lncRNA数据库专题-NONCODE

简介

更新操作在上一周我们对lncRNA的相关信息进行了专题介绍，相信大家头脑大概都有了一个基本的知识框架。还记得"lncRNA介绍专题：一文带你了解lncRNA"中的lncRNA数据库介绍吗，本周我们将选择其中一些数据库进行介绍，今天给大家带来NONCODE的介绍。简介NONCODE 数据库是国际著名的 ncRNA （尤其是 lncRNA）及相关注释数据库。第一版本发布于 2004 年。 2005 年 1 月，NONCODE 数据库被 Science 杂志报道。截止到 2017 年11 月，数据库在线十四年，升级五次(相关文章SCI 引用次数达 672，据网站统计 NONCODE 点击数已经过亿，用户遍布全球各地，其中 1/4 的用户来自美国。 NONCODE 被 ISI 数据收录，已经有两大国际联盟Genecards 和 RNAcentral 主动邀请 NONCODE 数据库加入其组织，并与 NONCODE数据库建立互引机制。NONCODE DB是一款综合性的数据库，该数据库是一个比较全面的ncRNA相关注释的数据库，尤其是lncRNA信息，不仅支持常用lncRNA的name、NONCODE ID搜索，大部分lncRNA还支持其他数据库名字进行搜索。更新

NONCODE DB是一款综合性的数据库，该数据库是一个比较全面的ncRNA相关注释的数据库，尤其是lncRNA信息，不仅支持常用lncRNA的name、NONCODE ID（NONHSAG000001.2）搜索，大部分lncRNA还支持其他数据库名字进行搜索。NONCODEv5收集了自2015年9月以来新鉴定的非编码RNA，非编码转录本总数据量从527 336增长到548 640，目前包含17个物种（物种包括人、小鼠、牛、大鼠、黑猩猩、大猩猩、红毛猩猩、恒河猴、负鼠、鸭嘴兽、鸡、猪、斑马鱼、果蝇、线虫、酵母、拟南芥和猪），并注释了相关表达谱信息，功能信息及保守性信息等内容。

新版本的数据库还引入了三个重要的新注释信息：（1）人lncRNA与疾病的相互关系

数据库收集了四个关于lncRNAs与疾病的相关数据库：LncRNADisease, Lnc2Cancer, MNDR 和LncRNAWiki。 NONCODE从这四个数据库中整合收集了疾病相关的lncRNAs。但通过计算方法预测的与疾病相关的lncRNAs因其不确定性，没有被NONCODEv5收录。因此，NONCODEv5只包含了实验验证的lncRNAs。最终,NONCODEv5收录了32 226 lncRNA和疾病相关信息的记录。（2）描绘了人非编码RNA在外泌体中的表达情况

NONCODEv5从NCBI GEO数据库中收集了6个外泌体相关的RNA测序数据，外泌体来源包括6个细胞系（A431, BJ, HepG2, HUVEC, MCF7 and MDA-MB-231）和4个组织（invasive non-functional pituitary adenomas (NFPAs), non-invasive NFPAs, tuberculosis patient serum and blood from normal individuals）。在这10个测序数据中对NONCODEv5人转录本进行表达定量，并展示在网站供用户查阅，（3）预测人非编码转录本的二级结构信息NONCODE研究组与清华大学鲁志实验室合作对lncRNA二级结构进行预测。分别选择了两种代表性的测序方法PARS和DMS-seq，并挑选了两个对应的数据集。使用RME对NONCODE数据库人转录本的结构进行了预测。并使用可视化框架将预测得到的二级结构信息展示在NONCODE人转录本的页面。并可以通过切换数据集查看基于不同数据集预测的二级结构信息。操作

已知某lncRNA 的序列信息，想知道该lncRNA基因组上位置信息，功能如何？只需要将序列信息粘贴到blast模块，（参数默认）搜索结果如下：图一：参考文献及该lncRNA的NONCODE等信息

图二：具体的比对结果

序列信息：

表达谱信息：

数据来源等：

对于刚刚搜索的比较感兴趣的lncRNA进行功能的注释如下：只需将lncRNA 的基因ID 输入到Function模块即可。

lncRNA的保守性分析：在concervation模块中输入基因ID即可得到保守性分析树，如下所示：

除了以上分析，还可以将整个物种的lncRNA的数据下载下来；若是您在NCBI上找到了一个很感兴趣的lncRNA，直接在搜索栏进行检索。参考内容（2）NONCODEV5: a comprehensive annotation database for long non-coding RNAs（3）百迈客基因：NONCODE数据库使用指南一款好用的lncRNA数据库