beagle是linux的desktop search软件,跟winows下的google desktop search类似的东西,它可以搜索各种各样格式的文件,但是目前只是测试版,很多功能还不完善,但是基本上已经可以使用了,软件的原理跟普通的搜索引擎差不多,先需要启动beagle deamon 进程做文件索引,如果没有最新的具有硬盘数据修改通知功能的内核,beagle进程就需要一边又一边的不辞辛劳的查看用户目录数据,看是否有所改变,如果更新了最新的内核,内核在用户修改硬盘数据的时候,会给bea
Yocto 项目 (YP) 是一个开源协作项目,可帮助开发人员创建基于 Linux 的定制系统,无论硬件架构如何。该项目提供了一套灵活的工具和空间,全世界的嵌入式开发人员可以共享技术、软件堆栈、配置和最佳实践,这些技术、软件堆栈、配置和最佳实践可用于为嵌入式和物联网设备或任何需要定制 Linux 操作系统的地方创建定制的 Linux 映像。
最近听了菲沙基因的网课,记录一下!多数是其课程ppt的截图,如有侵权,立马删除。声明,和这个公司无利益相关,只是为了学习和分享知识。
大家好,我是邓飞,今天介绍一下基因型数据的填充,包括自填充和填充到参考集上的方法。
1 ULPI PHY passive sniffing mode 概念: non driving, no pull-up, no pull-down
在这篇文章的指导下解决了,Opkg update失败的问题,问题出在开发板的网络DNS配置,开发板可以访问局域网的,但是不能访问互联网,另外angstrom linux 软件源 feeds 地址改变了 不在是原来的 所有需要更改 /etc/opkg/*下的conf文件,前缀改成http://feeds.angstrom-distribution.org/feeds/,原来的地址是http://www.angstrom-distribution.org/feeds/,这个地址访问不通 。这样就可以执行opkg update命令 来安装软件了
Beagle是基因型填充常用的软件之一,最新版本为V5.1, 在准确率和运行速度上都有了很大提升,对应的文章链接如下
A new regulator of seed size control in Arabidopsis identified by a genome-wide association study New Phytologist 2019 Peking University
HLA基因,位于6号染色体上短臂上,长约4000Kb。HLA是目前所知人体最复杂的遗传多态性系统,有几十个基因座位,每个基因座位又有几十个等位基因,且呈共显性表达。由于MHC基因位于同一条染色体上,其多基因座位上的基因型组合相对稳定,很少发生同源染色体间交换,这就构成了以单元型(HAPLOTYPE,即在同一条染色体上紧密连锁的一系列等位基因的特殊组合)为特征的遗传。按中国人常见的A座位基因有13个,B座位基因有30个计算,可组成的单元型约有13×30=390种之多。
此发布版本是由 openSUSE.org 项目创建的。Novell 赞助的 openSUSE 项目是一个协作的社区活动,提供世界上最有用的开放源代码计算平台,即 openSUSE 发布版本。该项目在 opensuse.org 托管,有透明的开发过程、简单的参与模型、大量的开发工具,并使所有人都可以容易地访问构建版本和发行版本。请访问 www.opensuse.org 以了解如何加入 openSUSE 社区。 openSUSE 10.2 特性 全新桌面 这个版本对功能强大的 KDE 3.5.5 和 GNOM
影响基因型填充效果的因素有很多,比如填充软件的选择,reference panel的选择,样本个数,SNP的密度或者测序深度等等因素。目前基因型填充的软件有很多种,每个软件各有优劣,如何选择是一个难题。
1、添加到文件中,或者在现有文件的末尾开始写入。这可以通过在参数mode中添加'a'字符来完成。
今天我们来讨论 Pandas 中的 reset_index() 方法,包括为什么我们需要在 Pandas 中重置 DataFrame 的索引,以及我们应该如何应用该方法
这里有两个为运行于Linux的Mono系统的Live CD。. Monoppix Mono Live 这两个都包含mono 运行环境和工具. Mono Live 分发包中包含一些运行在Mono的程序 例如beagle、tomboy. 也包含一些asp.net 程序。所以他们都很大,像Monoppix有200多兆. 这些cd是Live cd也就是说你可以通过运行他们而不需要硬盘。.net开发人员使用的都是windows系统,也许想体验一下开源的.net 实现Mono。 相信不少朋友玩过虚拟机,比如VMW
GitKraken是一个非常优秀的Git客户端。如果您是软件开发人员,那么您绝对应该试试GitKraken。今天我去了我的一个存储库做了一些提交,但是GitKraken告诉我它已经得到了Inotify Limit Error,并且我需要增加这个限制。事实证明这个问题与GitKraken无关,也很容易修复。
摘要总结:
最简单的一个思路,只保留vcf文件中不包含任何缺失数据的位点。然后随机把某些样本的部分位点替换成缺失,用beagle做基因型填充,比较填充后和填充前的一致性。
微软开发框架的开源版本现在能够在更多现有.NET应用程序上运行。Mono项目宣布发布Mono 1.2版——微软.NET框架的开源版本。该项目由Novell支持,允许为Windows框架编写的应用程序在Linux和其它非微软平台上运行。最新版本全面支持.NET 1.1,并部分与.NET 2.0兼容,包括支持Windows Forms。 Mono按ECMA标准ECMA-335定义的标准执行.NET,ECMA-335指定通用语言基础构架(Common Language Infrastru
参考官方文档https://source.android.google.cn/setup/build/initializing
等了许久,Beagle 社区官网终于上线了BeagleV-Ahead 的主页 网址 https://beagleboard.org/beaglev-ahead ,我们的系统软件评测将会以这个官方主页为出发点 ,进行一系列的系统软件功能等操作演示,因官网没有中文页面,我这里 把 主页内的文字 翻译成了中文 来方便大家对照 参考。
使用的 Eclipse C/C++ 来进行操作。 如果不懂如何利用Eclipse操作的话,推荐看这两篇博客介绍。 Eclipse 进行Linux远程开发 Eclipse 远程Debug调试C程序
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9
最近测试illumina SNP芯片数据填充的时候发现,原来的数据是会被改变的,觉得这是一个小坑,在这里分享一下。当然,对于看整体的话,应该是影响不大的,毕竟它基本上是按照基因型频率和单倍体型的结果来给的。不过,对于个别比较重要的点,还是影响比较大的,在这里提醒大家注意下。先来看一下几个最主流流程中的版本中的参数情况。
最近需要基于linux文件系统的扩展属性,做一些自定义的操作;在这里对调研过程进行简要记录;我们常见的很多服务如glusterfs 等,都是使用文件扩展属性做一些定制化的操作;
https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-022-08418-7
虽然plink2.0已经存在好久了,但是一直用的都是plink1.9,因为语法熟悉。更主要是plink2.0语法变动太大,害怕步子迈得太大了……
大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。 一些世界上著名杀软的专杀工具下载地址
这个二步法是为了提高运算速度而设计的,基因型填充有一步法和二步法两种策略,示意如下
官网:https://jmarchini.org/software/#impute-5
GWAS用于寻找与疾病或者特定性状相关联的SNP位点,为了更加有效的挖掘信息,GWAS需要大样本量和高密度的SNP分型结果,最佳的分型方案当然是全基因组测序,然而成百上千个样本的全基因组测序其成本依然是巨大的,目前更加经济有效的方案是GWAS芯片,针对特定人群,利用tag SNP的思想设计探针,覆盖的SNP位点在几十M的数量级。
非常荣幸参与这次的开发板评测,感谢杭州平头哥半导体有限公司和Beagle社区的支持,我拿到了全球首款高性能 TH1520 RISC-V SBC开发板 BeagleV-Ahead。BeagleV AHead 开发板采用平头哥的曳影TH1520 作为主控,是Beagle家族开源的RISC-V 单板计算机(SBC),非常适合开源社区的RISC-V 开发人员。BeagleV AHead 传承了Beagle 开发板的统一设计语言,采用BeagleBone Black 的外形尺寸,完全一样的P8 和P9 扩展接口,所以支持现有的BeagleBone扩展板。BeagleV Ahead 搭载强大的四核RISC-V 处理器、丰富的配置,却具备超高性价比,是一款物美价廉、偏于携带的RISC-V“口袋开发板”。适用于任何希望参与RISC-V 开发的人,连上电源即可使用。
劳动节,更个文吧,祝大家都劳有所获。 今天看了一个关于启动优化的讲座,简单总结一下。 本文的目标是尝试一些比较简单有效的方法,并不会覆盖所有的优化技巧。感兴趣的伙伴可以关注我视频号,后面准备用直播的方式和大家交流。 目标系统 硬件: Beagle Bone Black (Cortex A8) USB 摄像头 + LCD 软件: Linux 5.1 + Buildroot rootfs FFmpeg,用于采集视频并解码到 LCD。 点击查看大图 当前启动时间: 从上电到 LCD 显示第一帧图像:9.4
非常感谢 中国杭州平头哥半导体优先公司 和 Beagle社区给予我们 全球首款高性能 TH1520 RISC-V SBC开发板 BeagleV-Ahead评测工作,我们将围绕 开发板 外观 ,板载功能接口,系统启动系统初体验,系统功能使用演示,更新不同系统镜像,编译SDK打造属于自己的系统,从硬件 到 SDK软件 进行逐步的评测演示。
多天之前,经不起windows系统眉来眼去的给我推送各种安利消息windows11系统,然后我就升级了,然后变成了板砖,具体经历见这篇博客:(要升级win11吗?电脑变板砖的那种)。
前段时间,苹果宣布计划推出CSAM检测技术,能够扫描所有存储在iCloud上的照片,找出符合虐待儿童、儿童色情内容的照片(CSAM)。
大家应该都知道,在Linux系统中,1000以下的UID是系统保留的UID。随意修改系统上某些帐号的 UID 很可能会导致某些程序无法进行,甚至导致系统无法顺利运行。我们可以通过/usr/share/doc/setup-2.8.71/uidgid来查看具体对应关系,当然不同的版本路径可能不一样,可以用/usr/share/doc/setup*/uidgid来通配。
Minimac是一款经典的基因型填充软件,该软件也是以内存消耗小,运行速度快而著称,历经了MaCH, minimac, minimac2, minmac3多个版本的更新换代,目前最新版本为v4, 网址如下
原本每个的标题都是原版中的英文,有些取名比较奇怪,不直观,我换成了可以描述主题的中文形式,有些是自己想的,不足之处请指正。另外一些 Python 中的彩蛋被我去掉了。
PLC 基本上,PLC是一种业界用于控制不同系统的输入和输出的小型计算机。通常,输入是按钮和传感器,输出是电机。如果您有Informatic背景,您可以将PLC看作是Raspberry Pi,Arduino,Beagle Bone Black或具有输入和输出的类似嵌入式板,但是为行业做好准备。 PLC根据需要进行编程。有许多生产PLC的公司,类似于普通PC的情况。不同之处在于,普通PC是通用计算机,这意味着您可以使用它来执行所有类型的操作。但是对于PLC,它们可以有效地生产出狭窄的目的。因此,每个PLC生产
这是有关级别的基本概述。我即将举行的课程“ 可重用组件 ”探讨了每个组件以及如何充分利用它们。
REST 并不是在 web 上发送信息的第一种协议。但十多年来,它一直主宰着 API 领域。
我们所有人都希望编写更少的代码,同时也要做更多的事情。为了实现这一点,我们构建了组件,以便可以多次重用它们。
整编,顾名思义就是编译整个 Android 源码,最终 out 目录会生成几个重要的镜像文件,其中有 system.img、userdata.img、ramdisk.img 等,这些是可以刷机的。
这是一篇长文教程,建议大家读不完的话一定要收藏,利用闲暇时光将其读完!更加欢迎将本文转发给同学、朋友、同事等。
在所有的基因型填充软件中,都会区分常染色体和X染色体,分别进行填充,为何对于X染色体要单独处理呢?
本文展示了如何用 Keras 构建深度学习模型的简单示例,将其作为一个用 Flask 实现的 REST API,并使用 Docker 和 Kubernetes 进行部署。本文给出的并不是一个鲁棒性很好的能够用于生产的示例,它只是为那些听说过 Kubernetes 但没有动手尝试过的人编写的快速上手指南。
什么是YUM YUM(Yellowdog Updater Modified) 是一个开源命令行包管理工具,用于RPM(RedHat Package Manager) 基于 Linux 系统。它允许用户和系统管理员轻松地在系统上安装、更新、删除或搜索软件包。它是由开发和发布的Seth Vidal在下面GPL(General Public License) 作为开源,意味着任何人都可以下载和访问代码以修复错误和开发定制包。YUM使用众多第三方存储库通过解决依赖关系问题来自动安装软件包。 1. 用YUM安装一个包
在研究皮肤病(银屑病、系统性红斑狼疮、糖尿病皮肤病、烧伤等)或皮下注射药物毒性时,对皮肤损害的准确观察和描述取决于对注射部位皮肤的正常组织学的全面了解。
📷 发行版及版本比较 三大家族: 📷 Fedora是基于RHEL,CentOS,Scientific Linux, 和Oracle Linux的社区版本。相比RHEL,Fedora打包了显著的更多的软件包。其中一个原因是,多样化的社区参与Fedora的建设;它不只是一家公司。在这个过程中,CentOS用于活动,演示和实验,因为它是对最终用户免费提供的,并具有比Fedora的一个更长的发布周期(通常每隔半年左右发布一个新版本)。 SUSE, SUSE Linux Enterpri
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