_map 地图投影 coord_polar 极坐标投影 coord_trans 变换笛卡儿坐标 分面函数 描述 facet_grid 将分面放置二维网格 facet_wrap 将一维分面按二维排列

    4.2K10

    gggenes绘制多物种基因结构比较

    https://wilkox.org/gggenes/ gggenes是ggplot2扩展包,用于绘制基因结构图、多物种基因比较很好玩工具。...make_alignment_dummies()会根据给定数据和待对齐基因,生成一组空基因;再使用geom_blank()将这些空基因添加到绘图中,就可以填充两侧空白,以图上直观对齐所选基因...正负链基因分开展示 forward属性可以用于同一张分开正负链基因展示。...如果forward为FALSE,或者任何强制为假值(-1),则该基因将按暗指方向相反方向绘制。...使用geom_subgene_label()给子区域图上加标签,它工作原理类似于geom_gene_label(),但主要区别是它需要xsubmin和xsubmax属性 (而不是xmin和xmax

    4.3K21

    咦!这样画基因结构图够好看!(结尾有送书福利)

    https://wilkox.org/gggenes/ gggenes是ggplot2扩展包,用于绘制基因结构图、多物种基因比较很好玩工具。...make_alignment_dummies()会根据给定数据和待对齐基因,生成一组空基因;再使用geom_blank()将这些空基因添加到绘图中,就可以填充两侧空白,以图上直观对齐所选基因...正负链基因分开展示 forward属性可以用于同一张分开正负链基因展示。...使用geom_subgene_label()给子区域图上加标签,它工作原理类似于geom_gene_label(),但主要区别是它需要xsubmin和xsubmax属性 (而不是xmin和xmax...话题互动: 首先感谢看到了这里您。不知道各位在绘制基因结构图(或其他过程,有哪些崩溃/头秃/“成仙”瞬间呢。

    5.2K33

    Python得可视化:使用Seaborn绘制常用图表

    要引入Seaborn库,使用命令是: import seaborn as sns 使用Seaborn,我们可以绘制各种各样图形,: 分布曲线 饼和柱状 散点图 配对 热力图 文章,我们使用从...在这里,曲线(KDE)显示分布图上是近似的概率密度曲线。 与matplotlib直方图类似分布方面,我们也可以改变类别的数量,使更容易理解。...特定类别数分布 在上图中,没有概率密度曲线。要移除曲线,我们只需代码写入' kde = False '。 我们还可以向分布提供与matplotlib类似的容器标题和颜色。...最终目的是用彩色图表显示信息概要。它利用了颜色强度概念来可视化一系列值。 我们足球比赛中经常看到以下类型图形, ? 足球运动员 Seaborn创建这个类型。...带有一些自定义代码 我们给出“annot = True”代码,当annot为真时,图中每个单元格都会显示它值。如果我们代码没有提到annot,那么它默认值为False。

    6.6K30

    R语言之 ggplot 2 和其他图形

    接下来我们将探索用 ggplot2绘制常用统计图形方法。 2.分布特征 探索数据过程,最基本手段就是观察单个变量取值情况。对于连续型变量,可以绘制直方图或密度曲线图。...ggpubr 包提供了平行箱线图上添加组间比较统计学差异功能。该包是一个 ggplot2 衍生包,可以生成用于论文发表统计图形,值得医学研究工作者探索。...3.3 (heatmap)是将一个矩阵元素数值用不同颜色表达,并对矩阵行或列进行层次聚类一种颜色。通过热,我们不仅可以直接观察矩阵数值分布状况,还可以知道聚类结果。...关于聚类分析进一步介绍参见第 10 章。经常运用在生物信息学数据分析。...以 RNA-seq 为例,可以直观呈现多样本或多个基因全局表达量变化,还可以呈现多样本或多个基因表达量聚类关系。 stats 包里函数 heatmap( )可用于制作

    43120

    56-R可视化-5-ggplot2基石三部曲之基础二

    开始前 主要为ggplot2 后四个部分内容。 geometries 几何对象 不同几何对象 image.png 几何对象叠加 几何对象本质,也就是画面上不同图层。...也正因其代表不同图层,因此也可以利用新图层对旧图层进行叠加(或覆盖)。 先后顺序 但也正和图层叠加一,Rggplot 叠加也有先后顺序,后来图层会覆盖原来图层上。...散点图 jitter 通过为本来重叠在同一位置点添加随机“抖动”,使重叠点产生错位,也因此能够完全显示图像里。 柱状 dodge 可以让组直方图并列显示。...与 stack 类似,只不过显示是各部分占其整体比重。...尝试在此图上叠加点, # 能发现什么问题? 点覆盖箱线图上。后设定图层更靠近顶层位置。

    1.9K20
    领券