EntityManager createNativeQuery在Java Springboot中返回错误的结果集

是因为以下几个可能的原因：

1. SQL语句错误：可能是SQL语句本身存在语法错误或逻辑错误，导致返回的结果集不正确。可以通过检查SQL语句的正确性来解决此问题。
2. 数据库连接问题：可能是数据库连接配置不正确或数据库连接池出现问题，导致无法正确执行SQL语句。可以检查数据库连接配置和连接池的设置，确保数据库连接正常。
3. 数据库表结构变更：如果数据库表结构发生了变更，而代码中的SQL语句没有相应地进行更新，可能会导致返回的结果集不正确。可以检查数据库表结构和代码中的SQL语句是否一致。
4. 数据类型不匹配：如果SQL语句中的数据类型与数据库表中的数据类型不匹配，可能会导致返回的结果集不正确。可以检查SQL语句中的数据类型和数据库表中的数据类型是否一致。
5. 数据库事务问题：如果在执行SQL语句的过程中发生了数据库事务的回滚，可能会导致返回的结果集不正确。可以检查代码中的事务管理配置，确保事务的正确性。

针对以上可能的原因，可以采取以下措施来解决问题：

1. 检查SQL语句的正确性，确保语法和逻辑正确。
2. 检查数据库连接配置和连接池设置，确保数据库连接正常。
3. 检查数据库表结构和代码中的SQL语句是否一致，如果有变更需要进行相应的更新。
4. 检查SQL语句中的数据类型和数据库表中的数据类型是否一致。
5. 检查代码中的事务管理配置，确保事务的正确性。

如果以上措施都没有解决问题，可以考虑使用其他方法或工具来执行SQL查询，例如使用JdbcTemplate或MyBatis等。另外，可以参考腾讯云的数据库产品，如云数据库MySQL、云数据库SQL Server等，来提供稳定可靠的数据库服务。