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沙龙
1
回答
Nextflow
教程获得错误“没有这样的变量”
我从这个站点的教程开始: (我是安装了
nextflow
的人)。#!/usr/bin/env
nextflow
在日志文件中,我有以下内容: avr.-20 14:14:12.319 [main] DEBUG
nextflow
.cli.Launcher - $>
nextflow
avr.-20 14:14:12.629 [main] D
浏览 6
提问于2022-04-20
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1
回答
然后splitCsv映射
Nextflow
中的URL列表
、
我正在尝试获取GIAB数据索引文件(它们是CSV),并在
Nextflow
中下载每个文件。我认为我的总体结构是正确的,但是当我运行
nextflow
run file.nf时,什么都不会发生。- $> /opt/miniconda3/bin/
nextflow
run main.nfNov-13 18:1
浏览 2
提问于2018-11-13
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1
回答
Nextflow
0.26版安装
、
我正在尝试运行基于
Nextflow
的管道,但收到以下消息:“此工作流需要
Nextflow
版本0.26或更高版本--您正在运行版本20.01.0” 我尝试了两个命令在我的系统上安装
Nextflow
:wget -qO- https://get.
nextflow
.io | bash和curl -fsSL get.
nextflow
.io | bash 它们都安装了版本20.01.0。
浏览 38
提问于2020-03-20
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1
回答
无法正确安装
nextflow
我尝试在我的Windows命令提示符-bash中安装带有命令"curl get.
nextflow
.io _ bash“的
Nextflow
,但是我始终看到这样的错误:无法初始化
nextflow
环境。同时,在远程服务器上,
Nextflow
安装有相同的命令,我可以使用ls命令验证这一点。但是,当我准备一个示例脚本(hello.nf)时,通过"
nextflow
运行hello.nf“执行它会显示
Nextflow
没有特征。在任何情况下,输入"
nextflow</
浏览 7
提问于2022-01-04
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2
回答
nextflow
的过程不连锁,在第一次成功后停止
我正在研究一个同事的
Nextflow
19.04管道,我有一种奇怪的行为。process init { stdout into init_chMar-29 13:34:28.749 [main] DEBUG
nextflow
.cli.La
浏览 15
提问于2022-03-29
得票数 1
1
回答
nextflow
:未找到命令
、
我试图使用
nextflow
来运行管道,但是当我运行它时,它总是说
nextflow
: command not found。我已经安装了
nextflow
(我遵循了本教程) 我需要在配置文件中添加到
nextflow
的路径吗?
浏览 2
提问于2021-11-24
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1
回答
Nextflow
:未找到输出,尽管设置了publishDir
- $>
nextflow
run main.nfNov-12 17:55:40.029/affymetrix/
n
浏览 46
提问于2020-11-13
得票数 2
1
回答
将日志转发到http服务器
、
、
我有一个用
nextflow
运行的管道,这是一个工作流框架。它可以选择在http服务器上查看实时日志。这样做的命令如下:但是当我打开我的网页浏览器时,我什么也没看到。
浏览 2
提问于2021-11-12
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1
回答
选择节点以使用Kubernete执行
Nextflow
工作流
、
、
我正在使用以下命令运行我的
Nextflow
工作流: ./
nextflow
kuberun user/repo -c
nextflow
.config -profile kubernetes -v my_pvc:/mounted_path -with-report_report.html -with-trace _trace 我想在一组特定的节点上运行我的
nextflow
工作流。kubectl label nodes node2 disktype=my_experiment kubectl lab
浏览 84
提问于2021-08-11
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1
回答
Nextflow
中的错误
nextflow
.cli.Launcher -@未知
我刚刚开始学习
nextflow
,我遇到了一个奇怪的错误,我寻求一些指导。#!' file for more detailsless .
nextflow
.logOct-02 13:51:35.370 [main] DEBUG
nextflow
.cli.Launcher- $>
nextflow
run example1.nf Oct-02 13:51:35.413 [main] INFO
nextflow
.cli.CmdRun - N E X T
浏览 27
提问于2022-10-02
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2
回答
Nextflow
配置文件问题
、
、
这两台计算机都安装了
nextflow
(v22.04.5)和docker。但是,一台计算机显示错误消息。请看所附的截图。我检查了日志文件,它只有一个“命令未找到”。
nextflow
脚本params.outdir = '.
浏览 39
提问于2022-10-03
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1
回答
基准通道创建
NextFlow
、
我正在
NextFlow
上执行一个分散-聚集操作。reads} -o ${reads}.trimmed.fastq} gather_fatsp_ch.collectFile().view().println{ it.text } 我使用
Nextflow
(https://www.
nextflow
.io/docs/latest/tracing.html)建议的所有基准测试选项运行此代码:
nextflow
run main.nf
浏览 23
提问于2021-02-09
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1
回答
Nextflow
不拉“最新”码头形象
、
、
一个VM用于运行
nextflow
,另一个VM上有一个Jenkins构建服务器。Jenkins负责构建新的Docker映像,并将新的Docker映像推送到我们的google容器注册中心。我的
nextflow
.config文件如下所示: withLabel: awesome_image { }在使用Jenkins服务器构建了一个新映像之后,我运行了
浏览 2
提问于2020-12-14
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1
回答
当附加卷-v时码头设置入口点
、
docker run -it -v /Users/me/Desktop/nfscripts:/usr
nextflow
/
nextflow
/bin/bash$ pwd$ ls bin dev etc home lib media mnt opt
浏览 2
提问于2019-05-15
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1
回答
与码头的下一流程-- WSL2中的权限问题
、
、
在WSL2上,我通过以下
Nextflow
流程运行:结果: .command.sh我需要告诉
Nextflow
怎样才能用Docker发布到WSL2文件系统?#!/usr/bin/env
nextflow
publishDir lau
浏览 15
提问于2022-04-07
得票数 1
1
回答
Nextflow
-没有这样的变量:前缀
我试图运行我的
nextflow
脚本,前两个过程的措辞很好,但是第三个进程Conbinevcf报告了一个错误,显示没有找到变量前缀。
浏览 8
提问于2022-06-10
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1
回答
将
nextflow
作为作业运行与kubernetes中的pod运行
、
我是
nextflow
的新手。我们希望使用
nextflow
构建我们的工作流,并让
nextflow
将该工作流部署到我们使用的大型多机构Kubernetes集群中。在寻找
nextflow
+ kubernetes的the documentation中,它说工作流在Kubernetes pod下运行,这给我带来了危险信号,因为我们集群中pod的限制。有没有办法将
nextflow
工作流作为kubernetes作业而不是pod来执行?我在这方面有哪些选择?
浏览 21
提问于2020-09-22
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1
回答
在使用容器运行
Nextflow
时无法找到./bin脚本
我有一个
nextflow
脚本,该脚本源位于./bin目录中,位于我调用
nextflow
脚本的位置。当我在没有容器的情况下运行工作流时,
Nextflow
可以找到并执行这些脚本。但是,当我使用容器运行
Nextflow
时,无法找到脚本,尽管我试图将这些脚本添加到容器文件中。这是我的码头文件的相关部分。FROM ubuntu
浏览 2
提问于2022-01-24
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1
回答
更改.
nextflow
文件夹的位置?
当我运行
nextflow
时,我得到一个.
nextflow
文件夹,但是我找不到改变它的位置的方法(即它不是-work-dir)。如何更改.
nextflow
文件夹的位置?我正在使用
Nextflow
20.10.0 build 5430。
浏览 4
提问于2021-11-23
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1
回答
下流码头问题--码头工人的许可问题?无法运行pomoxis容器
、
、
、
我对
nextflow
和码头集装箱很陌生。/nf_pipeline/pomoxis_map_assemble$
nextflow
pomoxis_map_assemble_
nextflow
.nfOct.-12 10:33:04.759 [main] DEBUG
nextflow
.cli.Launcher - $>
nextflow
pomoxis_map_assemble_
nextflow<
浏览 15
提问于2022-10-12
得票数 1
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