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在Python中，如何将树状图绘制在值矩阵的顶部，并适当地重新排序以反映聚类？下面是一个示例：
我使用scipy.cluster.dendrogram制作树状图，并对数据矩阵执行分层聚类。那么，我如何将数据绘制为矩阵，其中行已被重新排序，以反映在特定阈值下切割树状图所导致的聚类，并使树状图与矩阵一起绘制？我知道如何在scipy中绘制树状图，但不知道如何绘制数据的强度矩阵，并在其旁
浏览 5提问于2010-06-06得票数 51
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我已经使用heatmap.3生成了这个热图。聚类是基于树状图执行的，但为了演示的目的，我想重新排序节点，以便在维护树状图的同时，使深蓝色位于左侧，深红色位于右侧。我读过关于重新排序的文章: newdendro<-reorder(as.dendrogram(myclust(mydist(heatdata.scaled))),10:1，agglo.FUN=colSums)
但colSums(heatdata.scaled)并未存储在树状图中
浏览 0提问于2016-05-30得票数 1
交叉发布：https://www.biostars.org/p/450365/ 我正在尝试使用pheatmap::pheatmap创建一个20行10列的矩阵热图。15, cluster_cols = pcahcpc.tree) 运行上面的代码得到了下面的热图，
浏览 35提问于2020-07-19得票数 1
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我正在尝试使用heatmap.2来绘制具有热图的双树形图。我有两个预制的树状图，我将它们放到了Rowv = dend_row和Colv = dend_col中。问题是树状图也被重新排序了。我从软件包中了解到，在heatmap.2中，如果一个树状图是以Rowv / Colv格式输入的，那么它将被“按原样”使用，即不需要任何重新排序。因此，我确保输入到Rowv / Colv的对象已经是树状</
浏览 1提问于2018-09-25得票数 1
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我想按照上一列中的值(从最大到最小)对热图中的行排序。行是自动排序的(我不确定所使用的精确计算“罩下”)，如图所示，正在执行一些聚类。dendrogram='none', # only draw a row dendrogram图我想知道是否有人可以建议如何关闭重新排序，这样我就可以按最后一列重新排序，强制使用这个顺序，或者使用heatmap.2函数来完成这个任务。
浏览 1提问于2015-01-15得票数 8
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我试图从二进制矩阵中使用heatmap.2函数创建一个热图，并从热图中提取树状图，并将树状图保存为newick文件格式。矩阵在列上有基因组，在列上有基因。
为了做到这一点，我正在运行以下代码。但是，当我减少基因列的数量时，在尝试将树状图转换为hclust对象的步骤上会出现一个错误。
浏览 4提问于2016-04-07得票数 3
我已经对我的样本进行了聚类，并且有一个来自hclust的树状图，我想用它在热图中排序我的样本，同时也显示树状图。我尝试使用我的hclust对象作为一个树状图，并将它传递给Colv，但是无论出于什么原因，我的热图中的样本顺序实际上是随机的，而树状图看起来是正确的。当我提取样本的顺序在我的树状图和重新排序我的输入矩阵根据这个顺序(没有树状图)，我得到
浏览 5提问于2017-11-29得票数 0
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我希望任何关于R的热图功能的dendogram (Colv，Rowv)的信息资料。例如聚类是如何工作的(这是欧几里得距离吗？)它与重新排序有什么不同？
如果Rowv或Colv是树状图，则它们将得到尊重(而不是重新排序)。
浏览 5提问于2013-03-13得票数 2
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我在R中生成了以下热图使用以下代码。(data.matrix(data), col=colorRampPalette(c("yellow", "blue"))(64), labRow=NA, Rowv=NA)
我想用不同的列顺序来绘制热图。这种列排序维护了树状图的拓扑，因此我还想继续绘制树状图。heatmap函数的R帮助提到了行和列的重新排序，我尝试将所需的列顺序作为向量提供给heatmap的Colv
浏览 3提问于2013-12-11得票数 0
我正在开发安卓系统，我想对HashMap<String , Byte>进行排序。= -13 , key = zxcgroups.get(key) = -11 , key = tfx
如何按值对HashMap进行排序
浏览 1提问于2015-10-13得票数 0
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UserNotification，9- UserNotification，10 - UserNotification考虑到TreeMap按键对所有数据进行排序
浏览 0提问于2014-08-01得票数 3
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热图树状图叶节数的选择
、、、、
在Matlab中，您可以指定希望作为dendrogram函数的一部分绘制的树状图中的节点数：dendrogram(tree,P)生成一个不超过P个叶节点的树状图。method for 'as.dendrogram' applied to an object of class "c('integer', 'numeric')"
使用cutree是探索绘制限制性树状图的正确途径吗
浏览 2提问于2014-07-24得票数 0
<String,Float>();map.put("A",(float)3.14);
对不起，我的问题是根据值的小数部分( .24和.14 )进行排序如何在java中对上述内容进行排序。
浏览 7提问于2013-12-10得票数 0
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我如何在Python中进行分层聚类(在本例中是针对基因表达数据)，以显示基因表达值矩阵和树状图？我的意思是像下面这样的例子：
如何在Python中使用numpy/scipy或其他工具执行此操作？例如，我如何使用Matplotlib将树状图覆盖在热图矩阵旁边？
谢谢。
浏览 0提问于2010-06-05得票数 3
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ordering ()文档表示Rowv和Colv (即行和列排序参数)：
如果与默认情况一样，任何一个都缺失了，那么相应的树状图的排序是按行/列的平均值排序的，也就是说，在行的情况下，Rowv <-我原以为这很简单，但现在我想，在默认排序算法中肯定还有更多的东西。我想这可能与树状图的聚类有关。但是仍然不确定:如果我第一组第4组和第6组，然后可能使用一个6x6矩阵，其中一行/列是平均值(？)
浏览 2提问于2015-06-08得票数 4
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我有一个基因表达数据集，并想显示一个热图的，一些的基因。首先，我想对所有的基因进行分层聚类，然后创建一个树状图，然后在这些基因的子集上创建一个热图。显式地说，heatmap将具有与已经创建的树状图相同的列，但显示的行较少。我试着使用下面的代码，但是它似乎是基于缩减矩阵对集群进行重新排序。scale = "none", )
我试过设置cluster_cols =
浏览 2提问于2019-02-20得票数 0
Heatmap with high expression values on the bottom 我是Rstudio的新手，我正在尝试使用r中的heatmaply函数创建热图，但在一些热图(具有不同的数据有没有一个命令可以让热图翻转，这样高表达值就会显示在顶部，就像我的其他热图一样？ 提前感谢！
浏览 15提问于2019-06-13得票数 0
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我想重新排序与reorder.dendrogram的树状图，但不能弯曲我的头如何设置参数。tdro <- structure(list(structure(9L, members = 1L, height = 0, label = "leaf1", leaf = TRUE, class
浏览 2提问于2012-11-22得票数 5
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我正在寻找一种有效的方法来绘制从数据中获得的树状图，但与原始数据相比，它与相应的距离矩阵相邻。我一直好奇如何不同的文件来显示这一点，似乎他们所做的只是分别绘制热图和树状图，并在图像编辑软件中处理它们。, hclustfun=hclust.com,dendrogram = "row",main = "Fig1")# 1 3 5 4 2现在，我可以用Fig1中的树状图绘制相应的距离矩阵，将其行和
浏览 6提问于2020-06-26得票数 0
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哪个包最好用于只对行进行排序的热图/图像，但不要显示任何树状图或其他视觉杂乱(只显示带有两个轴上自动命名标签的2D彩色网格)。除了基本的数字排序之外，我不需要花哨的集群。包的范围很混乱-哪一个是首选的热图(就像大多数其他绘图中的ggplot2一样)？到目前为止，我发现的情况如下：
--太棒了，但似乎不能关掉树状图？(有黑客吗
浏览 3提问于2012-05-12得票数 11
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