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Vitessce: 多模态和空间分辨单细胞数据的综合可视化

根据数据特点定制可视化 挑战: 单细胞数据集可能包含多个模式(如基因表达、染色质可及性等),并可能带有空间坐标或图像。不同实验方法会生成多种数据类型,如降维结果、聚类、细胞类型注释和细胞分割等。...该框架在人类生物分子图谱计划(HuBMAP)和肾脏精准医学项目(KPMP)的数据门户中的使用,以及其在GitHub上的开源开发,已经带来了宝贵的反馈,这些反馈指导了需求和未来的研究方向。...在 R 中配置的可视化可以通过交互式小部件在 RStudio 查看器窗格、R 文档、pkgdown 网站和 Shiny 应用中呈现。 该小部件是作为 R htmlwidget 实现的。...在Vitessce中,这种方法不仅适用于主图像,还适用于用于细胞和细胞器分割的图像位图文件,这些文件也可以存储在多分辨率格式中。...热力图是通过使用一个自定义层实现的,该层在观察对象特征矩阵中对相邻值进行聚合计算,当多个值对应于屏幕上仅一个像素时。

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    基于jsoneditor二次封装一个可实时预览的json编辑器组件(react版)

    O 开闭原则: 规定“软件中的对象(类,模块,函数等等)应该对于扩展是开放的,但是对于修改是封闭的”,这意味着一个实体是允许在不改变它的源代码的前提下变更它的行为。...I 接口隔离原则: 指明应用或者对象应该不依赖于它不使用的方法。接口隔离原则(ISP)拆分非常庞大臃肿的接口成为更小的和更具体的接口,这样应用或对象只需要知道它们感兴趣的方法。...接口隔离原则是在SOLID (面向对象设计)中五个面向对象设计(OOD)的原则之一,类似于在GRASP (面向对象设计)中的高内聚性。...正文 接下来我们就正式开始我们的正文.由于本文的组件是基于react实现的,但是用在vue,angular上,基本模式同样适用.关键就是掌握好不同框架的生命周期....对外暴露属性和方法以支持不同场景的需要 import React, { PureComponent } from 'react' import JSONEditor from 'jsoneditor'

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    前端: 从零封装一个可实时预览的json编辑器

    O 开闭原则: 规定“软件中的对象(类,模块,函数等等)应该对于扩展是开放的,但是对于修改是封闭的”,这意味着一个实体是允许在不改变它的源代码的前提下变更它的行为。...I 接口隔离原则: 指明应用或者对象应该不依赖于它不使用的方法。接口隔离原则(ISP)拆分非常庞大臃肿的接口成为更小的和更具体的接口,这样应用或对象只需要知道它们感兴趣的方法。...接口隔离原则是在SOLID (面向对象设计)中五个面向对象设计(OOD)的原则之一,类似于在GRASP (面向对象设计)中的高内聚性。...正文 接下来我们就正式开始我们的正文.由于本文的组件是基于react实现的,但是用在vue,angular上,基本模式同样适用.关键就是掌握好不同框架的生命周期....对外暴露属性和方法以支持不同场景的需要 import React, { PureComponent } from 'react' import JSONEditor from 'jsoneditor'

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    【CodeMirror】:代码编辑器

    React 中如何使用 CodeMirror? 5. CodeMirror 的 lint 特性是靠什么实现的? 6. 综合示例 1. CodeMirror 是什么?能做什么?...CodeMirror 最广泛的应用是代码高亮,内置 n 种语言支持,常见的有: css javascript jsx sql vue CodeMirror 同样支持内置 n 种主题支持,常用的有: eclipse...通常使用 CodeMirror 的地方,都会看到一大堆模块导入 import 语句,例如: CodeMirror 的模块化特征非常强,基本上所有特性,都需要独立引入: 内核:codemirror/lib...CodeMirror 有 n 多配置,常用的有: 4. React 中如何使用 CodeMirror?...CodeMirror 的 lint 特性是靠什么实现的? vue-element-admin 中使用 CodeMirror 实现了一个带校验功能的 JsonEditor。

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    「R」Shiny:用户界面(三)布局

    在我们知道如何创建一系列输入和输出控件之后,我们需要学会如何在一个页面中对它们进行排列,以达到比较好的展示效果。这正是布局函数的工作,布局函数提供了一个应用高层次的可视化结构。...这篇文章的内容聚焦于 fluidPage() 函数,它提供了大多数应用使用的布局风格。在未来的文章中我们将讨论布局函数家族的其他成员,如仪表盘、对话框。 依旧先载入 Shiny。...library(shiny) 概览 Shiny 应用布局由层次函数调用创建,其中 R 中的层次结构与输出中的层次结构匹配。...多行页面结构 细心的读者可能注意到了每一行的总宽是 12,这是 Shiny 设定的,我们可以在此基础上使用不同宽度的组合。...这样可行的原因是Shiny 代码本质上就是 R 代码,读者可以使用 R 中已知的任何工具增强效率、减少重复。请谨记三的原则:当你拷贝和粘贴代码超过 3 次,就应该考虑编写一个函数或者 for 循环。

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    【最终章】R语言从入门到精通Day18:Shiny高级可视化

    上例,大家也可以通过函数runExample()来观察shiny包中内置的范例。如: > runExample(“01_hello”) shiny包中内置了11个示例,大家可以通过后台代码一一查看。...例2 了解了上面这些例子之后,观察示例中的代码不难发现,一个shiny app中一定包含了R脚本app.R,这个脚本位于文件夹下(如kmeans),运行这个shiny app只需要运行函数runApp(...**上面的这些函数都是最简单基本的页面设置方法,shin包还有其它类似函数,这里就留给大家自己去研究了** 在shiny app的页面设置过程中充分借鉴了HTML语言,例子app2中尽可能多的展示了这一特性...图7,server function中相对应的生成R obiect的常用函数。 ? 例4 这里app4是一个不错的例子,它将两个control widgets的参数用文本的形式返回在ui上。...shiny包借鉴了很多编写网页的思想和方法,从而实现了网页应用和R语言的“双剑合璧”,同时它也能和Markdown包、CSS、JavaScript等方法联合使用,是一种非常优秀的数据可视化方法,希望能成为大家日后数据可视化的新工具

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    软件开发|如何用 R 语言的 Shiny 库编写 web 程序

    它能从R控制台轻松安装,只需要一行,就可以加载好最新的稳定版本来使用。这里有一个很棒的教程,它可以在前面课程基础上,带着你理解应用架设的概念。...Shiny的授权是GPLv3,源代码可以在GitHub上获得。...这并没有什么奇特的,但它向你展示了一个Shiny程序的基本结构。“server”部分允许你处理所有后端工作,如计算、数据库检索或程序需要发生的任何其他操作。...包括在Shiny中的Bootstrap有了大量样式和主题,所以在学习了一点后,就能用R创建大量功能丰富的web程序。使用附加包可以将功能扩展到更高级的JavaScript程序、模板等。...对于想要发布到网络上的程序,你可以在RStudio的Shiny网站上共享它们,运行开源版本的Shiny服务器,或通过按年订阅服务从RStudio处购买ShinyServerPro。

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    基于R语言的shiny网页工具开发基础系列-02

    如例,下面的ui函数创建了一个含有标题面板和侧栏布局(侧栏面板和主面板)的页面布局,这些元素都应放在fluidPage函数中 ui <- fluidPage( titlePanel("title panel...例如,你能以h1("My title")创建一级标题,这个命令的输出实际上就是一段HTML代码 library(shiny) h1("My title") # My title 尝试将上述代码应用到...格式化文本 shiny 提供了许多标签函数格式化文本,跑例子是最简单的了解他们的fangfa 试试把下面的代码粘贴到app中的合适位置 ui <- fluidPage( titlePanel("My...shiny 用 img 函数将图片放入app中 src参数用于指定图片的来源,比如,img(src = "my_image.png",这是必要的参数,不然不知道传递哪张图片到app呢 也有其他参数能够定义图片的属性...www的文件夹中,shiny会通过特殊的处理,将这个文件夹中的文件与浏览器共享,www就是存放图片,样式表等东西的大本营,里面的文件用于浏览器构建app的网页部分。

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    基于R语言的shiny网页工具开发基础系列-04

    告诉shiny如何在server函数构建对象,该对象会在它的代码构建一个小工具的值的时候反应 第一步:加一个R对象到UI shiny提供了一个函数家族,将R对象转换成在UI中的输出,每个函数创建特定类型的输出...表达式可以是一行简单的文本,也可以包含很多行代码,就像是一个复杂的函数调用一样。 将此R表达式视为一组指令,您可以将它们提供给Shiny以便以后存储。...那应该怎么做呢 通过在构建文本时,让shiny调用小工具的值,从而实现文本反应 看一下代码发现,server函数的第一行有两个参数input和output 已知output是个列表类的对象,储存构建app...当用户改变小工具,shiny会使用新的值重建依赖于那个小工具的所有的输出,重建对象达到更新的目的 这就是如何用shiny创建反应,通过连接input列表中的值到output中的对象。...,操作选择框的时候文本也会随之改变 在改变的时候,反应部分的代码甚至会变黄,有助于理解反应输出 练习 在上面的App加第二行反应文本,加到app的主面板,展示如 “You have chosen a range

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    「R」Shiny 教程笔记

    : 在自己的 linux 服务器上管理和部署 shiny 的软件 Download Shiny Server - RStudio更多 shiny 内容:Shiny最后就是复习,第一部分总的下来是非常简单的...值得注意的是,虽然我们在编写 Shiny 程序时还是按照顺序的流程编写,但实际上不同的表达式对于 Shiny 本身而言是没有顺序的。 ? ? ?...p9:reactive 工具集 render* 函数构建 shiny app 中要显示的对象。 它会将结果保存到 output 对应的元素中。...p10:使用 reactive 表达式模块化 Shiny 回顾上一部分的学习中,当多处使用同一随机数据时,不同地方的数据将变得不一致。...p11:使用 isolate() 隔离响应表达式 如何在不更新图的情况下更新标题呢?这就需要使用 isolate() 了。 isolate() 创建一个非响应对象(看作 R 常规值)。

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    FastRWeb:R网页开发不止Shiny,还有另一种方案!注意文末有彩蛋!

    虽然网络上很多文章分别介绍了Shiny和FastRWeb,但还没有文章比较过二者,很多初学者可能也有这样的疑问,故简单叙述一二,不对的地方请海涵并请教。...shiny-server 免费的shiny-server不支持用户认证和ssl,意味着你只能用来部署个人小型项目,如果是商业性的项目,必须且不得不购买shiny-server pro了,因为商业项目必然涉及到用户注册和分组策略...FastRweb FastRWeb也是一个框架,原理是调用R脚本生成图片后用base64回传,适合展示没有很强交互需求的图像,比较适合数据挖掘相关的图表。...当然,简单的交互通过传参也是可以实现的,但毕竟免费,缺少维护力量,颜值不如shiny那样高,如果要做到Shiny那样,那需要继续开发更多的控件,还有更灵活的交互和缓存机制,二次开发成本不小,对于有能力的开发团队还是建议直接把...还有很多免费的前端,比如bootstrap,vue.js,还有许多免费的javascript库(比如echarts)能画出shiny一般具有交互功能的美图,比如下面的图: (这是echarts的demo

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    Shiny-R语言轻松开发交互式web应用

    Shiny简介 Shiny是RStudio公司开发的新包,有了它,可以用R语言轻松开发交互式web应用。 特性 只用几行代码就可以构建有用的web应用程序—不需要用JavaScript。...Shiny应用程序会自动刷新计算结果,这与电子表格实时计算的效果类似。当用户修改输入时,输出值自动更新,而不需要在浏览器中手动刷新。...Shiny用户界面可以用纯R语言构建,如果想更灵活,可以直接用HTML、CSS和JavaScript来写。...采用反应式(reactive)编程模型,摒弃了繁杂的 事件处理代码,这样你可以集中精力于真正关心的代码上。...开发和发布你自己的Shiny小工具,其他开发者也可以非常容易地将它加到自己的应用中 安装 Shiny可以从CRAN获取, 所以你可以用通常的方式来安装,在R的命令行里输入: install.packages

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