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我正在尝试使用snakemake从网站下载文件，然后将它们放在一起。为什么snakemake不等待文件下载完成后再继续？将所有读操作放在不同的目录中对我来说很不方便，而且我不想麻烦地创建一个配置文件，因为这是一个一次性的Snakefile。
谢谢!'ftp://
浏览 21提问于2018-02-16得票数 0
我想问Snakemake社区是否有人在AWS批处理中成功地实现了Snakemake工作流。最近发布于2018年10月的一份出版物第4页似乎表明，Snakemake不适用于AWS，因为它不能处理资源管理。这是一个出版物: Tibanna:用于在云- 上可伸缩地执行可移植管道的软件
是的，同一篇文章确实表明Snakemake在Google平台(GCP)上运行得很好。但是，Snakemake文档声明：“<
浏览 2提问于2019-06-03得票数 9
我想在我的托管环境中将snakemake与fish shell和conda环境一起使用(基本上我没有root权限，默认shell也不能更改)。如果我通过snakemake --overwrite-shellcmd realbash从bash执行snakemake，我会得到相同的错误，并最终进入由snakemake打开的bash shell。只有在键入exit之后，snakemake才会完成(当然，不会成功)。如果我通过snakemake --overwrite-shel
浏览 40提问于2020-07-23得票数 2
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我注意到，如果我修改子工作流的一个输入，它将正确地重新运行，但后面的所有规则都不会重新运行。
如果我理解正确的话，主Snakefile和每个子工作流都有不同的DAG。使用include是可行的，但是非常烦人，因为我必须修改所有的路径，使其相对于主目录(因此我不能再在一个子目录中独立运行snakemake )。我也尝试过使用snakemake v.6附带的新模块系统，它应该会取代子工作流。也许我没有正确使用它，但它似乎不适用于我的用例。如果我从子目录导入规则，它会报告缺少输入。
浏览 1提问于2021-03-25得票数 0
我有一个{"file“-> "url"}映射的字典，我想用Snakemake下载它们。file}" url=lambda wildcards: files_to_url_dict[wildcards.file],如何将输出限制为files_to_url_dict.keys()中的文件名
浏览 6提问于2021-09-03得票数 0
我是从Snakemake开始的，我有一个非常基本的问题，我在snakemake教程中找不到答案。我脑海中唯一的方法就是这样的事情，它不能正常工作。shellCallFile='callscript', callString=''
浏览 0提问于2017-06-15得票数 6
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我有一个用于训练DL TensorFlow模型的Snakemake工作流。在高层次上，有一些运行时间较长的作业(模型训练)可以并行运行。或者有什么方法可以让Snakemake使用Dask？
浏览 18提问于2020-05-06得票数 3
我的命令是snakemake_extra是一个bash变量，定义为我得到以下错误：
snakemake:错误:参数--重新运行触发器当我直接插入-rerun-触发器标志(没有bash变量)时，它工作
浏览 6提问于2022-08-29得票数 1
我试着用snakemake制作一个简单的管道，从网上下载两个文件，然后将它们合并到一个输出中。expand(os.path.join('chr_dir', '{chromo}')), link=chromo2link, "wgetsnakemake软件包中的教程没有涵盖足够的例子来为非计算机科学家学习细节。如果有人知道一个很好的资源来学习如何使用snakemake，我会很感激他们
浏览 1提问于2017-06-22得票数 3
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我正在尝试使用用snakemake制作的数据分析管道(源代码不可用)。但是由于技术原因(根据我们的hpc政策，我们不允许在hpc上安装任何东西)，我不能使用snakemake来运行它(我们没有在HPC上安装它)，但是我必须在nextflow中运行它(这是我们唯一的工作流管理系统实际上，我必须在snakemake中运行nextflow。开发人员提到，该工具可在bioconda上使用。mamba install -c conda-forge -c bioconda drop
并且可以使用snakemake运行
浏览 8提问于2022-02-28得票数 -1
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我们不能以交互方式运行作业，也不能在head节点上运行密集命令。此外，"qsub“中的内容被视为snakemake命令。y" -j 1我可以在tmp文件中很好地提交snakemake脚本，但是我不能使用-b y标志，并且添加了-S /bin&#
浏览 11提问于2017-05-16得票数 1
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对于Snakemake工作流，我需要在许多BAM文件中操作标记，并希望通过脚本(using the Snakemake script: directive)来处理这些标记。rg_id = ".".join([flowcell, lane]) outfile.write(s) 这个脚本独立运行得很好，但是我还没有弄清楚如何通过snakemake script指令来集成它。# par
浏览 26提问于2019-01-16得票数 2
因此，当我在我的snakemake管道中运行flye之后，运行其他程序时，我会遇到一个问题。这是因为flye的输出是一个目录。nanopolish.yaml" "bwa mem -x ont2d -t 8 {input} | samtools sort -o {output}"ChildIOException:&#
浏览 2提问于2019-11-11得票数 2
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docker容器运行序列
、、、
我是docker的初学者，我想用docker在集群服务器上运行一个流水线。
Task_A是Task_B_1 2 3的输入，Task_B_1 2 3的所有输出都是Tast_C的输入。容器将在完成任务后停止。我想知道docker集群管理工具(如Mesos、Chronos、Kubernetes等)是否可以管理和监控管道的运行。
浏览 5提问于2018-08-19得票数 2
在集群上运行Snakemake时，通过slurm可以很好地调度作业。有时，我遇到这样的情况:一个作业失败，从而导致在仍在运行的作业完成后停止snakemake实例/运行。为了加快速度，我停止了snakemake (CTRl+C)并重启了它。我没有想到的是，在这种情况下，上一次运行的一些作业可能仍然在集群上运行。或者这是由其他一些关心成功完成的snakemake日志阻止的吗？我希望你能遵循这个解释。欢迎您的每条评论！
浏览 4提问于2021-04-12得票数 2
我试图在kubernetes集群(GKE)上运行snakemake管道。该作业是从GCE启动的。有时起作用，但大多数情况下不起作用。pods | grep snakejob|colprint 1)
snakemake --kubernetes --container-image eu.gcr.io/scailyte-is/snakemake-gsdk--use-conda --default-remote-provider GS --default-remote-prefix xxxxxx-snakemake</
浏览 0提问于2020-04-09得票数 2
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我试图在GoogleCloud上使用Snakemake运行一条生物信息学管道。前两个步骤是：
benchmark: shell: wget-p dryrun在本地运行它时，它成功地构建了DAG。jobid: 9
benc
浏览 0提问于2019-09-06得票数 1
我正在编写一个脚本，它是snakemake和python代码的组合，可以自动生成大量文件。更准确地说，我正致力于将读取与BWA MEM与配对尾读()对齐。到目前为止，这是一个脚本：workdir: WDIR
SAMPLESDIR= "/home/alaa/Documents/sna
浏览 2提问于2017-04-10得票数 4
嗨，我正在尝试使用snakemake运行管道。具体地说，在遵循这里指定的指令之后，我正在运行一个演示rna-seq分析管道：https://gagneurlab-drop.readthedocs.io/en/latest/installation.html运行snakemake --cores 1时，我收到以下错误消息：： Error in rule aberrantExpression_bamStats:
浏览 461提问于2021-04-21得票数 0
我正在试着安装Snakemake。得到的结果如下：
> - snakemake
浏览 0提问于2019-06-05得票数 1
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