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R语言入门之频率表和列联表

‍‍ ‍‍‍‍‍‍在这一期我们将要学习如何针对分类变量数据创建频率表和列联表,之后在此基础之上进行独立性检验、关联度测量以及相关数据的可视化。 ‍...创建频率表和列联表 R语言提供了许多方法来创建频率表和列联表,在这里我们主要介绍三种常用的函数,它们虽有各自的特点,但大同小异,大家在学习中能细细体会出来。 1....函数table() #首先自己创建训练数据(这里的数据是随手编写的,不具有科学性) #所有的数据都是分类变量(这里选择的是二分类变量) #建立2维频率表 A 表(3个及以上的变量),不过这时候使用ftable()函数可能会得到更好的展示效果: # 创建3维频数表 mytable <- table(A, B, C) table...但是由于这些功能我们也可以通过R的基本函数来实现,所以这里就不对CrossTable()这个函数进行过多讲解,感兴趣的朋友可以使用方法?CrossTable()自行了解和学习。 ‍‍‍ ‍

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    R语言 分组计算,不止group_by

    最近在研究excel透视图,想到好像自己在R-分组操作并不是很流畅,顺便学习分享一下。R自带数据集比较多,今天就选择一个我想对了解的mtcars数据集带大家学习一下R语言中的分组计算(操作)。...group_by和summarise多变量分组计算 2 ddply 2.1 ddply语法 2.2 ddply分组计算示例 3 aggregate 3.1 aggregate语法 3.2 aggregate...分组计算示例 3.3 aggregate分组计算补充(formula形式) 4 splite ---- 正文 首先给大家看一下mtcars数据集的基本情况,data.frame类型,32个观测对象,11...,可以是一个也可以是多个,多个的话以逗号分割group_by(mtcars, vs, am) 1.2 summarise语法 data为数据集,如果data被group_by定义分组,则根据分组变量分组计算...(group, sex)" 3 aggregate 3.1 aggregate语法 aggregate(x, by, FUN)x为数据集by为分组变量列表FUN为计算函数 3.2 aggregate分组计算示例

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    数据库圣经--聚合分组表连接查询

    一、联合查询简介(表连接查询) 也叫表连接查询 1、为什么要使用联合查询         在数据设计时由于范式的要求,数据被拆分到多个表中,那么要查询⼀个条数据的完整信息,就要从多个表中获取数据...(两个表的共同字段,如ID) [WHERE 过滤条件] -- 可选:对连接后的结果进一步过滤 [GROUP BY 分组字段] -- 可选:分组统计 [ORDER BY 排序字段] -- 可选:排序结果...sc.score) from student s, score sc where sc.student_id = s.id group by (s.id); Group  by使用了student.id进行分组...,查询表列表中的student.name没有出现在Groupby分组 中,也没有包含在聚合函数中,这是因为SQL规定在Groupby分组查询时,如果查询列表中的列没有出现在GROUPBY子句中,但这些列的值在每个分组内部是相同的...右表 ON 条件 保留右表所有记录,左表无匹配则补NULL 全外连接 左表 FULL [OUTER] JOIN 右表 ON 条件 保留左右表所有记录,双方无匹配则补NULL   左外连接:返回左表的所有记录和右表中匹配的记录

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    【R语言】因子在临床分组中的应用

    前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R中的因子(factor) 今天我们来结合具体的例子给大家讲解一下因子在临床分组中的应用。 我们还是以TCGA数据中的CHOL(胆管癌)这套数据为例。...☞R生成临床信息统计表 ☞玩转TCGA临床信息 ☞TCGAbiolinks获取癌症临床信息 接下来我们先读入临床数据 #读取临床数据 clin=read.table("clinical.tsv...duplicated(clin$case_submitter_id) #提取非重复的样本的临床信息 clin=clin[index,] 可以得到如下临床信息表 前面给大家讲过☞肿瘤TNM分期,我们知道组织病理分期分成...*","stage I/II",stage) #转换成因子 stage=factor(stage) stage 可以得到下面这个两分组的因子 方法二、直接使用factor函数 #删除组织病理学分期末尾的...】R中的因子(factor) ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验,复现临床paper ☞R生成临床信息统计表 ☞玩转TCGA临床信息

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    R语言-因子和表

    因子和表因子(factor)是R语言中许多强大运算的基础,因子的设计思想来着统计学中的名义变量(分类变量),因子可以简单的看做一个附加了更多信息的向量。...,x可为数据框或向量,返回值是列表> split(data1$name,data1$性别)#对name按照性别进行分组,结果返回列表,标签是分组水平$男[1] "刘大灰" "李佳怡"$女[1] "李小华...list(data1$性别),mean)#按照性别聚合后,对age与hight进行求期望 Group.1 age hight1 男 22.0 1722 女 18.5 174表R...中表指的是列联表1,table()函数常用与统计向量频数> a table(a)a1 2 3 4 5 6 2 2 2 4 2 2 注意表可以如同矩阵一样访问...4 0 0 1 5 0 0 1> table(list1)[3,]6 7 8 0 0 1 2.cut()函数cut(x,b,labels = FALSE)是生成因子的一种常用方法,常用与表操作

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    【R语言】dplyr对数据分组取各组前几行

    下面这张表就是GO富集分析得到的结果,我们可以根据ONTOLOGY这一列来分组,就可以得到BP,CC和MF三个组。然后取每一个组的前10个条目或者前5个条目来绘制柱形图或者气泡图。...那么问题来了,如何分组取前几行。今天小编就跟大家分享一个专业处理数据框的函数dplyr。然后基于这个R包,我们用6种不同的方法来实现。...) 我们先来看看直接head的效果 #直接head,结果不对 GO_result %>% group_by(ONTOLOGY) %>% head(n = 5) 虽然,我们使用了group_by进行了分组...,但是head并没有应用到三个分组上面,而是直接应用到了整个数据框上,事与愿违。...> all_equal(r1,r2) [1] TRUE > all_equal(r1,r3) [1] TRUE > all_equal(r1,r4) [1] TRUE > all_equal(r1,

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    R语言简单随机分组区组随机分层随机

    当然还有其他种类,关于随机分组问题,我推荐大家看医咖会的这篇文章:10篇文章全面了解随机分组,赶快收藏![1] 本文主要介绍如何使用R语言完成随机分组。...简单随机(simple randomization)又称为完全随机,是最简单的一种随机分组方法。医学统计学中经常会遇到完全随机设计的xxx,指的就是简单随机分组!...上述方法通过SPSS可以实现,大家可以参考这篇文章:SPSS实现简单随机分组[2] 根据这个思路,R语言也是可以实现的。...R语言在临床研究设计中的使用非常成熟,在cran task views中有两个专题都是关于研究设计的,大家感兴趣的可以自己去看一看哦。...18 0.79647582 18 C ## 19 19 0.62653890 12 C ## 20 20 0.22537775 2 T 除此之外,还有非常多的R包可以实现随机分组

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