Conda环境需要管道

文章/答案/技术大牛

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python、anaconda、conda

我正在尝试使用conda创建一个新的环境，但它需要安装pipwin，尽管它已经安装了。我不完全确定为什么在不需要创建环境的情况下需要pipwin。(base) C:\Users\Owner>conda create -n testenv - https:/&#x

浏览 13提问于2020-08-11得票数 0

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在Conda环境中，如何升级已安装的pip包？

python、amazon-web-services、pip、conda、amazon-sagemaker

在SageMaker中，有几个conda环境可供选择。我需要升级安装在conda环境中的一些软件包。从我的研究来看，pip和conda是不相容的。那么，升级这些管道安装的软件包的最好方法是什么呢？例如，下面的映像显示了一个conda_tensorflow_p36环境，并且安装了keras包。我想将keras包升级到当前版本。我该怎么做？

浏览 0提问于2020-01-12得票数 3

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使用perl包从YAML文件创建conda环境

perl、conda

我已经创建了一个管道，它需要一个包含一些Python的conda环境和一些包的Perl5。chan

浏览 6提问于2022-11-03得票数 2

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我在Nextflow中编写了一个管道，希望使用多个不同的conda (现有)环境来避免工具安装中的不一致，并共享管道的特定模块。Nextflow文档声明，最佳实践是在nextflow.config - 中指定conda环境。然而，声明只是process.conda，似乎适用于所有进程，而不是特定于流程。我知道我只需在中指定一个现有的conda环境，但我正在尝试遵循可移植性的最佳实践。由于无法在网上找到针对这个特定问题的任何文档，所以我

浏览 6提问于2022-11-10得票数 1

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如何在Python脚本中激活Conda环境？

python、conda、environment

我有一个脚本使用os.system(cmd)来运行管道。我需要管道在特定的Conda环境中运行，所以我尝试这样做： cmd = 'conda activate base && ' + cmd os.system(cmd) 然而，我得到了： CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'

浏览 459提问于2020-11-10得票数 2

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loader = importer.find_module(modname) AttributeError：'NoneType‘对象在第二次构建jenkins作业时没有属性'find_module’

jenkins、conda

我是詹金斯管道的新手。我已经创建了一个jenkins管道，它有三个阶段--明智。码拉 pipeline{ PATH="/var/lib&#x

浏览 0提问于2019-09-13得票数 1

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Snakemake -如何设置conda环境路径

python、conda、environment、snakemake

在Snakemake中，可以通过将规则定义为conda: "envs/my_environment.yaml"来轻松地设置conda环境。这样，YAML文件指定在运行管道之前安装哪些包。有些软件需要一条通往第三方软件的路径，以执行特定的命令. /ref/mouse_0 我能否找到或预定义

浏览 3提问于2020-12-14得票数 1

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无法从Jenkins管道运行“`conda”

jenkins

我在Ubuntu 16.04上运行Conda 4.6.14。我考虑在Jenkins管道中使用使用Conda的虚拟环境，这需要Ansible，通过让所有节点使用相同的环境，ansible-env来运行播放簿。虽然这个过程看起来非常直接，但我无法调用conda activate ansible-env，因为它会导致以下错误：尝试在<e

浏览 0提问于2020-01-07得票数 1

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在Anaconda2中导入张力流:未定义的符号

python、tensorflow、anaconda、ubuntu-16.04、jupyter

我在conda install tensorflow中安装了tensorflow。但是，当导入python/jupyter notebook时，它不能很好地工作。tensorflow File "<stdin>", line 1, in <module> File "/home/work/.condafrom tensorflow.python import pywrap_tensorfl

浏览 93提问于2019-05-22得票数 3

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Snakemake版本与蟒蛇、熊猫和numpy的错配

conda、snakemake

有了这一点，任何对这些依赖项的版本的更新都需要我在所有规则yaml文件中更改它。当调用具有conda环境规范的规则时，Snakemake堆栈(鸟巢)环境。因此，我最初的猜测是错误的。当这个环境中有一个

浏览 12提问于2022-05-04得票数 -1

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在规则输入/输出中访问Snakemake工作流的conda环境的路径没有硬编码？

conda、snakemake

我有一个Snakemake工作流，它需要两个单独的conda环境，其中一条规则可能会下载文件并将它们保存到conda环境路径中的目录(如果您很好奇的话:初级方案和medaka模型将自动下载到ARTIC管道中为了避免在新环境中第一次同时运行该规则的多个实例时出现的问题，我插入了其他规则以检查这些文件是否存在，并在需要时预下载它们(让它们成为违规规则的先决条件)。目前，我正在使用校验文件来处理这个问题，但我一直在想，是否有一种方法可以访问Snakemake

浏览 2提问于2021-08-03得票数 2

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Conda无法从YML中找到一些环境包(pyspark)

python、pyspark、anaconda

我无法使用conda env create -f file.yml重新创建环境(在Ubuntu上使用anaconda和miniconda，以及两者的官方docker镜像)而使用pip或conda

浏览 26提问于2017-07-04得票数 0

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无法创建Conda环境状态: 143

linux、anaconda、conda、nextflow

我试图通过Linux命令行在一些数据上运行nexflow管道，但当我这样做时，它失败了，因为它无法创建Conda环境。Error executing process > 'my_process (1)' Failed to create Conda environmentcommand: conda env create --

浏览 6提问于2020-12-20得票数 4

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如何使用ML Azure管道中的环境？

python、azure、azure-machine-learning-studio、azure-machine-learning-service

背景pipeline_step = PythonScriptStep(steps = [pipeline_step]pipeline.validate()

浏览 2提问于2020-03-03得票数 3

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使用多个conda env构建一个码头容器

docker、dockerfile

情况如下：env-a.yml: conda activate env-aconda env export > env-a.yml conda

浏览 0提问于2021-09-11得票数 1

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Azure DevOps中Python管道中的依赖缓存？

azure、pip、continuous-integration、azure-pipelines、conda

我遵循上Azure文档上的来加快Azure DevOps CI管道(特别是依赖安装步骤)。但是，每次执行管道(理想情况下，我也希望缓存该管道)时，仍会安装包。我怎样才能做到这一点？

浏览 0提问于2021-10-12得票数 1

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R用矩形而不是文本绘制图形。

r、linux、pipeline、snakemake、singularity-container

我正在使用snakemake构建管道，并使用conda和singularity环境来确保可再现性。我遇到了一个错误，在这个错误中，我的绘图图上的文本被矩形替换。 dependencies: -

浏览 1提问于2020-02-25得票数 5

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激活python3后，从服务器上的本地计算机运行python脚本

python、linux、shell、server

登录到服务器后，我通常做两件事来激活python3，因为在服务器中，默认是python2(py3安装在服务器上)conda activate py3conda activatecd folder_name ssh user@192.168.1.101 "pyth

浏览 0提问于2021-01-03得票数 1

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每个子工作流都有不同的环境

snakemake

我在snakemake做了两个独立的分析管道，每个管道都有自己的conda环境。现在，我用这两条管道做了一把伞蛇，作为子工作流。是否可以在自己的环境中使用另外两条管道？我在文件里找不到。而且我不喜欢使用-- using选项对子工作流的每个规则使用单独的环境。我希望有人能帮我解决这个问题，或者我需要创建一个包含两个管道的所有工具的大环境，这对我来说不是很有效。

浏览 2提问于2017-12-22得票数 0

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conda骨架cran使用错误版本的R

python、r、conda、bioconductor

我正在尝试从CRAN打包一些R包，以便在conda环境中使用，因为我正在将Python和R包的组合用于生物信息学管道。由于其他依赖关系，我需要将R保持在3.3版本$ conda创建-n生物信息python=3.6.3 r=3.3.2(生物信息)$ conda骨架cran rootSolve (生物信息)$ <em

浏览 32提问于2017-12-12得票数 1

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