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如何使用R的sweep函数对表达矩阵进行标准化

我们知道一般做表达谱数据分析之前,第一步就是对我们的表达矩阵进行标准化(归一化),去除由于测序深度,或者荧光强度不均一等原因造成的表达差异。...做归一化的方法也很多,有根据中位数进行归一化,即将每个样本中所有基因的表达值的中值转换到同一水平。...如下图所示 除了中位数标准化之外,我们还可以使用z-score的方法来对表达谱数据进行标准化: z-score=(表达量-均值)/标准差 那么下面小编就给大家演示一下如何使用前面讲到的☞R中的sweep...函数,使用z-score的方法来对表达谱矩阵进行标准化 #为了保证随机数保持一致,这里设置一下种子序列 set.seed(123) #随机生成100个数,构造一个10X10的矩阵 data=matrix...这个函数就能完成z-score的计算,我们来看看这个函数的说明 我们来看看scale这个函数的效果 #因为scale默认对列做操作,所以这里先用t对表达矩阵做一个转置 #计算完再用t转置回来 data3

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    快速掌握shell脚本的各种循环语句

    当第一个表达式的初始化值符合第二个变量的范围时,就进行如循环执行,当条件不满足时就退出循环 #简单示例 #1.竖向打印1 2 3 4 5几个数字 #第一种方法:直接列出元素 [root@game scripts...#介绍:select循环主要用于生成菜单,执行select循环的时候会打印一个菜单项,默认提示符#?...^C 5.循环控制及状态返回值 break (循环控制) continue (循环控制) exit (退出脚本) return (退出函数) #区别 break continue在条件语句及循环语句(for...if while等)中用于控制程序的走向 exit是终止所有语句并退出脚本 return:仅用于在函数内部返回函数执行的状态值 #break示例 #如果i等于3,那么就终止循环 [root@game...then exit 1 fi echo $i done echo "ok" #执行效果 [root@game scripts]# sh exit1.sh 0 1 2 #说明:当i等于3的时候就会退出脚本了

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    Linux Shell循环详解(从零开始掌握Shell脚本中的循环结构)

    在Linux系统中,Shell脚本是自动化任务的强大工具。而循环则是Shell脚本中不可或缺的控制结构,它能让你重复执行一段代码,直到满足特定条件为止。...无论你是刚接触Linux的新手,还是想巩固基础知识的中级用户,本文都将带你一步步理解并掌握Linux Shell循环的使用方法。一、为什么需要循环?...如果没有循环,你可能要手动写100行几乎相同的命令!而有了循环,只需几行代码就能完成重复任务。这就是Shell脚本教程中循环的价值所在。...二、Shell中常见的循环类型在Bash(最常用的Shell)中,主要有两种循环结构:for 循环:用于遍历一个列表(如数字、文件名等)while 循环:只要条件为真,就持续执行1. for 循环的基本用法...这些知识是编写高效Shell脚本教程内容的基础。多加练习,你很快就能写出自动化的强大脚本!提示:建议在虚拟机或测试环境中练习,避免误操作影响生产系统。

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    Shell脚本循环读取文件中的每一行

    使用for循环 for line in `cat filename` do echo $line done 或者 for line in $(cat filename) do echo $...line done 使用while循环 while read -r line do echo $line done < filename While循环中read命令从标准输入中读取一行,并将内容保存到变量...今天遇到一个问题弄了好久才搞明白:我想在循环中动态链接字符串,代码如下: for line in `cat filename` do echo ${line}XXYY done 就是在每一次循环过程中给取出来的字符串后面添加...后来发现是因为我的文件是才Window下生产的,在Linux下读取这样的文件由于换行符的不同会导致程序运行不出来正确的结果。...解决办法:在Linux安装dos2unix小工具,经过该工具转化以后的文件再进行读取就没有问题了。

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    Python脚本:自动化下载视频的日志记录

    本文将介绍如何在Python脚本中实现自动化下载视频的同时,进行详细的日志记录,并在代码中加入代理信息以增强网络请求的灵活性。...性能监控:日志可以记录下载速度和时间,帮助监控脚本的性能,从而进行优化。合规性审计:在某些行业,记录下载行为是遵守法律法规的必要条件。用户反馈:为用户提供下载状态的反馈,提高用户体验。...优化日志记录为了提高日志记录的效率和可读性,可以进行以下优化:日志级别:根据需要调整日志级别,例如在开发阶段使用DEBUG级别,在生产环境中使用INFO或WARNING级别。...异步日志记录:使用concurrent-log-handler或类似库实现异步日志记录,提高脚本性能。结论自动化下载视频的脚本中,日志记录是一个不可或缺的部分。...通过合理配置和优化日志系统,可以有效地监控和管理下载过程,提高脚本的健壮性和用户体验。本文介绍的日志记录方法和示例代码,可以作为开发自动化下载工具的参考。

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    一次对JDK进行减肥的记录

    -linux-x64.tar.gz文件为例,大小为:189.8 MB),每次花费在文件拷贝上的时间都比较多,特别是需要大批量部署的时候总共需要消耗的时间还是比较可观的.因此就突发奇想:是否可以对jdk进行...8u161-linux-x64.tar.gz进行了相应的精简,最后成功将jdk安装包从"189.8 MB"精简到"49.6 MB". ?...如下是对JDK进行精简实践的具体步骤: 删除运行程序并不需要的文档文件及目录 jdk1.8.0_161/javafx-src.zip jdk1.8.0_161/src.zip jdk1.8.0_161...,也并非必要.在我自己的实际场景中是因为触及到需要大量拷贝JDK文件导致消耗时间太长这个痛点了,所以才考虑这么做.另外,虽然我需要对程序进行批量部署,但是由于程序很简单,并未使用比较复杂的自动化部署工具...,如:Ansible,Puppet等等,而是仅仅通过一个shell脚本进行自动化拷贝和部署.所以,当我在自己实现这个自动化部署工具的时候才真正感受到大文件拷贝消耗的时间成本.

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    Linux shell脚本使用while循环执行ssh的注意事项

    如果要使用ssh批量登录到其它系统上操作时,我们会采用循环的方式去处理,那么这里存在一个巨大坑,你必须要小心了。...一、场景还原: 我现在是想用一个脚本获取一定列表服务器的运行时间,首先我建立一个名字为ip.txt的IP列表(一个IP一行),再建好密钥实现不用密码直接登录。然后写脚本如下: #!.../bin/bash while read ips; do echo $ips; done < ip.txt 脚本实现了逐行读取列表中的IP,但是: #!...二、问题分析: while使用重定向机制,ip.txt文件中的信息都已经读入并重定向给了整个while语句,所以当我们在while循环中再一次调用read语 句,就会读取到下一条记录。...修改后的代码如下: #!

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    使用 Shell 脚本进行 Hadoop Spark 集群的批量安装

    当然了,现在也有很多使用 docker 的做法,安装与部署也非常方便。 整个过程其实很简单,就是对安装过程中的一些手动操作使用 Shell 脚本进行替代。对脚本比较熟悉的话,应该很容易看懂。...在所有安装步骤中,最重要的一步是配置 SSH 无密码登录。如果不明白脚本的内容,不要使用我的安装脚本,明白可以抽取部分自用。...以下所涉及的所有脚本我都已经放到了 GitHub 上,点击 这里 查看,距离脚本写完已经有一段时间,懒得对代码结构进行优化了:)。如果对某个脚本有疑问,可以自行单独拿出来,在本地进行测试与验证。...在 Master 和 Slave 都要安装这些软件,可以将在配置好 ssh 无密码登录后,将安装脚本同步到各 Slave 进行安装。 基本的软件安装 pre-install.sh: #!...同步 hadoop/spark 的配置目录 同步完 Hadoop 和 Spark 完整的目录后,我们还需要对 Hadoop 进行一些配置,比如要进行完全分布式的配置,修改 hdfs-site.xml 等等文件

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    理解日志基础:使用Python进行有效的日志记录

    日志记录是任何软件开发过程中的一个基本组成部分,尤其是在爬虫开发中。有效的日志记录策略可以帮助开发者监控爬虫的行为,诊断问题,以及追踪爬虫的性能。...Python的 logging 模块提供了一套强大的日志记录工具,它可以帮助你轻松地记录信息、警告和错误。...为什么要进行日志记录?日志记录允许您跟踪事件,当一个应用程序运行时,您可以了解它做了什么或在某个时间点发生了什么错误。这对于调试和监控应用程序来说是非常有用的。...使用Python的 logging 模块可以帮助您创建一个灵活、可配置和易于扩展的日志记录系统。务必根据你的应用程序需求来配置适当的日志记录级别和输出格式,同时确保敏感信息不被记录。...以上介绍和代码示例为您提供了一个良好的日志记录基础,可以根据您的具体需求进行调整和扩展。

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