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    根据id快速提取fastq序列

    根据fastq序列的id,从原始fastq中提取序列这个操作,应该是大家在处理序列文件的过程中经常遇到的。如果大家用过Biopython,应该知道Bio模块在做fastq这些文件的处理时非常方便。...还是举个例子比较好,我从比对筛选过滤之后的bam文件中提取了第一列序列名,保存为id.name文件,想根据这个id文件从原始的fastq文件(单端)raw.fastq中把序列提出来。...这里id.name中id数目42万左右,raw.fastq序列数1000万左右: $ wc -l id.name426648 id.name$ wc -l raw.fastq 41867248...name"])#input id file id.name name=sys.argv[1].split(".")[0]#prefix of output filename_list=set(df_id...id.name raw.fastqpython3 extract_fastq_reads_by_bam_id.py id.name 156.89s user 4.10s system 102% cpu

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    Android根据资源名获取资源ID

    接触过Android开发的同学们都知道在Android中访问程序资源基本都是通过资源ID来访问。这样开发起来很简单,并且可以不去考虑各种分辨率,语言等不同资源显式指定。...痛点 但是,有时候也会有一些问题,比如我们根据服务器端的值取图片,但是服务器端绝对不会返回给我们的是资源id,最多是一种和文件名相关联的值,操作资源少的时候,可以维护一个容器进行值与资源ID的映射,但是多的话...便捷的方法 在这种情况下,使用文件名来得到资源ID显得事半功倍。 通过调用Resources的getIdentifier可以很轻松地得到资源ID。...imageResIdByAnotherForm = 2130837504;musicResId=2130968576;notFoundResId =0 看一看API 直接API 这个方法用来使用资源名来获取资源ID...defType和defPackage省略时,需要将其设置成null 注意这个方法不提倡,因为直接通过资源ID访问资源会更加效率高 如果资源没有找到,返回0,在Android资源ID中0不是合法的资源ID

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    ORACLE:根据父id查询所有子孙数据,或者根据子id查询所有父数据(start with connect by prior)

    一、需求: 我们在开发中经常遇到一种数据库表的设计:一个表中包含父子信息数据,也就是常说的树形数据. ---> 最常见的例子就是省市区一体表,就是通过id、pid、level来进行控制,从而一张表来存储数据...INSERT INTO REGION VALUES ('11', '绍兴市', '3', '2'); INSERT INTO REGION VALUES ('12', '西湖区', '3', '3'); 三、根据...id查询所有的子数据 需求:我输入山东省的id,会把山东省及下面的市区都查询出来 select * from REGION start with id = 2 connect by prior id...= pid -- prior 右边是子级id,就往子级的方向查询 ORDER BY id; 结果展示 四、根据id查询所有的父数据 需求:我输入黄岛区的id,会把黄岛区及其所在的市省国查询出来 select...* from REGION start with id = 8 connect by prior pid = id -- prior 右边是父id,就往父级的方向查询 ORDER BY id; 结果展示

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    MySQL 数据库上线后根据 status 状态优化

    马哥linux运维 | 最专业的linux培训机构 ---- 网上有很多的文章教怎么配置mysql服务器,但考虑到服务器硬件配置的不同,具体应用的差别,那些文章的做法只能作为初步设置参考,我们需要根据自己的情况进行配置优化...,好的做法是MySQL服务器稳定运行了一段时间后运行,根据服务器的”状态”进行优化。...查看MySQL服务器配置信息: show variables; 查看MySQL服务器运行的各种状态值: show global status; 1....3. key_buffer_size key_buffer_size是对MyISAM表性能影响最大的一个参数,不过数据库中多为Innodb 查看key_buffer_size设置大小: show variables...文件打开数 当open_files大于open_files_limit值时,mysql数据库就会发生卡住的现象,导致web服务器打开不响应的页面。

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    使用 mysqladmin 删除数据库MySQL

    MySQL 删除数据库 ---- 使用普通用户登陆 MySQL 服务器,你可能需要特定的权限来创建或者删除 MySQL 数据库,所以我们这边使用 root 用户登录,root 用户拥有最高权限。...drop 命令删除数据库 drop 命令格式: drop database 数据库名>; 例如删除名为 RUNOOB 的数据库: mysql> drop database RUNOOB; 使用 mysqladmin...删除数据库 你也可以使用 mysql mysqladmin 命令在终端来执行删除命令。...PHP使用 mysqli_query 函数来创建或者删除 MySQL 数据库。...> 执行成功后,数结果为: 注意: 在使用PHP脚本删除数据库时,不会出现确认是否删除信息,会直接删除指定数据库,所以你在删除数据库时要特别小心。

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    mysql数据库定时删除数据

    方法有多种,如通过脚本去定期执行SQL、使用mysql自带的删除策略,windows、linux 的定时任务就不记录了,就是通过脚本定时去调用mysql执行sql。...本文仅介绍推荐的MYSQL删除策略 自 MySQL5.1.6起,增加了一个非常有特色的功能–事件调度器(Event Scheduler),可以用做定时执行某些特定任务(例如:删除记录、对数据进行汇总等等...更值得 一提的是MySQL的事件调度器可以精确到每秒钟执行一个任务,而操作系统的计划任务(如:Linux下的CRON或Windows下的任务计划)只能精 确到每分钟执行一次。...operator_record_log; 3、关闭事件 alter event event_name disable; 4、开启事件 alter event event_name enable; 5、删除事件

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    数据库专题(三) ——Mysql ID生成器

    数据库专题(三)——Mysql ID生成器 (原创内容,转载请注明来源,谢谢) 注:本文是我对ID生成器的见解,如果有偏差欢迎指正。...一、需求 在数据库中,ID作为记录表每一行数据唯一性的重要元素,其重要性不言而喻。...在普通网站的业务场景中,可以使用数据库的自增的方式生成id,则在新增数据的时候不需要定义id,插入数据的过程中数据库自己会生成id。...但是,当网站业务量大,并发量大,如果使用数据库自增的方式,则可能会出现多个请求需要新增数据同时发送给mysql,则会发生异常。...4)根据业务场景需求,可以将数据库的表设置成16个或更多,因为md5的结果是16进制的值,即0-9a-f,则可以根据首位(或末位、或中间固定的任一位),将结果插入到相应的表中,保证平均将数据插入到各表,

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    基因类型注释根据基因ID就好了

    生物信息学数据库种类繁多,其中基因ID是很多人比较困惑的,尤其是很多产品居然还不是基因ID的问题,比如表达芯片是探针,所以我策划了一系列ID转换教程,见文末!...我的包里面有一个函数大家比较感兴趣,就是为什么可以根据基因ID拿到其染色体坐标呢?而且还可以得到其基因类型。...(IDs, ID_type) annoGene(IDs, ID_type,out_file ='tmp.html') annoGene(IDs, ID_type,out_file ='tmp.csv')...我做了哪些事情 其实就是下载GENCODE数据库文件,然后格式化即可。我这里使用的是perl语言,实际上可能是使用R更好,保证这个开发 流程的统一。...配合着详细的介绍: 第三个万能芯片探针ID注释平台R包 第二个万能芯片探针ID注释平台R包 第一个万能芯片探针ID注释平台R包 GEO数据库中国区镜像横空出世 因为这些包暂时托管在GitHub平台,但是非常多的朋友访问

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