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故障分析 | Binlog 太大导致无法解析怎么办？

MY_TMPDIR tmpdir; tmpdir.list= 0; if (!...= my_strdup(PSI_NOT_INSTRUMENTED, my_tmpdir(&tmpdir), MY_WME);...} ........ } mf_tempdir.cc my_bool init_tmpdir(MY_TMPDIR *tmpdir, const char *pathlist) { char...memset(tmpdir, 0, sizeof(*tmpdir)); if (!...6问题处理临时修改一下机器的 tmpdir 变量即可。

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天真的我准备把全部流程迁移到GATK4

GATK4教程也有不少了本着尽量使用最新版软件的原则，也准备把之前的gatk对RNA-seq数据找变异的流程进行转换： $GATK --java-options "-Xmx25G -Djava.io.tmpdir...-LB rna \ -PL illumina -PU hiseq -SM ${sample} $GATK --java-options "-Xmx25G -Djava.io.tmpdir...marked.bam -M $sample.metrics --REMOVE_DUPLICATES TRUE $GATK --java-options "-Xmx25G -Djava.io.tmpdir...=${sample} RGLB=rna \ RGPL=illumina RGPU=hiseq RGSM=${sample} java -Djava.io.tmpdir=$TMPDIR...=$TMPDIR -Xmx25g -jar $PICARD FixMateInformation \ INPUT=${sample}_marked.bam OUTPUT=${sample}

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【Linux】Linux常用操作命令(二)

dir3 当前位置格式：pwd 复制文件夹格式：cp -a 原文件夹目标文件夹练习 1、在/tmp目录下创建一个自己姓名的文件夹 2、进入该文件夹，一次性创建文件夹/tmpdir1.../tmpdir2/tmpdir3/tmpdir4/tmpdir5 3、将文件夹tmpdir4及其子文件夹移动到与tmpdir1相同的目录 4、创建tmpdir3的软连接到与tmpdir1相同的目录 5、...将tmpdir5 名称改为tmpdir555 6、在目录tmpdir1下创建文件夹tmp1、tmp2、tmp3、tmp4 7、查看tmpdir1目录下有哪些文件夹（包含详细信息） 8、删除文件夹tmp1

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Pytest(十) pytest Fixture（三）

内置固件 tmpdir & tmpdir_factory 用于临时文件和目录管理，默认会在测试结束时删除。 tmpdir 只有 function 作用域，只能在函数内使用。...使用 tmpdir.mkdir() 创建目临时录，tmpdir.join() 创建临时文件（或者使用创建的目录） def test_tmpdir(tmpdir): a_dir = tmpdir.mkdir...执行结果： tmpdir_factory 可以在所有作用域使用，包括 function, class, module, session @pytest.fixture(scope='module')...def my_tmpdir_factory(tmpdir_factory): a_dir = tmpdir_factory.mktemp('mpdir') a_file = a_dir.join...测试过程中修改了环境变量： def test_config_monkeypatch(tmpdir, monkeypatch): monkeypatch.setenv('HOME', tmpdir.mkdir

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肿瘤全外显子测序数据分析流程大放送

%N)echo SplitNCigar `date`java -Djava.io.tmpdir=$TMPDIR -Xmx40g -jar $GATK -T SplitNCigarReads \ -R...%N)echo IndelRealigner `date`java -Djava.io.tmpdir=$TMPDIR -Xmx40g -jar $GATK -T IndelRealigner \-I...%N)echo BaseRecalibrator `date`java -Djava.io.tmpdir=$TMPDIR -Xmx40g -jar $GATK -T BaseRecalibrator...%N)echo PrintReads `date`java -Djava.io.tmpdir=$TMPDIR -Xmx40g -jar $GATK -T PrintReads \-R $GENOME...%N)echo HaplotypeCaller `date`java -Djava.io.tmpdir=$TMPDIR -Xmx40g -jar $GATK -T HaplotypeCaller

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Pytest的内置fixture（七）

(tmpdir): token=tmpdir.join('token.txt') token.write(login('wuya','admin')) assert order...())==True def test_order_failing(tmpdir): token=tmpdir.join('token.txt') token.write(login('admin...','admin')) assert order(token.read())=='请登录系统' 二、tmpdir_factory tmpdir主要是针对文件的，而tmpdir_factory...是针对目录的，另外tmpdir只可以针对一个测试点，而针对多个测试点就需要tmpdir_factory，对如上的案例代码进行修改，存储文件我们就需要目录，在一个临时目录下存储临时文件，和临时文件里面存临时数据...和tmpdir_factory在操作目录和文件场景是特别有用的。

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MYSQL临时表导致根分区爆满问题分析

--------------+ | Variable_name | Value | +---------------+----------------------+ | tmpdir...='/data/tmp/mysql'; ERROR 1238 (HY000): Variable 'tmpdir' is a read only variable 通过提示可知tmpdir参数只是一个只读变量不能动态修改指定...，那看来只能通过在配置文件my.cnf的mysqld下添加tmpdir配置了，配置如下： [mysqld] tmpdir = /data/tmp/mysql 在配置文件my.cnf的[mysqld]下添加...tmpdir = /data/tmp/mysql 重载MYSQL生效： /etc/init.d/mysqld reload 查看效果： mysql> show variables like 'tmpdir...总结教训所以以后大家一定要谨记线上MYSQL一定要设置好tmpdir参数的配置，不要等到发生问题了再来补救；这里对于MYSQL为什么会生成临时表，什么情况下会生成临时表，后面的文章我们再介绍。

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临时表tmp table如何避免

tmpdir MySQL用来存放临时文件的路径，如果Mysql是Master主库，建议把tmpdir的路径挂载为tmpfs,/dev/shm的模式，加载到内存中，提高临时文件的访问速度。...如果Mysql是slave角色，不建议把tmpdir加载为tmpfs,/dev/shm的模式，建议加载为操作系统重启之后，数据不会被删除的分区。...slave_load_tmpdir 指定slave在复制LOAD DATA INFILE语句时，创建临时文件的目录。...由于/tmp目录中的文件在操作系统重启的时候会丢失，所以slave上，不建议设置slave_load_tmpdir或者tmpdir的目录为/tmp或者tmpfs模式。...5、关于LOAD DATA：当LOAD DATA使用LOCAL参数时，会把文件复制到操作系统的临时目录中，这个操作不是mysql的tmpdir或者slave_load_tmpdir参数所指定的

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使用bootchart分析开机数据

TMPDIR=~/Temp rm -rf $TMPDIR mkdir -p $TMPDIR # log在手机的路径 LOGROOT=/data/bootchart TARBALL=bootchart.tgz...proc_diskstats.log kernel_pacct" # 把文件pull到本地电脑 for f in $FILES; do adb "${@}" pull $LOGROOT/$f $TMPDIR.../$f 2>&1 > /dev/null done # 文件打包 (cd $TMPDIR && tar -czf $TARBALL $FILES) #bootchart ${TMPDIR}/${TARBALL...} #gnome-open ${TARBALL%.tgz}.png # 通过bootchart源码生成png 这和linux环境不一样 java -jar bootchart.jar ${TMPDIR...}/bootchart.tgz rm -rf $TMPDIR echo ".

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make_ubuntu_sd.sh注释解读

=${LogPath}"sd_mount_dir" TMPDIR_SD2_MOUNT=${LogPath}"sd_mount_dir2" TMPDIR_SD3_MOUNT=${LogPath}"sd_mount_dir3...return 1 fi # 复制/home所有文件到分区3 cp -rf {TMPDIR_SD_MOUNT}/var/log/所有文件到分区2 cp -rf {TMPDIR_SD_MOUNT...-ne 0 ];then return 1 fi # end {TMPDIR_SD_MOUNT} mount {DEV_NAME}p1 {TMPDIR_SD2...return 1 fi umount ${TMPDIR_SD2_MOUNT} 2>/dev/null if [[ $?...return 1 fi umount ${TMPDIR_SD3_MOUNT} 2>/dev/null if [[ $?

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GATK4完整流程

marked.bam ├── [3.3K] SRR7696207.metrics 2 FixMateInformation gatk --java-options "-Xmx20G -Djava.io.tmpdir...samtools index ${sample}_marked_fixed.bam 3 BaseRecalibrator 碱基矫正 gatk --java-options "-Xmx20G -Djava.io.tmpdir...-O ${sample}_recal.table \ 1>${sample}_log.recal 2>&1 gatk --java-options "-Xmx20G -Djava.io.tmpdir...第4节构建WGS主流程 4 HaplotypeCaller命令 gatk --java-options "-Xmx20G -Djava.io.tmpdir=./" HaplotypeCaller \...samtools index ${sample}_marked_fixed.bam #baserecalibrator gatk --java-options "-Xmx20G -Djava.io.tmpdir

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【Python 自动化】自媒体剪辑第一版·思路简述与技术方案

(videos): fname = path.join(tmpdir, f'{i}....(), uuid.uuid4().hex) safe_mkdir(tmpdir) vfname = path.join(tmpdir, f'video....().hex) safe_mkdir(tmpdir) vfname = path.join(tmpdir, f'video....= path.join(tempfile.gettempdir(), 'load_module') safe_mkdir(tmpdir) if tmpdir not in sys.path...: sys.path.insert(0, tmpdir) mod_name = 'x' + uuid.uuid4().hex nfname = path.join(tmpdir

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Tomcat 日志切割

-Dcatalina.base="$CATALINA_BASE" \ 16 -Dcatalina.home="$CATALINA_HOME" \ 17 -Djava.io.tmpdir...="$CATALINA_TMPDIR" \ 18 org.apache.catalina.startup.Bootstrap "$@" start 2>&1 | /usr/sbin/cronolog...="$CATALINA_TMPDIR" \ 26 org.apache.catalina.startup.Bootstrap "$@" start 2>&1 | /usr/sbin/cronolog...="\"$CATALINA_TMPDIR\"" \ 27 org.apache.catalina.startup.Bootstrap "$@" start \ 28 2\>\&1 \...="\"$CATALINA_TMPDIR\"" \ 37 org.apache.catalina.startup.Bootstrap "$@" start \ 38 2\>\&1 \

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ERROR 126 (HY000) at line 1: Incorrect key file for table tmp#sql_7b09_0.MYI; try to repair it

line 1: Incorrect key file for table '/tmp/#sql_7b09_0.MYI'; try to repair it 2.解决办法网上给出的原因倾向于MySQL的tmpdir...的临时目录磁盘空间不足，如果检查确实时空间不足，请调整量tmpdir和slave_load_tmpdir，然后重启mysql服务。...调整的方法是修改MySQL配置文件/etc/my.cnf，修改如下： image.png 实际上，我遇到的问题很奇怪，我反复查看tmpdir对应的目录，其磁盘空间足够大，但还是报如上错误。

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Linux的3种特殊权限场景实战：SUID、SGID、SBIT

# 创建演示的目录和用户、组 [root@workhost ~]# mkdir -p /data/tmpdir/webapp [root@workhost ~]# chmod 775 /data/tmpdir...[root@workhost ~]# chmod g+s /data/tmpdir/webapp # 查看 [root@workhost ~]# ls -ld /data/tmpdir/webapp/...drwxrwsr-x 2 webappdev webappgroup 21 Apr 10 20:58 /data/tmpdir/webapp/ [root@workhost ~]# 如果权限中有小写字母...# 创建一个共享目录“shared_directory” [root@workhost ~]# mkdir /data/tmpdir/shared_directory # 设置Sticky Bit权限...[root@workhost ~]# chmod +t /data/tmpdir/shared_directory [root@workhost ~]# ls -ld /data/tmpdir/shared_directory

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Linux 命令（235）—— mktemp 命令

注意：如果指定命名格式，临时文件或目录放置在当前目录，否则放置在 TMPDIR 目录下，如果 TMPDIR 未设置则放到 /tmp 目录。 2.命令格式 mktemp [OPTION]......-p DIR, --tmpdir[=DIR] 指定临时文件或目录存放的目录。如果使用 --tmpdir 且未指定目录，则使用 $TMPDIR，如果未设置，则使用 /tmp 目录。

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让你代码轻松无痕运行！

：pip install tempfile https://docs.python.org/3/library/tempfile.html 二、临时文件夹 2.1 获取临时文件夹 # 获取临时文件夹 tmpdir...= tempfile.gettempdir() print(tmpdir) #/tmp 2.2 生成临时文件夹 # 方式一：生成默认临时文件夹 tmpdir = tempfile.mkdtemp()...print(tmpdir) #/tmp/tmpui77cgud # 方式二：生成自定义临时文件夹(指定前缀、后缀、目录，可指定其中一部分),suffix：后缀, prefix：前缀, dir：目录...tmpdir = tempfile.mkdtemp(suffix='_txt', prefix='tp_dir_', dir='/home/tmp/py_rs_file') print(tmpdir)

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MySQL——大量的deleted进程导致磁盘100%

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Python自动化运维开发必备技能，学之会受用无穷~

Out[5]: ['tmpdir', 'b.txt', 'tmpdir2', '2.png', '1.jpg', 'a.txt'] In [6]: os.listdir('..../tmpdir') Out[6]: ['c.txt'] In [7]: os.listdir('..../tmpdir2') Out[7]: [] In [8]: os.remove('1.jpg') In [9]: os.unlink('2.png') In [10]: ls a.txt...b.txt tmpdir/ tmpdir2/ In [11]: os.rmdir('tmpdir2/') In [12]: os.rmdir('tmpdir') --------------...tmpdir/ OS模块也包含了修改文件权限、判断文件权限的函数chmod、access。

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Pytest fixture及conftest详解

和tmpdir_factory 内置的tmpdir和tmpdir_factory负责在测试开始运行前创建临时文件目录，并在测试结束后删除。...如果测试代码要对文件进行读/写操作，那么可以使用tmpdir或tmpdir_factory来创建文件或目录。单个测试使用tmpdir，多个测试使用tmpdir_factory。...tmpdir的作用范围是函数级别，tmpdir_factory的作用范围是会话级别。...def test_tmpdir(tmpdir): # tmpdir already has a path name associated with it # join() extends...from the tmpdir fixture a_dir = tmpdir_factory.mktemp('mydir') # base_temp will be the parent

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故障分析 | Binlog 太大导致无法解析怎么办？

天真的我准备把全部流程迁移到GATK4

【Linux】Linux常用操作命令(二)

Pytest(十) pytest Fixture（三）

肿瘤全外显子测序数据分析流程大放送

Pytest的内置fixture（七）

MYSQL临时表导致根分区爆满问题分析

临时表tmp table如何避免

使用bootchart分析开机数据

make_ubuntu_sd.sh注释解读

GATK4完整流程

【Python 自动化】自媒体剪辑第一版·思路简述与技术方案

Tomcat 日志切割

ERROR 126 (HY000) at line 1: Incorrect key file for table tmp#sql_7b09_0.MYI; try to repair it

Linux的3种特殊权限场景实战：SUID、SGID、SBIT

Linux 命令（235）—— mktemp 命令

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MySQL——大量的deleted进程导致磁盘100%

Python自动化运维开发必备技能，学之会受用无穷~

Pytest fixture及conftest详解

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