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ATAC-seq分析：Annotating Peaks（9）
一旦注释到基因或增强子的基因，我们就可以开始将 ATACseq 数据与这些基因的特征相关联。 （功能注释、表达变化、其他表观遗传状态）。
81230编辑于 2023-01-27 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ATAC-seq分析：Peak Calling（8）
ATACseq 的一个共同目标是识别转录因子结合和/或转录机制活跃的无核小体区域。该核小体游离信号对应于小于一个核小体的片段（如 Greenleaf 论文中定义 < 100bp）。
84840编辑于 2023-02-27 - 来自专栏生信技能树
ATAC-seq实操
本实操完全学习了：给学徒的ATAC-seq数据实战（附上收费视频) 的代码及流程，首先致谢！ 名词解释：https://www.encodeproject.org/data-standards/terms/ 参考：https://www.encodeproject.org/atac-seq/ 统计
7.5K22发布于 2018-11-05 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ATAC-seq分析：比对（3）
在比对之前，我们建议花一些时间查看 FASTQ 文件。一些基本的 QC 检查可以帮助我们了解您的测序是否存在任何偏差，例如读取质量的意外下降或非随机 GC 内容。
61210编辑于 2023-01-27 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ATAC-seq分析：数据处理（5）
我们可能希望将比对的读数分成代表核小体游离和核小体占据的读数。在这里，我们通过使用插入大小来过滤读取，为代表无核小体、单核小体和双核小体的读取创建 BAM 文件。
44820编辑于 2023-02-27 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ATAC-seq分析：比对（3）
在比对之前，我们建议花一些时间查看 FASTQ 文件。一些基本的 QC 检查可以帮助我们了解您的测序是否存在任何偏差，例如读取质量的意外下降或非随机 GC 内容。
45430编辑于 2023-02-27 - 来自专栏小明的数据分析笔记本
分享 | ATAC-Seq 分析流程
ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序（NGS）文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上，该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。 ATAC-seq 概述 尽管 ATAC-seq 实验方法相对简单且稳定，但是专门为 ATAC-seq 测序数据开发的生物信息学分析软件却非常少。 由于 ATAC-seq 和 ChIP-seq 数据的相似性较高，ChIP-seq 分析使用的软件一般也可用于 ATAC-seq 的分析，但是使用 ChIP-seq 软件分析得到的 ATAC-seq 结果尚未得到系统性的评估 /sorted/${id}.bam done macs2 进行 Peak Calling 这是非常关键的一步，ATAC-seq 分析的核心结果都要从这里出，使用的是 macs2。
2.1K11编辑于 2024-06-18 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ATAC-seq分析：数据质控（6）
ATACseqQC 库允许我们在一个步骤中运行我们已经看到的许多 ATACseq QC 步骤。它可能会消耗更多内存，但会允许包含两个更有用的指标，称为 PCR 瓶颈系数（PBC1 和 PBC2）。
48420编辑于 2023-02-27 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ATAC-seq分析：TSS 信号（7）
ATACseq - 使用转座酶并提供一种同时从单个样本的转录因子结合位点和核小体位置提取信号的方法。
84910编辑于 2023-02-27 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ATAC-seq分析：教程简介（1）
会话部分：在 R 中注释 ATACseq 数据绘制无核小体和单核小体信号绘制 DNA 结合蛋白周围的切割位点图片Part_3本节演示如何评估 ATAC-seq 数据中的基序。
90210编辑于 2023-01-27 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ATAC-seq分析：教程简介（1）
会话部分： 在 R 中注释 ATACseq 数据 绘制无核小体和单核小体信号 绘制 DNA 结合蛋白周围的切割位点 Session 2 Part_3 本节演示如何评估 ATAC-seq 数据中的基序。
71720编辑于 2023-02-27 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ATAC-seq分析：差异分析（10）
在下部分中，我们将研究如何使用 R/Bioconductor 识别开放区域中的变化。
96920编辑于 2023-01-27 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ATAC-seq分析：Annotating Peaks（9）
一旦注释到基因或增强子的基因，我们就可以开始将 ATACseq 数据与这些基因的特征相关联。（功能注释、表达变化、其他表观遗传状态）。
77420编辑于 2023-02-27 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ATAC-seq分析：Motifs分析（11）
ATACseq 应该在较小的保护区（如转录因子结合位点）周围生成较短的片段（我们的无核小体区域）。
80120编辑于 2023-02-27 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ATAC-seq分析：数据质控（6）
ATACseqQC 库允许我们在一个步骤中运行我们已经看到的许多 ATACseq QC 步骤。它可能会消耗更多内存，但会允许包含两个更有用的指标，称为 PCR 瓶颈系数（PBC1 和 PBC2）。
75730编辑于 2023-01-27 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ATAC-seq分析：数据介绍（2）
ATACseq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) 使用转座酶在测序前有效地片段化可访问的 DNA（DNA可极性）。结果提供了一种绘制可访问/开放染色质基因组范围的方法。
57420编辑于 2023-02-27 - 来自专栏生信技能树
ATAC-seq的经典差异分析思路
ATAC-seq的数据分析主要是检测信号峰值，就是peaks，不同样品的peaks的差异主要是两个思路，使用韦恩图展现有无peaks的差异，另外就是使用散点图展现高低强弱的peaks差异。 现在是2021了，有了很多成熟的软件算法可以做peaks的差异分析，不过偶尔忆苦思甜也是有必要的ATAC-seq经典差异分析，让我们一起看看距离2013年的ATAC-seq技术开发出来不到两年的 2015 文章是：A novel ATAC-seq approach reveals lineage-specific reinforcement of the open chromatin landscape 上下调的peaks数量 挑选具体的基因，进行IGV软件载入bw文件的可视化，看ATAC-seq的信号差异： ? IGV软件载入bw文件的可视化 另外一个不得不提的经典图表，就是看信号强度的： ? 其实呢，现在的ATAC-seq 数据处理的更完善了，见ATAC-seq项目的标准分析仅收费1600，差异分析也有专门的R包，比如 Diffbind，有一个2020综述《From reads to insight
2.7K20发布于 2021-04-29 - 来自专栏实验盒
EpiFoundation：单细胞ATAC-seq基础模型
单细胞ATAC-seq（scATAC-seq）作为一种重要的表观遗传学技术，能够揭示单个细胞中染色质的可及性，从而识别启动子、增强子和转录因子结合位点等调控元件。 为此，一篇题为《EpiFoundation: A Foundation Model for Single-Cell ATAC-seq via Peak-to-Gene Alignment》的研究论文提出了 背景介绍 单细胞ATAC-seq技术通过测量染色质的可及性，能够在单细胞水平上揭示基因调控的复杂性。 未来展望 EpiFoundation的提出为单细胞ATAC-seq数据分析提供了一个强大的工具。 EpiFoundation: A Foundation Model for Single-Cell ATAC-seq via Peak-to-Gene Alignment. bioRxiv. https
35710编辑于 2025-02-19 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ATAC-seq分析：比对后处理（4）
现在我们已经处理了 Greenleaf ATACseq 双端数据，我们可以开始处理比对。
57020编辑于 2023-01-27 - 来自专栏数据科学（冷冻工厂）
ATAC-seq分析：数据介绍（2）
ATACseq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing) 使用转座酶在测序前有效地片段化可访问的 DNA（DNA可极性）。结果提供了一种绘制可访问/开放染色质基因组范围的方法。
93040编辑于 2023-01-27
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