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    Scientific Reports | AutoImpute:基于自编码器的单细胞RNA测序数据的插补

    今天给大家介绍印度德里Indraprastha信息技术学院的Debarka Sengupta教授等人发表在Scientific Reports上的一篇文章 “AutoImpute: Autoencoder based imputation of single-cell RNA-seq data” 。单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 技术的出现,使我们能够以单细胞分辨率测量数千个基因的表达水平。然而,单个细胞中起始RNA的数量不足会导致显著的“dropout”事件 (被错误判断为零的表达值),在表达矩阵中引入大量的零计数。为了解决这一问题,本文提出了一种基于自编码器的稀疏基因表达矩阵的插补方法。AutoImpute,它学习输入的scRNA-seq数据的固有分布,并相应地插补缺失值,对生物沉默基因 (真实表达的零值) 进行最小的修改。在真实的scRNA-seq数据集上进行测试时,AutoImpute在基于下采样数据的表达恢复、细胞聚类精度、方差稳定和细胞类型可分离性方面表现出竞争性。

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