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IDEA 必备插件之 Key Promoter X （提效神器）

Key Promoter X（快捷键使用提示）简介 Key Promoter X 是用于基于 IntelliJ 产品（如 IDEA）的插件，它有助于在工作时从鼠标操作中学习基本的键盘快捷键。...当您在 IDE 内部的按钮上使用鼠标时，Key Promoter X 会显示您应该使用的键盘快捷键，有助于过渡到更快的无鼠标开发。...开源的项目：https://github.com/halirutan/IntelliJ-Key-Promoter-X 插件介绍说明地址：https://plugins.jetbrains.com/plugin.../9792-key-promoter-x 安装方式设置方式可以通过设置页 Settings > Tools > Key Promoter X 自定义设置项新的一周又开始了，希望这款插件可以帮助到你

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【插件】IDEA这款插件Key Promoter X，爱到无法自拔

今天，我要介绍一款让我爱到无法自拔的IDEA插件：Key Promoter X。为什么选择Key Promoter X？ 1....安装和配置Key Promoter X 1. 安装插件在IDEA中安装Key Promoter X非常简单。只需按照以下步骤操作：打开IDEA，进入“File”菜单，选择“Settings”。...配置插件安装完成后，你可以根据自己的需求对Key Promoter X进行配置：进入“File”菜单，选择“Settings”。在设置界面左侧的菜单中选择“Key Promoter X”。...使用Key Promoter X 安装和配置完成后，Key Promoter X会在你使用IDEA的过程中自动工作。...对于所有使用IDEA的开发者来说，Key Promoter X绝对是一款值得安装和使用的插件。如果你还没有使用过Key Promoter X，不妨试试这款插件，相信它会让你的开发体验更加愉快和高效。

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Promoter Capture Hi-C:研究启动子区染色质互作的利器

如果仅仅只是分析部分染色质片段之间的互作，最经典的莫过于研究promoter与其他染色质片段的互作，比如研究enhancer-promoter的互作，此时利用全基因组的Hi-C文库代价太大，而传统的3C...基于这样的一个需求驱动，Promoter Capture Hi-C技术应用而生。 Capture Hi-C技术就是在传统Hi-C文库的基础上，新增了一个捕获的过程，捕获目的片段用于后续的测序。...Promoter Capture Hi-C的文库构建示意如下 ? 核心就是在Hi-C文库之后，用设计的探针捕获promoter相关的reads,然后在进行测序。...如果只想通过Hi-C技术来研究启动子的互作，Promoter Capture Hi-C无疑是更好的选择。

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查找一个基因的启动子序列

如何查找某个gene的promoter sequence？首先，知道启动子在哪里？...启动子通常位于转录起始位点（transcription start site，TSS）或第一个exon的上游其次，找gene的TSS 对于注释好的物种的基因组，就很好找其promoter sequence...其他人类的启动子相关数据库 Biobase TransPro mPROMDB CSH TRED Eukaryotic Promoter Databse（EPD） promoter sequence...点击上图红框 2 点击sequence 点击sequence 3 粉色背景红色文本为exons，第一个exon前面的sequence即为promoter...4为了确定是否正确（主要是TSS位点），可以把promoter sequence blast到UCSC genome broswer 复制ensembl的 promoter sequence

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Regulatory elements within the noncoding gene regions

a Promoter region regulatory elements (adapted from [162])....Upstream and downstream promoter elements situated outside of the core promoter region are indicated...Promoter and enhancer regions (yellow) regulate the transcription of the gene into a pre-mRNA which is

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父组件向子组件传递一个组件

// 导入子组件全部改为动态导入 // import promoter from './promoter' // import commissionSummary from '..../promoter.vue'),//此种写法不行 promoter: () => import("..../promoter.vue"), commissionSummary: () => import("..../commissionDetail.vue"), }; export default { components: { customTabs, // promoter, //...keepAlive, }, ], activeName: "promoter", }; }, }; export default { props:

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jQuery数据结构渲染（3）：文本和inputtextarea框赋值

json数据格式如下： data.json： { "configName": "英语测试作业", "promoter": "王小婷", "suggestion": "...单词量不够，多背诵一点哦" } 1：div等文本或者textarea多行文本框赋值，使用.text()的方法赋值 $("#promoter").text(data.promoter);.../head> 作业名称: 发起人:promoter...function(data) { $("#configName").val(data.configName); $("#promoter...").text(data.promoter); $("#suggestion").text(data.suggestion);

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jQuery数据结构渲染（3）：文本和inputtextarea框赋值

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构建企业级监控平台系列（二十）：Prometheus Alertmanager 配置实现钉钉告警

namespace: kube-mon labels: app: promoter spec: selector: matchLabels: app: promoter...: promotercfg configMap: name: promoter-conf containers: - name:...promoter image: cnych/promoter:main imagePullPolicy: IfNotPresent args:...promoter spec: selector: app: promoter ports: - port: 8080 配置完成后，直接创建上面的资源对象即可： ☸ ➜ kubectl...apply -f promoter.yaml ☸ ➜ kubectl get pods -n kube-mon -l app=promoter NAME

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原核非已知转录因子结合位点和可能结合的基因预测

TSS上游的启动子序列（有的在gene内部） 1.由该TF的DNA序列得到其最大ORF 2.NCBI blastp发现其最大的hit序列（同时用另一个网站再次证实） 3.若去预测整个基因组中其结合的promoter...把promoter往前2000nt，仍然是一样的结果。 4 把motif在整个genome扫描看其结合位点 ?...虽然p值很小，但也已经不知道有几分可靠性了，这些序列很可能在编码区 --------------------- 话外 5 下面这个原核的promoter预测网站很好，虽然没结果 http://www.prodoric.de.../vfp/vfp_promoter.php 把promoter加到2000仍然没scan到可结合的序列。

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如何获取目标基因的转录因子（下）——Linux命令获取目标基因TF

基础回顾转录起始位点（TSS）：转录时，mRNA链第一个核苷酸相对应DNA链上的碱基，通常为一个嘌呤；(不考虑转录启动复合体的预转录情况) 启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA...head GRCh38.gene.bed GRCh38.gene.promoter.U1000D200.bed检查一下计算是否有误。自己选取正链和负链的一个或多个基因做下计算，看看结果是否一致。...bedtools intersect -a GRCh38.gene.promoter.U1000D200.bed -b GRCh38.TFmotif_binding.bed -wa -wb | cut...-f 5,11 | sort -u | tr 'a-z' 'A-Z' > GRCh38.gene.promoter.U1000D200.TF_binding.txt 5....提取我们关注的基因上一步中，我们将GRCh38.gene.promoter.U1000D200.TF_binding.txt文件中的基因名和TF名都转换成了大写。

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一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点

：启动子（promoter）：与RNA聚合酶结合并能起始mRNA合成的序列。做生信分析时，一般选择上游1 kb，下游 500 nt，也有选上下游各1 kb的。...勾选Promoter/Upstream by选项，并将其改为2000 bases，然后点击get sequence： ? 5....得到下面的序列信息，开头直到第一个大写字母前面的所有小写字母序列即为该基因的promoter序列，你可以跟NCBI上得到的序列比对一下，看看是不是一样的呢？ ? 3....将promoter序列粘贴进入右下角的框中，选中左侧转录因子，点击SCAN： ? 3....好了，转录因子与promoter结合位点已经有了，接下来就是愉快的通过实验验证了！Luciferase、点突变、截短、ChIP等统统拉上来就可以了！

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homer分析RNAseq数据

human-mRNA MotifOutput/ -rna -len 8 输入文件：3 mandatory arguments: A gene ID input file, the name of the promoter...解释：输入文件downregulated.genes.txt为下调的gene list ，human-mRNA为promoter set，MotifOutput为输出文件夹例子： for sample...findMotifs.pl ${sample}.txt human ${sample}/ -start -400 -end 100 -len 8,10 -p 16 ;done 结果： image.png 相应的promoter...如： perl /path-to-homer/configureHomer.pl -install human 安装promoter则需要加“-p”,除此之外还有-o：organism -g genome

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Homer预测共表达基因的motif

downregulated.genes.txt human-mRNA MotifOutput/ -rna -len 8 3个需要设定的输入: A gene ID input file, the name of the promoter...解释：输入文件downregulated.genes.txt为下调的gene list ，human-mRNA为promoter set，MotifOutput为输出文件夹例子： for sample...findMotifs.pl ${sample}.txt human ${sample}/ -start -400 -end 100 -len 8,10 -p 16 ;done 结果： image.png 相应的promoter...如： perl /path-to-homer/configureHomer.pl -install human 安装promoter则需要加“-p”,除此之外还有-o：organism -g genome

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为何要劳民伤财做同样的数据

文章《BRCA1 Promoter Methylation Status in 1031 Primary Breast Cancers Predicts Favorable Outcomes Following...这个是作者最重要的研究发现，不同分组的样品的 BRCA1–promoter CpG methylation 百分比不一样。...这里，研究者们列出来了常见的临床属性分组后的 BRCA1–promoter CpG methylation 情况。...临床意义主要就是生存分析啦，这里可以看到 BRCA1–promoter CpG 有甲基化的不管是否经受了化疗，都要生存情况好一点。 ?...不过，BRCA1–promoter CpG 有甲基化的病人数量有点太少了。学徒作业如果要得出文章的研究结果，其实大可不必费劲招募一千多个乳腺癌患者，完完全全是可以进行tcga数据库挖掘的。

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webstorm插件推荐_webstorm中文界面

6、Key promoter Key Promoter 是一个提示插件，当你在IDEA里面使用鼠标的时候，如果这个鼠标操作是能够用快捷键替代的，那么Key Promoter 会弹出一个提示框，告知你这个鼠标操作可以用什么快捷键替代...6、Key promoter Key Promoter 是一个提示插件，当你在IDEA里面使用鼠标的时候，如果这个鼠标操作是能够用快捷键替代的，那么Key Promoter 会弹出一个提示框，告知你这个鼠标操作可以用什么快捷键替代

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在 AlertManager 报警通知中展示监控图表

今天换了另外一种方式来实现，直接去绘制渲染报警图表，然后上传到对象存储中保存起来，在钉钉中就可以直接展示了，Promoter 就是这个方案的一个实现，支持在消息通知中展示实时报警图表，效果图如下所示：...Alerts.Resolved }} {{ range .AtMobiles }}@{{ . }}{{ end }} {{- end }} {{- end }} 部署默认配置文件如下所示，放置在 /etc/promoter...access_token= secret: # secret for signature 可以直接使用 Docker 镜像 cnych/promoter:v0.1.1...部署，在 Kubernetes 中部署可以直接参考 deploy/kubernetes/promoter.yaml。...:8080/webhook' # 配置 promoter 的 webhook 接口 send_resolved: true 核心原理该项目采用 golang 实现，Webhook 的实现很简单

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JASPAR分析转录因子与某基因启动子的结合位点及MUT位点

且没有接近原位点强度的替代位点，该序列有效4.相关文件说明#WT:Itch启动子序列fasta文件，其中小写字母为TSS前2000bp序列，作为启动子区域；大写字母为5‘UTR区域sup/WT_Itch_promoter..._5'UTR.fasta'#WT:Itch启动子序列,可使用snapgene打开，其中标注了结合位点（可忽略）sup/WT_Itch_promoter_5'UTR.dna'#MUT:Itch启动子序列fasta...文件，其中小写字母为TSS前2000bp序列，作为启动子区域；大写字母为5‘UTR区域sup/MUT_Itch_promoter_5'UTR.fasta'#MUT:Itch启动子序列,可使用snapgene...打开，其中标注了结合位点（可忽略）sup/MUT_Itch_promoter_5'UTR.dna'

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熟悉IDEA快捷键的正确姿势

3.2 使用Key Promoter X插件可以在idea的市场里搜，也可以在插件官网下载 https://plugins.jetbrains.com/plugin/9792-key-promoter-x...安装Key Promoter X插件后，当你在IDEA里面使用鼠标的时候，如果这个鼠标操作是能够用快捷键替代的，那么Key Promoter X会弹出一个提示框，告知你这个鼠标操作可以用什么快捷键替代

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4️⃣ 核酸序列特征分析(3):启动子区域预测和转录终止信号预测

序列比对和序列特征分析总目录 1 启动子区域预测启动子Promoter是位于基因5'端上游的DNA序列，调控基因表达。作用方式是通过与转录因子结合。...关于启动子更详细的简文请看查找一个基因的启动子序列 1 PromoterScan 2Promoter 2.0

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IDEA 必备插件之 Key Promoter X （提效神器）

【插件】IDEA这款插件Key Promoter X，爱到无法自拔

Promoter Capture Hi-C:研究启动子区染色质互作的利器

查找一个基因的启动子序列

Regulatory elements within the noncoding gene regions

父组件向子组件传递一个组件

jQuery数据结构渲染（3）：文本和inputtextarea框赋值

jQuery数据结构渲染（3）：文本和inputtextarea框赋值

构建企业级监控平台系列（二十）：Prometheus Alertmanager 配置实现钉钉告警

原核非已知转录因子结合位点和可能结合的基因预测

如何获取目标基因的转录因子（下）——Linux命令获取目标基因TF

一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点

homer分析RNAseq数据

Homer预测共表达基因的motif

为何要劳民伤财做同样的数据

webstorm插件推荐_webstorm中文界面

在 AlertManager 报警通知中展示监控图表

JASPAR分析转录因子与某基因启动子的结合位点及MUT位点

熟悉IDEA快捷键的正确姿势

4️⃣ 核酸序列特征分析(3):启动子区域预测和转录终止信号预测

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