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Aspera下载SRA文件

Aspera用法如下： Usage: ascp [参数] 目标文件保存路径一、 Aspera下载一个SRA文件 Step 1：建立Seqs文件夹保存下载序列 mkdir ~/Seqs...Step 2：下载SRA文件到Seqs文件夹 ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR620/SRR6208854/SRR6208854.sra ~/Seqs/ 二、 Aspera...SRR6232299.sra 按Ctrl+O,Ctrl+X保存退出 Step 2：批量下载sra_list.txt列表中的文件 ascp -T -i /home/xiaoming/.aspera

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Aspera的安装

Aspera是一项突破性传输协议，充分利用现有的 WAN 基础设施和通用硬件，传输速度比 FTP 和 HTTP 快达数百倍。...Aspera在Ubuntu环境的安装过程如下： Step 1：建立安装文件夹 mkdir ~/Biosofts cd ~/Biosofts Step 2：下载Aspera软件....tar.gz Step 4：安装Aspera 解压后是一个shell脚本，运行即可 sh aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.sh Step...5：测试Aspera是否安装成功 ascp命令默认安装地址在：~/.aspera/connect/bin ~/.aspera/connect/bin/ascp -h Step 6：将...aspera安装路径加入环境变量 echo 'export PATH=~/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc Step 7：使环境变量生效<

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您找到你想要的搜索结果了吗？

是的

没有找到

aspera下载真的好烦啊

虽然有aspera下载加速措施，但是每次下载至少失败一半！...fastq.gz fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR150/057/SRR15037157/SRR15037157_2.fastq.gz 继续使用脚本 step1-aspera.sh...~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@$id . done # nohup bash step1-aspera.sh...1>step1-aspera.log 2>&1 & 然后前面失败的文件这次就成功下载了。...上游分析流程 02.课题多少个样品，测序数据量如何 03. 过滤不合格细胞和基因（数据质控很重要） 04. 过滤线粒体核糖体基因 05.

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详解Linux 下 Aspera 获取 SRA 数据

安装 $ tar -zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz $ ..../aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh $ sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin...ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra EBI的aspera...命令含义 ~/.aspera/connect/bin/ascp aspera的可执行文件 -k 1 断点续传 -QT 100M 提高下载速度 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...--user anonftp --file-list aspera_download.txt 4.

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Aspera下载NCBI和EBI文件

Aspera下载和安装 Aspera下载： http://downloads.asperasoft.com/connect2/。...zxf aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.tar.gz sh aspera-connect-3.5.1.92523-linux-64.sh echo 'PATH=$...PATH:~/.aspera/connect/bin/' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ascp --help 软件一般安装在 ~/.aspera/connect/ 目录下...Aspera使用：使用说明：https://www.internationalgenome.org/faq/how-download-files-using-aspera Aspera 高速下载 NCBI...-i 免密从SRA和ENA下载的私钥，为·安装 aspera 后有在目录 ~/.aspera/connect/etc/ 下的asperaweb_id_dsa.openssh 文件。

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学员分享-aspera踩坑记录

下面主要说说我的数据下载踩的坑，多亏了张老师的帮助让我从这两天的坑中跳了出来，我是用的aspera软件下载的。...在conda下安装aspera软件 conda install-y-chcc aspera-cli which ascp 找到要下载的数据的BioProject；一般知道它的GEO accession和

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windows下使用aspera_vlc windows

官网资源： https://ftp.gnu.org/pub/gnu/libiconv/libiconv-1.16.tar.gz CSDN资源：https://...

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lncRNA组装流程的软件介绍之aspera

下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 Aspera是IBM公司的一款高速传输软件，创造了新一代的传输技术(faspTM)，并能不受文件大小、形态、传输距离、网络条件限制，以最高效的速度来协助用户迁移各地的数据...一、软件安装使用conda安装 conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y -c bioconda sra-tools which ascp...ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh # 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪二、aspera的用法安装完成以后，可以使用ascp...~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@$id . done # nohup bash step1-aspera.sh...1>step1-aspera.log 2>&1 &

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aspera的高速下载确实很快吗

首先需要使用conda安装两个软件（kingfisher和aspera），大家现在可能会倾向于选择mamba来替代conda。...执行conda的安装两个软件（kingfisher和aspera），是如下所示的代码： mamba create -n kingfisher python=3.8 mamba init mamba list...所以还需要单独再安转一下aspera才能正常使用，kingfisher的官网也有说明，如果要 ena-ascp发挥作用，必须要再单独安装 ASpera：必须要再单独安装 ASpera 所以其实kingfisher...里面挑选fastq_aspera和fastq_md5这两个关键信息哈，然后就可以输出 TSV文件下载：挑选fastq_aspera和fastq_md5这两个关键信息可以自己制作文件名字（fq.txt...当然了，下载到测序数据仅仅是万里长征第一步，明天我们就继续讲解如何处理这个项目的fq文件哈！

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aspera曲折下载arrayexpress数据库文件

我们马拉松授课有个小伙伴问 arrayexpress 数据库的文件如何下载，因为我们给大家演示的使用 GEO 数据库下载的帖子比较多，这就来看看！...--mode=recv "fire/E-MTAB-/948/E-MTAB-11948/Files/Sample4.csv" ./ ascp -P33001 -i "C:/aspera/cli/etc...user=bsaspera --mode=recv "fire/E-MTAB-/948/E-MTAB-11948/Files/Sample5.csv" ./ ascp -P33001 -i "C:/aspera...秘钥文件的路径：C:/aspera/cli/etc/asperaweb_id_dsa.openssh 服务器上的秘钥路径： # 安装了aspera的conda 环境rna conda activate...后面看看为啥aspera为啥下不了吧！

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终于轮到aspera高速下载的方式被抛弃了吗

但是陆陆续续有小伙伴告诉我应该是使用aspera从ebi的ena数据库直接下载fastq文件即可，高速而且还少了一个sra文件转为fastq的步骤。...~/miniconda3/envs/download/etc/asperaweb_id_dsa.openssh \ era-fasp@$id . done # nohup bash step1-aspera.sh...1>step1-aspera.log 2>&1 & 这个脚本会根据你在EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件，来批量下载fastq测序数据文件。...但是风水轮流转没想到，也没有过去多少年，就风水轮流转， aspera从ebi的ena数据库这个手段时灵时不灵的。

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公开测序原始数据如何高速下载：Aspera的Q&A，站长使用经验总结～

---- Aspera（ascp）软件优点和缺点？ ---- 优点一个字“快”，真正的百兆宽带。下载NCBI原始文件SRA下行速度能够达到100M/s，一般SRA下载一个文件15-20分钟搞定。...---- Aspera安装教程 ---- 安装之前要注意：Aspera不能装在Root下，一定要先建立一个子用户才可以。...-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz tar zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz bash aspera-connect...-3.7.4.147727-linux-64.sh #查看是否安装成功，~目录下有.aspera文件夹代表安装成功 cd ~ && ls -a #添加永久环境变量 echo 'export PATH=~.../.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc #测试 ascp --help ---- Aspera使用的Q&A 1、如何下载SRA

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听说aspera下载会失败，我也解决不了啊

在国内做数据分析本来就不容易，SRA数据库自带的prefetch基本上是形如虚设，下载速度比乌龟快一点点，所以不得不求助IBM的aspera加速器。...这也是我们每次授课都会介绍的各种国内科研数据处理专用小技巧首先下载软件老规矩，conda解决一切依赖 conda install -y -c hcc aspera-cli conda install...一分钟才一两个M 然后使用aspera加速 which ascp ## 一定要搞清楚你的软件被conda安装在哪 ls -lh ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh...conda create -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli conda install -y

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RNA-seq(2)-1:原始数据下载的几种方法

---- 第1选择--Aspera Connect 如果aspera connect不能下载，推荐sratoolkit的prefetch功能。...尽量不要用wget或curl下载，速度慢，且有时下载不完全注意：Aspera>Sratools>ftp ---- 第1选择：Aspera Connect -Aspera connect是IBM的商业化高速文件下载软件...下载直接安装即可，下载链接h Aspera Connect命令行工具-ascp 首先，goto Aspera connect，选择linux版本，复制链接地址（这个需要代理下载） wget http...-linux-64.sh # check the .aspera directory cd # go to root directory ls -a # if you could see .aspera...3下面再看下不推荐的方法如何下载数据。

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在美帝的服务器的prefetch和aspera下载比较

如果你的服务器在中国大陆，基本上就放弃prefetch啦，直接aspera即可。但是如果是在海外，就可以尝试比较prefetch和aspera下载速度。...EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件：比如一个文章的测序数据项目地址是：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB33490 可以使用conda安装aspera...和prefetch 其中prefetch属于 sra-tools，而aspera属于aspera-cli，都是需要先搜索它们拿到官方下载方式，我已经给大家找好了，如下： # wget https://repo.anaconda.com...64.sh # echo $SHELL conda create -y -n download conda activate download conda install -y -c hcc aspera-cli...最后是aspera， id=fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/ERR344/007/ERR3445007/ERR3445007_1.fastq.gz ascp -QT -l

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如果美国政府不让中国使用aspera软件，我们的大文件传输还有哪些选择

笔者不是芯片从业人员，没有能力去分析中国芯片应当如何自强。作为一个网络传输软件开发人员，今天讲讲在网络传输软件上，国产软件和美国软件的差距情况，以及我们努力的方向。...大文件传输专业软件领域，行业的标杆是Aspera，Aspera成立于2004年，2013年被IBM收购，主要服务客户分布在媒体、影视制作、生命基因工程、工程等需要大量数据文件交换的行业。...基于fasp传输协议，aspera针对不同的应用场景开发了一系列文件传输应用，比如Aspera Enterprise transfer server/Aspera connect/Aspera sync.../Aspera faspex等，这里不一一介绍。...国内很多行业比如影视制作、传媒、电视台都采购了Aspera软件用于大文件数据分发。

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单细胞+空转分析之数据下载：胎肝中的造血干细胞多能祖细胞（一）

PDX小鼠模型的单细胞样品定量能选择人类参考基因组吗然后还让小张老师介绍了受控的数据如何下载： GSA受控数据下载点进去看到单细胞和空转的链接：单细胞的GSA编号CRA002489，空转的GSA编号...以单细胞下载为例，我选择简单的 ascp 看看：点开那个 aspera 旁边的问号，得到 -i 参数的 aspera01.openssh 文件以及下载命令： # https://ngdc.cncb.ac.cn.../gsa/browse/CRA002489 ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn.../CRA002489 ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489.../CRA002489 ascp -P33001 -i aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01@download.cncb.ac.cn:gsa/CRA002489

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CNCB(国家生物信息中心)数据下载流程学习(AnacondaAsperaEdge turbo）

目前越来越多的数据存储在该平台上面了，因此也有必要学习一下如何下载该平台中的数据~分析流程HRA003340鼻咽癌数据如果还没有安装Anaconda需要先安装一下# 自行去官网查看一下最新版本wget...同时我们也需要下载安装一下aspera，如果命令行下载失败的话就需要去官网下载 # 可以尝试直接安装conda install -y -c hcc aspera-cli# 如果不行那就直接去官网下载，之后本地安装...(版本替换成下载的)tar xvf ibm-aspera-connect_4.2.12.780_linux_x86_64.tar.gz# 安装asperash ibm-aspera-connect_4.2.12.780...:/home/data/t200558/.aspera/connect/bin# 找到ascp的保存路径which ascp/home/data/t200558/.aspera/connect/bin/.../bin/ascp -P33001 -i /home/data/t200558/NPCdata/HRA003340/aspera01.openssh -QT -l100m -k1 -d aspera01

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国内高速下载测序SRA数据

.aspera/..../zouhua/.aspera/config/ # 复制到配置目录cp ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh /home/zouhua/.aspera.../config/配置enaDataGet如果使用Aspera下载数据，则需要配置aspera_settings.ini文件# step1 配置aspera_settings.inicd /disk/share...指定ascp脚本；2.指定密钥；3.设置下载速度[aspera]ASPERA_BIN = /home/zouhua/.aspera/connect/bin/ascpASPERA_PRIVATE_KEY...使用，参数为-a/--aspera，添加此参数则调用aspera。

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Aspera：基因组数据高速下载利器，以NCBI和EBI数据下载为例

我们通常用wget或curl下载文件，然而由于 NCBI 和 EBI 网站都在国外，有时候下载速度非常慢，如果文件特别大，就可能非常难受甚至是不可能完全的任务了，这时可用 aspera 进行高速下载。...安装 Aspera 首先进入aspera 官方网站，找到「IBM Aspera Connect」，进入下载页面，找到对应的版本与平台，这里以 Linux 平台最新的 3.10.0 版本为例进行介绍。...，运行该脚本，即可完成自动安装 sh ibm-aspera-connect-3.10.0.180973-linux-g2.12-64.sh # 所有安装文件都在~/.aspera/connect目录下...官网：https://www.ibm.com/products/aspera/downloads?...list Aspera 使用说明 1：https://www.ibm.com/support/pages/downloading-data-ncbi-command-line#usage Aspera

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Aspera下载SRA文件

Aspera的安装

aspera下载真的好烦啊

详解Linux 下 Aspera 获取 SRA 数据

Aspera下载NCBI和EBI文件

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lncRNA组装流程的软件介绍之aspera

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aspera曲折下载arrayexpress数据库文件

终于轮到aspera高速下载的方式被抛弃了吗

公开测序原始数据如何高速下载：Aspera的Q&A，站长使用经验总结～

听说aspera下载会失败，我也解决不了啊

RNA-seq(2)-1:原始数据下载的几种方法

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如果美国政府不让中国使用aspera软件，我们的大文件传输还有哪些选择

单细胞+空转分析之数据下载：胎肝中的造血干细胞多能祖细胞（一）

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