今天我们来以weblogo为例展示如何在R语言中调用python。...网页版的我们就不赘述了，在其官网只要输入fasta文件就可以获得相应的weblogo图。 本期我们主要实现通过调用python中的weblogo包将最终的weblogo图在R语言中保存。...在python中weblogo包名字不变，但是在安装后导入需要注意其名字改成了weblogolib。 安装好以上的两个包接下来就是绘制weblogo图。...下面我们看下在python如何绘制weblogo图，下面是一个示例程序： from weblogolib import * fin = open('G:/weblogo-master/test_weblogo...接下来我们在R中去实现我们的weblogo图绘制。 首先看下rPython中相关的函数： python.assign用于将R语言变量传递给python,与之相对应的是python.get函数。
WebLogo是一款经典的motif可视化软件，在很多的文章中都提到了使用该软件绘制motif的sequence logo。...作为一个在线工具，其操作简单，易于使用，网址如下 http://weblogo.threeplusone.com/ 只需要上传序列的多序列比对结果即可， 以下图中的bing sites的序列为例 ?...设置调整好之后，点击Create WebLogo即可。示例中的DNA序列，采用classic配色，结果如下 ?...webLogo还有对应的命令行版本，可以本地运行，基本用法如下 weblogo --format PNG cap.png 更多参数和细节请参考官网的帮助文档。
上一篇推送介绍了关于如何利用R包绘制seqlogo图，本文接着推荐一个在线绘制seqlogo的工具Weblogo....Weblogo在线工具 WebLogo（http://weblogo.threeplusone.com）绘制seqlogo的老牌在线工具。相比于在R上绘制seqlogo图，网页版在线工具更加轻松容易。...结合上一篇《R包ggseqlogo绘制seq logo图》推文，我们可以分别体验在网页绘制的轻松感，也可以体验本地运行代码的快感。下面就来看一下WebLogo的使用： Weblogo的首页 ?...flatfile, MSF, NBRF, PIR, NEXUS和PHYLIP文件，其中要求每段序列的长度需保持一致 Output format：最终结果可存储PNG、JPEG、EPS、PDF、SVG格式 （矢量图可用文章用图的修改和排版...这样我们就给seqlogo图换了一身衣服~ (Version fineprint勾掉后就会隐去右下角的WebLogo水印，用完别忘记引用哦) ? ? ?
图2.67 多序列比对编辑工具列表 九、寻找保守区域 （一）、序列标识图 WebLogo 如果用一句话来描述你究竟想从多序列比对中得到什么，答案是你想要找到序列中重要的位置。...图2.68 是用一款流行的软件 WebLogo 创建的序列标识图。 ? 图2.68 序列标识图 要创建序列标识图，首先需要一个多序列比对。多序列比对中的一列对应序列标识图中的一个位置。...WebLogo 是一款在线创建序列标识图的软件（http://weblogo.threeplusone.com/） 主页面上点“Create your own logos”，然后输入多序列比对（图2.70...保持所有参数默认，点“Create WebLogo”。 ? 图2.70 WebLogo 输入页面 图2.71为创建出的序列标识图。...图2.71 WebLogo 结果页面 （二）、序列基序 MEME MEME 是一款寻找序列基序（motif）的软件。
7.Weblogo 工具链接： http://weblogo.threeplusone.com/ ?...15.OmicShare 韦恩图工具 工具链接： http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/venn ?...三元图 16.Ternary plot maker 工具链接： https://www.ternaryplot.com/ ?...圈图 35.CIRCOS 工具链接： http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/ ?...36.热图 Omicshare 热图工具 工具链接： http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/heatmap ?
为了揭开TF在生物体内调节机制的神秘面纱，科学家们探索了许多实验方法（如CHIP-seq）和预测工具（如seq logo，Jaspar数据库等），具体可以参见历史推文： R语言 - 绘制seq logo图...Seq logo 在线绘制工具——Weblogo 一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点 2018 升级版Motif数据库Jaspar 下面介绍由华中科技大学生命科学与技术学院郭安源教授团队开发的动物转录因子注释和预测数据库...在此我们选择人类：上面是该物种中TFs的统计柱状图，下方是对这些TFs的分类。 ?...继续点击一个转录因子家族进入家族基因列表页面：表内显示其包含的家族成员的相关信息，此页面下面还显示了DBD的多序列比对（Multi-alignment），以及对这些TFs的多重比对weblogo图，还有该...点击结果表中的Ensembl ID可直接查看转录因子的基本信息，如：功能结构域、TFBS seqlogo图、互作网络以及表达等。 ? ? ? ? ? ? ? ? 3.
R包ggseqlogo 绘制seq logo图和Seq logo 在线绘制工具—Weblogo介绍了如何用R脚本和在线工具绘制seq logo图，用于展现转录因子或修饰酶等结合序列的偏好性。...点击ID号，跳转至Gata3 motif详情，包括文件摘要、序列logo图、PFM矩阵（文件可下载）、TF-binding信息（FASTA格式为该motif在基因组范围的结合区域的序列，bed格式为该motif...聚类结果以径向树的形式展示，可以点击每个logo图做进一步研究。 ?
调整配色方案 和webLogo类似，针对核酸和蛋白序列，内置了多种配色方案。
对UML图的记录，只为更好 学习和理解程序 一、UML图 UML 又称 统一建模语言，是用来设计软件的可视化建模语言。它的特点是简单、统一、图形化、能表达软件设计中的动态与静态信息。...UML 从目标系统的不同角度出发，定义了9 种图： 用例图 类图 对象图 状态图 活动图 时序图 协作图 构件图 部署图 本文记录的是UML图中的类图。...二、类图 类图 是显示了模型的静态结构，特别是模型中存在的类、类的内部结构以及它们与其他类的关系等。类图不显示暂时性的信息。类图是面向对象建模的主要组成部分。...2.1 类图的作用 在软件工程中，类图是一种静态的结构图，描述了系统的类的集合，类的属性和类之间的关系，可以简化了人们对系统的理解； 类图是系统分析和设计阶段的重要产物，是系统编码和测试的重要模型。...例如，汽车和船实现了交通工具，其类图如图 9 所示。
今天要给大家分享的图表是旋风图！...▽▼▽ 其实我更喜欢叫这种图为蝴蝶图，因为图表两侧像一对翅膀一样，这种图表多用于某个事物的两种不同指标对比，如同一个年龄段两种产品的用户比例，同一种产品在接连两年的销量或者利润等指标。...►然后利用原数据做簇状柱形图： ? ►由于条形图默认图表的固有缺陷，我们需要设置逆序类别，将条形图数据条顺序调整至与原数据区域相同（回复036查看反转条形图数据序列） ?
但是对于一些特殊场景就需要对图片特殊处理，比如：默认图、大小图、加载图等。...在此介绍一下图片处理涉及到的情况：图片使用阿里云OSS图片，里面有涉及到对原图（会大于20兆）处理为小图，但是阿里云最大只支持20兆的图片进行处理，因此有些图片无法使用小图；如果对那部分图片直接使用原图会对性能有很大影响...为了解决上述问题，如果小图可以加载，则直接使用小图，如果小图不能加载，则先使用加载中的图片去渲染，当原图加载成功以后，渲染上对应的原图，如果当原图也渲染失败（比如服务器响应客户端最大时间为30秒，网速过慢导致该时间内未完成...", // 小图加载失败，会先使用loading图片占位，避免页面卡顿，等待大图加载完成使用大图 small: "https://xixixi.net.cn/resources/images...，大图可以使用时返回大图地址 } } bigImage.onerror = function() {
多组维度不一样长的箱体图的画法 clear;clc; load('speed_1_1.mat') load('speed_1_2.mat') load('speed_2_1.mat') load('speed
今天跟大家分享一种好玩的图表——海螺图！...▽▼▽ 这种图表制作方法与之前介绍的两种图表——玫瑰图都是使用雷达图制作完成，步骤上有些相似之处，功能也差不多，也属于那种纯粹炫技的形式，不过看图表看起来比较有趣，这里给大家介绍一下制作方法。...然后选中全部数据区域——插入——雷达图——填充雷达图 ? 这是输出的默认图表。 ? 选中图表，删除图例、坐标轴标签、网格线。 ? 可以添加数据标签。 ?...最后螺旋图就完成了，是不是看起来棒棒哒！ ---- 相关教程推荐： 创意玫瑰图（Rose chart） 创意玫瑰图2(Rose Chart)
并开发了多种工具展示这简单的四个碱基（感兴趣的请戳下面的历史文章）： R语言 - 绘制seq logo图 Seq logo 在线绘制工具——Weblogo Seq logo 在线绘制工具——Weblogo...图-4....图-5 dCpf1-BEs工作原理图[8] 通过扩充PAM的CBE，将使CBE工具的使用更加灵活。...图-6....图-7.
在基因组上结合位点的查找是生信分析中的一项基本技能，在转录因子的chip_seq, m6A_seq等落雨都有广泛应用，之前也写了很多的文章来介绍motif 关于motif你需要知道的事 详解motif的PFM矩阵 详解motif的PWM矩阵 使用WebLogo
什么是类图？ 类图是面向对象系统建模中最重要、最基本、最常见的图。类图显示了一组类、接口、协作以及它们之间的关系。 类图由哪些部分组成？ ...在UML图中通常用一个类似于类图的矩形框，不过第一层要写明“>”，或者还可以用一个小圆圈表示，如： ? 或者 ? ...3、依赖：依赖在图中用一条虚线加箭头表示，它表明一个类依赖于另一个类，比如人需要吃东西，下面这个图就表示人类依赖于食物类： ? ...实践——机房收费系统类图 第一次画系统的类图，感觉抽象的不是特别好，因为每种用户的权限不同，而且一般用户、操作员、管理员的权限一级一级升高，所以就就给他们抽象出来一个用户类，然后一级一级往下泛化，不知道这样是否合适
二、如何画ER图 1.要素表示 2.画图步骤 首先确定这个模块有哪几个核心的对象以及具体有哪些特征， 其次思考这些对象之间的关系，如何相互转变。 最后把他们用ER图的方法表述出来。...当然需要尽量精简实体以及优化属性 3.画图工具 processon在线画图、Mircosoft Office VISO2013、亿图图示等 4.示例 假设每个学生选修若干门课程，且每个学生每选一门课只有一个成绩
从实际开发标准，应该在项目别写前设计类图，但是，不太符合实际，实际开发中改动的场景太多，大家懂的。所以，现在开发大部分情况下，都是先完成功能，交工前，将代码转换成类图。本文内容作为概念性的讲解。...1、类图描述 要想描述类图，基本都会采用以下结构完成： 类名称 属性名称 方法名称 1）类名称 普通类，直接进行编写； 抽象类，道理上应该使用斜体描述； 类名称 {abstract} 属性名称 方法名称...setName(name:String):void public String getName() +getName():String 如果要画类图，...因为类图的描述太麻烦了，所以，往往会进行转换。 ? 2、时序图 时序图比较重要，它定义了代码的执行顺序。...3、用例图 用例指的是某一种角色具备什么样的操作功能，一般进行需求分析的时候使用的。 ? ?
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