seqan库是进行生物序列分析的一个现代的C++库,目前有seqan2, seqan3两个版本,seqan3正在开发当中
我打算应用seqan库实现一个简单的注释程序,因为seqan3暂时还未实现gtf...;使用FragmentStore来管理内存
gtf数据在内存中的存储,可以被视为关系型数据库,每一行表示一个gene,因此通过唯一ID可以访问gene数据,而gene数据是树状结构
想要遍历gtf数据,...在数据库中的唯一ID,由于计算逻辑实现过长
*接下来省略对locusFunction等的计算代码,result的使用简略记录下,通过迭代器访问原始gtf数据
*TIterator it;...=value 读写bam文件使用的线程数
其他的就是使用性能分析工具如valgrind,gprof等找出瓶颈并针对性优化
问题总结
编译问题
Q:error MSB8036: The Windows SDK...be found
A:删掉缓存,重新编译
Q:windows下的项目配置
A:配置属性-C/C++-语言 复合模式选择否,启用运行时类型信息选择是(/GR) OpenMP支持选择是;字符集选择多字节字符集