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转录组分析 | 使用trim-galore去除低质量的reads和adaptor

Proceeding with single-core trimming....' SUMMARISING RUN PARAMETERS ========================== Input filename: /data/RNAseq/CK-4_1.fq.gz Trimming...mode: paired-end Trim Galore version: 0.6.6 Cutadapt version: 1.18 Number of cores used for trimming...SUMMARISING RUN PARAMETERS ========================== Input filename: /data/RNAseq/CK-4_1.fq.gz Trimming...mode: paired-end Trim Galore version: 0.6.6 Cutadapt version: 1.18 Number of cores used for trimming

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转录组数据—质量控制（数据质量评估，过滤低质量）

SRR1039510_2.fastq.gz_trimming_report.txtSRR1039510_1_val_1_fastqc.html SRR1039510_2_val..._1_val_1.fq.gz SRR1039512_1_val_1_fastqc.htmlSRR1039510_2.fastq.gz_trimming_report.txt..._2_val_2.fq.gz SRR1039512_2_val_2_fastqc.htmlSRR1039511_1.fastq.gz_trimming_report.txt...Proceeding with single-core trimming.Path to Cutadapt set as: 'cutadapt' (default)Cutadapt seems to be..._1_val_1.fq.gz SRR1039512_1_val_1_fastqc.htmlSRR1039510_2.fastq.gz_trimming_report.txt

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trim-galore并行处理时的几个问题

2 中间文件开始生成的文件是 ├── [ 581] SRR8707681_1.fastq.gz_trimming_report.txt ├── [2.9G] SRR8707681_1_trimmed.fq.gz...接下来4个 ├── [5.0K] SRR8518370_1.fastq.gz_trimming_report.txt ├── [2.4G] SRR8518370_1_trimmed.fq.gz ├...── [ 581] SRR8518370_2.fastq.gz_trimming_report.txt ├── [1.5G] SRR8518370_2_trimmed.fq.gz 然后会生成6个对应的文件...SRR8518176_1_trimmed.fq.gz ├── [1.0G] SRR8518176_1_val_1.fq.gz ├── [4.7K] SRR8518176_2.fastq.gz_trimming_report.txt

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dotnet core 发布只带必要的依赖文件

本文介绍的工具是 Microsoft.Packaging.Tools.Trimming 这是一个预览的工具，需要从 myget.org 下载通过这个工具可以分析有哪些 dll 不是必须的这个工具使用方法很简单...dotnet.myget.org/F/dotnet-core/api/v3/index.json 才可以添加方法十分简单，本文这里就不说了通过 nuget 安装 Microsoft.Packaging.Tools.Trimming...of self-contained .NET Core applications Creating a Minimal ASP.NET Core Windows Container standard/trimming.md

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dotnet core 发布只带必要的依赖文件

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Intel通过Ge离子注入实现微环共振波长的精确控制

通过控制退火温度与加热时间，可以实现对波导折射率的准确调节，从而达到对微环波长的精确控制(trimming)，如下图所示。...可以看到，光电流的峰值波长逐渐蓝移，到达目标波长，实现了trimming的功能。...此外，研究人员还将trimming后的芯片在275mW的加热环境下，连续工作15小时，并没有发现共振波长的改变，由此可见该方案的稳定性。...Wafer加工完后，每个微环调制器的共振波长差异较大，在整个6nm的FSR区间内都有分布，而通过trimming后，每个微环的共振波长都在1310nm附近，只有+-32pm的偏差，前后的结果对比非常明显...Jayatilleka, et.al., "Post-Fabrication Trimming of Silicon Photonic Ring Resonators at Wafer-Scale",

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4_0_5一个样本的 trim_galore去接头完整测试报告

Proceeding with single-core trimming....' SUMMARISING RUN PARAMETERS ========================== Input filename: SRR8707702_1.fastq.gz Trimming...mode: paired-end Trim Galore version: 0.6.2 Cutadapt version: 1.18 Number of cores used for trimming...' SUMMARISING RUN PARAMETERS ========================== Input filename: SRR8707702_2.fastq.gz Trimming...mode: paired-end Trim Galore version: 0.6.2 Cutadapt version: 1.18 Number of cores used for trimming

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RNA-seq数据分析完全指北-05：去接头以及过滤

Cutadapt to use ASCII+33 quality scores as Phred scores (Sanger/Illumina 1.9+ encoding) for quality trimming...reads that became shorter than length INT because of either quality or adapter trimming...directory. ## 输出文件夹，不指定会自动创建 -j/--cores INT Number of cores to be used for trimming...[default: 1]. ## 多线程运行 --paired This option performs length trimming of quality/adapter

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构建多平台的 AOT 容器镜像

-- https://learn.microsoft.com/en-us/dotnet/core/deploying/trimming/trimming-options?...WT.mc_id=DT-MVP-5004222#trimming-framework-library-features --> false</DebuggerSupport...WT.mc_id=DT-MVP-5004222 https://learn.microsoft.com/en-us/dotnet/core/deploying/trimming/trimming-options...WT.mc_id=DT-MVP-5004222#trimming-framework-library-features https://github.com/dotnet/runtime/discussions

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跟小新老师学转录组的第二天

val_1_fastqc.zipSRR1039510_2_val_2_fastqc.htmlSRR1039510_2_val_2_fastqc.ziptrim_galore运行过滤参数等细节文件，带有trimming_report...SRR1039510_1.fastq.gz_trimming_report.txtSRR1039510_2.fastq.gz_trimming_report.txt数据过滤-fastp图片小技巧：\的妙用表示手动换行

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lncRNA组装流程的软件介绍之trim-galore

PARAMETERS ========================== Input filename: /home/lihe/lncrna/raw/SRR10744251_1.fastq.gz Trimming...mode: paired-end Trim Galore version: 0.6.6 Cutadapt version: 3.2 Number of cores used for trimming:...Quality Phred score cutoff: 25 Quality encoding type selected: ASCII+33 Using Illumina adapter for trimming...(count: 13) Adapter sequence: 'AGATCGGAAGAGC' (Illumina TruSeq, Sanger iPCR; auto-detected) Maximum trimming

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原创10000+生信教程大神给你的RNA实战视频演练

├── [1.2G] SRR1039508_1_val_1.fq.gz ├── [3.1K] SRR1039508_2.fastq.gz_trimming_report.txt ├── [1.2G...] SRR1039508_2_val_2.fq.gz ├── [2.9K] SRR1039509_1.fastq.gz_trimming_report.txt ...... ├── [2.9K]...SRR1039522_1.fastq.gz_trimming_report.txt ├── [1.4G] SRR1039522_1_val_1.fq.gz ├── [3.1K] SRR1039522..._2.fastq.gz_trimming_report.txt ├── [1.4G] SRR1039522_2_val_2.fq.gz ├── [2.9K] SRR1039523_1.fastq.gz_trimming_report.txt...├── [1.7G] SRR1039523_1_val_1.fq.gz ├── [3.1K] SRR1039523_2.fastq.gz_trimming_report.txt └── [1.7G

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HiChIP 数据分析: 用HiC-Pro预处理原始数据

在继续 HiC-Pro 之前，还建议对 raw data 进行 standard quality controls，并在必要时进行 trimming，如同在其他任何测序实验中所做的那样。...接着，未比对上的 reads 会按配置文件中指定的 ligation site 做 trimming，然后再次用 Bowtie2 对这些被修剪后的 reads 进行比对，结果存入第二个 BAM 文件。...如上表所示，绝大多数 reads 都能比对到基因组（平均超过 90%），而平均约 10% 的 reads 是在 trimming 后比对上的。

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参考源漂移如何影响系统精度（YUNSWJ 解读版）

Trimming Output Voltage – LT1021-10 10V 版本的修调：能用，但要克制 Trim 引脚等效阻抗：≈12 kΩ 开路等效电压：≈5 V Trim → 输出的衰减：70:...实际是在内部参考网络的一个高阻节点,外部源阻抗、噪声、温漂→ 都会被耦合进核心这就是为什么 datasheet 强调： to minimize changes in the LT1021 TC with output trimming...Trim 引脚 TC：−1.7 mV/°C 输入阻抗：≈100 kΩ Trim → 输出衰减：13:1 然后一句非常重要的话： For the voltage trimming not to affect

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workflow05-snakemake的进阶操作一

/sample for gpu-accelerated runs (eg `1` for 1 GPU) GPU: ############################## ########## Trimming...############### # Whether or not to trim the raw fastq reads (either 'Yes' or 'No') TRIM: "" # If trimming...`--illumina`, `--nextera` or `--small_rna`) or pass adapter sequences to the `-a` and `-a2` flags TRIMMING

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(12)一些QC软件教程-生信菜鸟团博客2周年精选文章集

www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2847217/ https://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format 如何做QC，为什么要QC，Quality trimming...invokes Cutadapt with an extension to handle PE reads; AdapterRemoval[12], which is carefully tuned for trimming...is based on k-mer decomposition for contaminant detection; and NextClip[14], which is dedicated to trimming

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AP1230 LDO 低压差线性稳压器

low power consumption, high voltage, positive voltage regulators manufactured using CMOS and laser trimming

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官宣 .NET 7 Preview 2

dotnet/runtime https://github.com/dotnet/runtimelab 应用 https://docs.microsoft.com/dotnet/core/deploying/trimming.../trim-self-contained 准备进行修剪库的说明 https://docs.microsoft.com/dotnet/core/deploying/trimming/prepare-libraries-for-trimming

1.3K2 0

01.GATK肿瘤基因变异最佳实践SnakeMake流程：WorkFlow简介

genome related files and GTAK budnle files (GATK) VEP Variarition annotation files (VEP) Prepare Adapter trimming

4650 0

Google Earth Engine——USGSLIMAMOSAIC南极洲大地卫星图像镶嵌（LIMA）是一个无缝的、几乎无云的数据，由经过处理的大地卫星7 ETM+场景创建。

The mosaic was constructed by ordering cloud free images on top and trimming image boundaries when tile

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转录组分析 | 使用trim-galore去除低质量的reads和adaptor

转录组数据—质量控制（数据质量评估，过滤低质量）

trim-galore并行处理时的几个问题

dotnet core 发布只带必要的依赖文件

dotnet core 发布只带必要的依赖文件

Intel通过Ge离子注入实现微环共振波长的精确控制

4_0_5一个样本的 trim_galore去接头完整测试报告

RNA-seq数据分析完全指北-05：去接头以及过滤

构建多平台的 AOT 容器镜像

跟小新老师学转录组的第二天

lncRNA组装流程的软件介绍之trim-galore

原创10000+生信教程大神给你的RNA实战视频演练

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参考源漂移如何影响系统精度（YUNSWJ 解读版）

workflow05-snakemake的进阶操作一

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AP1230 LDO 低压差线性稳压器

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