我正在运行OSX10.10、running版本0.99.484和RVersion3.2.2。
我刚刚做了一个新的安装R和R使用安装程序从他们各自的网站。我使用install.packages安装“马赛克”，然后尝试使用库加载它，但它给出了以下错误：
library("mosaic", lib.loc="/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.2/Resources/library")
Error : object ‘dendro_data.hclust’ is not exported by 'namespa
浏览 3提问于2015-09-10得票数 1
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翻转树状图
、、、、
我正在使用graph图来绘制树状图，但我希望将标签放在左边，以使图形更直观。我该怎么做呢？谢谢！
library(ggplot2)
library(ggdendro)
### Data
countries <- c("UK","AU","SA","CH")
distmatrix <- matrix(c(0.00, 0.16, 1.01, 0.97, 0.16, 0.00, 0.84, 0.79, 1.01, 0.84, 0.00, 1.49, 0.97, 0.79, 1.49, 0.00),
nrow=4,dimna
浏览 2提问于2013-04-28得票数 2
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如何将树状图的标签更改为与列表中的名称匹配的标签？现在我只知道名单号码。
代码：
library(IncDTW)
library(ggplot2)
library(ggdendro)
A <- matrix(1:50, nrow = 50, ncol = 1)
B <- matrix(1:100, nrow = 75, ncol = 1)
C <- matrix(25:49, nrow = 25, ncol = 1)
D <- matrix(1:50, nrow = 50, ncol = 1)
treeList <- list(A,B,C,D)
names(
浏览 0提问于2019-02-08得票数 1
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假设我有这样一个ggplot2树状图：
require(ggplot2)
require(ggdendro)
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
dhc <- as.dendrogram(hc)
ddata <- dendro_data(dhc, type="rectangle")
ggplot(segment(ddata),labels=rownames(USArrests))+
geom_segment(aes(x=x, y=y, xend=xend, yend=yend))+
theme_d
浏览 8提问于2014-02-26得票数 2
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目前，我正在使用ggplot2和ggdendro绘制树状图。然而，现在我需要在叶子下绘制一个离散变量以及标签。
例如，在一份出版物(Zhang等人，2006年)中，我看到了这样的树状图(注意树叶标签下的第四色栏)：
我感兴趣的是使用我已经绑定的数据，对binned + ggplot2进行同样的处理。这个是可能的吗？
浏览 0提问于2013-11-12得票数 7
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我的问题与Andrie的有关。我的问题是，是否有可能在树状图的相应部分下显示变量标签和汽车标签？
library(ggplot2)
library(ggdendro)
data(mtcars)
x <- as.matrix(scale(mtcars))
dd.row <- as.dendrogram(hclust(dist(t(x))))
ddata_x <- dendro_data(dd.row)
p2 <- ggplot(segment(ddata_x)) +
geom_segment(aes(x=x0, y=y0, xend=x1, yend=y1))
print
浏览 0提问于2011-08-26得票数 2
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我正在处理生态数据(不同硅藻物种在沉积物岩心不同深度的丰度百分比)，并希望将结果与树状图一起绘制，该树状图表示层次聚类分析(CONISS)的结果，我将使用该树状图将岩心划分为生态区。 这是我试图实现的事情类型的一个例子： ? 我已经成功地运行了聚类分析，但正在努力按照我想要的方式绘制树状图。每当我绘制树状图时，它都会按顺序(as shown here)绘制树状图的叶子。但是，我需要从沉积核心顶部按深度绘制树叶，以便在我检查过的每个核心深度都有一片树叶，并且在树状图中有缺失样本的间隙(as shown here)。(请注意，此处没有显示y轴，因为树状图将连接到已包含y轴的图表的其余部分
浏览 77提问于2020-12-09得票数 1
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我在TSclust包中使用hclust来进行聚集的分层聚类。我的问题是，我能从hclust得到悲观(距离)矩阵吗？我希望距离的值排序，哪个变量更接近于变量组中的单个变量。
示例:如果(x1、x2、x3、x4、x5、x6、x7、x8、x9、x10)是构成距离矩阵的变量，那么我想要的是x3与其他变量(x3x1、x3x2、x3x4、x3x5等)之间的距离。我们能这么做吗？这是代码和可复制的数据。
数据：
structure(list(x1 = c(186.41, 100.18, 12.3, 14.38, 25.97, 0.06,
0, 6.17, 244.06, 19.26, 256.18, 25
浏览 7提问于2022-01-05得票数 0
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我正在寻找一种有效的方法来绘制从数据中获得的树状图，但与原始数据相比，它与相应的距离矩阵相邻。我一直好奇如何不同的文件来显示这一点，似乎他们所做的只是分别绘制热图和树状图，并在图像编辑软件中处理它们。希望下面的代码能说明我想要什么。假设我生成以下数据，并使用Pearson的相关性作为距离度量，并以完整的链接作为聚类：
library(gplots)
set.seed(2)
x <- matrix(rnorm(100), nrow = 5)
dist.fn <- function(x) as.dist(1-cor(t(x)))
hclust.com <- function(x)
浏览 6提问于2020-06-26得票数 0
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我使用一组r命令生成了一个树状结构。它运行良好，并将生成的树状图保存到PDF文件中。为了提高效率，我将这些命令包装为一个函数，这不会改变任何东西。然而，pdf只是一个没有任何图形内容的空白文件。请让我知道我的函数定义出了什么问题。谢谢。
myplot<-function(inputcsv, outputfile){
library(ggdendro)
library(ggplot2)
x<-read.csv(inputcsv,header=TRUE)
d<-as.dist(x,diag=FALSE,upper=FALSE)
hc<-hclust(d,"
浏览 2提问于2011-12-17得票数 1
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我正在做聚类分析并创建一个树状图。我使用了ggdendrogram包，并希望在ggplot2中使用它的输出。我想知道如何获得与叶标签相同的x标签。谢谢
D1 <- as.dist(
matrix(
data=
c( 0, 9, 3, 6, 11
, 9, 0, 7, 5, 10
, 3, 7, 0, 9, 2
, 6, 5, 9, 0, 8
, 11, 10, 2, 8, 0)
, nrow= 5
, ncol = 5
, byrow=TRUE
))
HCD1 &
浏览 0提问于2013-05-08得票数 2
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我有一个工作的R代码，它基本上是用来构建，训练和预测一些IC50值。我有一个可以工作的GUI。
# Load the packages
library(gWidgets)
library(gWidgetsRGtk2)
library(tcltk)
library(data.table)
library(cluster)
library(e1071)
library(caret)
options(guiToolkit="RGtk2")
#main GUI code
win=gwindow("Naive Bayes Tool for IC50 Prediction"
浏览 0提问于2016-10-24得票数 2
我将ggplot脚本包装到一个函数中，如下所示。但是，运行此命令将给出错误消息，如
xy.coords中的错误(x，y，xlabel，ylabel，log)：
'x‘是一个列表，但没有组件'x’和'y‘
如果不将这些脚本包装成函数，它们就能正常工作。因此，如何编写这样的函数，它生成了一个树状图使用to图，并将它保存到一个pdf。
nicedendro<-function(inputdat, outputfile){
library(ggdendro)
library(ggplot2)
x <- read.table(inputda
浏览 1提问于2011-12-20得票数 1
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Didzis展示了如何使用ggplot2和ggplot2绘制树状图：
以下是代码：
labs = paste("sta_",1:50,sep="") #new labels
rownames(USArrests)<-labs #set new row names
hc <- hclust(dist(USArrests), "ave")
library(ggplot2)
library(ggdendro)
#convert cluster object to use with ggplot
dendr <- dendro_d
浏览 5提问于2014-01-31得票数 24
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我的任务是创建一个树状图，但叶节点显示钝边。如何扩展叶节点的长度，并添加节点标签？
请查看下面的当前和预期图像。
数据：
df1 <- data.frame( z1 = c(rep('P1', 5), rep('P2', 5), rep('P3', 3), rep('P4', 4)),
z2 = c(letters[1:5], letters[6:10], letters[11:13], letters[14:17]),
stringsAsFacto
浏览 1提问于2018-04-25得票数 1
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请检查我的可复制的例子和结果图表。
X = t(USArrests)
plot_color_clust = function(X,N=N,
cols=c("red","blue", "orange", "darkgreen","green","yellow","grey","black","white")
){
library(ggplot2)
library(gridExtra)
浏览 3提问于2015-10-23得票数 1
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我试图应用密度，以着色的全球树状标签。我知道这个错误：
Error in UseMethod("as.dendrogram") :
no applicable method for 'as.dendrogram' applied to an object of class "dendro"
为什么转换不起作用？知道怎么解决吗？
代码：
library(IncDTW)
library(ggplot2)
library(ggdendro)
library(dendextend)
A <- matrix(1:50, nrow = 50,
浏览 1提问于2019-02-10得票数 1
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我试图从二进制矩阵中使用heatmap.2函数创建一个热图，并从热图中提取树状图，并将树状图保存为newick文件格式。矩阵在列上有基因组，在列上有基因。
为了做到这一点，我正在运行以下代码。
library(ggdendro)
library(ape)
library(gplots)
library(vegan)
profile <-as.data.frame(read.delim("profile_file.txt",row.names=1,sep="\t", as.is=T))
dist_func<-function(x) vegdist(
浏览 4提问于2016-04-07得票数 3
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从树状图中切出一个簇
、、、
我正在使用这个链接来绘制一个很好的树状图，按照类别使用彩色标签。第二个答案是我在这个链接( )中看到的，它使用了下面的代码：
d <- dist(t(mat[,3:ncol(mat)]), method = "euclidean")
H.fit <- hclust(d, method="ward")
groups <- cutree(H.fit, k=16) # cut tree into clusters
hcdata<- dendro_data(H.fit, type="rectangle")
hcdata$l
浏览 5提问于2015-10-30得票数 1
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我试图添加一个交互式热图到我的闪亮的应用程序，但我也有互动的图形使用ggi相图。我目前正在使用d3heatmap包，但是热图不会在应用程序中呈现。我创建了一个玩具示例来说明这一点：
library(shiny)
library(ggiraph)
library(d3heatmap)
ui <- fluidPage(
d3heatmapOutput('d3'),
ggiraphOutput('gg')
)
server <- function(input, output, session) {
# Create heatm
浏览 9提问于2017-06-22得票数 3
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我有这样一种情况，我正在绘制一个带有类标签的数据点的树状图。我希望看到凝聚聚类将具有相同标签的那些分组在一起。标签的颜色编码使得阅读这样的树状图变得很容易。有没有办法在R中使用ggdendro来实现这一点？
浏览 0提问于2011-11-08得票数 13
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R中树状图非叶节点中的标记
、、、、
我想创建一个带有几个项目(Name1，Name2，Name3，...)分类的图。根据R中树状图形式的几个标准(Column1，Column2，Column3) (我喜欢树状图的正交美学)。 我有以下CSV (data.csv)，其中包含每个标准中的项目及其分类： Name;Column1;Column2;Column3
Name1;A;C;D
Name2;B;C;D
Name3;A;C;E
Name4;B;C;E
Name5;B;C;D
Name6;A;C;D
Name7;A;D;E
Name8;A;D;E
Name9;B;D;E
Name10;A;D;E 和下面的R代码： library(
浏览 13提问于2021-11-11得票数 0
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我编写了以下MWE，使用dendex趋向()：
library(cluster)
library(ggdendro)
library(dendextend)
d1 <- c(paste(rep("firstcelltype",7),1:7,sep="_"), paste(rep("secondcelltype", 3),1:3,sep="_"))
d1.df <- as.data.frame(t(combn(d1,2)))
set.seed(1)
d1.df$DIST <- sample(1:100, 45)
d
浏览 6提问于2016-07-14得票数 1
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我想用ggplot2创建一个美丽的树状图。
这是我正在做的事情的一个可复制的例子：
library(ggplot2)
library(ggdendro)
data(mtcars)
x <- as.matrix(scale(mtcars))
dd.row <- as.dendrogram(hclust(dist(t(x))))
mtcars_dendrogram <- ggdendrogram(dd.row, rotate = TRUE, theme_dendro = FALSE) +
labs(x="", y="Distance") +
浏览 5提问于2016-10-04得票数 2
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其思想是将R包、ClustOfVar和ggdendro结合起来，对变量聚类进行可视化总结。
当数据中没有列时，结果非常好，只是有些区域没有覆盖(如下图所示)。例如，使用mtcars：
library(plyr)
library(ggplot2)
library(gtable)
library(grid)
library(gridExtra)
library(ClustOfVar)
library(ggdendro)
fit = hclustvar(X.quanti = mtcars)
labels = cutree(fit,k = 5)
labelx = data.frame(Name
浏览 5提问于2016-12-09得票数 1
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我正在使用R编程语言。
我在这里遵循这个链接()，并试图生成以下情节：
我试图安装所需的库，然后运行代码以生成此图：
install.packages("mosaic")
library(mosaic)
contour_plot(
sin(2*pi*t/10)*exp(-.2*x) ~ t & x,
domain(t = range(0,20), x = range(0,10)))
但这会产生以下错误：
Error in contour_plot(sin(2 * pi * t/10) * exp(-0.2 * x) ~ t & x
浏览 1提问于2022-03-09得票数 0
3回答
我正在尝试这样的东西，但不幸的是，我找不到任何可以用树状图绘制堆叠条形图的软件包，如下所示：
有人知道怎么做吗？
浏览 0提问于2017-06-20得票数 5
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树形图的层次(分类)数据
、、、、
数据
我有以下(简化的)数据集，从现在起我们称之为df：
species rank value
1 Pseudomonas putida family Pseudomonadaceae
2 Pseudomonas aeruginosa family Pseudomonadaceae
3 Enterobacter xiangfangensis family Enterobacteriaceae
4 Salmonella
浏览 8提问于2020-03-28得票数 6
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粗糙数据分类和汇总统计错误
、、、、
我是新来的。我的任务如下：
编写一个闪亮的应用程序，使用Navbar，标题为“数据探测”和“分类工具”，这样，在“数据探测”选项卡中，用户可以：
选择任意变量并查看它的汇总统计信息，
使用select输入按比率类别查看变量的汇总统计信息。
查看应用程序第一次打开时按税率组划分的啤酒税变量的图表。
选择任何变量，并将其与速率变量的关系可视化。根据所选变量是连续变量还是categorical.，应该出现不同的图解。
在“分类工具”选项卡中，用户可以：
使用滑块输入从(0.4、0.5、0.6、0.7、0.8)中选择用于训练数据集的数据比例(我们这里将不使用测试数据，因此应该对验证数据集使用补码比例)
浏览 5提问于2020-12-20得票数 0
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我有一个数据集df，有102个变量:16个int，80个因子，8个logi。没有NA值。
我以前使用过DataExplorer，没有问题，但是当我在这个数据集中运行它时.
library(DataExplorer)
create_report(df)
..。它前进的很好，输出它的进步..。
# label: correlation_analysis
# |................................................ | 74%
# ordinary text without R code
..。直到它到达PCA部分时
浏览 2提问于2018-11-24得票数 1
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