啥是Renyi index
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Shannon熵在微生物领域应用的已经十分普遍了。Shannon index作为alpha多样性的表征手段广泛应用于微生物领域的分析中。...Renyi index在R中的实现
renyi函数计算参数α取不同值时的Renyi diversity或者相应的Hill number。...>library(vegan)
#Usage
#renyi(x, scales = c(0, 0.25, 0.5, 1, 2, 4, 8, 16, 32, 64, Inf),hill = FALSE)...(与specaccum函数类似)
#renyiaccum(x, scales = c(0, 0.5, 1, 2, 4, Inf), permutations = 100,
# raw...collector:根据行累积得到的diversity
#subset:保留的行子集
>mod <- renyiaccum(BCI[i,])
>plot(mod, as.table=TRUE, col = c(