文档建议反馈控制台
首页
学习
活动
专区
圈层
工具
MCP广场
文章/答案/技术大牛
发布

RNAseq数据，下载GEO中的FPKM文件后该怎么下游分析

我们有很多学徒数据挖掘任务，已经完成的目录见：学徒数据挖掘专题半年目录汇总(生信菜鸟团周一见) 欢迎大家加入我们的学习团队，下面看FPKM文件后该怎么下游分析 文献标题是:Oncogenic lncRNA...首先需要去GEO数据库下载文件GSE113143_Normal_Tumor_Expression.tab.gz 1.下载数据GSE113143并加载数据 a=read.table('GSE113143_...4.做完差异分析 GEO数据挖掘代码，很容易得到上下调基因，而且转为ENTREZID，后续分析都以这个为主线。...根据原文文献中：Differential gene expression was defined if the fold change >1.5 and P < 0.05 between tumor...ego_up_barplot.png 同样的方式看看下调基因的GO_BP: ? down_regulated_genes.png ---- 和文献中的GO_BP比较一下 ?

20.7K35

RNAseq数据 | 下载GEO中的FPKM文件后该怎么下游分析

suppression不过不需要看文章，大家只需要做差异分析即可，这个时候需要注意的是，作者提供的是RPKM值表达矩阵！...4.做完差异分析 ## 不同的阈值，筛选到的差异基因数量就不一样，后面的超几何分布检验结果就大相径庭。...# 最简单的超几何分布检验 ###这里就拿KEGG数据库举例吧，拿自己判定好的上调基因集进行超几何分布检验，如下 if(T){ gene_down gene_up enrichKK <-...#条带图 barplot(enrichKK,showCategory=20) #气泡图 dotplot(enrichKK) 通路与基因之间的关系可视化 #通路与上调基因之间的关系可视化 ###制作...#通路与通路之间的连接展示 emapplot(enrichKK) ggsave("enrichKK_emapplot.png") 热图展现通路与基因之间的关系 #热图展现通路与基因之间的关系 heatplot

2.2K10
    • 您找到你想要的搜索结果了吗？
    是的
    没有找到

    【GEO优化助手】GEO优化技术能力矩阵中的核心技能有哪些

    生成式引擎优化（GEO）：GEO优化技术能力矩阵中的核心技能解析引言：AI搜索时代的生存法则当ChatGPT单日处理量突破10亿次对话，当DeepSeek知识库每秒更新3.2万条数据，传统SEO的关键词堆砌策略在生成式...200+法律实体后，长尾关键词覆盖率提升60%实时更新机制：建立API数据管道，每15分钟同步政府政策、行业标准等权威信源，某新能源车企实现电池成本数据分钟级更新1.3 语义向量的空间编码向量数据库通过存储内容的高维语义表示...Milvus系统在技术文档检索中的应用显示，余弦相似度算法可使准确回答率达到92%。...某3C品牌通过标注TÜV认证参数，使AI在产品对比中的权威性评分提升280%。...未来三年，随着动态知识图谱的实时化、多模态生成的自动化、权威信源的区块链化，GEO将推动内容营销进入"认知即服务"的新阶段。

    40110

    GEO2R:对GEO数据库中的数据进行差异分析

    GEO数据库中的数据是公开的，很多的科研工作者会下载其中的数据自己去分析，其中差异表达分析是最常见的分析策略之一，为了方便大家更好的挖掘GEO中的数据，官网提供了一个工具GEO2R, 可以方便的进行差异分析...从名字也可以看出，该工具实现的功能就是将GEO数据库中的数据导入到R语言中，然后进行差异分析，本质上是通过以下两个bioconductor上的R包实现的 GEOquery limma GEOquery...用于自动下载GEO数据，并读取到R环境中；limma是一个经典的差异分析软件，用于执行差异分析。...在网页上可以看到GEO2R的按钮，点击这个按钮就可以进行分析了, 除了差异分析外，GEO2R还提供了一些简单的数据可视化功能。 1....中的信息, 还是使用soft文件中的信息。

    7.1K23

    GEO数据挖掘—处理Affymetrix的表达量芯片的cel文件

    GEO数据挖掘—处理Affymetrix的表达量芯片的cel文件 今天处理了一个基于芯片的转录组数据GSE28413，遇到点问题，这里记录下 拿到这个编号首先按照正常的处理流程走 rm(list = ls...boxplot(exp,las = 2) #看是否有异常样本 可见该矩阵的表达范围是5.000 13.449，证明已经log过，不需要再log的操作了，但是箱线图确实特别奇怪，即他的中位数和四分之一位数是重叠在一起的...，然后我查看了这个数据的其他分位数，发现最小值，中位数，四分之一位数都是一样的。...raw文件了，因为是affymetrix芯片，所以绝大部分是cel格式的文件 。...仿照技能树的帖子读取了文件https://mp.weixin.qq.com/s/2Lj_MQeNsd_szvNI2Ksoyw library(oligo) celFiles<-list.celfiles

    52210

    2025年GEO服务商从API调用到认知内核的演进

    2025年GEO服务商技术架构评估：实现原理、核心组件与选型框架在生成式AI的工程实践中，GEO（生成式引擎优化）的本质可被定义为：通过一系列系统性的技术干预，影响大型语言模型在生成答案时对特定品牌信息的召回概率与排序权重...近期对主流API的测试数据显示，未经优化的品牌实体在通用查询下的平均提及率低于15%，而经过结构化语义增强后，该指标可系统性提升至60%以上。...部署与集成层：实现方式：提供标准化API接口与Webhook，支持将生成的结构化数据自动提交至客户的内容管理系统或直接部署至托管环境。...验证方法：要求提供详细的API文档和SDK，并进行小规模集成测试。在合同中明确定义，在服务终止后，客户是否有权获取其业务相关的策略模型特征权重或知识图谱副本。...多智能体环境适配：随着AI智能体的普及，品牌信息需要被设计成易于被智能体发现、解析和利用的格式，GEO可能需要输出针对智能体的标准化“能力描述文件”。

    14910

    警惕AI时代的陷阱：Geo优化中容易踩的坑与人性化Geo的破局之道

    然而，在这场技术变革中，许多企业在Geo优化中容易踩的坑，不仅浪费了资源，更可能损害品牌声誉。...Geo专家于磊老师认为，Geo优化中容易踩的坑，往往源于对Geo本质的误解。Geo优化的本质是内容生态的规范化与人性化重塑。...二、Geo优化中容易踩的坑：三大致命陷阱深度解析于磊老师指出，企业在Geo优化中容易踩的坑主要集中在以下三个方面，这些陷阱往往源于对AI搜索逻辑的误解和对传统SEO思维的路径依赖。...三、避免Geo优化中容易踩的坑：于磊老师的实践案例与提效数据避免Geo优化中容易踩的坑，进行优化可以帮助企业进行用户获取，实现获客提效。...Geo优化中容易踩的坑的规避，使得其内容成为AI生成“购物指南”时的首选信息源。四、Geo优化中容易踩的坑：总结与展望Geo优化中容易踩的坑，归根结底是对AI时代内容逻辑的认知偏差。

    20810

    GEO数据挖掘—处理Affymetrix的表达量芯片的cel文件2

    GEO数据挖掘—处理Affymetrix的表达量芯片的cel文件2近几个月的工作主要在空间转录组、实验室项目方面，已经很久没做基础的GEO数据挖掘了，都感觉有些陌生了。...关于处理CEL文件，之前我已经在GEO数据挖掘—处理Affymetrix的表达量芯片的cel文件，这篇帖子中记录过，本篇帖子的内容类似。...拿到这个编号首先按照正常的处理流程走#01_start_GEO.Rrm(list = ls())options(timeout = 100000) options(scipen = 20)#传统下载方式...boxplot(exp,las = 2) #看是否有异常样本可以看出，表达矩阵中exp含有负值此种情况就需要处理原始的CEL文件，按照以下代码，预处理#step0 cel.Rrm(list = ls()...(exp))save(dat,file = "step0.cel.Rdata")重新处理后的表达矩阵就是正常的了后续在脚本01_start_GEO.R中，获取表达矩阵的代码替换为以下代码即可load("

    17610

    Geo专家于磊老师：Geo优化过程中必须关注的12个核心指标深度解

    本文将以客观、专业的视角，深入解读Geo优化过程中必须关注的12个核心指标，并结合于磊老师的Geo优化体系所指导的实战案例，阐明它们在AI时代如何驱动企业增长。...• 实战案例： 某B2B工业软件公司，在于磊老师的Geo优化体系指导下，通过在所有技术白皮书的作者简介中，详细列出作者的行业认证和参与的国家标准制定项目，使其内容在AI搜索结果中的**“专家推荐”标签出现率提升了...因此，确保信息在整个数字生态中的一致性，是Geo优化中反对数据污染、构建可信知识库的战略性指标。...5、知识图谱适配率知识图谱适配率是衡量内容结构化程度的核心指标。它关注内容中“概念-属性-实例”三元组结构的清晰度和数量。这种结构能直接被AI用于构建知识图谱，是Geo优化中内容结构化的最高标准。...这使其内容在AI旅游规划问答中的引用质量评分保持在90分以上，远高于行业平均水平。三、用户意图与人性化指标：实现获客提效的关键Geo优化的终极目标是服务好屏幕背后的“人”。

    28010

    Windows API 中的坑

    GetModuleFileName 风险： 在 DLL 中调用时，若传入的 instance 参数为 NULL，那获取的将是加载 DLL 的进程的 EXE 的路径，若需要获取 DLL 的路径，传入的 instance...建议： 调用 Windows API 时对参数的 in、out、inout 及要求的取值弄清楚。...PS：这个严格来讲不算是坑，是在 Windows API 中存在的一种现象，但是如果不小心也可能出现很难解释和调试的 BUG，记在此以备忘。...ShellExecuteEx 风险： 调用 API 之后，若初始 MASK 设置不正确，SHELLEXECUTEINFO 结构体里的 hProcess 可能为空。...风险 2： 使用 UrlDownloadToFile 下载文件前它会自动先在本地缓存中查找此文件，所以可能最终得到的不是 Server 上的最新内容。

    1.2K10

    C#常见的文件路径Api

    我们经常有遇到要处理文件路径的需求，那么一般我们常见的有几种： 程序下面的文件 临时目录下的文件 获取程序下面的文件 首先我们创建了实例解决方案： ?...其中调用链是：Main.Shell->FooALibrary->,首先我们将FooAFolder.txt和FooA.txt的文件属性设置生成操作为内容，复制到输出目录为始终复制 那么我们有什么方法获取这两个文件的路径...获取应用程序域的基目录：AppDomain.CurrentDomain.BaseDirectory 获取当前工作目录的完全限定路径：System.Environment.CurrentDirectory...但是实际上以上两种方式不是最准和最稳的，还有一种最稳的方式： 获取当前执行程序集的方式：Assembly.GetExecutingAssembly().Location（推荐方式） var mainExecuteDirectory...Api是非常灵活且准确的 获取临时目录下的文件 我们也经常会遇到需要获取临时目录路径的方式来放置一些程序临时文件，可以用下面方式获取： Console.WriteLine(Path.GetTempPath

    1.7K20

    Apache Pulsar 技术系列 - GEO replication 中订阅状态的同步原理

    可以原生支持数据和订阅状态在多个集群之间进行复制，GEO 目前在 Apache InLong 内部已经有长期稳定的实践，本文主要讲述 GEO 中的订阅状态的同步。...GEO 简介 GEO Replication 提供了数据在多个集群之间进行复制的能力。...上图描述了三个集群，并且集群之间配置了不同的 GEO Replication 策略，其中 Cluster-A 和 Cluster-B 是双向复制，两个集群中的 Topic 数据都会复制到对端集群，即集群...上述描述数据同步/复制的一个典型的场景，GEO Replication 中的另外一个场景就是订阅状态同步。...B 集群会处理 SnapshotRequest 信息，然后将本地 Topic（分区）的 LAC（LAC-B） 信息封装在 SnapshotRespnse 中，写入到本地 Topic 中，通过 GEO Replciation

    73540

    【GEO优化助手】如何在GEO优化中设计有效的AB测试对照组和实验组

    生成式引擎优化（GEO）：如何在GEO优化中设计有效的A/B测试对照组和实验组摘要本文系统阐述生成式引擎优化（GEO）中A/B测试的设计方法，结合语义理解层、内容适配层和动态优化层的技术原理，提出从实验目标设定到结果落地的全流程方案...一、GEO时代A/B测试的范式变革1.1 传统SEO与GEO的核心差异生成式引擎优化（GEO）标志着搜索引擎从"关键词匹配"向"意图理解"的范式跃迁。...1.2 A/B测试在GEO中的战略价值GEO优化面临三大挑战：算法黑箱性、评估指标多元化、实时性要求。A/B测试通过构建可控实验环境，量化不同优化策略对AI答案引用率、品牌提及频次等新型指标的影响。...某医疗平台通过A/B测试发现，结构化数据标记可使内容在AI生成答案中的引用率提升37%，验证了Schema.org标记的有效性。...二、GEO优化中A/B测试的设计框架2.1 实验目标的三维定位设计有效的A/B测试需明确三个维度：业务目标（如提升转化率）、用户价值（如解决健康咨询需求）、技术目标（如优化语义相似度算法）。

    27610

    高速下载GEO数据库的单细胞表达量矩阵文件

    一般来说，GEO数据库的文件是没有必要高速下载的，因为里面存放的都是表达量矩阵等，文件非常小，通过浏览器点击下载的方式就算是网络很慢，等等也会成功。...但是如果要下载成百上千个文件，最好是使用代码批量下载，而且现在单细胞技术的大行其道，使得表达量矩阵文件本身也会很巨大，比如：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/...8.04M 34.2KB/s 剩余 2d 4h 借助aspera的高速下载 首先自行参考：使用ebi数据库直接下载fastq测序数据 , 配置好aspera软件即可，然后要详细的阅读GEO...数据库的官方文档 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/info/download.html https://www.ibm.com/support/pages/downloading-data-ncbi-command-line...命令 首先是安装自己的conda，在自己的服务器里面自己下载并且安装自己的conda，自己配置哈： # 首先下载文件，20M/S的话需要几秒钟即可 wget https://repo.anaconda.com

    1.8K10

    API网关在API安全性中的作用

    API网关在安全性中的角色：身份验证和访问控制 访问控制是API网关技术的第一大安全驱动程序，它充当各种控制者，因此组织可以管理谁能访问API并建立有关如何处理数据请求的规则。...注入威胁的类型有很多，但最常见的是SQL注入、RegExInjection和XML注入。在现实中并不少见，我们已经不止一次地看到API在没有威胁防护的情况下上线了。...如果你十分确认知道不会接收大文件消息（例如，超过2MB），那限制大小过滤掉大文件消息能尽可能避免一些未知攻击。 SQL注入 SQL注入保护使你可以阻止可能导致SQL注入攻击的请求。...此类攻击试图使用巨大的JSON文件淹没解析器，并最终使服务崩溃。...许多公司都在自行构建API作为产品，以部署Web，移动，IoT和其他应用程序，但是在此过程中的每一步都需要保护信息的安全性，而API网关是针对这些应用程序的最受欢迎且最有效的解决方案之一。

    1.8K20

    微服务：API网关在API安全中的作用

    API网关在安全性中的角色:Identity and Access 访问控制是API网关技术的头号安全驱动程序，它充当各种各样的管理器，以便组织可以管理谁可以访问API，并建立关于如何处理数据请求的规则...例如，在2014年10月，Drupal宣布了一个SQL注入漏洞，允许攻击者访问数据库、代码和文件目录。攻击非常严重，攻击者可能从客户的网站上复制了所有数据。...数据输入验证 利用松散的输入验证，黑客可以找到系统中的漏洞。使用现有的输入，攻击者将探索接受或拒绝的内容，并将可能的内容推送到API中，直到他们找到一种方法，破坏系统的完整性。...这种攻击试图使用巨大的JSON文件来压倒解析器，并最终导致服务崩溃。...许多公司都将API作为自己的产品来构建，部署web、移动、物联网和其他应用程序，但很少在开发过程中的每一步都停下来适当地保护东西，但是API网关是解决您将面临的许多安全问题的最流行和最有效的解决方案之一

    3.7K40
    点击加载更多

    相关资讯

    热门标签

    更多标签

    活动推荐

      运营活动

      活动名称
      广告关闭

      腾讯云开发者

      扫码关注腾讯云开发者

      扫码关注腾讯云开发者

      领取腾讯云代金券

      热门产品

      热门推荐

      更多推荐

      Copyright © 2013 - 2026 Tencent Cloud. All Rights Reserved. 腾讯云 版权所有

      深圳市腾讯计算机系统有限公司 ICP备案/许可证号：粤B2-20090059 粤公网安备44030502008569号

      腾讯云计算（北京）有限责任公司 京ICP证150476号 | 京ICP备11018762号

      领券