一、什么是进化树二、进化树的构成1. 根 (Root)2. 结点 (Node)3. 进化支 (Branch)4. 外群5. 进化分支长度6. 距离标尺7. Bootstrap value三、进化树评估1. Bootstrap检验2. 重复取样值3. Bootstrap value 阈值4. Bootstrap value 与分支四、几种进化树图1.经典树图（Traditional）Rectangle Tree2.圈图（Circle Tree）3.辐射树（Radiation Tree）
2015年有一篇文献中提到了hpv的研究现状 As of May 30, 2015, 201 different HPV types had been completely sequenced and officially recognized and divided into five PV-genera: Alpha-, Beta-, Gamma-, Mu-, and Nupapillomavirus. 文献地址： http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26086163
我们在做多基因x分析的时候，有时候会做需要对多个基因进行序列匹配来查看其序列之间的相似性，观察不同基因之间的序列的进化关系。前几天我们介绍了如何利用mega来构建进化树：进化树构建的基本过程（上）进化树构建的基本过程（下）。这一次我们就介绍一个一键构建进化树同时可以绘制进化树的网站：NGPhylogeny.fr (https://ngphylogeny.fr/)，这个数据库包括了现在主流的一些进化分析的软件，过自己选择使用哪个软件来完成一键式的进化分析。
生物进化树基本理论指出所有的生物都可以追溯到共同的祖先，生物的产生和分化就像树一样地生长、分叉，以树的形式来表示生物之间的进化关系是非常自然的事。可以用树中的各个分支点代表一类生物起源的相对时间，两个分支点靠得越近，则对应的两群生物进化关系越密切。其中分支又包括直系同源和旁系同源具体含义如下：
iTol 的全称是 Interactive Tree Of Life，是一个在线显示和操作的进化树工具。我们将 mega生成的 newick 格式的树，上传到网站上，接下来就可以进行各种美化了，这个工具简单而且好用，操作一遍基本上就掌握了。与之类似的还有 Evolview 网站。
4、如图所示可以下载到fasta格式的序列，注意这里下载的是基因或者蛋白质的全序列
其中，No.of Bootstrap Replication默认最小50，即使设定10也自动调整为50。
https://stackoverflow.com/questions/45493163/ggplot-remove-na-factor-level-in-legend
这里新学到的一个知识点是拼图的时候可以使用plot_spacer()函数占据一个空白位置
通常我们会使用比对好的fasta文件构建进化树，fasta文件中大于号后的内容就是最终进化树上的文字标签。如果拿到进化树文件后你想替换掉其中的一些内容，那该怎么办呢？本篇推文介绍一下使用R语言的ggt
打开https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein，输入BopA，search
大家好，我是技能树的老朋友啦，三年前在群主的第一波RNA-seq入门8步活动中因为表现优异获得群主青睐成为技能树VIP一员，也开启了自己的学习经验分享人生！
论文中的进化分析用到了64条冠状病毒的全基因组序列 其中有6条是武汉新型冠状病毒基因组序列
昨天我们讲解了进化树构建的数据下载以及利用mega进行数据的比对：进化树构建的基本过程（上）。今天我们就来讲解一下如何利用利用mega构建简单的进化树。
关于进化分析方面，之前我们介绍过[[如何下载序列构建进化树]] 以及 [[一站式进化分析]]。但是对于进化树的解读一直没有提及。因此，今天就找了下面这个视频来解释一下为什么要构建进化树以及怎么解读一个进化树
“Gene Structure View (Advanced)”这个功能可以说，也是一时兴起写出来的。开发的主要动机，还是发现师弟师妹在做的事情实在是太费时间精力。就这样，四五年过去了。直到现在，我仍然没搞懂，这个功能是怎么被大伙用起来的。我甚至没有花过时间，专门为这个功能写教程。网络上已有的教程，均是用户们自发总结，确实已经讲解得足够清晰明白。多少，我有时看到还是有点感动，毕竟这些事情也可以说是软件开发的一部分。太懒，仍然是我的问题。工作以后，能静下心来写点文字的时间，越来越少。正是假期，我已然预见明天之后便是忙碌的一个月。为此，享受这最后一天。相对系统的总结一份教程，希望能减少一部分用户使用问题，也让一些朋友能够更好的使用工具。
随着三代测序技术的发展和测序成本的下降，现在基于三代测序数据组装基因组做泛基因组的研究越来越多。虽然测序成本降低了许多，但也是相对于之前，做大规模的测序组装的费用也是非常昂贵的，现在通常的做法是如果做了大规模的二代测序，通常会利用这些数据做的进化树，然后根据进化树的分布在每一个类群里选取一些有代表性的个体去做三代测序组装。比如大豆cell发表的泛基因组论文，就是从2000多份材料里选择26份有代表性的材料。
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01127-7#Sec31
这个问题不只问过一次，类似的问题也有一些，拿到一个图不知道各部分是怎么来的。看到树就以为是进化树，看到点就是差异基因，看到颜色就是表达。
本文介绍了一款名为GGTREE的R语言包，它可用于绘制进化树并添加注释信息。该包支持多种数据格式，包括newick、nexus、NHX、phylip和jplace，并能够与其他软件输出的文件进行很好的兼容性。作者还提供了丰富的代码示例和博客文章，以便读者更好地理解和使用该包。
已经有了100个物种进化树文件，我想从这个树文件里挑选出10个我感兴趣的物种的进化关系。
线性泛基因组相关论文通常会获得基因存在缺失变异矩阵，接下来会使用这个矩阵构建进化树，今天的推文介绍一下使用iqtree软件利用基因存在缺失变异矩阵（0/1）矩阵构建进化树的代码
FastTree 是基于最大似然法构建进化树的软件，它最大的特点就是运行速度快，支持几百万条序列的建树任务。官方的说法是，对于大的比对数据集，FastTree 比phyml或者RAxML 快100到1000倍。官网如下
百度百科对进化树的定义是：在生物学中，用来表示物种之间的进化关系。生物分类学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远近，把各类生物安置在有分枝的树状的图表上，简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。在进化树上每个叶子结点代表一个物种，如果每一条边都被赋予一个适当的权值，那么两个叶子结点之间的最短距离就可以表示相应的两个物种之间的差异程度。同时有很多算法应运而生主要包括：贝叶斯法（Bayesian），最大似然法（Maximum likelihood，ML），最大简约法（Maximum parsimony，MP），邻接法（Neighbor-Joining，NJ），最小进化法（Minimum Evolution，ME），类平均法（UPGMA）。与此同时相对应的软件也出现，下图总结来源于网络：
可以首先加上theme_tree2()函数显示出坐标轴范围，然后用xlim()函数更改坐标轴范围
大家在看高分文章时，总会惊叹于，为什么人家能做出那么好看而且高大上的系统发育树，而且好看的图也能直接提升文章的档次，冲击高分文章。人家的树不管是从配色还是各种注释信息都让人无可挑剔，而你每次花了半个月时间做的进化树不是被老板嫌弃配色丑，就是太单调，没有各种辅助的注释信息。然后你默默捧起别人的文章学习时发现他们绝大部分都是用iTOL这个在线工具来进行的系统发育树的美化的。
这两种格式的文件都可以有 muscle 产生， 代码如下 phylip interleaved
A highly conserved core bacterial microbiota with nitrogen-fixation capacity inhabits the xylem sap in maize plants
1、进化树中挑选子集 2、进化树默认是左下角到右上角这种布局，如何调整成左上到右下角这种布局 3、进化树把某个clade压缩成三角性状 4、给进化树添加根小尾巴
树状图主要是用来展示不同的对象之间的相似度大小(习惯上称之为距离关系远近)的一个图形。一般最常用到的是对层次聚类结果的可视化。但是不仅限于此，我们只要是可以衡量不同对象之间的相似度，都可以通过树状图来进行可视化。
通过进化树，我们可以得到一些非常有价值的信息，比如说某几个物种在同一分支上，说明他们有着较近的亲缘关系，更有可能他们之间存在着祖先与进化的关系。比如最近来势汹汹的新冠肺炎，下图为从网上找的冠状病毒遗传进化分析，其中图中2019-nCoV即为本次新型冠状病毒。
最近好几个人遇到了同样的问题，就是在将OTU/ASV和系统发育树对齐的时候，报错：
进化树在生物学中，用来表示物种之间的进化关系。生物分类学家和进化论者根据各类生物间的亲缘关系的远近，把各类生物安置在有分枝的树状的图表上，简明地表示生物的进化历程和亲缘关系。在进化树上每个叶子结点代表一个物种，如果每一条边都被赋予一个适当的权值，那么两个叶子结点之间的最短距离就可以表示相应的两个物种之间的差异程度。
tRNAdb 收录了来自577个物种的12000个tRNA基因和来自104个物种的623条tRNA序列，除了基本的序列信息外，还提供了二级结构的数据。
1.1 依据： 这个方法最早是遗传学家以及统计学家罗纳德·费雪爵士在 1912 年至1922 年间开始使用的 。基本思想是：当从模型总体随机抽取n组样本观测值后，最合理的参数估计量应该使得从模型中抽取该n组样本观测值的概率最大，而不是像最小二乘估计法旨在得到使得模型能最好地拟合样本数据的参数估计量。
担子菌门 （Basidiomycota R.T. Moore 1980）真菌是以食药用菌为代表的大型真菌最主要构成，也包括植物病原菌锈菌和黑粉菌，还有酵母菌等，其物种数占真菌界1/3，四万余种。
此处使用「color=NULL」来取消热图边框颜色,offset设置热图与进化树直接的距离
我们在研究基因或者病毒的时候，经常会得到一堆未知的序列来进行分析。比如要比较不同的 COIVD 病毒的序列相似性，或者查看某一个蛋白家族序列之间的相似性。这类的分析的话，一般都可以进行进化分析来进行展示。之前我们介绍过如果解读一个进行树 [[为什么要做进化分析]] ，同时也介绍了 [[如何下载数据构建进行进化分析]]，另外也介绍了一个 [[一站式进化分析]] 工具。 对于上面那个工具，在我们只是想简单的看一眼多个序列之间的差异的时候就显得有一些麻烦了。所以今天就介绍一个简单好用的的工具 MetaLogo: a heterogeneity-aware sequence logo generator and aligner: http://metalogo.omicsnet.org/about
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04897-6
启动子是RNA 聚合酶识别、结合和开始转录的一段DNA 序列，它含有RNA 聚合酶特异性结合和转录起始所需的保守序列，多数位于结构基因转录起始点的上游,启动子本身不被转录。但有一些启动子(如tRNA启动子)位于转录起始点的下游,这些DNA序列可以被转录。启动子的特性最初是通过能增加或降低基因转录速率的突变而鉴定的。启动子一般位于转录起始位点的上游。启动子位于结构基因5'端上游的DNA序列，能活化RNA聚合酶，使之与模板DNA准确的结合并具有转录起始的特异性。启动子本身并不控制基因活动，而是通过与称为转录(transcription)因子的这种蛋白质(proteins)结合而控制基因活动的。转录因子就像一面"旗子"，指挥着酶(enzymes)(RNA聚合酶polymerases) 的活动。
论文题目 Evolution of the novel coronavirus from the ongoing Wuhan outbreak and modeling of its spike pr
英文标题：Integrated Multiregional Analysis Proposing a New Model of Colorectal Cancer Evolution
对于蛋白质而言，由于编码的氨基酸一个也就那些，所以总会碰到相似的氨基酸组合到一起然后发挥类似功能的这种情况。所以我们经常把那些序列和结构相似的一类蛋白质称为：蛋白家族。对于单一蛋白功能检索的数据库有很多，例如：gene、uniprot这类的。但是有时候我们需要知道一类蛋白家族的功能的话。那该怎么办的呢？所以今天就给大家推荐一个经典的蛋白家族检索数据库：pfam[http://pfam.xfam.org/]。
写这篇“教程”的初衷是高教授发布的一篇文章，文章声称破译了2019新型冠状病毒。拜读后，深感科研文章用语之精妙：可变翻译，南开回文序列（Nankai complemented palindrome）、Nankai CDS、"分子功能与进化分析相结合的研究思想"，看起来都无比高大上。
pyclone介绍 可以根据多个样品突变的allele frequency 和 copy number，推断出有该突变的细胞克隆所占的比例（cellular prevalence）在不同样品间的变
前面我们使用 pyclone 分析了肿瘤样本的 clusters 结构，接下来我们进一步分析肿瘤进化，画一个鱼图，需要用到的工具是 citup 和 Timescape
Hello，各位小伙伴，大家都知道基因家族分析是低投入和高回报的一种课题，小编近期也接到了一些小伙伴私信我基因家族分析的问题，因此小编读了一些基因家族分析的文章，今天和大家分享一下。
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