将层级聚类的结果转化为ggdendro作图需要的格式，用到的函数是dendro_data(hc,type="rectangle") type有两个参数可选
❝今天在帮朋友做数据分析的时候，由于基因数目比较多聚类后图非常臃肿，突然产生一个想法如何只对图形进行聚类但不显示聚类树，下面通过一个小例子来展示 ❞ 加载R包 主要使用ggdendro中的函数dendro_data来提取聚类标签 library(tidyverse) # install.packages("ggdendro") library(ggdendro) library(aplot) 导入数据 df <- read_tsv("data.xls") %>% column_to_rownam
ggplot2自从2007年推出以来，成为世界范围内下载最频繁、使用最广泛的R包之一。许多人包括ggplot2的创建人Hadley Wickham将这一成功归功于ggplot2背后的哲学。这个软件包的灵感来源于Leland Wilkinson编写的《图形语法》一书，在此书中将graphs 分解成scales和layers，并将原始数据与表现形式分离开。
读取数据常见错误： 在读取数据过程中可能遇到以下问题，参照上一篇博客： 可能遇到报错： 1、Error in if (is.na(n) || n > 65536L) stop(“size cannot be NA nor exceed 65536”) : missing value where TRUE/FALSE needed 没有处理数据转化距离。 2、Error in hclust(dist(test)) : NA/NaN/Inf in foreign function call (arg
没有特别系统的学习 tidy evaluation 这方面的高级操作，最近有空准备补一补，学习下这方面的知识。
鉴于有些读者对单细胞分析还不是很熟练，但是又想要看单细胞数据里某个基因的表达，或者某种细胞的分组比例，或者画umap图、画小提琴图....
❝今天来介绍如何对进化树枝进行折叠，将属于同一分支的折叠，从下面的论文中挑出一份数据通过一个小例子来展示 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggtree) library(ggdendro) library(patchwork) 加载数据 df <- read_csv("Figure5-metabolicfunctions_logtpm.csv") %>% dplyr::rename(tax=`...1`) %>% column_to_rownames(v
在进行数据分析时，免不了对结果进行可视化。那么，什么样的图形才最适合自己的数据呢？一个有效的图形应具备以下特点：
能制作这样图表的工具很多， 我比较喜欢ggplot2+AI， 当然，或许有高手可以独立使用ggplot2调整全部图表细节，不过，我做不到。我只能做到的是可以绘制出几乎全部的图表的雏形，而且我个人觉得，把ggplot2学习到这个程度就足够了。
热图是生信分析中最常见的可视化数据的方法，它具有丰富的色彩变化，并且能生动饱满的进行信息表达。比如可视化基因表达、显著性P值等数据。R 在可视化方面也提供了一系列功能强大、覆盖全面的函数和工具包，今天小编就总结了一些易操作且美观的热图绘图方法，一起来学习一下吧
ShinyCell包是由杜克-新加坡国立大学医学院的John F. Ouyang团队开发的单细胞分析工具包，实现基于shiny网页交互式展示单细胞数据；于2021年3月发表于Bioinformatics杂志。如文章中介绍，ShinyCell相比同类工具具有多个优势，例如直观的side-by-side的降维可视化方式，hdf5格式保存表达矩阵从而读取快速，支持pdf/png保存图片，支持多种常见单细胞数据类型等。参考其教程文档，学习记录如下。
之前的推文已经给大家详细介绍了clusterprofiler的使用方法以及enrichplot的用法：
可以看到各个细胞亚群，都是有CD4基因表达的，我们虽然命名了 Naive CD4 T和Memory CD4 T"，但是它们并没有特异性的高表达CD4基因哦！
GOplot包用于生物数据的可视化。更确切地说，该包将表达数据与功能分析的结果整合并进行可视化。但是要注意该包不能用于执行这些分析，只能把分析结果进行可视化。在所有科学领域，由于空间限制和结果所需的简洁性，切实地去描述事物很难，所以需要将信息进行可视化，使用图片来传达信息。精心设计的图形能在更小的空间提供更多的信息。该包的设想就是能让用户快速检查大量数据，揭示数据的趋势和找出数据中的模式和相关性。
直方图是一种对数据分布情况进行可视化的图形，它是二维统计图表，对应两个坐标分别是统计样本以及该样本对应的某个属性如频率等度量。
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