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通过值子集R中的距离矩阵
r、dataframe、subset、distance、symmetric
我有一个非常大的距离矩阵(3678x3678)，目前编码为数据帧。列被命名为"1“、"2”、"3“等等，行也是如此。因此，我需要做的是找到小于26且不同于0的值，并将结果放入包含两列的第二个数据帧中:第一列包含索引，第二列包含值。
浏览 10提问于2021-01-27得票数 0
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距离矩阵的近似估计
algorithm、distance、heuristics、approximation
我有一组N个对象，我想计算一个NxN距离矩阵。有时我的N个对象集非常大，我想通过只计算距离比较的一个子集来计算NxN距离矩阵的近似值。
谁能给我指出一个可以计算全距离矩阵近似值的方向？编辑:算法类型的一个示例将利用以下事实:如果对象A和对象B之间的距离非常小，并且对象B和对象
浏览 6提问于2010-06-24得票数 2
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在sklearn中运行pairwise_distances时出现内存错误
scikit-learn
当我想要计算jaccard时，有4000万个datasets.And，它报告内存error.How来改进我的代码？for line in open(".
浏览 1提问于2019-11-26得票数 0
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在R中切割一个图
r、graph、cluster-analysis
我有以下简单的问题。对于多个节点，我有一个距离矩阵，我希望得到这个节点的子集列表，这样在每个子集中，每两个节点都处于最小距离dmin。也就是说，最初，每两个节点都由具有关联值的边缘连接。我希望删除值小于dmin的每一条边，并列出所有由此产生的断续图。
本质上，我希望得到彼此非常接近的数据点簇，而不是使用聚类算法，而是使用距离的阈
浏览 0提问于2013-08-07得票数 2
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如果我从头开始创建一个矩阵，我可以以各种方式对其进行子集，保留列名：colnames(tmp2) <- letters[1:3]但是，如果通过转换距离对象来创建矩阵，则行为会发生变化：row.names(tmp) <- letters[1:3]
浏览 3提问于2020-04-09得票数 3
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欧氏空间中“最紧”子集的求法
cluster-analysis、graph-theory、mathematical-optimization、euclidean-distance
我在x_1，x_2，.在R^d中，我希望找到k点的子集，使这些k点之间的距离之和最小。天真地，这是一个O(n选择k)问题，但我正在寻找一个更快的算法。我可以想到两种可供选择的等价物：
最小边权团问题:把点看作一个图，边权是距离，求出最小权团。，这是众所周知的NP-完全.然而，我的好处是知道我的图嵌入在R^d中，并且所有的权重都是正数，所以这可
浏览 0提问于2012-07-19得票数 0
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是否有对距离的聚类算法，而不计算所有成对距离？
clustering、similarity、graphs、distance
我正在寻找一种聚类算法，通过使用对象的成对距离来对对象进行聚类，而不需要计算所有成对距离。通常，成对的聚类如下所示：(请参阅这里)假设距离为非欧氏距离，则可以在距离矩阵上使用谱聚类或亲和力传播，并检索聚类结果。然而，计算所有对组合对象的全距离矩阵在计算上是非常
浏览 0提问于2019-03-08得票数 5
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如何使用半正弦距离矩阵返回满足距离阈值条件的所有点对
python、pandas、dataframe、haversine
-82.5337534 27.512062 -82.722158array([[ 0[ 7.63477669, 23.07090099, 0.75441483, ..., 23.75965211,因此我的矩阵是我想找出一种方法来找到距离小于25米的所有配对。例如，如果我们考虑第一个数组
[
浏览 3提问于2018-06-08得票数 3
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点云的局部极大值
numpy、computational-geometry、sparse-matrix、kdtree、sparse-array
我有一个点云C，其中每个点都有一个相关的值。假设点在二维空间中，所以每个点都可以用三重子表示(x，y，v)。
我想找出点的子集，它是局部最大值。也就是说，对于某些半径R，我想在C中找到点S的子集，这样对于S中的任意点Pi (有值vi)，在Pi的R距离内的C中没有点Pj，它的值
浏览 4提问于2014-11-20得票数 2
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我想要平衡从原点到所有点的距离，其中点是用两个坐标的数据帧给出的。-4.2 -22.4 8 3.0 -32.5 10 8.4 -40.8
为了得到这个距离，我用欧几里德距离作为向量。
浏览 6提问于2015-06-13得票数 3
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当行索引不等于列索引时，如何在矩阵中找到最小值的索引？
r、matrix
我在R中有一个距离矩阵，我想找出矩阵中最小值的行索引和列索引，其中行索引不等于列索引(所以不是一个值到自身的距离)。我该如何在R中做呢？现在我有： which(D == min(D), arr.ind = TRUE) 它将返回矩阵中最小值的索引，但不排除值到自身的距离。
浏览 15提问于2019-02-03得票数 0
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如何采样data.frame以最小化所选列之间的相关性？
r、correlation、sampling
我试图以这样一种方式对data.frame进行子示例，即样本将具有尽可能多地捕捉原始data.frame列之间的变化的观察。mtcars数据集的一个例子:我想找到3辆mpg、vs和carb最不同的汽车。，这样我就可以得到一个更小的data.frame。14.60 0 1 5 8我在想，这可能可以通过拉丁超级立方体抽样(lhs包)
浏览 6提问于2021-03-17得票数 1
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使用位置数组在R中插入矩阵？
r、matrix、subset
在R中，我想通过使用包含位置的数组来子集矩阵。例如，如果我有这个矩阵我希望能够返回一个数组，其中包含列中的值。mycols <- c(2,3,2)c(2,6,8)
谷歌
浏览 2提问于2021-08-31得票数 4
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找到有最小距离的项目的最大子集？
algorithm
我的问题类似于这个问题：
然而，在我的例子中，与其嵌入在一维的整数之间的距离，我还有一个任意元素集和一个距离矩阵，它给出了每个元素到另一个元素的距离。距离都是整数，它们满足的要求。给定指定的最小距离(例如3)，目标是识别起始集的最大大小子集，使子集中的每一对元素的</
浏览 1提问于2017-04-04得票数 2
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主坐标分析(PCoA)中的复特征值
r、pca、eigenvalue、phylogeny、ape
在主坐标分析(PCoA)中，我有一个关于复特征值的问题。任何帮助都非常感谢！的目的：在系统发育距离矩阵上执行PCoA，->在回归模型中包含排序轴，以解释植物物种间的系统发育相关性(n = 1013种)。输入数据：一个系统发育距离矩阵，它是通过将cophenetic()函数应用于根的和经过时间校准的系统发育过程而得到的。结果是一个1013x1
浏览 3提问于2021-04-12得票数 2
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计算旅行推销员-内存消耗和速度
java、algorithm、traveling-salesman
我的输入是一个文本文件，第一行表示城市的数量。每个城市都是平面上的一个点，随后的每一条线都表示单个城市的x坐标和y坐标。两个城市之间的距离被定义为欧几里德距离。我的程序的输出应该是这个实例的旅行推销员旅行的最小成本，舍入到最接近的整数。我很难想出如何减少内存消耗和提高效率的想法。我所使用的优化只是在数组中存储m
浏览 0提问于2013-10-11得票数 3
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奇维矩阵的乘法速度
c、performance、matrix
我试图理解为什么NxN与N=63, 127, 255, 511, 1023, 2047的平方矩阵行乘比N=64, 128, 256, 512, 1024, 2048.快的问题。这是我迄今为止的尝试：
我已经运行了perf指令，给出了我有多少次命中率和命中次数，以及我需要访问主存多少次。一般来说，在N=2^k的情况下，乘法比当我有N=2^k-1时要慢，所以我有更少的GFLOPS。我在想，这可能与块大小和存储在缓存中的所有东西的集合有关，
浏览 1提问于2015-12-18得票数 3
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有效分割三角稀疏矩阵
python、numpy、scipy、sparse-matrix
我有一个稀疏的三角形矩阵(例如距离矩阵)。实际上，这将是一个高度稀疏的大于1M×1M的距离矩阵。[0, 1, 3, 3, 2], [0, 0, 0, 1, 3],])X2 = X[id
浏览 1提问于2021-01-04得票数 3
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