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    如何使用R的sweep函数对表达矩阵进行标准化

    我们知道一般做表达谱数据分析之前,第一步就是对我们的表达矩阵进行标准化(归一化),去除由于测序深度,或者荧光强度不均一等原因造成的表达差异。...做归一化的方法也很多,有根据中位数进行归一化,即将每个样本中所有基因的表达值的中值转换到同一水平。...如下图所示 除了中位数标准化之外,我们还可以使用z-score的方法来对表达谱数据进行标准化: z-score=(表达量-均值)/标准差 那么下面小编就给大家演示一下如何使用前面讲到的☞R中的sweep...函数,使用z-score的方法来对表达谱矩阵进行标准化 #为了保证随机数保持一致,这里设置一下种子序列 set.seed(123) #随机生成100个数,构造一个10X10的矩阵 data=matrix...这个函数比较熟悉的小伙伴,可能已经发现了,scale这个函数就能完成z-score的计算,我们来看看这个函数的说明 我们来看看scale这个函数的效果 #因为scale默认对列做操作,所以这里先用t对表达矩阵做一个转置

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    采用DESeq2对表达量进行PCA和聚类分析

    样本的聚类树 利用所有样本的表达量数据,对样本进行聚类。理论上如果样本和实验操作都没有问题,那么属于同一组的生物学重复样本会聚到一起。示意图如下 ?...PCA图 通过主成分分析进行降维,在二维或者三维平面上展示样本点的分布,根据点的位置,也可以看出属于同一组的样本是否在一起,不同组之间的样本有没有明显分开,示意如下 ?...转换之后的表达量数据可以采用assay函数进行提取,代码如下 > head(assay(rld)[, 1:2]) sample1 sample2 gene1 2.049029 1.6828707...5.340361 4.4766682 gene5 6.316175 6.8345783 gene6 2.157821 1.9264385 对于raw count定量表格,建议采用rlog或者VST转换之后的数据去进行...利用DESeq2提供的示例数据pasilla,分别用原始的count, 归一化之后的count, rlog, vst 转换的count 进行PCA分析,代码如下 dds <- estimateSizeFactors

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    使用iOS原生sqlite3框架对sqlite数据库进行操作

    在iOS的原生开发框架中可以对sqlite数据库进行很好的支持,这个框架中采用C风格且通过指针移动进行数据的操作,使用起来有些不便,我们可以对一些数据库的常用操作进行一些面向对象的封装。...sqlite3_step方法对stmt指针进行移动,会逐行进行移动,这个方法会返回一个int值,如果和SQLITE_ROW宏对应,则表明有此行数据,可以通过while循环来对数据进行读取。...sqlite3_finalize()方法对stmt指针进行关闭。...查询数据  *  *  @param keys 要查询的键值 及其对应的数据类型 可以为nil则查询全部  *  *  @param tableName 表名  *  *  @param orderKey 进行排序的键值...            [context closeContext];         }];     } 上面的代码将查询textDataBase数据库中MySQL表里所有age列大于18的数据,并按照age从小到大进行排序

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    对map集合进行排序

    今天做统计时需要对X轴的地区按照地区代码(areaCode)进行排序,由于在构建XMLData使用的map来进行数据统计的,所以在统计过程中就需要对map进行排序。...Comparator可以对集合对象或者数组进行排序的比较器接口,实现该接口的public compare(T o1,To2)方法即可实现排序,该方法主要是根据第一个参数o1,小于、等于或者大于o2分别返回负整数...运行结果如下: d:ddddd c:ccccc b:bbbbb a:aaaaa 上面例子是对根据TreeMap的key值来进行排序的,但是有时我们需要根据TreeMap的value来进行排序。...对value排序我们就需要借助于Collections的sort(List list, Comparator c)方法,该方法根据指定比较器产生的顺序对指定列表进行排序。...但是有一个前提条件,那就是所有的元素都必须能够根据所提供的比较器来进行比较。如下: ?

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    LUA对Map进行排序

    Lua中最常见的数据结构就是Table, 用Table表示Map很容易, 但早期Lua没有提供一个针对Map数据结构的排序方法,下面用Moonscript实现了一个Map型数据结构排序函数方法。...比如,我们在统计某些元素的个数时,[["a", 100], ["b",10],["c",1]]这种数据结构,元素的个数都比较少的,简单的排序算法都可以解决,数据变大时,我们可能会采用更复杂的算法去实现。...其实实现的原理比较简单,就是用两个Table,分别存储Map的Key与Value,用比较简单的冒泡排序或是选择排序对Key的Table结构进行排序,在排序的过程中移动Table中Key的存储位置的同时,...也安对应的下标移动Value数组的位置,这样当Key排序好的同时,Value也被排序好了。...降序排序: ? 升序和降序的方法比较简单,直接将与max比较的“>”大于号,改成小于号,或是想反。 升序排序: ?

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    关于数据进行排序小研究

    最近遇到一个问题就是把城市按照首字母进行排序并且首字母排序进行依次排序。 我之前知道数组有排序的方法,但是没怎么用过,今天研究一下。 下面是一个数组要进行字母排序。...let oldTitleList = ["BCDA","ABCD","ADCB","ACDB","BDAC","DACB","CADB"] 我们利用系统的方法进行排序 官方的说明如下: sorted...当您要对不符合Comparable协议的元素集合进行排序时,请将predicate传递给此方法,当第一个元素在第二个元素之前排序时,该方法返回true。...predicate在成功之前对错误进行排序,并按错误代码对错误响应进行排序。...要按降序对集合进行排序,请将greater-than运算符(>)作为areInIncreasingOrder参数传递。

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    Power BI: 对事件进行排序

    其中提到了一种相当常见的计算模式:对事件序列进行编号,以便查找第一个、最后一个和上一个事件。...3 使用RANKX函数 RANKX函数可以根据表对值进行排序,使用它可以很容易地计算出订单序号。实际上,一个订单的序号与该订单的编号在同一个客户的所有订单列表中按升序排列时的序号相同。...它使用了一个高效的内部排序算法,即使在大数据集上也能快速执行。...然后value在当前筛选上下文中计值,将得到的结果与列表中的值进行比较,根据排名规则order和ties的设置,返回最终排名。...skip 代表稀疏排名,下一名的排序等于之前所有排序的数量+1;dense 代表稠密排名,只累加排序,不考虑数量。默认使用 skip。

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    Python中对list进行排序

    很多时候,我们需要对List进行排序,Python提供了两个方法 对给定的List L进行排序, 方法1.用List的成员函数sort进行排序 方法2.用built-in函数sorted进行排序(从2.4...开始) 这两种方法使用起来差不多,以第一种为例进行讲解: 从Python2.4开始,sort方法有了三个可选的参数,Python Library Reference里是这样描述的 cmp:cmp specifies...,其中实例3.4.5.6能起到对以List item中的某一项 为比较关键字进行排序....效率比较: cmp < DSU < key 通过实验比较,方法3比方法6要慢,方法6比方法4要慢,方法4和方法5基本相当 多关键字比较排序: 实例7: >>>L = [('d',2),('a',4),(...L是仅仅按照第二个关键字来排的,如果我们想用第二个关键字 排过序后再用第一个关键字进行排序呢?

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