GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心创建并维护的基因表达数据库。它收录世界各国研究机构提交的高通量基因表...

#我们下载的GEO的芯片差异分析数据大多情况下已经取过log，如果没去过，要记得计算log（否则会导致logFC值过大）

三周合计15天的数据挖掘授课学员一点一滴整理的授课知识点笔记哦，还有互动练习题哈，欢迎大家点击文末的阅读原文去关注我们学员的公众号哦！

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| rm(list = ls())library(GEOquery)library(AnnoProbe)#先去网页确定是否是表达芯片数据，不是的话不能用本流程。...

提取的转化后的eSet格式为ExpressionSet 可以被Biobase（R包）提取

单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）的应用使得研究人员能够在更细致的层面上理解这些细胞亚群的异质性和功能。这些信息对于研究胰腺疾病的发病机制、开发新的治疗...

在进行数据挖掘的时候，我们往往会筛选到不止一个符合我们预期的数据集，这些数据集来源于不同的研究人员。这样得到的这些数据集就会存在我们所谓的批次效应，如不同实验...

其中，GSEXXXXXX 是该数据集的 accession number，是一个唯一标识符，用于在 GEO 数据库中检索该数据集的信息。可以通过构建类似这样的 ...

就会发现，matrix.mtx文件里面的33694、2049、1878957数值，分别是细胞数量，基因数量，以及有表达量的值的数量（全部的值应该是33694X2...

但是如果要下载成百上千个文件，最好是使用代码批量下载，而且现在单细胞技术的大行其道，使得表达量矩阵文件本身也会很巨大，比如：https://www.ncbi.n...

Composites all the images in a collection, using the mask. Arguments: this:colle...

今天正式开始教画图了，具体的代码其实挺多地方讲到了，上课的好处就是可以听到很多细节和经验，是自己零散地找资料不能相比的，收获很多，感觉要全部吞下来还要再复习几遍

广义的基因有6w+个，包括lncRNA、miRNA等等，每年可能都有个别基因增增减减的情况，累计在一起，就存在基因库版本的差异，10年前查到的和今年的可能不一样...

georadiusbymember 和 georadius 命令一样， 都可以找出位于指定范围内的元素， 但是 georadiusbymember 的中心点是由...

geoadd key [NX|XX] [CH] longitude latitude member [longitude latitude member ......

对于bitmap，我们取值的时候，需要知道bit的位置，改值的时候，需要知道位置和修改结果。取值和修改的操作变得复杂了一些，但是节省了存储空间，属于时间换空间。...