我需要安装一个特定版本的samtools (0.1.19) (在https://sourceforge.net/projects/samtools/中找到)。
/配置返回“没有这样的文件.”
浏览 0提问于2018-11-24得票数 1
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我有一个文件，其内容如下：SAMTOOLS='/software/samtools/samtools-1.3.1/samtoolssed -i.bak 's|/software/bwa/bwa-0.7.12/bwa|$(which bwa)|g' mapping_arima.sh
se
浏览 0提问于2018-10-01得票数 0
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1} -o /home/Teste1/samtools/sorted/{/.}-j 4 'samtools index {1} -@ 8' ::: /home/Teste1/samtools/sorted/*-sorted.bam 我试过了： parallel --verbosesamtools sort - - -@ 4 | / #sort bams
tee /home&
浏览 233提问于2021-04-21得票数 1
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/Applications/samtools-1.14/samtools深度-r dna /-r/lab/-r/aligned_data/s1_dedup.bam>/-r/-r/-r/test1.txt
浏览 2提问于2022-02-17得票数 1
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samtools
echo "after conda activate samtools: PATH=$PATH;" echo &quo
浏览 10提问于2022-06-21得票数 2
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我已经在我选择的文件夹下安装了samtools。另外，/usr/local/bin/samtools中还有另一个不同版本的samtools，安装在我选择的文件夹下，最新版本的samtools。当我使用which samtools时我如何能够永久地只使用我已经安装的samtools版本？我是否需要删除/usr/local&#
浏览 0提问于2017-03-28得票数 0
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我希望有一个非常简单的makefile编译main.cpp (并最终编译samtools代码)。然而，由于我对makefile知之甚少，我可能做错了什么。这是我的makefile：HTSLIB=${SAMTOOLS}htslib-1.9/
${MAKE} -C${SAMTOOLS}
htslib:
浏览 46提问于2018-10-21得票数 4
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我有一个名为samtools的程序，它存储在我桌面上的一个文件夹中。我将可执行文件的路径添加到$PATH变量中。换句话说，我的本地~/..bashrc文件有一行：名为samtools的可执行文件位于此文件夹中因此，当我尝试像一个简单的命令一样从命令行启动它时，只需输入"samtools“就可以了。当我在命令行中键入可执行文件的直接路
浏览 3提问于2014-12-25得票数 1
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我想在bash脚本中运行以下代码：| samtools pileup-f $r - < samtools view -b -u -q 1 $t_b \其中$n_b和$t_b是文件。所以
samtools view -b -u -q 1 $n_b | samtools pi
浏览 3提问于2011-06-13得票数 0
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我有十个目录，每个目录大约有10-12个bam文件。我需要使用picard包将它们合并在一起，我想找到一种方法来做得更好。java -jar picard.jar MergeSamFiles \ I=input_2.bam \java -jar picard.jar MergeSamFiles \ I=input_28.bam \ I=input_34.bam \
浏览 64提问于2017-12-22得票数 0
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我下载了模块，解压缩了文件，然后运行：这就是接下来发生的事情：
This module requires samtools 0.1.10 orhigher (samtools.sourceforge.net).Please enter the location of the bam.h and compiled libbam.a files: **/some_places/samtools-0.1.19**Found /some_places
浏览 14提问于2014-08-29得票数 6
我想要可视化我的bam文件统计数据，并被告知(没有说明)使用plot-bamstats。我用conda下载了bamstats，并试图找到手册或帮助，但它一直告诉我bamstats不是命令。我在谷歌上搜索了plot-bamstats，找到了Github页面和另一个站点，上面告诉你如何将bamtools安装为java。我没有找到任何关于如何运行简单绘图的基本选项或描述，文档让我相当困惑。我的直觉是这样写的： plot-bamstats sortedbamfilename.bam 或bamstats optionforplot sortedbamfilename.bam 中间有某种选择吗？我只是
浏览 172提问于2019-02-27得票数 1
我创建了一个docker镜像来运行samtools。我有一个执行samtools的perl脚本，该变量如下所示：在这种情况下，将执行安装在系统中的samtools版本。my $SAMTOOLS_BIN = "docker_image";
浏览 24提问于2020-03-05得票数 0
例如：samtools merge Sample_2_L4.bam Sample_2_L5.bam
本质上
浏览 0提问于2019-06-22得票数 1
/samtools.yaml" 'samtools --version > version.txt'name: samtools.snakemake/conda/79eeda10/bin/samtool
浏览 0提问于2021-01-04得票数 1
CCTGCAGGAATATGGCTCCATCTTCATGGGCGCCTGCAGGAATATGGCTCCATCTTCATGGGCG CCCCCCCCCCC;CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC;CCCCCCCCCCCCCCCCCCCC NH:i:50 HI:i:4
我的尝试是使用samtoolssamtools view -h Initial.bam | \awk 'substr($0,1,1)=="@" || ($10>=42 && $10<=65)'| \
浏览 12提问于2022-05-31得票数 1
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., file1000.bamsamtools view -c -F 4 file1.bam # and ... ... ...到目前为止我已经写了do samtoolsview -c -F 4 ${each}.bam
samtools view -c -f 4 ${each}.ba
浏览 5提问于2022-03-19得票数 1
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我使用Conda环境安装了Samtools。我的MacBook是基于苹果硅M1的。最近我做了系统更新，现在是macOS蒙特利12.4。现在，Samtools显示了以下错误。Library not loaded: @rpath/libcrypto.1.0.0.dylib
Referenced from: /Users/atnik/opt/anaconda3/bin/samtoolslibcrypto.1.0.0.dylib' (no such file), &
浏览 28提问于2022-06-11得票数 0
3回答
%~~~~~~~~~~~~~~~~~%~~~~~~~~~~~~~~~~~samtools_path ='/home/pubseq/BioSw/samtools/0.1.8/samtools';
%output_path should be to existing directory, script will
浏览 2提问于2012-03-20得票数 1
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我正在尝试为BBMAP (https://sourceforge.net/projects/bbmap/files/latest/download) shell脚本套件创建一个docker镜像，该套件可与samtools我可以运行samtools和picard，但由于某些原因，我无法在下面添加bbmap。有没有人能告诉我这里我错过了什么？ 我正在尝试将shell脚本添加到bin中，以便将它们作为可执行文件运行。/samtools/releases&#x
浏览 16提问于2020-11-06得票数 0
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