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QUAST:评估基因组组装效果

对于不同kmer或者不同软件的基因组组装结果，我们通常会通过N50等指标来进行评估。...上图中N50的长度就是60，和N50的概念类似，还有N75, N90等说法，这些指标可以统称为Nx。Nx越大，说明组装出来的片段长度越长一定程度上，证实了组装结果越好。...sourceforge.net/projects/quast/files/quast-4.6.3.tar.gz tar xzvf quast-4.6.3.tar.gz cd quast-4.6.3/ quast基于python...开发，以来matplotlib库进行绘图，保证python和matplotlib安装好，然后直接下载源代码，解压缩就可以使用了。...用法如下 python quast.py -t 10 -o test1_out contigs.fasta -t参数指定线程数，-o参数指定输出结果的目录。

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脚本分享—快速统计基因组组装结果

我们小编欢乐豆有个压箱底的 perl 脚本，由于编程语言"洁癖"，想要彻底抛弃 perl 语言转向 python，于是他使用 AI 辅助下进行了转换，由于脚本相对简单，转换竟然就成功了。...安装python模块 # 使用pip安装 pip install biopython 查看脚本参数 python N50Stat.py -h usage: N50Stat.py [-h] -i INPUT_FILE...函数: calc_n50(seq_lengths, percentile)：计算给定序列长度列表和指定百分位数的 N50 长度。calc_median(arr)：计算给定列表的中位数。...例如，要运行脚本：python script_name.py -i input.fasta -o output_statistics.txt此脚本计算各种统计信息，如总序列数、总碱基数、最小和最大序列长度...、平均和中位数序列长度，以及 N25、N50、N75、N90、N95 长度。

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（1）TBtools | 序列工具之序列信息提取

⑤Total_GC_content（GC含量） ⑥Minimum Len（最小序列长度） ⑦Maximum Len（最大序列长度） ⑧Mean Len（平均序列长度） ⑨Median Len（序列中位数长度） ⑩N50...附，N50含义：在此之前我们需要先明白reads、conting、scaffold的意义和关系。...N50：比如一个基因组大小是1M，然后把contig 和 scaffold 从长到短进行排列，然后相加，当恰好加到1M的50％，也就是500k的时候，那一条 contig 或者scaffold 的长度就叫做...Contig N50和Scaffold N50。

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quast评估

2、完整性拼接序列条数接近染色体数据；片段长度长； N50，N90长；基因完整性高；一般是互斥的，准确性高完整性低，准确性低完整性高。...二、N50与N90 N50：N50是基因组拼接之后一个评价指标，将拼接得到的所有的序列，根据序列大小从大到小进行排序，然后逐步开始累加，当加和长度超过总长一半时，加入的序列长度即为N50长度...N50越长，拼接得到的更长的序列越多，类似的还有N90等一般软件都有统计的结果可以找下日志。

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20220518_基因组contig与scaffold的N50大小统计

20220518_基因组contig与scaffold的N50大小统计 01 assembly_stats软件安装 (base) root@dell-server..."L50": 13, "N10": 14612419, "N20": 12596737, "N30": 10356262, "N40": 7972914, "N50..."L50": 5, "N10": 45097400, "N20": 25348148, "N30": 23763320, "N40": 21293100, "N50

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三代测序 - Oxford Nanopore (ONT) 数据分析 - 数据质控和过滤

alignment2.bam alignment3.bam --downsample 10000 -o bamplots_downsampled #实际使用 $ NanoPlot -t 12 --N50...--dpi 300 \ --fastq samplename.fq.gz \ --title samplename \ -o samplename \ # -N50 在片段长度N50处划线 # -...累计半总长的片段大小(N50) : 3,819.0 STDEV read length: 2,335.6 Total bases 总碱基数:...软件安装 #pip安装 $ pip install NanoComp #This script is written for Python3....github.com/wdecoster/chopper Rust implementation of NanoFilt+NanoLyse, both originally written in Python

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高通量测序常见名词解释

什么是Contig N50？ Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs。将所有的Contig长度相加，能获得一个Contig总长度。...将Contig按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Contig总长度的一半时，最后一个加上的Contig长度即为Contig N50。...Contig N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。什么是Scaffold N50？ Scaffold N50与Contig N50的定义类似。...将Scaffold按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Scaffold总长度的一半时，最后一个加上的Scaffold长度即为Scaffold N50。...Scaffold N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。

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新物种基因组组装

我看最近的雷公藤通过 PacBio，10×Genomics 测序，研究者获得了高质量的雷公藤基因组（~365.95Mb，Contig N50=4.36Mb）；结合 Hi-C 数据，将~315.08Mb...的序列挂载到23条染色体上，Scaffold N50=13.52Mb。...在Nature Communication杂志还可以看到很多新物种基因组组装，包括白羽扇豆染色体水平高质量基因组，基因组大小为~558.74Mb，Contig N50 = 1.76Mb，Scaffold...N50 = 18.66Mb，注释得到48,719个蛋白编码基因。...还有线虫的研究，通过 PacBio 和 Hi-C 测序技术，生成 C. remanei 染色体水平的基因组（~124.8Mb），Contig N50 = 4.042Mb，Scaffold N50 =21.502Mb

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测序数据拼接，首先需要了解这些概念！

，scaffold N50达到20Kb，单碱基错误率在十万分之一以下，一般采用小片段文库使用二代测序Hiseq完成。...精细图：指经生物信息学分析后，拼接得到的基因组覆盖度大于98%，基因区覆盖度达到99%以上，contig N50达到20Kb，scaffold N50达到300Kb，单碱基错误率低于十万分之一，gap数不超过...基于这些序列，可以确定一些Contig之间的顺序关系，这些先后顺序已知的Contigs组成Scaffold，如下图所示： N50：Reads拼接后会获得一些不同长度的Contigs。...将Contigs按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Contig总长度的一半时，最后一个加上的Contig长度即为Contig N50，可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。...此概念很容易被误认为所有Contigs长度排名第50的序列长度，与之类似的有N90，N50与N90同样适用于Scaffolds。

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测序知识DAY7-Gaozsi

Contig N50：所有的Contigs按照从长到短进行排序，将排序后的contig长度依次相加,当相加的长度达到Contig总长度的一半时,最后一个加上的Contig长度即为Contig N50。...举例：Contig 1+Contig 2+ Contig 3+Contig 4=Contig总长度*1/2时，Contig 4的长度即为Contig N50。...Contig N50可以作为基因组拼接的结果好坏的一个判断标准。k-mer：k-mer是指将reads分成包含k个碱基的字符串，一般长短为m的reads可以分成m-k+1个k-mers。

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猪狗的参考基因组构建索引

The N50 size is the length such that 50% of the assembled genome lies in blocks of the N50 size or longer...The N50 length for the contigs is 267,478 while the scaffold N50 is 45,876,610. ?

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中科院遗传所课题组开发高质量基因组组装软件

在玉米、苦荞和人基因组中与已发表版本进行对比，玉米的Contig N50从1.3 Mb提升至61.2Mb，人的Contig N50从8.3 MB提升至54.4 MB，苦荞基因组Contig N50达到了

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基因组重测序的unmapped reads assembly探究【直播】我的基因组86

kmergenie.bx.psu.edu/kmergenie-1.7044.tar.gztar zxvf kmergenie-1.7044.tar.gzcd kmergenie-1.7044make python...reads组装之后有272007条contigs 组装之后： Prinseq v0.20.4 was used to calculate assembly statistics, including N50...prinseq-lite.pl -verbose -fasta output_prefix.contigs.fa -stats_assembly 就是给出一些指标，如下； stats_assembly N50

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CycloneSEQ-WT02测评系列（三）：从原始数据到高质量细菌基因组组装

48小时超30Gb产出，N50破10Kb-实测华大CycloneSEQ-WT02实力革新测序方案与数据产出我们以三种纯培养细菌——福氏志贺氏菌（SF）、纤维素类杆菌（BC）和迟缓埃格特菌（EL）为样本...平均读长超5000bp，N50高达8000bp以上，整体碱基质量稳定在Q10-11。...尤其值得一提的是，SF的读长N50达到13,294bp，展现了CycloneSEQ-WT02在长读长测序上的强大能力。生物信息学分析流程高质量的原始数据为基因组组装奠定了基础。

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从Σ-Δ ADC 数据手册中倒推滤波器建模（以 LHA7668 为例）

Python 验证你可以用下面的离散模型直接仿真： import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt fs = 1200 # 后置滤波器输入速率...（Hz） R = 16 # Sinc³ 抽取比 N50 = int(fs/50) N60 = int(fs/60) def H_sinc3(w): return (np.sin(...R*w/2)/(R*np.sin(w/2)))**3 def H_PF(w): H50 = np.sin(N50*w/2)/(N50*np.sin(w/2)) H60 = np.sin

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序列工具使用中所涉及的基础知识

Gff:ID=……，parent=…… Gtf:transcript_id=……，gene_id=…… 4、reads，conting，scaffold，N50 ?...，从而获得一定片段的两端序列，这些序列可以确定contig的顺序关系和位置关系，最后contig按照一定顺序和方向组成scaffold，其中形成scaffold过程中还需要填补contig之间的空缺 N50...将Contig按照这个顺序依次相加，当相加的长度达到Contig总长度的一半时，最后一个加上的Contig长度即为Contig N50。...举例：Contig 1+Contig 2+ Contig 3 +Contig 4=Contig总长度*1/2时，Contig 4的长度即为Contig N50。

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苹果挥刀自救，肢解AI团队！神秘硬件或成救命稻草

智能眼镜+AirPods 在智能穿戴设备领域，苹果正在开发代号为N50的智能眼镜，目标是打造Apple Intelligence载体。...N50能够分析周围环境，并提供实时信息，但不会实现真正的AR体验。与此同时，配备摄像头的AirPods也在开发中，功能与N50类似。

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48小时超30Gb产出，N50破10Kb-实测华大CycloneSEQ-WT02实力革新

本次测评选取了三株纯培养细菌，对其进行了从样本制备到数据产出的全面考察，核心结果显示：WT02在48小时内产出32.07 Gb高质量数据，读长N50达10.22 Kb。...统计数据：获得约 565万条独立的测序Reads，平均碱基质量为10.63，关键的读长N50达到10.22 Kb，平均读长为5.67 Kb，充分体现了其优异的长读长测序能力。...数据指标优异：48小时产出超30 Gb数据，读长N50超10 Kb，数据质量满足常规分析要求。混合测序效果良好：多样本混合测序表现出良好的均一性。

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G96G97指令中的计算

G96 示例） N10 G21；（公制单位） N20 G96 S91；（常数 Vc=91 米/分钟） N30 G00 Z0 X25.4；（定位） N40 G01 Z2.0 F0.25（车削 Φ1"） N50...G97 示例） N10 G21；（公制单位） N20 G97 S700；（恒定 RPM n=700） N30 G00 Z0 X25.4；（定位） N40 G01 Z2.0 F0.25（车削直径Φ 1"） N50

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Kleborate：肺炎克雷伯菌基因分析专属工具

这些指标包括contig数量、contig N50、最大contig、基因组大小和不明确碱基数(如“N”)。...如果检测到不明确碱基、组装基因组大小超出预期范围或N50低于10000 bp，则标记为低质量警告。

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